ജനിതക-സംഗീതം-ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ജീനോം മ്യൂസിക് ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ - മ്യൂട്ടേറ്റഡ് ജീനുകൾക്ക് എതിരെയുള്ള ഫിനോടൈപ്പിക് സ്വഭാവവിശേഷങ്ങൾ, അല്ലെങ്കിൽ
വ്യക്തിഗത വകഭേദങ്ങൾക്കെതിരെ

പതിപ്പ്

ഈ ഡോക്യുമെന്റ് ജീനോം മ്യൂസിക് ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ പതിപ്പ് 0.04 (2016-01-01 at
23:10:18)

സിനോപ്സിസ്

ജീനോം മ്യൂസിക് ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ --ബാം-ലിസ്റ്റ്=? --output-file=? [--maf-file=?]
[--glm-clinical-data-file=?] [--use-maf-in-glm] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--clinical-correlation-matrix-file=?] [--input-clinical-correlation-matrix-file=?]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?] [--numerical-data-test-method=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-model-file=?]

... സംഗീത ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--output-file /path/output_file

... സംഗീത ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--output-file /path/output_file

... സംഗീത ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--output-file /path/output_file \
--glm-model-file /path/model.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/glm_clinical_data.tsv \
--use-maf-in-glm

ആവശ്യമാണ് വാദങ്ങൾ

ബാം-ലിസ്റ്റ് ടെക്സ്റ്റ്
BAM ഫയലുകളുടെ ടാബ് ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് [സാമ്പിൾ_നെയിം, നോർമൽ_ബാം, ട്യൂമർ_ബാം] (വിവരണം കാണുക)

ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ ടൂളിന്റെ ഫലങ്ങൾ. ഡാറ്റ തരത്തിന് പ്രത്യയം ചേർക്കും

കണ്ണന്റെ വാദങ്ങൾ

maf-file ടെക്സ്റ്റ്
TCGA MAF സ്പെസിഫിക്കേഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ലിസ്റ്റ് v2.3

glm-clinical-data-file ടെക്സ്റ്റ്
ക്ലിനിക്കൽ സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ, മ്യൂട്ടേഷണൽ പ്രൊഫൈലുകൾ, മറ്റ് മിക്സഡ് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ (വിവരണം കാണുക)

use-maf-in-glm ബൂളിയൻ
GLM വിശകലനത്തിലേക്കുള്ള വേരിയന്റ് ഇൻപുട്ടായി MAF ഫയലിൽ നിന്ന് ഒരു വേരിയന്റ് മാട്രിക്സ് സൃഷ്‌ടിക്കുക.

ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 'false' (--nouse-maf-in-glm) വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ

nouse-maf-in-glm ബൂളിയൻ
യൂസ്-മാഫ്-ഇൻ-ഗ്എൽഎം 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ഒഴിവാക്കുക-നോൺ-കോഡിംഗ് ബൂളിയൻ
നൽകിയിരിക്കുന്ന MAF ഫയലിൽ നിന്നുള്ള നോൺ-കോഡിംഗ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-non-coding ബൂളിയൻ
skip-non-coding 'false' ആക്കുക

ഒഴിവാക്കുക-നിശബ്ദത ബൂളിയൻ
നൽകിയ MAF ഫയലിൽ നിന്ന് നിശബ്ദ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഒഴിവാക്കുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ശരി'

noskip-Silent ബൂളിയൻ
ഒഴിവാക്കൽ-നിശബ്ദത 'തെറ്റ്' ആക്കുക

ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ-മാട്രിക്സ്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
കണക്കുകൂട്ടൽ സമയത്ത് സൃഷ്ടിച്ച സാമ്പിൾ-വേഴ്സസ്-ജീൻ മാട്രിക്സ് സംഭരിക്കുന്നതിന് ഒരു ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക

ഇൻപുട്ട്-ക്ലിനിക്കൽ-കോറിലേഷൻ-മാട്രിക്സ്-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
MAF-ൽ നിന്ന് ഇത് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുപകരം, സാമ്പിൾ-വേഴ്സസ്-ജീൻ മാട്രിക്സ് ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക
കണക്കുകൂട്ടലുകൾ

ജനിതക-ഡാറ്റ-തരം ടെക്സ്റ്റ്
ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റയെ "ജീൻ" അല്ലെങ്കിൽ "വേരിയന്റ്" ലെവൽ ഡാറ്റയുമായി ബന്ധപ്പെടുത്തുക

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'ജീൻ'

സംഖ്യാ-ക്ലിനിക്കൽ-ഡാറ്റ-ഫയൽ ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിളുകളുടെ പട്ടിക (y) വേഴ്സസ് ന്യൂമറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിഭാഗം (x)

സംഖ്യാ-ഡാറ്റ-ടെസ്റ്റ്-രീതി ടെക്സ്റ്റ്
ഒന്നുകിൽ പിയേഴ്സൺ കോറിലേഷനുള്ള 'കോർ' അല്ലെങ്കിൽ വിൽകോക്സൺ റാങ്ക്-സം ടെസ്റ്റിനുള്ള 'വിൽകോക്സ്'
സംഖ്യാ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ

വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ സ്ഥിര മൂല്യം 'cor'

categorical-clinical-data-file ടെക്സ്റ്റ്
സാമ്പിളുകളുടെ പട്ടിക (y) വേഴ്സസ് കാറ്റഗറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിഭാഗം (x)

glm-model-file ടെക്സ്റ്റ്
GLM-നുള്ള മോഡൽ തരം, റെസ്‌പോൺസ് വേരിയബിൾ, കോവേറിയന്റുകൾ മുതലായവയുടെ രൂപരേഖ നൽകുന്ന ഫയൽ
വിശകലനം. (വിവരണം കാണുക)

വിവരണം

ഈ കമാൻഡ് ക്ലിനിക്കൽ സ്വഭാവങ്ങളും മ്യൂട്ടേഷണൽ ഡാറ്റയുമായി ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. ഒന്നുകിൽ പ്രകടനം നടത്താം
ഒരു MAF-ൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്ന മ്യൂട്ടേഷനുകളും പ്രത്യേക പ്രതിഭാസവും തമ്മിലുള്ള പരസ്പര ബന്ധ വിശകലനം
സമാന സാമ്പിളുകൾക്കായി ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലുകളിൽ രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്ന സ്വഭാവസവിശേഷതകൾ, അല്ലെങ്കിൽ ഒരാൾക്ക് ഒരു സാമാന്യവൽക്കരണം പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയും
ഒരേ തരത്തിലുള്ള ഡാറ്റയിൽ ലീനിയർ മോഡൽ (GLM) വിശകലനം.

പരസ്പര ബന്ധത്തിനുള്ള ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലുകൾ സംഖ്യയ്ക്കും വർഗ്ഗത്തിനും ഇടയിൽ വേർതിരിക്കേണ്ടതാണ്
ഡാറ്റ ഈ കൺവെൻഷനുകൾ പാലിക്കണം:

· തലക്കെട്ടുകൾ ആവശ്യമാണ്

· ഓരോ ഫയലിലും കുറഞ്ഞത് 1 സാമ്പിൾ_ഐഡി കോളവും 1 ആട്രിബ്യൂട്ട് കോളവും ഉണ്ടായിരിക്കണം
ഫോർമാറ്റ് [sample_id clinical_data_attribute_1 clinical_data_attribute_2 ...]

· സാമ്പിൾ ഐഡി MAF-ൽ "Tumor_Sample_Barcode" എന്നതിന് കീഴിലുള്ള സാമ്പിൾ ഐഡിയുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം
ഈ സാമ്പിളിന്റെ മ്യൂട്ടേഷനുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതിന്.

തലക്കെട്ടുകളുടെ പ്രാധാന്യം ശ്രദ്ധിക്കുക: ഓരോ clinical_data_attribute-ന്റെയും തലക്കെട്ട്
MAF-ൽ നിന്നുള്ള മ്യൂട്ടേഷൻ ഡാറ്റയുമായുള്ള ബന്ധത്തെ സൂചിപ്പിക്കാൻ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിൽ ദൃശ്യമാകും.

ആന്തരികമായി, ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റ ഒരു R സ്ക്രിപ്റ്റിലേക്ക് നൽകപ്പെടുന്നു, അത് ഒരു പി-മൂല്യം പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
ഓരോ ജീനിലെയും (അല്ലെങ്കിൽ വേരിയന്റ്) മ്യൂട്ടേഷനുകൾ തമ്മിലുള്ള പരസ്പരബന്ധം കാണാനുള്ള സാധ്യത
കൂടാതെ ഓരോ ഫിനോടൈപ്പ് സ്വഭാവവും ക്രമരഹിതമാണ്. താഴ്ന്ന പി-മൂല്യങ്ങൾ താഴ്ന്ന ക്രമരഹിതമായ അല്ലെങ്കിൽ സാധ്യതയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
യഥാർത്ഥ പരസ്പര ബന്ധങ്ങൾ.

ഫലങ്ങൾ ഒരു സഫിക്‌സ് അനുബന്ധമായി നൽകിയിരിക്കുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ നാമത്തിലേക്ക് സംരക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു; ".numeric.csv"
സംഖ്യാ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റയിൽ നിന്നും ".categorical.csv" എന്നതിൽ നിന്നും ഉരുത്തിരിഞ്ഞ ഫലങ്ങൾക്കായി ചേർക്കും.
വിഭാഗീയ ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റയിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ ഫലങ്ങൾക്കായി ചേർക്കും. കൂടാതെ, ".glm.csv" ചെയ്യും
GLM ഫലങ്ങൾക്കായി ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമത്തിൽ ചേർക്കും.

GLM വിശകലനം ഒരു മിക്സഡ് ന്യൂമറിക്, കാറ്റഗറിക് ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയൽ സ്വീകരിക്കുന്നു, ഇൻപുട്ട് ഉപയോഗിച്ച്
പാരാമീറ്റർ --glm-clinical-data-file. GLM ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ വിവരിച്ച ഫോർമാറ്റുകൾക്ക് അനുസൃതമായിരിക്കണം
പരസ്പര ബന്ധമുള്ള ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റ ഫയലുകൾക്കായി മുകളിൽ. GLM-ന് ഉപയോക്താവ് a ഇൻപുട്ട് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്
--glm-model-file. ഈ ഫയലിന് നിർദ്ദിഷ്‌ട തലക്കെട്ടുകൾ ആവശ്യമാണ് കൂടാതെ വിശകലനം എന്തായിരിക്കണമെന്ന് നിർവചിക്കുന്നു
കൃത്യമായി നിർവഹിച്ചു. ഈ ഫയലിന് ആവശ്യമായ കൺവെൻഷനുകൾ ഇതാ:

· നിരകൾ ഇതുപോലെ ഓർഡർ ചെയ്യണം:

· [ analysis_type clinical_data_trait_name variant/gene_name covariates മെമ്മോ ]

· 'വിശകലനം_തരം' നിരയിൽ ഒന്നുകിൽ "Q" അടങ്ങിയിരിക്കണം, ഒരു അളവ് സ്വഭാവത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ
ബൈനറി സ്വഭാവത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന "B" പരിശോധിക്കപ്പെടും.

· 'clinical_data_trait_name' എന്നത് ഒരു ക്ലിനിക്കൽ ഡാറ്റാ സ്വഭാവത്തിന്റെ പേരാണ്.
--glm-clinical-data-file-ലെ തലക്കെട്ട്.

· 'variant/gene_name' എന്നത് ഒന്നോ അതിലധികമോ നിരകളുടെ പേരായിരിക്കാം
--glm-clinical-data-file, അല്ലെങ്കിൽ MAF-ൽ നിന്നുള്ള ഒന്നോ അതിലധികമോ മ്യൂട്ടേറ്റഡ് ജീൻ പേരുകളുടെ പേര്,
"|" കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു. ഈ കോളം ശൂന്യമായി ഇടുകയോ പകരം "NA" അടങ്ങുകയോ ആണെങ്കിൽ, ഓരോന്നും
വേരിയന്റ് മ്യൂട്ടേഷൻ മാട്രിക്സിൽ നിന്നുള്ള നിര (--use-maf-in-glm) അല്ലെങ്കിൽ പകരം
--glm-clinical-data-file തുടർച്ചയായി സ്വതന്ത്രമായി വേരിയന്റ് കോളമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിശകലനങ്ങൾ.

--glm-clinical-data-file-ൽ നിന്നുള്ള ഒന്നോ അതിലധികമോ നിരകളുടെ പേരുകളാണ് 'covariates',
"+" കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു.

· ഉപയോക്താവിന് ഉപയോഗപ്രദമെന്ന് കരുതുന്ന ഏതൊരു കുറിപ്പും 'മെമ്മോ' ആണ്. ഔട്ട്പുട്ട് ഡാറ്റയിൽ ഇത് പ്രിന്റ് ചെയ്യും
റഫറൻസിനായി ഫയൽ.

--glm-clinical-data-file, എന്നതിലേക്കുള്ള ഡാറ്റ ഇൻപുട്ട് മാത്രം ഉപയോഗിച്ച് GLM വിശകലനം നടത്താം.
മുകളിൽ വിവരിച്ചതുപോലെ, അല്ലെങ്കിൽ പകരം, MAF-ൽ നിന്നുള്ള മ്യൂട്ടേഷണൽ ഡാറ്റ ഉൾപ്പെടുത്തിയേക്കാം
മുകളിൽ വിവരിച്ചതുപോലെ GLM വിശകലനത്തിലെ വകഭേദങ്ങൾ. ഇതിനായി --use-maf-in-glm ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിക്കുക
വേരിയന്റ് ഡാറ്റയായി മാഫിൽ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ മ്യൂട്ടേഷൻ മാട്രിക്സ് ഉൾപ്പെടുത്തുക.

പരസ്പര ബന്ധത്തിനും GLM വിശകലനത്തിനുമുള്ള എല്ലാ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളും ടാബ്-വേർതിരിക്കപ്പെട്ടതായിരിക്കണം എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക.

വാദങ്ങൾ

--ബാം-ലിസ്റ്റ്
ഓരോന്നിനും സാമ്പിൾ പേരുകളും സാധാരണ/ട്യൂമർ BAM ലൊക്കേഷനുകളും അടങ്ങുന്ന ഒരു ഫയൽ നൽകുക. ഉപയോഗിക്കുക
ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ് [സാമ്പിൾ_നെയിം നോർമൽ_ബാം ട്യൂമർ_ബാം] ഓരോ വരിയിലും. ഈ ഉപകരണം മാത്രം
സാമ്പിൾ_നെയിം ആവശ്യമാണ്, അതിനാൽ മറ്റെല്ലാ കോളങ്ങളും ഒഴിവാക്കാനാകും. സാമ്പിൾ_നാമം ഇതായിരിക്കണം
MAF ഫയലിൽ ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്ന ട്യൂമർ സാമ്പിൾ പേരുകൾ പോലെ തന്നെ (16-ാം കോളം, ഹെഡറിനൊപ്പം
ട്യൂമർ_സാമ്പിൾ_ബാർകോഡ്).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് genome-music-clinical-correlationp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക