Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് പ്രൊവൈഡറിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന കമാൻഡ് ഡൊമെയ്ൻസീ ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
domainsse - ഒരു DCF ഫയലിലേക്ക് ദ്വിതീയ ഘടന റെക്കോർഡുകൾ ചേർക്കുക.
സിനോപ്സിസ്
ഡൊമെയ്ൻസ് -dcfinfile infile -dccfdir ഡയറക്ടറി -dcfoutfile ഔട്ട്ഫിൽ -ലോഗ് ഫയൽ ഔട്ട്ഫിൽ
ഡൊമെയ്ൻസ് -ഹെൽപ്പ്
വിവരണം
ഡൊമെയ്ൻസ് EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ട്"). ഇത് "Utils:Database creation" കമാൻഡ് ഗ്രൂപ്പിന്റെ(കളുടെ) ഭാഗമാണ്.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
-dcfinfile infile
ഈ ഓപ്ഷൻ DCF ഫയലിന്റെ പേര് (ഡൊമെയ്ൻ ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ ഫയൽ) (ഇൻപുട്ട്) വ്യക്തമാക്കുന്നു. എ
'ഡൊമെയ്ൻ ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ ഫയലിൽ' നിന്നുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾക്കായുള്ള വർഗ്ഗീകരണവും മറ്റ് ഡാറ്റയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
SCOP അല്ലെങ്കിൽ CATH, DCF ഫോർമാറ്റിൽ (EMBL പോലെ). SCOPPARSE ഉപയോഗിച്ചാണ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത്
ഒപ്പം കാത്ത്പാർസും. ഉപയോഗിച്ച് ഡൊമെയ്ൻ സീക്വൻസ് വിവരങ്ങൾ ഫയലിലേക്ക് ചേർക്കാം
DOMAINSEQS.
-dccfdir ഡയറക്ടറി
ഈ ഓപ്ഷൻ ഡൊമെയ്ൻ CCF ഫയലിന്റെ സ്ഥാനം വ്യക്തമാക്കുന്നു (കോർഡിനേറ്റ് ഫയലുകൾ വൃത്തിയാക്കുക)
(ഇൻപുട്ട്). ഒരു 'ക്ലീൻ കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിൽ' പ്രോട്ടീൻ കോർഡിനേറ്റും എ എന്നതിനായുള്ള ഡാറ്റയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ഒരൊറ്റ PDB ഫയൽ ('പ്രോട്ടീൻ ക്ലീൻ കോർഡിനേറ്റ് ഫയൽ') അല്ലെങ്കിൽ SCOP അല്ലെങ്കിൽ CATH-ൽ നിന്നുള്ള ഒരൊറ്റ ഡൊമെയ്ൻ
('ഡൊമെയ്ൻ ക്ലീൻ കോർഡിനേറ്റ് ഫയൽ'), CCF ഫോർമാറ്റിൽ (EMBL പോലെ). ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിച്ചത്
PDBPARSE (PDB ഫയലുകൾ) അല്ലെങ്കിൽ DOMAINER (ഡൊമെയ്‌നുകൾ) ഉപയോഗിച്ച്, 'ക്ലീൻ-അപ്പ്' ഡാറ്റ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്വയം സ്ഥിരതയുള്ളതും തെറ്റ് തിരുത്തിയതും. അവശിഷ്ട ലായക പ്രവേശനക്ഷമതയുടെ രേഖകളും
PDBPLUS ഉപയോഗിച്ച് ഫയലിലേക്ക് ദ്വിതീയ ഘടന ചേർക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം: ./
ആവശ്യമായ വിഭാഗം
വിപുലമായ വിഭാഗം
ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
-dcfoutfile ഔട്ട്ഫിൽ
ഈ ഓപ്ഷൻ DCF ഫയലിന്റെ പേര് (ഡൊമെയ്ൻ ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ ഫയൽ) വ്യക്തമാക്കുന്നു
ദ്വിതീയ ഘടന രേഖകൾ (ഔട്ട്പുട്ട്). ഒരു 'ഡൊമെയ്ൻ ക്ലാസിഫിക്കേഷൻ ഫയൽ' അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
SCOP അല്ലെങ്കിൽ CATH-ൽ നിന്നുള്ള ഡൊമെയ്‌നുകൾക്കായുള്ള വർഗ്ഗീകരണവും മറ്റ് ഡാറ്റയും, DCF ഫോർമാറ്റിൽ
(EMBL പോലെ). SCOPPARSE, CATHPARSE എന്നിവ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത്. ഡൊമെയ്ൻ ക്രമം
DOMAINSEQS ഉപയോഗിച്ച് ഫയലിലേക്ക് വിവരങ്ങൾ ചേർക്കാവുന്നതാണ്.
-ലോഗ് ഫയൽ ഔട്ട്ഫിൽ
ഈ ഐച്ഛികം DOMAINSSE ലോഗ് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം: domainsse.log
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡൊമെയ്ൻസ്സീ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക