EnglishFrenchGermanItalianPortugueseRussianSpanish

convertToExtent - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

OnWorks favicon

Run convertToExtent in OnWorks free hosting provider over Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator or MAC OS online emulator

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന convertToExtent കമാൻഡ് ഇതാണ്.

പട്ടിക:

NAME


sim4dbutils - sim4db- ജനറേറ്റഡ് അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾക്കൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള യൂട്ടിലിറ്റികൾ

പരിവർത്തന പോളിഷുകൾ - sim4db, GFF3 ഫോർമാറ്റുകൾക്കിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
ഫിൽറ്റർ പോളിഷുകൾ - സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി, കവറേജ്, ദൈർഘ്യം എന്നിവയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഫിൽട്ടർ വിന്യാസങ്ങൾ.
mergePolishes - ഒന്നിലധികം ഫയലുകളിൽ നിന്നുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ ലയിപ്പിക്കുക
sortPolishes - cDNA അല്ലെങ്കിൽ ജീനോമിക് സീക്വൻസ് ഇൻഡക്‌സ് അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസ് നെയിം പ്രകാരം ക്രമപ്പെടുത്തൽ
convertToExtent - sim4db ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് ഒറ്റ-വരി ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
fixPolishesIID - ഒരു നിർദ്ദിഷ്‌ട ഫാസ്റ്റ ഫയലിന്റെ സീക്വൻസ് ഇൻഡക്‌സ് ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് ഒരു sim4db ഫയൽ അപ്‌ഡേറ്റ് ചെയ്യുന്നു.
sim4db ഫയലിൽ നിന്ന് വിന്യാസങ്ങളുടെ ഒരു ഉപവിഭാഗം എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്യാനും ഉപയോഗിക്കാം.
ഡെപ്ത്ഓഫ് പോളിഷുകൾ - വിവിധ പോളിഷുകളുടെ ആഴത്തിന്റെ ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
വിൻഡോ വലുപ്പങ്ങൾ.
headPolishes - സമാനമായ ഒരു ഫയലിലെ ആദ്യ N ​​വിന്യാസങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക തല(1)
pickBestPolish - ഓരോ സിഡിഎൻഎയ്ക്കും 'മികച്ച' വിന്യാസം മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
pickUniquePolish - വ്യക്തമായ ഒറ്റ മികച്ച വിന്യാസം ഉള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു
ഓരോ cDNA.
plotCoverageVsIdentity - (1) ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റിയുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, (2) a
ശതമാനം കവറേജിന്റെ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, (3) ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റിയുടെയും കവറേജിന്റെയും ഒരു ലിസ്റ്റ് (ഇതിനായി
ഒരു സ്കാറ്റർ പ്ലോട്ടിൽ ഉപയോഗിക്കുക).
uniqPolishes - ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ (-uniq) അല്ലെങ്കിൽ cDNA-യ്‌ക്കുള്ള എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നു
ഒരൊറ്റ വിന്യാസം (-ഡ്യൂപ്ല്) ഉപയോഗിച്ച്. സമാനമായത് യൂണിക്(1)
realignPolishes - ഒരു sim4db ഫയലിൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്ന വിന്യാസങ്ങൾ വീണ്ടും കണക്കാക്കുക.
റിപ്പോർട്ട് അലൈൻമെന്റ് വ്യത്യാസങ്ങൾ - ഒരു കൂട്ടത്തിലെ പിശകുകളുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം സൃഷ്ടിക്കുന്നു
വിന്യാസങ്ങൾ പിന്തുണയില്ല ഒപ്പം ഒഴിവാക്കി
comparePolishes - രണ്ട് ഫയലുകളിലുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ പരസ്പരം ബന്ധിപ്പിക്കുന്നു.
convertToAtac - sim4db ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് ATAC ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.
ഡിറ്റക്റ്റ് ചിമേര - ചിമെറിക് ആയിരിക്കാവുന്ന സീക്വൻസുകൾക്കായുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ പരിശോധിക്കുന്നു.
മാപ്പ് കവറേജ് - കവർ ചെയ്യുന്ന അന്വേഷണ ശ്രേണിയുടെ (EST, cDNA) അളവ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു
വിന്യാസങ്ങൾ.
parseSNP - SNP-കൾക്കുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ വിശകലനം ചെയ്യുന്നു.
removeDuplicate - ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് വിന്യാസങ്ങൾക്കായി ഇൻപുട്ട് തിരയുന്നു.
vennPolishes - ഒന്നിലധികം sim4db ഫയലുകൾക്കായി ഒരു വെൻ ഡയഗ്രം സൃഷ്ടിക്കുന്നു. ഉപയോഗിച്ച ആന്തരികമായി by
ESTMapper വൃത്തിയാക്കുക
സംഗ്രഹിക്കുക പോളിഷുകൾ

വിവരണം


ഈ പ്രോഗ്രാമുകൾ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള യൂട്ടിലിറ്റികളുടെ ഒരു ശ്രേണിയാണ് sim4db(1)-ജനറേറ്റഡ് അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് convertToExtent ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക



ഏറ്റവും പുതിയ ലിനക്സ്, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ പ്രോഗ്രാമുകൾ