genome-music-bmr-calc-covg-helperp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

genome music bmr calc-covg-helper - ഓരോ ജീനിനും കവർ ചെയ്ത ബേസുകൾ കണക്കാക്കാൻ calcRoiCovg.c ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഒരു ട്യൂമർ-സാധാരണ ജോഡി BAM-കൾ.

പതിപ്പ്

ഈ ഡോക്യുമെന്റ് ജീനോം മ്യൂസിക് bmr calc-covg-helper പതിപ്പ് 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

സിനോപ്സിസ്

ജീനോം മ്യൂസിക് ബിഎംആർ calc-covg-helper --roi-file=? --reference-sequence=?
--normal-tumor-bam-pair=? [--output-file=?] [--output-dir=?] [--normal-min-depth=?]
[--tumor-min-depth=?] [--min-mapq=?]

പൊതു ഉപയോഗം:

... സംഗീതം bmr calc-covg-helper \
--normal-tumor-bam-pair "സാമ്പിൾ-നെയിം പാത്ത്/ടു/നോർമൽ_ബാം പാത്ത്/ടു/ട്യൂമർ_ബാം" \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--output-file output_file \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

ആവശ്യമാണ് വാദങ്ങൾ

roi-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
ROI-കളുടെ ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് [chr സ്റ്റാർട്ട് സ്റ്റോപ്പ് ജീൻ_നെയിം] (വിവരണം കാണുക)

റഫറൻസ്-സീക്വൻസ് ടെക്സ്റ്റ്
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലേക്കുള്ള പാത

സാധാരണ-ട്യൂമർ-ബാം-ജോഡി ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിൾ നാമമുള്ള ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ലൈൻ, സാധാരണ ബാം ഫയലിലേക്കുള്ള പാത, ട്യൂമർ ബാമിലേക്കുള്ള പാത
ഫയൽ (വിവരണം കാണുക)

കണ്ണന്റെ വാദങ്ങൾ

ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ പാത്ത്. ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ ഔട്ട്പുട്ട്-ഡയറക്‌ടറി എന്നിവ വ്യക്തമാക്കുക.

ഔട്ട്പുട്ട്-ദിയർ ടെക്സ്റ്റ്
ഔട്ട്പുട്ട് ഡയറക്ടറി പാത്ത്. ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ ഔട്ട്പുട്ട്-ഡയറക്‌ടറി എന്നിവ വ്യക്തമാക്കുക

സാധാരണ-മിനിറ്റ്-ആഴം പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഒരു സാധാരണ BAM ബേസ് കവർ ചെയ്തതായി കണക്കാക്കാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡ് ഡെപ്ത്

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '6'

ട്യൂമർ-മിനി-ആഴം പൂർണ്ണസംഖ്യ
ട്യൂമർ BAM ബേസ് കവർ ചെയ്തതായി കണക്കാക്കാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ റീഡ് ഡെപ്ത്

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '8'

min-mapq പൂർണ്ണസംഖ്യ
റീഡ് ഡെപ്ത് കൗണ്ടുകളിൽ പരിഗണിക്കേണ്ട റീഡുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ മാപ്പിംഗ് നിലവാരം

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം '20'

വിവരണം

തന്നിരിക്കുന്ന ഓരോ ജീനിന്റെയും ROI-കളിൽ മതിയായ കവറേജുള്ള അടിസ്ഥാനങ്ങളെ ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് കണക്കാക്കുന്നു
ട്യൂമർ-സാധാരണ BAM ഫയലുകളുടെ ജോഡി അവയെ തരംതിരിക്കുന്നു - AT, CG (നോൺ-സിപിജി), CpG
കണക്കാക്കുന്നു. ഇത് സാമ്പിളിലെ ഓരോ ജീനിന്റെയും എല്ലാ ROI-കളിലുടനീളമുള്ള ഈ അടിസ്ഥാന സംഖ്യകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു, പക്ഷേ
ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്ന ROI-കൾക്കുള്ളിൽ കിടക്കുന്ന കവർ ബേസുകൾ ഒന്നിലധികം തവണ കണക്കാക്കില്ല
ഈ മൊത്തം കണക്കുകൾ.

വാദങ്ങൾ

--roi-ഫയൽ
ഓരോ ജീനിന്റെയും താൽപ്പര്യമുള്ള മേഖലകൾ (ROIs) സാധാരണയായി ലക്ഷ്യമിടുന്ന പ്രദേശങ്ങളാണ്
2-ബിപി ഉള്ള ജീനുകളുടെ എക്സോൺ ലോക്കി (ഒന്നിലധികം ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകളിൽ നിന്ന്) ക്രമപ്പെടുത്തുന്നു അല്ലെങ്കിൽ ലയിപ്പിക്കുന്നു
പാർശ്വഭാഗങ്ങൾ (സ്പ്ലൈസ് ജംഗ്ഷനുകൾ). ഒരേ ക്രോമസോമിൽ നിന്നുള്ള ROI-കൾ അതിനോട് ചേർന്ന് ലിസ്റ്റ് ചെയ്യണം
ഈ ഫയലിൽ പരസ്പരം. ഇത് സി-അധിഷ്ഠിത കോഡ് കൂടുതൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു
കാര്യക്ഷമമായി ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്ന ROI-കളിൽ കാണുന്ന റീ-കൗണ്ടിംഗ് ബേസുകൾ ഒഴിവാക്കുക (മൊത്തം കവർ ചെയ്തതിന്
അടിസ്ഥാന എണ്ണങ്ങൾ). ഓരോ ജീനിന്റെ അടിസ്ഥാന എണ്ണത്തിനും, ഓരോ തവണയും ഓവർലാപ്പിംഗ് ബേസ് കണക്കാക്കും
അതേ ജീനിന്റെ ROI-ൽ ഇത് ദൃശ്യമാകുന്നു. ഇത് ഒഴിവാക്കാൻ, ഒന്നിച്ച് ലയിക്കുന്നത് ഉറപ്പാക്കുക
ഒരേ ജീനിന്റെ ഓവർലാപ്പിംഗ് ROI-കൾ. ഓരോ ജീനിനും ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ BEDtools' mergeBed സഹായിക്കും.
--റഫറൻസ്-സീക്വൻസ്
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലുള്ള റഫറൻസ് സീക്വൻസ്. ഒരു റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഇൻഡക്സ് കണ്ടെത്തിയില്ലെങ്കിൽ
ഈ ഫയലിന് അടുത്തായി (ഒരു .fai ഫയൽ), ഇത് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും.
--സാധാരണ-ട്യൂമർ-ബാം-ജോഡി
"സാമ്പിൾ-നെയിം പാത്ത്/ടു/നോർമൽ_ബാം പാത്ത്/ടു/ട്യൂമർ_ബാം"
--ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ
ഓരോ ROI കവർ ചെയ്യുന്ന അടിസ്ഥാന എണ്ണങ്ങൾ എഴുതപ്പെടുന്ന ഒരു ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് genome-music-bmr-calc-covg-helperp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക