gmx-anaeig - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-anaeig - eigenvectors/സാധാരണ മോഡുകൾ വിശകലനം ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

gmx anaeig [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-v2 [<.trr/.cpt/...>]]
[-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-ഉദാ [<.xvg>]] [-ഇഗ്2 [<.xvg>]]
[-comp [<.xvg>]] [-rmsf [<.xvg>]] [-പ്രോജ് [<.xvg>]]
[-2 ദി [<.xvg>]] [-3 ദി [<.gro/.g96/...>]]
[- ഫിൽട്ട് [<.xtc/.trr/...>]] [-അധിക [<.xtc/.trr/...>]]
[- കഴിഞ്ഞു [<.xvg>]] [-inpr [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- നിങ്ങൾ ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ]
[-ആദ്യം ] [-അവസാനത്തെ ] [-ഒഴിവാക്കുക ] [-പരമാവധി ]
[-nframes ] [-[ഇല്ല]വിഭജനം] [-[ഇല്ല]എൻട്രോപ്പി]
[-താപനില ] [-നെവ്സ്കിപ്പ് ]

വിവരണം

gmx അനേഗ് ഈജൻ വെക്ടറുകളെ വിശകലനം ചെയ്യുന്നു. ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഒരു കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്‌സ് ആകാം (gmx
covar) അല്ലെങ്കിൽ ഒരു സാധാരണ മോഡ് വിശകലനം (gmx nmeig).

ഈജൻ വെക്‌ടറുകളിൽ ഒരു പാത പ്രക്ഷേപണം ചെയ്യുമ്പോൾ, എല്ലാ ഘടനകളും ഘടനയിൽ ഘടിപ്പിക്കപ്പെടുന്നു.
eigenvector ഫയലിൽ, ഉണ്ടെങ്കിൽ, അല്ലാത്തപക്ഷം ഘടന ഫയലിലെ ഘടനയിലേക്ക്.
റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയലൊന്നും നൽകാത്തപ്പോൾ, ആനുകാലികത കണക്കിലെടുക്കില്ല. മിക്കതും
ഈജൻ വെക്റ്ററുകളിൽ വിശകലനം നടത്തുന്നു -ആദ്യം ലേക്ക് -അവസാനത്തെ, പക്ഷെ എപ്പോള് -ആദ്യം നിങ്ങൾ -1 ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ആവശ്യപ്പെടും.

-comp: ഈജൻ വെക്ടറുകളുടെ ഓരോ ആറ്റത്തിനും വെക്റ്റർ ഘടകങ്ങൾ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുക -ആദ്യം ലേക്ക് -അവസാനത്തെ.

-rmsf: ഈജൻ വെക്റ്ററുകളുടെ ഓരോ ആറ്റത്തിനും RMS ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുക -ആദ്യം ലേക്ക് -അവസാനത്തെ (ആവശ്യമാണ് -ഉദാ).

-പ്രോജ്: ഈജൻ വെക്റ്ററുകളിൽ ഒരു പാതയുടെ പ്രൊജക്ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക -ആദ്യം ലേക്ക് -അവസാനത്തെ. ദി
അതിന്റെ കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സിന്റെ ഈജൻ വെക്റ്ററുകളിലെ ഒരു പാതയുടെ പ്രൊജക്ഷനുകളെ വിളിക്കുന്നു
പ്രധാന ഘടകങ്ങൾ (പിസികൾ). കമ്പ്യൂട്ടറിന്റെ കോസൈൻ ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുന്നത് പലപ്പോഴും ഉപയോഗപ്രദമാണ്,
റാൻഡം ഡിഫ്യൂഷന്റെ പിസികൾ പകുതിക്ക് തുല്യമായ പിരീഡുകളുടെ എണ്ണമുള്ള കോസൈനുകളാണ്
പിസി സൂചിക. പിസിയുടെ കോസൈൻ ഉള്ളടക്കം പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കാം gmx
വിശകലനം ചെയ്യുക.

-2 ദി: ഈജൻ വെക്‌ടറുകളിൽ ഒരു പാതയുടെ 2ഡി പ്രൊജക്ഷൻ കണക്കാക്കുക -ആദ്യം ഒപ്പം -അവസാനത്തെ.

-3 ദി: തിരഞ്ഞെടുത്ത ആദ്യത്തെ മൂന്ന് ഐജൻ വെക്‌ടറുകളിൽ ഒരു ട്രാക്‌റ്ററിയുടെ 3d പ്രൊജക്ഷൻ കണക്കാക്കുക.

- ഫിൽട്ട്: eigenvectors സഹിതം ചലനം മാത്രം കാണിക്കാൻ പാത ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക -ആദ്യം ലേക്ക് -അവസാനത്തെ.

-അധിക: ശരാശരി ഘടനയിൽ ഒരു പാതയിലൂടെയുള്ള രണ്ട് എക്സ്ട്രീം പ്രൊജക്ഷനുകൾ കണക്കാക്കുക
ഇന്റർപോളേറ്റ് ചെയ്യുക -nframes അവയ്ക്കിടയിലുള്ള ഫ്രെയിമുകൾ, അല്ലെങ്കിൽ നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം അതിരുകൾ സജ്ജമാക്കുക -പരമാവധി. ദി
ഈജൻ വെക്റ്റർ -ആദ്യം അല്ലാതെ എഴുതപ്പെടും -ആദ്യം ഒപ്പം -അവസാനത്തെ വ്യക്തമായി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
ഏത് സാഹചര്യത്തിലാണ് എല്ലാ ഐജൻ വെക്‌ടറുകളും പ്രത്യേക ഫയലുകളിലേക്ക് എഴുതുന്നത്. ചെയിൻ ഐഡന്റിഫയറുകൾ ആയിരിക്കും
എ എഴുതുമ്പോൾ ചേർത്തു .പിഡിബി രണ്ടോ മൂന്നോ ഘടനകളുള്ള ഫയൽ (നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാം റാസ്മോൾ -എൻഎംആർപിഡിബി ലേക്ക്
അത്തരമൊരു കാഴ്ച .പിഡിബി ഫയൽ).

ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുക കണക്കുകൂട്ടലുകൾ തമ്മിലുള്ള കോവിയറൻസ് വിശകലനം
കുറിപ്പ്: വിശകലനം ഒരേ അനുയോജ്യമായ ഘടന ഉപയോഗിക്കണം

- കഴിഞ്ഞു: ഫയലിലെ ഈജൻ വെക്‌ടറുകളുടെ സബ്‌സ്‌പേസ് ഓവർലാപ്പ് കണക്കാക്കുക -v2 ഈജൻ വെക്ടറുകൾക്കൊപ്പം
-ആദ്യം ലേക്ക് -അവസാനത്തെ ഫയലിൽ -v.

-inpr: ഫയലുകളിലെ ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾക്കിടയിലുള്ള ആന്തരിക-ഉൽപ്പന്നങ്ങളുടെ ഒരു മാട്രിക്സ് കണക്കാക്കുക -v ഒപ്പം -v2. എല്ലാം
അല്ലാതെ രണ്ട് ഫയലുകളുടെയും eigenvectors ഉപയോഗിക്കും -ആദ്യം ഒപ്പം -അവസാനത്തെ വ്യക്തമായി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.

എപ്പോൾ -v, -ഉദാ, -v2 ഒപ്പം -ഇഗ്2 നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഇവയ്‌ക്കിടയിലുള്ള ഓവർലാപ്പിനുള്ള ഒരൊറ്റ സംഖ്യ
covariance matrices ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു. സൂത്രവാക്യങ്ങൾ ഇവയാണ്:

വ്യത്യാസം = sqrt(tr((sqrt(M1) - sqrt(M2))^2))
നോർമലൈസ്ഡ് ഓവർലാപ്പ് = 1 - വ്യത്യാസം/sqrt(tr(M1) + tr(M2))
ആകൃതി ഓവർലാപ്പ് = 1 - sqrt(tr((sqrt(M1/tr(M1))) - sqrt(M2/tr(M2))^2))

ഇവിടെ M1 ഉം M2 ഉം രണ്ട് കോവേറിയൻസ് മെട്രിക്സുകളും tr എന്നത് ഒരു മാട്രിക്സിന്റെ അടയാളവുമാണ്. ദി
സംഖ്യകൾ ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകളുടെ വർഗ്ഗമൂലത്തിന്റെ ഓവർലാപ്പിന് ആനുപാതികമാണ്. ദി
നോർമലൈസ്ഡ് ഓവർലാപ്പ് ആണ് ഏറ്റവും ഉപയോഗപ്രദമായ സംഖ്യ, സമാന മെട്രിക്സുകൾക്ക് ഇത് 1 ഉം എപ്പോൾ 0 ഉം ആണ്
സാമ്പിൾ ചെയ്ത ഉപസ്ഥലങ്ങൾ ഓർത്തോഗണൽ ആണ്.

എപ്പോഴാണ് - എൻട്രോപ്പി പതാകയ്ക്ക് ഒരു എൻട്രോപ്പി എസ്റ്റിമേറ്റ് നൽകിയിട്ടുണ്ട് അതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി കണക്കാക്കും
ക്വാസിഹാർമോണിക് സമീപനവും ഷ്ലിറ്ററിന്റെ ഫോർമുലയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയും.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി

-v2 [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec2.trr) (ഓപ്ഷണൽ)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ഓപ്ഷണൽ)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

-ഉദാ [<.xvg>] (eigenval.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഇഗ്2 [<.xvg>] (eigenval2.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-comp [<.xvg>] (eigcomp.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-rmsf [<.xvg>] (eigrmsf.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-പ്രോജ് [<.xvg>] (proj.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-2 ദി [<.xvg>] (2dproj.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-3 ദി [<.gro/.g96/...>] (3dproj.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp

- ഫിൽട്ട് [<.xtc/.trr/...>] (filtered.xtc) (ഓപ്ഷണൽ)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-അധിക [<.xtc/.trr/...>] (extreme.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

- കഴിഞ്ഞു [<.xvg>] (overlap.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-inpr [<.xpm>] (inprod.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

- നിങ്ങൾ (സങ്കീ)
സമയ മൂല്യങ്ങൾക്കുള്ള യൂണിറ്റ്: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-ആദ്യം (1)
വിശകലനത്തിനുള്ള ആദ്യത്തെ ഈജൻ വെക്റ്റർ (-1 തിരഞ്ഞെടുത്തതാണ്)

-അവസാനത്തെ (-ക്സനുമ്ക്സ)
വിശകലനത്തിനുള്ള അവസാന ഐജൻ വെക്റ്റർ (-1 അവസാനം വരെ)

-ഒഴിവാക്കുക (1)
ഓരോ nr-th ഫ്രെയിമും മാത്രം വിശകലനം ചെയ്യുക

-പരമാവധി (0)
ശരാശരി ഘടനയിൽ ഈജൻ വെക്‌ടറിന്റെ പ്രൊജക്ഷനുള്ള പരമാവധി, max=0 നൽകുന്നു
അറ്റു

-nframes (2)
എക്സ്ട്രീം ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം

-[ഇല്ല]വിഭജനം (അല്ല)
സമയം പൂജ്യമാകുന്നിടത്ത് ഈജൻ വെക്റ്റർ പ്രൊജക്ഷനുകൾ വിഭജിക്കുക

-[ഇല്ല]എൻട്രോപ്പി (അല്ല)
ക്വാസിഹാർമോണിക് ഫോർമുല അല്ലെങ്കിൽ ഷ്ലിറ്ററിന്റെ രീതി അനുസരിച്ച് എൻട്രോപ്പി കണക്കാക്കുക.

-താപനില (298.15)
എൻട്രോപ്പി കണക്കുകൂട്ടലുകൾക്കുള്ള താപനില

-നെവ്സ്കിപ്പ് (6)
ക്വാസി ഹാർമോണിക് കാരണം എൻട്രോപ്പി കണക്കാക്കുമ്പോൾ ഒഴിവാക്കേണ്ട ഈജൻ മൂല്യങ്ങളുടെ എണ്ണം
ഏകദേശ കണക്ക്. നിങ്ങൾ ഒരു റൊട്ടേഷണൽ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ വിവർത്തന ഫിറ്റ് ചെയ്യുമ്പോൾ
സഹവർത്തിത്വ വിശകലനം, പൂജ്യത്തോട് വളരെ അടുത്ത് വരുന്ന 3 അല്ലെങ്കിൽ 6 ഈജൻ മൂല്യങ്ങൾ നിങ്ങൾക്ക് ലഭിക്കും, കൂടാതെ
എൻട്രോപ്പി കണക്കാക്കുമ്പോൾ കണക്കിലെടുക്കേണ്ടതില്ല.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-anaeig ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക