Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന കമാൻഡ് ഡെൽറ്റ ഫിൽട്ടറാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
delta-filter - ന്യൂക്മറിൽ നിന്നോ പ്രൊമറിൽ നിന്നോ ഒരു ഡെൽറ്റ അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ വായിച്ച് ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നു
വിന്യാസങ്ങൾ
സിനോപ്സിസ്
ഡെൽറ്റ-ഫിൽട്ടർ [ഓപ്ഷനുകൾ]
വിവരണം
-1 1 മുതൽ 1 വരെയുള്ള വിന്യാസം പുനഃക്രമീകരിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു (ഇതിന്റെ കവല -r ഒപ്പം -q വിന്യാസങ്ങൾ)
-g 1 മുതൽ 1 വരെയുള്ള ആഗോള വിന്യാസം പുനഃക്രമീകരിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നില്ല
-h സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
-i ഫ്ലോട്ട്
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ അലൈൻമെന്റ് ഐഡന്റിറ്റി [0, 100], ഡിഫോൾട്ട് 0 സജ്ജമാക്കുക
-l int ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിന്യാസ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുക, സ്ഥിരസ്ഥിതി 0
-m പുനഃക്രമീകരിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്ന ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ (യൂണിയൻ ഓഫ് -r ഒപ്പം -q വിന്യാസങ്ങൾ)
-q ഓരോ ചോദ്യത്തിന്റെയും ഓരോ സ്ഥാനവും റഫറൻസിലെ ഏറ്റവും മികച്ച ഹിറ്റിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്യുന്നു
റഫറൻസ് ഓവർലാപ്പുകൾ
-r ഓരോ റഫറൻസിന്റെയും ഓരോ സ്ഥാനവും അന്വേഷണത്തിലെ ഏറ്റവും മികച്ച ഹിറ്റിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്യുന്നു, ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
ചോദ്യം ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്നു
-u float ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിന്യാസം സജ്ജീകരിക്കുക, അതായത് ശതമാനം
തനതായ റഫറൻസും അന്വേഷണ ക്രമവും [0, 100], ഡിഫോൾട്ട് 0 എന്നിവയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന വിന്യാസം
-o ഫ്ലോട്ട്
ഇതിനായി പരമാവധി അലൈൻമെന്റ് ഓവർലാപ്പ് സജ്ജമാക്കുക -r ഒപ്പം -q എന്നതിന്റെ ശതമാനമായി ഓപ്ഷനുകൾ
വിന്യാസ ദൈർഘ്യം [0, 100], സ്ഥിരസ്ഥിതി 100
-v ഫിൽട്ടറുകൾ കടന്നുപോകുന്നവയ്ക്ക് പകരം ഉപേക്ഷിച്ച അലൈൻമെന്റുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
-b മാപ്‌സ് ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷനുകൾ (XOR of -r ഒപ്പം -q വിന്യാസങ്ങൾ, ഒന്നോ അല്ലെങ്കിൽ മറ്റൊന്നോ എന്നാൽ രണ്ടും അല്ല)
ന്യൂക്മറിൽ നിന്നോ പ്രോമറിൽ നിന്നോ ഒരു ഡെൽറ്റ അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ വായിക്കുകയും അലൈൻമെന്റുകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
കമാൻഡ്-ലൈൻ സ്വിച്ചുകളിൽ, ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്ന ആവശ്യമുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ മാത്രം അവശേഷിക്കുന്നു
ഇൻപുട്ടിന്റെ അതേ ഡെൽറ്റ ഫോർമാറ്റിൽ stdout. ഒന്നിലധികം സ്വിച്ചുകൾക്കായി, പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ ക്രമം
താഴെ കൊടുക്കുന്നു: -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. ഒരു വിന്യാസം മുൻ‌കൂട്ടി ഒഴിവാക്കിയാൽ
പ്രവർത്തനം, തുടർന്നുള്ള പ്രവർത്തനങ്ങൾ അത് അവഗണിക്കും.
തമ്മിലുള്ള ഒരു പ്രധാന വ്യത്യാസം -g ഓപ്ഷൻ കൂടാതെ -1 ഒപ്പം -m ഓപ്ഷനുകൾ അതാണ് -g
അലൈൻമെന്റുകൾ അവയുടെ ക്രമത്തിൽ പരസ്പരം സ്ഥിരത പുലർത്താൻ ആവശ്യപ്പെടുന്നു, അതേസമയം -1 ഒപ്പം -m
ഓപ്ഷനുകൾ പരസ്പരം സ്ഥിരതയുള്ളതായിരിക്കണമെന്നില്ല, അതിനാൽ ട്രാൻസ്‌ലോക്കേഷനുകൾ സഹിക്കണം,
വിപരീതങ്ങൾ മുതലായവ. പൊതു സന്ദർഭങ്ങളിൽ, the -m എന്നിരുന്നാലും, ഓപ്ഷൻ മികച്ച ചോയ്സ് ആണ് -1 കഴിയും
1-ടു-1 മാപ്പിംഗ് ആവശ്യമുള്ള SNP ഫൈൻഡിംഗ് പോലുള്ള ആപ്ലിക്കേഷനുകൾക്ക് അനുയോജ്യമാണ്. ഒടുവിൽ, വേണ്ടി
ഒരു റഫറൻസ് ജീനോമിലേക്ക് മാപ്പിംഗ് ക്വറി കോണ്ടിഗ്സ്, അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസിംഗ് റീഡുകൾ, ഉപയോഗിക്കുക -q. ദി
ഉപയോഗിച്ച് അച്ചടിച്ച തനിപ്പകർപ്പുകൾ -b ഓപ്ഷൻ ആകുന്നു -r ഒപ്പം -q നിലവിലില്ലാത്ത വിന്യാസങ്ങൾ
1 മുതൽ 1 വരെയുള്ള വിന്യാസം. ഈ വിന്യാസങ്ങളും തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസമാണ് -1 ഒപ്പം -m
വിന്യാസങ്ങൾ
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡെൽറ്റ-ഫിൽറ്റർ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
