gmx-densmap - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-densmap - 2D പ്ലാനർ അല്ലെങ്കിൽ ആക്സിയൽ-റേഡിയൽ ഡെൻസിറ്റി മാപ്പുകൾ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx ഡെൻസ്മാപ്പ് [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ഒ.ഡി [<.dat>]] [-o [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-ബിൻ ] [-എവർ ]
[-xmin ] [-എക്സ്മാക്സ് ] [-n1 ] [-n2 ]
[-അമാക്സ് ] [-rmax ] [-[ഇല്ല] കണ്ണാടി] [-[ഇല്ല] തുകകൾ]
[-യൂണിറ്റ് ] [-dmin ] [-dmax ]

വിവരണം

gmx ഡെൻസ്മാപ്പ് 2D നമ്പർ-ഡെൻസിറ്റി മാപ്പുകൾ കണക്കാക്കുന്നു. ഇതിന് പ്ലാനറും അക്ഷീയ-റേഡിയൽ സാന്ദ്രതയും ഉണ്ടാക്കാൻ കഴിയും
ഭൂപടങ്ങൾ. ഔട്ട്പുട്ട് .xpm ഉദാഹരണത്തിന് xv ഉപയോഗിച്ച് ഫയൽ ദൃശ്യവത്കരിക്കാനും പരിവർത്തനം ചെയ്യാനും കഴിയും
കൂടെ പോസ്റ്റ്സ്ക്രിപ്റ്റ് xpm2ps. ഓപ്ഷണലായി, ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു ടെക്സ്റ്റ് രൂപത്തിൽ ആകാം .ഡാറ്റ് ഉള്ള ഫയൽ -ഒ.ഡി,
പതിവിനു പകരം .xpm ഉള്ള ഫയൽ -o.

xy-യിലെ തിരഞ്ഞെടുത്ത ഒരു കൂട്ടം ആറ്റങ്ങൾക്കുള്ള 2-D നമ്പർ-ഡെൻസിറ്റി മാപ്പാണ് ഡിഫോൾട്ട് വിശകലനം.
വിമാനം. ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ശരാശരി ദിശ മാറ്റാവുന്നതാണ് -എവർ. എപ്പോൾ -xmin ഒപ്പം / അല്ലെങ്കിൽ
-എക്സ്മാക്സ് ശരാശരി ദിശയിലുള്ള പരിധി(കൾ)ക്കുള്ളിലുള്ള ആറ്റങ്ങൾ മാത്രമേ എടുക്കൂ
അക്കൗണ്ടിലേക്ക്. ഗ്രിഡ് സ്‌പെയ്‌സിംഗ് ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു -ബിൻ. എപ്പോൾ -n1 or -n2 പൂജ്യമല്ല,
ഗ്രിഡ് വലുപ്പം ഈ ഓപ്‌ഷനിലൂടെ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു. ബോക്‌സ് വലുപ്പത്തിലുള്ള ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ ശരിയായി എടുക്കുന്നു
അക്കൗണ്ട്.

എപ്പോൾ ഓപ്ഷനുകൾ -അമാക്സ് ഒപ്പം -rmax സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, ഒരു അക്ഷീയ-റേഡിയൽ നമ്പർ-ഡെൻസിറ്റി മാപ്പ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നു. മൂന്ന്
ഗ്രൂപ്പുകൾ നൽകണം, ആദ്യത്തെ രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകളുടെ പിണ്ഡത്തിന്റെ കേന്ദ്രങ്ങൾ അക്ഷത്തെ നിർവചിക്കുന്നു,
മൂന്നാമത്തേത് വിശകലന ഗ്രൂപ്പിനെ നിർവചിക്കുന്നു. അക്ഷീയ ദിശ -amax-ൽ നിന്ന് +amax-ലേക്ക് പോകുന്നു, എവിടെ
പിണ്ഡത്തിന്റെയും പോസിറ്റീവിന്റെയും കേന്ദ്രങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള മധ്യബിന്ദുവായി കേന്ദ്രത്തെ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു
ദിശ ആദ്യം മുതൽ പിണ്ഡത്തിന്റെ രണ്ടാമത്തെ കേന്ദ്രത്തിലേക്ക് പോകുന്നു. റേഡിയൽ ദിശ പോകുന്നു
0 മുതൽ rmax ലേക്ക് അല്ലെങ്കിൽ -rmax ൽ നിന്ന് +rmax ലേക്ക് -കണ്ണാടി ഓപ്ഷൻ സജ്ജമാക്കി.

ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ നോർമലൈസേഷൻ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു -യൂണിറ്റ് ഓപ്ഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി ഒരു ട്രൂ ഉണ്ടാക്കുന്നു
സംഖ്യ സാന്ദ്രത. യൂണിറ്റ് nm-2 ശരാശരി അല്ലെങ്കിൽ കോണാകൃതിയിലുള്ള നോർമലൈസേഷൻ ഉപേക്ഷിക്കുന്നു
സംവിധാനം. ഓപ്ഷൻ എണ്ണുക ഓരോ ഗ്രിഡ് സെല്ലിന്റെയും എണ്ണം നിർമ്മിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമില്ലാത്തപ്പോൾ
പൂജ്യത്തിൽ നിന്ന് പരമാവധി സാന്ദ്രതയിലേക്ക് പോകാൻ ഔട്ട്പുട്ടിലെ സ്കെയിൽ, നിങ്ങൾക്ക് പരമാവധി ഉപയോഗിച്ച് സജ്ജീകരിക്കാം
ഓപ്ഷൻ -dmax.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-ഒ.ഡി [<.dat>] (densmap.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ

-o [<.xpm>] (densmap.xpm)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-ബിൻ (0.02)
ഗ്രിഡ് വലുപ്പം (nm)

-എവർ (z)
ശരാശരിയിലേക്കുള്ള ദിശ: z, y, x

-xmin (-ക്സനുമ്ക്സ)
ശരാശരിക്കായുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോർഡിനേറ്റ്

-എക്സ്മാക്സ് (-ക്സനുമ്ക്സ)
ശരാശരിക്കായുള്ള പരമാവധി കോർഡിനേറ്റ്

-n1 (0)
ആദ്യ ദിശയിലുള്ള ഗ്രിഡ് സെല്ലുകളുടെ എണ്ണം

-n2 (0)
രണ്ടാമത്തെ ദിശയിലുള്ള ഗ്രിഡ് സെല്ലുകളുടെ എണ്ണം

-അമാക്സ് (0)
കേന്ദ്രത്തിൽ നിന്നുള്ള പരമാവധി അച്ചുതണ്ട് ദൂരം

-rmax (0)
പരമാവധി റേഡിയൽ ദൂരം

-[ഇല്ല] കണ്ണാടി (അല്ല)
അക്ഷീയ അക്ഷത്തിന് താഴെയുള്ള മിറർ ഇമേജ് ചേർക്കുക

-[ഇല്ല] തുകകൾ (അല്ല)
stdout-ലേക്ക് സാന്ദ്രത തുകകൾ (1D മാപ്പ്) അച്ചടിക്കുക

-യൂണിറ്റ് (nm-3)
ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള യൂണിറ്റ്: nm-3, nm-2, കൗണ്ട്

-dmin (0)
ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സാന്ദ്രത

-dmax (0)
ഔട്ട്‌പുട്ടിലെ പരമാവധി സാന്ദ്രത (0 എന്നാൽ ഇത് കണക്കാക്കുക)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-densmap ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക