go2obop - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - പരിവർത്തന ഉപകരണവും അതിന്റെ റാപ്പറുകളും

സിനോപ്സിസ്

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology/gene_ontology.obo

വിവരണം

ഏതെങ്കിലും GO/OBO ശൈലിയിലുള്ള ഓന്റോളജി ഫയലുകൾ പാഴ്‌സ് ചെയ്യുകയും മറ്റൊരു ഫോർമാറ്റായി എഴുതുകയും ചെയ്യുന്നു

വാദങ്ങൾ
-e പിശക്

XML-ൽ പാഴ്‌സ് പിശകുകൾ എഴുതുന്നു - STDERR-ലേക്ക് സ്ഥിരസ്ഥിതികൾ (കിണറ്റിൽ പാഴ്‌സ് പിശകുകൾ ഉണ്ടാകരുത്
രൂപീകരിച്ച ഫയലുകൾ)

-p ഫോർമാറ്റ്

ഏത് പാഴ്സർ ഉപയോഗിക്കണമെന്ന് നിർണ്ണയിക്കുന്നു; വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ഫയലിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒരു ഊഹം ഉണ്ടാക്കും
പ്രത്യയം. ഫോർമാറ്റുകൾക്കായി താഴെ കാണുക

-w|എഴുത്തുകാരൻ ഫോർമാറ്റ്

ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ഫോർമാറ്റ് - ലിസ്റ്റിനായി താഴെ കാണുക

-|xslt XSLT

ഒരു XSLT രൂപാന്തരത്തിന്റെ പേര് അല്ലെങ്കിൽ ഫയൽ നാമം

ഇത് ഒന്നുകിൽ ഫയൽസിസ്റ്റത്തിൽ എവിടെയും ഒരു ഫയലിലേക്കുള്ള ഒരു സമ്പൂർണ്ണ പാതയായിരിക്കാം, അല്ലെങ്കിൽ അതിന് കഴിയും
xslt-ന്റെ പേര്; ഉദാ

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

പേര് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ആദ്യം $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl തിരയപ്പെടും; എങ്കിൽ
GO_ROOT സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ല, തുടർന്ന് GO ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിരിക്കുന്ന perl മൊഡ്യൂളുകൾ തിരയപ്പെടും (
നിങ്ങൾ സാധാരണ ഇൻസ്റ്റാളേഷൻ പ്രക്രിയ പിന്തുടരുകയാണെങ്കിൽ xslts ഇവിടെ യാന്ത്രികമായി ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യപ്പെടും)

-ഉപയോഗ_കാഷെ
ഈ സ്വിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, കാഷിംഗ് മോഡ് ഓണാണ്.

കാഷിംഗ് മോഡ് ഉപയോഗിച്ച്, നിങ്ങൾ ആദ്യമായി ഒരു ഫയൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ഒരു അധിക ഫയൽ ആയിരിക്കും
വേഗത്തിൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യാൻ കഴിയുന്ന ഒരു പ്രത്യേക ഫോർമാറ്റിൽ കയറ്റുമതി ചെയ്യുന്നു. ഈ ഫയലിന് ഒരേ ഫയൽനാമം ഉണ്ടായിരിക്കും
യഥാർത്ഥ ഫയലായി, ".cache" സഫിക്സ് ഉണ്ടായിരിക്കും.

അടുത്ത തവണ നിങ്ങൾ ഫയൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ഈ പ്രോഗ്രാം സ്വയമേവ അസ്തിത്വത്തിനായി പരിശോധിക്കും
".cache" ഫയലിന്റെ. ഇത് നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കിയ ഫയലിനേക്കാൾ ഏറ്റവും പുതിയതാണെങ്കിൽ, ഇത്
പകരം പാഴ്‌സ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു. അത് നിലവിലില്ലെങ്കിൽ, അത് പുനർനിർമ്മിക്കുന്നു.

ഇത് ബിയുടെ വേഗത മെച്ചപ്പെടുത്തും താഴെയുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകളുടെ (ഉദാ
പാതലിസ്റ്റ്). മിക്ക ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകളും ഇവന്റ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പാഴ്‌സിംഗ് ഉപയോഗിച്ചാണ് പ്രവർത്തിക്കുന്നത്, അതിനാൽ ഒബ്‌ജക്റ്റ് കാഷെ ചെയ്യുന്നത് കൊണ്ടുവരുന്നു
ഒരു പ്രയോജനവുമില്ല, കാഷെ ബൈപാസ് ചെയ്യുന്നതിനേക്കാൾ വേഗത കുറവാണ്

ഫോർമാറ്റുകൾ
എഴുതാവുന്ന ഫോർമാറ്റുകളാണ്

പോകുക
".ontology" എന്ന പ്രത്യയമുള്ള ഫയലുകൾ

ഇവ ഓന്റോളജി ഡിഎജികൾ സംഭരിക്കുന്നു

go_def
".defs" എന്ന പ്രത്യയം ഉള്ള ഫയലുകൾ

go_xref
GO നിബന്ധനകൾക്കായുള്ള ബാഹ്യ ഡാറ്റാബേസ് റഫറൻസുകൾ

"2go" എന്ന പ്രത്യയം ഉള്ള ഫയലുകൾ (ഉദാ. ec2go, metacyc2go)

go_assoc
GO ഉപയോഗിക്കുന്ന ജീനുകളുടെയോ ജീൻ ഉൽപ്പന്നങ്ങളുടെയോ വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ

"ജീൻ-അസോസിയേഷൻ" എന്ന പ്രിഫിക്സുള്ള ഫയലുകൾ

ഒബോ_ടെക്സ്റ്റ്
".obo" എന്ന പ്രത്യയമുള്ള ഫയലുകൾ

നിലവിലുള്ള GO ഫ്ലാറ്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾക്കുള്ള പുതിയ ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് ആണ് ഇത്. അത്
ഓൺടോളജികൾ, നിർവചനങ്ങൾ, xrefs എന്നിവ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു (പക്ഷേ അസോസിയേഷനുകളല്ല)

obo_xml
".obo.xml" അല്ലെങ്കിൽ ".obo-xml" എന്ന പ്രത്യയം ഉള്ള ഫയലുകൾ

മുകളിലുള്ള OBO ഫ്ലാറ്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിന്റെ XML പതിപ്പാണിത്

പ്രോലോഗ്
പ്രോലോഗ് വസ്തുതകൾ - ഇവ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾക്ക് ഒരു പ്രോലോഗ് കംപൈലർ/വ്യാഖ്യാതാവ് ആവശ്യമാണ്. നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
ഒബോൾ അല്ലെങ്കിൽ വരാനിരിക്കുന്ന ബയോ-എൽപി പ്രോജക്റ്റ് ഉപയോഗിച്ച് ഈ വസ്തുതകൾ മനസ്സിലാക്കുക

tbl ലളിതമായ (നഷ്ടം) പട്ടിക പ്രാതിനിധ്യം

സംഗ്രഹം
ഓന്റോളജി ഫയലുകളിലും അസോസിയേഷൻ ഫയലുകളിലും ഉപയോഗിക്കാം

പാതലിസ്റ്റ്
റൂട്ടിലേക്കുള്ള എല്ലാ വഴികളും കാണിക്കുന്നു

owl OWL ഫോർമാറ്റ് (ഡിഫോൾട്ട്: OWL-DL)

ഓന്റോളജികൾക്കായുള്ള ഒരു W3C സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഫോർമാറ്റാണ് OWL

ഇത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾക്ക് പൂർണ്ണ ഗോ-ദേവ് വിതരണത്തിൽ നിന്നുള്ള XSL ഫയലുകൾ ആവശ്യമാണ്; XML കാണുക
വിഭാഗത്തിൽhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
ഒരു GO::Model::ഗ്രാഫ് ഒബ്‌ജക്റ്റിന്റെ YAML പ്രതിനിധാനം

obj_storable
perl GO::Model::ഗ്രാഫ് ഒബ്ജക്റ്റിന്റെ ഒരു ഡംപ്. ഇതിനായി നിങ്ങൾക്ക് CPAN-ൽ നിന്ന് Storable ആവശ്യമാണ്
ജോലി. വേഗത്തിലുള്ള ആക്‌സസിനായി ഫയൽസിസ്റ്റത്തിലെ ഒബ്‌ജക്‌റ്റുകൾ കാഷെ ചെയ്യാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ് ഇത്. ദി
obj_storable പ്രാതിനിധ്യം പോർട്ടബിൾ ആയിരിക്കില്ല

text_html
ഒരു html-ified OBO ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്

godb_prestore
GODB റിലേഷണൽ സ്കീമയിലേക്ക് നേരിട്ട് മാപ്പ് ചെയ്യുന്ന XML (അപ്പോൾ ഉപയോഗിച്ച് ലോഡ് ചെയ്യാം
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
ചാഡോ റിലേഷണൽ സ്കീമയിലേക്ക് നേരിട്ട് മാപ്പ് ചെയ്യുന്ന XML (അപ്പോൾ ഉപയോഗിച്ച് ലോഡ് ചെയ്യാം
stag-storenode.pl)

പ്രമാണീകരണം
<http://www.godatabase.org/dev>

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് go2obop ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക