cutadapt3 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

cutadapt - cutadapt 1.8.3-നുള്ള മാനുവൽ പേജ്

വിവരണം

cutadapt പതിപ്പ് 1.8.3 പകർപ്പവകാശം © 2010-2015 മാർസെൽ മാർട്ടിൻ[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>

cutadapt ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിംഗ് റീഡുകളിൽ നിന്ന് അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസുകൾ നീക്കം ചെയ്യുന്നു.

ഉപയോഗം:
കട്ട്ഡാപ്റ്റ് -a അഡാപ്റ്റർ [ഓപ്ഷനുകൾ] [-o output.fastq] input.fastq

വേണ്ടി ജോടിയാക്കിയ അവസാനം വായിക്കുന്നു:
കട്ട്ഡാപ്റ്റ് -a ADAPT1 -A ADAPT2 [ഓപ്ഷനുകൾ] -o out1.fastq -p out2.fastq in1.fastq
in2.fastq

നിങ്ങളുടെ 3' അഡാപ്റ്ററിന്റെ യഥാർത്ഥ ശ്രേണി ഉപയോഗിച്ച് "ADAPTER" മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുക. IUPAC വൈൽഡ്കാർഡ് പ്രതീകങ്ങൾ
പിന്തുണയ്ക്കുന്നു. റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് സ്വയമേ തിരഞ്ഞതല്ല. എല്ലാം വായിക്കുന്നത്
input.fastq അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസ് നീക്കംചെയ്ത് output.fastq-ലേക്ക് എഴുതപ്പെടും. അഡാപ്റ്റർ
പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ പിശക്-സഹിഷ്ണുതയാണ്. ഒന്നിലധികം അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസുകൾ നൽകാം (കൂടുതൽ ഉപയോഗിക്കുക -a
ഓപ്ഷനുകൾ), എന്നാൽ ഏറ്റവും നന്നായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അഡാപ്റ്റർ മാത്രമേ നീക്കം ചെയ്യപ്പെടുകയുള്ളൂ.

ഇൻപുട്ട് ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലും ആയിരിക്കാം. കംപ്രസ് ചെയ്ത ഇൻപുട്ടും ഔട്ട്പുട്ടും പിന്തുണയ്ക്കുന്നു
ഫയൽ നാമത്തിൽ നിന്ന് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തി (.gz, .xz, .bz2). സ്റ്റാൻഡേർഡിനായി ഫയലിന്റെ പേര് '-' ഉപയോഗിക്കുക
ഇൻപുട്ട് ഔട്ട്പുട്ട്. ഇല്ലാതെ -o ഓപ്ഷൻ, ഔട്ട്പുട്ട് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് അയയ്ക്കുന്നു.

കുറെ മറ്റ് ലഭ്യമായ സവിശേഷതകൾ ആകുന്നു:
* മറ്റ് വിവിധ അഡാപ്റ്ററുകൾ (5' അഡാപ്റ്ററുകൾ, "മിക്സഡ്" 5'/3' അഡാപ്റ്ററുകൾ മുതലായവ) *
ഒരു നിശ്ചിത എണ്ണം ബേസുകൾ ട്രിം ചെയ്യുന്നു * ഗുണമേന്മയുള്ള ട്രിമ്മിംഗ് * വർണ്ണസ്പേസ് ട്രിം ചെയ്യുന്നു *
വിവിധ മാനദണ്ഡങ്ങളാൽ ഫിൽട്ടറിംഗ് റീഡ് ചെയ്യുന്നു

"cutadapt" ഉപയോഗിക്കുക --സഹായിക്കൂ"എല്ലാ കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകളും കാണുന്നതിന്. കാണുക
http://cutadapt.readthedocs.org/ മുഴുവൻ ഡോക്യുമെന്റേഷനായി.

ഓപ്ഷനുകൾ

--പതിപ്പ്
പ്രോഗ്രാമിന്റെ പതിപ്പ് നമ്പർ കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-f ഫോർമാറ്റ്, --ഫോർമാറ്റ്=ഫോർമാറ്റ്
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ്; ഒന്നുകിൽ 'fast', 'fastq' അല്ലെങ്കിൽ 'sra-fastq' ആകാം. എപ്പോൾ അവഗണിച്ചു
csfasta/qual ഫയലുകൾ വായിക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഫയൽ നാമ വിപുലീകരണത്തിൽ നിന്ന് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തുക).

അഡാപ്റ്ററുകൾ എങ്ങനെ കണ്ടെത്താം എന്നതിനെ സ്വാധീനിക്കുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ:

ഇനിപ്പറയുന്ന മൂന്ന് പരാമീറ്ററുകളിൽ ഓരോന്നും (-a, -b, -g) ഒന്നിലധികം തവണ ഉപയോഗിക്കാം കൂടാതെ
ഏത് കോമ്പിനേഷനിലും വ്യത്യസ്തമായ ഒരു കൂട്ടം അഡാപ്റ്ററുകൾക്കായി തിരയാൻ
തരങ്ങൾ. ഓരോ വായനയിൽ നിന്നും ഏറ്റവും മികച്ച പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അഡാപ്റ്റർ മാത്രമേ ട്രിം ചെയ്തിട്ടുള്ളൂ (എന്നാൽ കാണുക
--തവണ ഓപ്ഷൻ). നേരിട്ട് ഒരു അഡാപ്റ്റർ നൽകുന്നതിന് പകരം, നിങ്ങൾക്ക് എഴുതാം
ഫയൽ: FILE, അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസുകൾ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫയലിൽ നിന്ന് വായിക്കും (അത് ആയിരിക്കണം
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ).

-a അഡാപ്റ്റർ, --അഡാപ്റ്റർ=അഡാപ്റ്റർ
3' അവസാനം വരെ ബന്ധിപ്പിച്ച ഒരു അഡാപ്റ്ററിന്റെ സീക്വൻസ്. അഡാപ്റ്റർ തന്നെ ഒപ്പം
തുടർന്നുള്ള എന്തും ട്രിം ചെയ്യുന്നു. അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസ് '$' എന്നതിൽ അവസാനിക്കുകയാണെങ്കിൽ
അക്ഷരം, അഡാപ്റ്റർ വായനയുടെ അവസാനം വരെ നങ്കൂരമിട്ടിരിക്കുന്നു, അത് a ആണെങ്കിൽ മാത്രം കണ്ടെത്തും
വായിച്ചതിന്റെ പ്രത്യയം.

-g അഡാപ്റ്റർ, --മുന്നിൽ=അഡാപ്റ്റർ
5' അവസാനം വരെ ബന്ധിപ്പിച്ച ഒരു അഡാപ്റ്ററിന്റെ സീക്വൻസ്. അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസ് ആണെങ്കിൽ
'^' എന്ന അക്ഷരത്തിൽ ആരംഭിക്കുന്നു, അഡാപ്റ്റർ 'ആങ്കർ ചെയ്തിരിക്കുന്നു'. ആങ്കർ ചെയ്ത അഡാപ്റ്റർ നിർബന്ധമാണ്
വായനയുടെ 5' അറ്റത്ത് പൂർണ്ണമായി ദൃശ്യമാകും (ഇത് വായനയുടെ ഉപസർഗ്ഗമാണ്). എ
ആങ്കർ ചെയ്യാത്ത അഡാപ്റ്റർ 5' അറ്റത്ത് ഭാഗികമായി ദൃശ്യമാകാം, അല്ലെങ്കിൽ അത് അതിനുള്ളിൽ സംഭവിക്കാം
വായിച്ചു. ഒരു വായനയ്ക്കുള്ളിൽ ഇത് കണ്ടെത്തിയാൽ, അഡാപ്റ്ററിന് മുമ്പുള്ള ക്രമവും
ട്രിം ചെയ്തു. എല്ലാ സാഹചര്യങ്ങളിലും, അഡാപ്റ്റർ തന്നെ ട്രിം ചെയ്യുന്നു.

-b അഡാപ്റ്റർ, --എവിടെയും=അഡാപ്റ്റർ
5' അല്ലെങ്കിൽ 3' അവസാനം വരെ ബന്ധിപ്പിച്ച ഒരു അഡാപ്റ്ററിന്റെ സീക്വൻസ്. അഡാപ്റ്റർ ആണെങ്കിൽ
വായനയുടെ 3' അവസാനം ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്നതോ വായിക്കുന്നതിനോ ഉള്ളിൽ കണ്ടെത്തി, പെരുമാറ്റം ഇതാണ്
എന്നതിന് സമാനമാണ് -a ഓപ്ഷൻ. അഡാപ്റ്റർ 5' അവസാനം ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ (ആരംഭം
വായിക്കുക), അഡാപ്റ്ററുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന വായനയുടെ പ്രാരംഭ ഭാഗം ട്രിം ചെയ്തു, പക്ഷേ
തുടർന്നുള്ളതെല്ലാം സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു.

-e ERROR_RATE, --പിശക് നിരക്ക്=ERROR_RATE
അനുവദനീയമായ പരമാവധി പിശക് നിരക്ക് (പിശകുകളുടെ എണ്ണം. പൊരുത്തപ്പെടുത്തലിന്റെ ദൈർഘ്യം കൊണ്ട് ഹരിച്ചിരിക്കുന്നു
മേഖല) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.1)

--ഇൻഡലുകൾ ഇല്ല
വിന്യാസങ്ങളിൽ ഇൻഡലുകൾ അനുവദിക്കരുത് (പൊരുത്തക്കേടുകൾ മാത്രം അനുവദിക്കുക). നിലവിൽ മാത്രം
ആങ്കർ ചെയ്ത അഡാപ്റ്ററുകൾക്ക് പിന്തുണ നൽകുന്നു. (ഡിഫോൾട്ട്: പൊരുത്തക്കേടുകളും ഇൻഡലുകളും അനുവദിക്കുക)

-n COUNT, --തവണ=COUNT
പരമാവധി COUNT തവണ അഡാപ്റ്ററുകൾ നീക്കം ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കുക. ഒരു അഡാപ്റ്റർ ചേർക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒന്നിലധികം തവണ (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1).

-O നീളം, --ഓവർലാപ്പ്=LENGTH
കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ് ദൈർഘ്യം. റീഡും അഡാപ്റ്ററും തമ്മിലുള്ള ഓവർലാപ്പ് ചെറുതാണെങ്കിൽ
LENGTH-നേക്കാൾ, വായന പരിഷ്കരിച്ചിട്ടില്ല. ഇത് നമ്പർ കുറയ്ക്കുന്നു. പൂർണ്ണമായും ട്രിം ചെയ്ത അടിത്തറകൾ
ചെറിയ റാൻഡം അഡാപ്റ്റർ പൊരുത്തങ്ങൾ കാരണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 3).

--മാച്ച്-റീഡ്-വൈൽഡ്കാർഡുകൾ
റീഡുകളിൽ IUPAC വൈൽഡ്കാർഡുകൾ അനുവദിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്: ഫാൾസ്).

-N, --നോ-മാച്ച്-അഡാപ്റ്റർ-വൈൽഡ്കാർഡുകൾ
അഡാപ്റ്ററുകളിൽ IUPAC വൈൽഡ്കാർഡുകൾ വ്യാഖ്യാനിക്കരുത്.

പ്രോസസ്സ് ചെയ്ത വായനകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

--ഇസ്കാർഡ്-ട്രിംഡ്, --നിരസിക്കുക
ട്രിം ചെയ്യുന്നതിനുപകരം അഡാപ്റ്റർ അടങ്ങിയ വായനകൾ നിരസിക്കുക. കൂടാതെ ഉപയോഗിക്കുക -O in
ക്രമരഹിതമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന നിരവധി വായനകൾ വലിച്ചെറിയുന്നത് ഒഴിവാക്കുന്നതിന് വേണ്ടി!

--ഡിസ്കാർഡ്-ട്രിം ചെയ്യാത്തത്, --ട്രിംഡ്-മാത്രം
അഡാപ്റ്റർ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത വായനകൾ നിരസിക്കുക.

-m നീളം, --കുറഞ്ഞ നീളം=LENGTH
LENGTH-ൽ കുറവുള്ള ട്രിം ചെയ്ത റീഡുകൾ നിരസിക്കുക. വളരെ ചെറിയ വായനകൾ പോലും
അഡാപ്റ്റർ നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനു മുമ്പ് അത് ഉപേക്ഷിക്കപ്പെടും. കളർസ്പേസിൽ, ഒരു പ്രാരംഭ പ്രൈമർ അല്ല
കണക്കാക്കി (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0).

-M നീളം, --പരമാവധി നീളം=LENGTH
LENGTH-ൽ കൂടുതൽ നീളമുള്ള ട്രിം ചെയ്ത റീഡുകൾ നിരസിക്കുക. വളരെ ദൈർഘ്യമേറിയ വായനകൾ
അഡാപ്റ്റർ നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനു മുമ്പ് അത് ഉപേക്ഷിക്കപ്പെടും. കളർസ്പേസിൽ, ഒരു പ്രാരംഭ പ്രൈമർ അല്ല
കണക്കാക്കി (സ്ഥിരസ്ഥിതി: പരിധിയില്ല).

--നോ-ട്രിം
സാധാരണ പോലെ ഔട്ട്‌പുട്ട്/ട്രിം ചെയ്യാത്ത ഔട്ട്‌പുട്ടിലേക്ക് വായനകൾ പൊരുത്തപ്പെടുത്തുകയും റീഡയറക്‌ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുക, പക്ഷേ നീക്കം ചെയ്യരുത്
അഡാപ്റ്ററുകൾ.

--max-n=LENGTH
N ന്റെ പരമാവധി അനുപാതം ഒരു വായനയിൽ അനുവദനീയമാണ്. ഒരു സംഖ്യ <1 a ആയി കണക്കാക്കും
അനുപാതം, അതേസമയം ഒരു സംഖ്യ > 1 എന്നത് N കളുടെ പരമാവധി സംഖ്യയായി കണക്കാക്കും
അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.

--മാസ്ക്-അഡാപ്റ്റർ
അഡാപ്റ്ററുകൾ ട്രിം ചെയ്യുന്നതിനുപകരം 'N' പ്രതീകങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മാസ്ക് ചെയ്യുക.

ഔട്ട്‌പുട്ട് എവിടെ എത്തുന്നു എന്നതിനെ സ്വാധീനിക്കുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ:

--നിശബ്ദമായി
അവസാനം ഒരു റിപ്പോർട്ട് പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്.

-o ഫയൽ, --ഔട്ട്പുട്ട്=FILE
പരിഷ്കരിച്ച വായനകൾ ഫയലിലേക്ക് എഴുതുക. ഇൻപുട്ടിനെ ആശ്രയിച്ച് FASTQ അല്ലെങ്കിൽ FASTA ഫോർമാറ്റ് തിരഞ്ഞെടുത്തു.
സംഗ്രഹ റിപ്പോർട്ട് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് അയയ്ക്കുന്നു. demultiplex ചെയ്യാൻ FILE-ൽ '{name}' ഉപയോഗിക്കുക
ഒന്നിലധികം ഫയലുകളിലേക്ക് വായിക്കുന്നു. (ഡിഫോൾട്ട്: ട്രിം ചെയ്ത വായനകൾ സാധാരണ ഔട്ട്പുട്ടിൽ എഴുതിയിരിക്കുന്നു)

--info-file=FILE
ഓരോ വായനയെക്കുറിച്ചും അതിന്റെ അഡാപ്റ്റർ പൊരുത്തപ്പെടുന്നതിനെക്കുറിച്ചും FILE-ലേക്ക് വിവരങ്ങൾ എഴുതുക. കാണുക
ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനുള്ള ഡോക്യുമെന്റേഷൻ.

-r ഫയൽ, --rest-file=FILE
ഒരു വായനയുടെ മധ്യത്തിൽ അഡാപ്റ്റർ പൊരുത്തപ്പെടുമ്പോൾ, ബാക്കിയുള്ളവ എഴുതുക (അതിന് ശേഷം
അഡാപ്റ്റർ) ഫയലിലേക്ക്.

--വൈൽഡ്കാർഡ്-ഫയൽ=FILE
അഡാപ്റ്ററിന് വൈൽഡ്കാർഡ് ബേസുകൾ ('എൻ') ഉള്ളപ്പോൾ, വൈൽഡ്കാർഡുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അഡാപ്റ്റർ ബേസുകൾ എഴുതുക
FILE-ലേക്കുള്ള സ്ഥാനങ്ങൾ. വിന്യാസത്തിൽ ഇൻഡലുകൾ ഉള്ളപ്പോൾ, ഇത് പലപ്പോഴും ഉണ്ടാകില്ല
കൃത്യം.

--വളരെ ഹ്രസ്വ-ഔട്ട്‌പുട്ട്=FILE
വളരെ ചെറുതായ വായനകൾ എഴുതുക (നിർദിഷ്ട ദൈർഘ്യം അനുസരിച്ച് -m) ഫയലിലേക്ക്.
(ഡിഫോൾട്ട്: വായനകൾ നിരസിക്കുക)

--വളരെ നീളമുള്ള ഔട്ട്പുട്ട്=FILE
വളരെ ദൈർഘ്യമേറിയ വായനകൾ എഴുതുക (നിർദിഷ്ട ദൈർഘ്യം അനുസരിച്ച് -M) ഫയലിലേക്ക്.
(ഡിഫോൾട്ട്: വായനകൾ നിരസിക്കുക)

--untrimmed-output=FILE
FILE-ലേക്ക് അഡാപ്റ്റർ അടങ്ങിയിട്ടില്ലാത്ത വായനകൾ എഴുതുക. (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഒരേ ഫയലിലേക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട്
ട്രിം ചെയ്ത വായന പോലെ)

വായനകളിലെ അധിക പരിഷ്കാരങ്ങൾ:

-u നീളം, --കട്ട്=LENGTH
ഓരോ വായനയുടെയും തുടക്കത്തിൽ നിന്നോ അവസാനത്തിൽ നിന്നോ LENGTH ബേസുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക. LENGTH പോസിറ്റീവ് ആണെങ്കിൽ,
ഓരോ വായനയുടെയും തുടക്കത്തിൽ നിന്ന് അടിസ്ഥാനങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യപ്പെടും. LENGTH നെഗറ്റീവ് ആണെങ്കിൽ,
ഓരോ വായനയുടെയും അവസാനം മുതൽ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യപ്പെടും. എങ്കിൽ ഈ ഓപ്ഷൻ രണ്ടുതവണ വ്യക്തമാക്കാം
LENGTH-കൾക്ക് വ്യത്യസ്ത അടയാളങ്ങളുണ്ട്.

-q [5'കട്ട്ഓഫ്,]3'കട്ട്ഓഫ്, --ഗുണനിലവാരം-കട്ട്ഓഫ്=[5'കട്ട്ഓഫ്,]3'കട്ട്ഓഫ്
അഡാപ്റ്റർ നീക്കംചെയ്യുന്നതിന് മുമ്പ് റീഡുകളുടെ 5' കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ 3' അറ്റങ്ങളിൽ നിന്ന് നിലവാരം കുറഞ്ഞ ബേസ് ട്രിം ചെയ്യുക. എങ്കിൽ
ഒരു മൂല്യം നൽകിയിരിക്കുന്നു, 3' അവസാനം മാത്രം ട്രിം ചെയ്തിരിക്കുന്നു. രണ്ട് കോമയാൽ വേർതിരിച്ച കട്ട്ഓഫുകൾ ആണെങ്കിൽ
നൽകിയിരിക്കുന്നു, 5' അവസാനം ആദ്യ കട്ട്ഓഫ് ഉപയോഗിച്ച് ട്രിം ചെയ്യുന്നു, 3' അവസാനം രണ്ടാമത്തേത്. ദി
BWA ഉപയോഗിക്കുന്ന അൽഗോരിതം തന്നെയാണ് (ഡോക്യുമെന്റേഷൻ കാണുക). (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല
ട്രിമ്മിംഗ്)

--ക്വാളിറ്റി-ബേസ്=QUALITY_ബേസ്
ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യങ്ങൾ ascii (ഗുണനിലവാരം + QUALITY_BASE) ആയി എൻകോഡ് ചെയ്തിട്ടുണ്ടെന്ന് കരുതുക. ദി
ഡിഫോൾട്ട് (33) സാധാരണയായി ശരിയാണ്, ചില പതിപ്പുകൾ നിർമ്മിച്ച വായനകൾ ഒഴികെ
ഇല്ലുമിന പൈപ്പ്ലൈൻ, ഇവിടെ ഇത് 64 ആയി സജ്ജീകരിക്കണം. (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 33)

--ട്രിം-എൻ
വായനയുടെ അറ്റത്ത് ട്രിം എൻ.

-x പ്രിഫിക്സ്, --പ്രിഫിക്സ്=പ്രിഫിക്‌സ്
പേരുകൾ വായിക്കാൻ ഈ പ്രിഫിക്സ് ചേർക്കുക

-y സഫിക്സ്, --പ്രത്യയം=സഫിക്സ്
പേരുകൾ വായിക്കാൻ ഈ പ്രത്യയം ചേർക്കുക

--സ്ട്രിപ്പ്-സഫിക്സ്=STRIP_SUFFIX
വായിച്ച പേരുകളിൽ നിന്ന് ഈ പ്രത്യയം ഉണ്ടെങ്കിൽ നീക്കം ചെയ്യുക. പലതവണ നൽകാം.

-c, --കളർസ്പെയ്സ്
കളർസ്‌പേസ് മോഡ്: കണ്ടെത്തിയ അഡാപ്റ്ററിനോട് ചേർന്നുള്ള നിറവും ട്രിം ചെയ്യുക.

-d, --ഇരട്ട-എൻകോഡ്
കളർസ്‌പേസിലായിരിക്കുമ്പോൾ, നിറങ്ങൾ ഇരട്ട-എൻകോഡ് ചെയ്യുക (മാപ്പ് 0,1,2,3,4 മുതൽ A,C,G,T,N വരെ).

-t, --ട്രിം-പ്രൈമർ
കളർസ്‌പേസിലായിരിക്കുമ്പോൾ, പ്രൈമർ ബേസും ആദ്യ നിറവും ട്രിം ചെയ്യുക (ഇതാണ് പരിവർത്തനം
ആദ്യത്തെ ന്യൂക്ലിയോടൈഡിലേക്ക്)

--സ്ട്രിപ്പ്-എഫ്3
കളർസ്‌പേസിനായി: വായിച്ച പേരുകളുടെ _F3 പ്രത്യയം സ്ട്രിപ്പ് ചെയ്യുക

--maq, --bwa
MAQ-, BWA-അനുയോജ്യമായ കളർസ്പേസ് ഔട്ട്പുട്ട്. ഇത് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു -c, -d, -t, --സ്ട്രിപ്പ്-എഫ്3 ഒപ്പം
-y '/1'.

--നീളം-ടാഗ്=TAG
വായനയുടെ വിവരണ ഫീൽഡിൽ TAG എന്നതിന് ശേഷം ഒരു ദശാംശ സംഖ്യ തിരയുക.
ട്രിം ചെയ്ത വായനയുടെ ശരിയായ ദൈർഘ്യം ഉപയോഗിച്ച് ദശാംശ സംഖ്യ മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുക. വേണ്ടി
ഉദാഹരണത്തിന്, ഉപയോഗിക്കുക --നീളം-ടാഗ് 'നീളം=123' പോലുള്ള ഫീൽഡുകൾ ശരിയാക്കാൻ 'നീളം='.

--no-zero-cap
നെഗറ്റീവ് ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യങ്ങൾ പൂജ്യത്തിലേക്ക് മാറ്റരുത്. കളർസ്‌പേസ് ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങൾ -1
ഔട്ട്‌പുട്ട് FASTQ ഫയലിൽ സ്‌പെയ്‌സുകളായി ദൃശ്യമാകും. പല ഉപകരണങ്ങൾക്കും പ്രശ്നങ്ങൾ ഉള്ളതിനാൽ
അതോടൊപ്പം, കളർസ്‌പേസ് ഡാറ്റ ട്രിം ചെയ്യുമ്പോൾ നെഗറ്റീവ് ഗുണങ്ങൾ പൂജ്യമായി പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെടുന്നു.
നെഗറ്റീവ് ഗുണങ്ങൾ നിലനിർത്താൻ ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക.

-z, --പൂജ്യം
നെഗറ്റീവ് ഗുണമേന്മയുള്ള മൂല്യങ്ങൾ പൂജ്യത്തിലേക്ക് മാറ്റുക. എപ്പോൾ ഇത് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കും
-c/--കളർസ്പേസും പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിരിക്കുന്നു. ഇത് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കാൻ മുകളിലുള്ള ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക.

പെയർ-എൻഡ് ഓപ്ഷനുകൾ.:

ദി -A/-G/-B/-U ഓപ്ഷനുകൾ അവരുടെ പോലെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു -a/-b/-g/-u എതിരാളികൾ.

-A അഡാപ്റ്റർ
3' അഡാപ്റ്റർ ഒരു ജോഡിയിലെ രണ്ടാമത്തെ റീഡിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യണം.

-G അഡാപ്റ്റർ
5' അഡാപ്റ്റർ ഒരു ജോഡിയിലെ രണ്ടാമത്തെ റീഡിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യണം.

-B അഡാപ്റ്റർ
5'/3 അഡാപ്റ്റർ ഒരു ജോഡിയിലെ രണ്ടാമത്തെ റീഡിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യണം.

-U LENGTH
ഓരോ വായനയുടെയും തുടക്കത്തിലോ അവസാനത്തിലോ ഉള്ള LENGTH ബേസുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക (കാണുക --കട്ട്).

-p ഫയൽ, --ജോടി-ഔട്ട്പുട്ട്=FILE
FILE-ലേക്ക് ഒരു ജോടിയിൽ രണ്ടാമത് വായിക്കുക.

--untrimmed-paired-output=FILE
ആദ്യത്തേതിൽ ഒരു അഡാപ്റ്ററും കാണാത്തപ്പോൾ ഈ ഫയലിലേക്ക് ഒരു ജോടിയായി രണ്ടാമത്തെ വായന എഴുതുക
വായിച്ചു. ഈ ഓപ്ഷൻ ഒരുമിച്ച് ഉപയോഗിക്കുക --untrimmed-output പെയർഡെൻഡ് ട്രിം ചെയ്യുമ്പോൾ
വായിക്കുന്നു. (ഡിഫോൾട്ട്: ട്രിം ചെയ്ത റീഡുകളുടെ അതേ ഫയലിലേക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട്.)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് cutadapt3 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക