gbrowse - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

GBrowse2 - ജനറിക് ജീനോം ബ്രൗസർ

സിനോപ്സിസ്

libgbrowse-perl [-h]

ഇൻസ്റ്റലേഷൻ

സിസ്റ്റത്തിൽ Apache2 ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, URL-കളിലേക്ക് ലിങ്ക് ചെയ്യുന്നതിനായി സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ അത് കോൺഫിഗർ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
GBrowse ഡയറക്ടറികൾ. ഇത് കണക്കിലെടുക്കുന്നതിന് അപ്പാച്ചെ പുനരാരംഭിക്കേണ്ടതുണ്ട്.
കോൺഫിഗറേഷൻ /etc/gbrowse2/apache2.conf ഫയലിൽ ലഭ്യമാണ്.
മറ്റൊരു വെബ് സെർവർ ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ, url കൾ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നതിന് apache2 ടെംപ്ലേറ്റ് റഫർ ചെയ്യണം
അതേ തരത്തിലുള്ള.

ഡിപൻഡൻസികൾ

അധിക സവിശേഷതകൾ നൽകുന്നതിന് അധിക ഓപ്ഷണൽ perl ഡിപൻഡൻസികൾ നിലവിലുണ്ട്. ദയവായി പരിഗണിക്കു
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് INSTALL ഫയലിലെ ഓപ്ഷണൽ മൊഡ്യൂളുകളിലേക്ക്.

കോൺഫിഗറേഷൻ

gbrowse2 കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലുകൾ /etc/gbrowse-ൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു. പ്രധാന കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ ആണ്
GBrowse.conf. ആഗോള കോൺഫിഗറേഷൻ ഘടകങ്ങൾ ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. പ്രത്യേക കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലുകൾ
ഓരോ ഡാറ്റാ ബാങ്കിനും ഒരേ ഡയറക്ടറിയിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്നു. കൂടുതൽ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്, ഒന്ന് റഫർ ചെയ്യണം
ഡോക്യുമെന്റേഷൻ GBrowse ചെയ്യുക.
ഒരു യീസ്റ്റ് ജീനോം സാമ്പിൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് ഇൻസ്റ്റലേഷൻ നൽകിയിരിക്കുന്നത്.

വിവരണം

ജിബിബ്രൗസ് ലളിതവും എന്നാൽ ഉയർന്നതുമാണ്
ക്രമീകരിക്കാവുന്ന വെബ് അധിഷ്ഠിത ജീനോം ബ്രൗസർ. യുടെ ഒരു ഘടകമാണ്
ജനറിക് മോഡൽ ഓർഗാനിസം സിസ്റ്റംസ് ഡാറ്റാബേസ് പ്രോജക്റ്റ് (GMOD).
അതിന്റെ ചില സവിശേഷതകൾ:
* ഒരേസമയം പക്ഷിയുടെ കണ്ണും ജീനോമിന്റെ വിശദമായ കാഴ്ചകളും;
* സ്ക്രോൾ, സൂം, സെന്റർ;
* ഏതെങ്കിലും വ്യാഖ്യാനത്തിലേക്ക് അനിയന്ത്രിതമായ URL-കൾ അറ്റാച്ചുചെയ്യുക;
* ട്രാക്കുകളുടെ ക്രമവും രൂപവും അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റർക്ക് ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാവുന്നതാണ്
അന്തിമ ഉപയോക്താവ്;
* വ്യാഖ്യാന ഐഡി, പേര് അല്ലെങ്കിൽ കമന്റ് ഉപയോഗിച്ച് തിരയുക;
* GFF ഫോർമാറ്റുകൾ ഉപയോഗിച്ച് മൂന്നാം കക്ഷി വ്യാഖ്യാനത്തെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു;
* സെഷനുകളിലുടനീളം ക്രമീകരണങ്ങൾ നിലനിൽക്കുന്നു;
* ഡിഎൻഎ, ജിഎഫ്എഫ് ഡംപുകൾ;
* BioSQL, Chado എന്നിവയുൾപ്പെടെ വ്യത്യസ്ത ഡാറ്റാബേസുകളിലേക്കുള്ള കണക്റ്റിവിറ്റി;
* ബഹുഭാഷാ പിന്തുണ;
* മൂന്നാം കക്ഷി ഫീച്ചർ ലോഡിംഗ്;
* ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാവുന്ന പ്ലഗ്-ഇൻ ആർക്കിടെക്ചർ (ഉദാഹരണത്തിന്, BLAST റൺ ചെയ്യുക, ഡംപ് ചെയ്യുക, ഇറക്കുമതി ചെയ്യുക
ഫോർമാറ്റുകൾ, ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ കണ്ടെത്തുക, പ്രൈമറുകൾ രൂപകൽപ്പന ചെയ്യുക, നിയന്ത്രണ മാപ്പുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക,
സവിശേഷതകൾ എഡിറ്റ് ചെയ്യുക).

വെബ് പ്രവേശനം

GBrowse URL-ൽ ആക്‌സസ് ചെയ്യാവുന്നതാണ് http://localhost/gbrowse2

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gbrowse ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക