cdhit-454 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

cd-hit-454 - വേഗത്തിൽ ഗ്രൂപ്പ് സീക്വൻസുകൾ, 454 ഡാറ്റയ്ക്കായി ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്തു

സിനോപ്സിസ്

സിഡിറ്റ്-454 [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

====== CD-HIT പതിപ്പ് 4.6 (23 ജനുവരി 2016-ന് നിർമ്മിച്ചത്) ======

ഓപ്ഷനുകൾ

-i ഫയലിന്റെ പേര് ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ നൽകുക, ആവശ്യമാണ്

-o ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്, ആവശ്യമാണ്

-c സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡ്, ഡിഫോൾട്ട് 0.98 ഇതൊരു "ഗ്ലോബൽ സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി" ആണ്
കണക്കാക്കുന്നത്: വിന്യാസത്തിലുള്ള ഒരേ അമിനോ ആസിഡുകളുടെ എണ്ണം പൂർണ്ണമായി ഹരിക്കുന്നു
ചെറിയ ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യം + വിടവ്

-b വിന്യാസത്തിന്റെ ബാൻഡ്_വിഡ്ത്ത്, ഡിഫോൾട്ട് 10

-M പ്രോഗ്രാമിനുള്ള മെമ്മറി പരിധി (MB-യിൽ), ഡിഫോൾട്ട് 800; പരിധിയില്ലാത്തതിന് 0;

-T ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം, സ്ഥിരസ്ഥിതി 1; 0 ഉപയോഗിച്ച്, എല്ലാ CPU-കളും ഉപയോഗിക്കും

-n word_length, default 10, അത് തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനുള്ള ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ് കാണുക

-അൽ ദൈർഘ്യമേറിയ ക്രമത്തിനുള്ള വിന്യാസ കവറേജ്, ഡിഫോൾട്ട് 0.0 0.9 ആയി സജ്ജമാക്കിയാൽ,
വിന്യാസം ക്രമത്തിന്റെ 90% ഉൾക്കൊള്ളണം

-അൽ ദൈർഘ്യമേറിയ ക്രമത്തിനുള്ള അലൈൻമെന്റ് കവറേജ് നിയന്ത്രണം, 99999999 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ ഡിഫോൾട്ട് 60,
ക്രമത്തിന്റെ ദൈർഘ്യം 400 ആണ്, അപ്പോൾ വിന്യാസം >= 340 (400-60) ആയിരിക്കണം
അവശിഷ്ടങ്ങൾ

-എഎസ് ചെറിയ ക്രമത്തിനുള്ള അലൈൻമെന്റ് കവറേജ്, ഡിഫോൾട്ട് 0.0 0.9 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ,
വിന്യാസം ക്രമത്തിന്റെ 90% ഉൾക്കൊള്ളണം

-എ.എസ് ചെറിയ ക്രമത്തിനുള്ള അലൈൻമെന്റ് കവറേജ് നിയന്ത്രണം, 99999999 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ ഡിഫോൾട്ട് 60,
ക്രമത്തിന്റെ ദൈർഘ്യം 400 ആണ്, അപ്പോൾ വിന്യാസം >= 340 (400-60) ആയിരിക്കണം
അവശിഷ്ടങ്ങൾ

-B 1 അല്ലെങ്കിൽ 0, ഡിഫോൾട്ട് 0, ഡിഫോൾട്ടായി, 1 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ സീക്വൻസുകൾ RAM-ൽ സംഭരിക്കും, ക്രമം
ഹാർഡ് ഡ്രൈവിൽ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു, അത് ഉപയോഗിക്കാൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു -B വലിയ ഡാറ്റാബേസുകൾക്ക് 1

-g 1 അല്ലെങ്കിൽ 0, സിഡി-ഹിറ്റിന്റെ ഡിഫോൾട്ട് അൽഗോരിതം വഴി ഡിഫോൾട്ട് 0, ഒരു സീക്വൻസ് ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്തിരിക്കുന്നു
ത്രെഷോൾഡ് (ഫാസ്റ്റ് ക്ലസ്റ്റർ) പാലിക്കുന്ന ആദ്യ ക്ലസ്റ്റർ. 1 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ, പ്രോഗ്രാം ചെയ്യും
ത്രെഷോൾഡ് (കൃത്യമായതും എന്നാൽ മന്ദഗതിയിലുള്ളതും) പാലിക്കുന്ന ഏറ്റവും സമാനമായ ക്ലസ്റ്ററിലേക്ക് അതിനെ ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്യുക
മോഡ്) എന്നാൽ 1 അല്ലെങ്കിൽ 0 അന്തിമ ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ പ്രതിനിധികളെ മാറ്റില്ല

-D ഒരു ഇൻഡലിന്റെ പരമാവധി വലുപ്പം, ഡിഫോൾട്ട് 1

- മത്സരം പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സ്കോർ, ഡിഫോൾട്ട് 2

-പൊരുത്തക്കേട്
പൊരുത്തമില്ലാത്ത സ്കോർ, ഡിഫോൾട്ട് -1

- വിടവ് ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിംഗ് സ്കോർ, ഡിഫോൾട്ട് -3

- വിടവ്-എക്‌സ്‌റ്റ്
വിടവ് വിപുലീകരണ സ്കോർ, ഡിഫോൾട്ട് -1

-ബാക്ക് ബാക്കപ്പ് ക്ലസ്റ്റർ ഫയൽ എഴുതുക (1 അല്ലെങ്കിൽ 0, ഡിഫോൾട്ട് 0)

-h ഈ സഹായം അച്ചടിക്കുക

ചോദ്യങ്ങൾ, ബഗുകൾ, വെയ്‌ഷോംഗ് ലീ എന്ന വിലാസത്തിൽ ബന്ധപ്പെടുക liwz@sdsc.edu

നിങ്ങൾക്ക് സിഡി-ഹിറ്റ് ഉപയോഗപ്രദമെന്ന് തോന്നുകയാണെങ്കിൽ, ദയവായി ഉദ്ധരിക്കുക:

"വലിയ പ്രോട്ടീന്റെ വലിപ്പം കുറയ്ക്കുന്നതിന് ഉയർന്ന ഹോമോലോഗസ് സീക്വൻസുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്
ഡാറ്റാബേസ്", വെയ്‌ഷോങ് ലി, ലൂക്കാസ് ജറോസ്‌വെസ്‌കി & ആദം ഗോഡ്‌സിക്. ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്‌സ്, (2001)
17:282-283 "സിഡി-ഹിറ്റ്: വലിയ സെറ്റുകളുടെ ക്ലസ്റ്ററിങ്ങിനും താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനുമുള്ള ഒരു ഫാസ്റ്റ് പ്രോഗ്രാം
പ്രോട്ടീൻ അല്ലെങ്കിൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസസ്", വെയ്‌ഷോംഗ് ലി & ആദം ഗോഡ്‌സിക്. ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്, (2006)
22:1658-1659 "Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun, Weizhong Li. കൃത്രിമവും
മെറ്റാജെനോമിക് ഡാറ്റയുടെ പൈറോസെൻസിംഗ് റീഡുകളിലെ സ്വാഭാവിക തനിപ്പകർപ്പുകൾ. ബിഎംസി ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്
(2010) രാവിലെ 11

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് cdhit-454 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക