hmmbuild - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmmbuild - മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ്(കളിൽ) നിന്ന് പ്രൊഫൈൽ HMM(കൾ) നിർമ്മിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

hmmbuild [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഓരോ മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിനും ഒരു പ്രൊഫൈൽ HMM നിർമ്മിച്ച് അത് പുതിയതിലേക്ക് സംരക്ഷിക്കുക
ഫയല് .

'-' (ഡാഷ്) ആയിരിക്കാം, അതായത് ഈ ഇൻപുട്ട് വായിക്കുന്നത് stdin ഒരു ഫയൽ എന്നതിലുപരി.
'-' ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റും വ്യക്തമാക്കണം --വിവരങ്ങൾ , എന്നപോലെ
--വിവരങ്ങൾ സ്റ്റോക്ക്ഹോം (ഞങ്ങളുടെ നടപ്പാക്കലിലെ നിലവിലെ പരിമിതി കാരണം, MSA ഫയൽ
റിവൈൻഡുചെയ്യാനാവാത്ത ഇൻപുട്ട് സ്ട്രീമിൽ ഫോർമാറ്റുകൾ സ്വയമേവ കണ്ടെത്താനാവില്ല.)

'-' ആയിരിക്കില്ല (stdout), കാരണം HMM ഫയൽ അയക്കുന്നത് stdout നന്നായിരുന്നേനെ
പ്രോഗ്രാമിന്റെ മറ്റ് ടെക്സ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ടുമായി വൈരുദ്ധ്യം.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-n പുതിയ പ്രൊഫൈലിന് പേര് നൽകുക . വിന്യാസത്തിന്റെ പേര് ഉപയോഗിക്കുന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി (ഒന്നാണെങ്കിൽ
ൽ നിലവിലുണ്ട് msafile, അല്ലെങ്കിൽ, പരാജയപ്പെട്ടാൽ, പേര് hmmfile. എങ്കിൽ msafile
ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, -n പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല, എല്ലാ വിന്യാസത്തിലും ഒരു ഉണ്ടായിരിക്കണം
എന്നതിൽ പേര് വ്യാഖ്യാനിച്ചു msafile (സ്റ്റോക്ക്ഹോമിലെ പോലെ #=GF ID വ്യാഖ്യാനം).

-o സംഗ്രഹ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക , എന്നതിലുപരി stdout.

-O ഓരോ മോഡലും നിർമ്മിച്ച ശേഷം, വ്യാഖ്യാനിച്ചതും ഒരുപക്ഷേ പരിഷ്കരിച്ചതുമായ ഉറവിടം വീണ്ടും സംരക്ഷിക്കുക
ഒരു ഫയലിലേക്കുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ. വിന്യാസങ്ങൾ a ഉപയോഗിച്ച് വ്യാഖ്യാനിച്ചിരിക്കുന്നു
സമവായമായി ഏതൊക്കെ നിരകളാണ് നൽകിയിരിക്കുന്നതെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്ന റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാന ലൈൻ, കൂടാതെ
ഏത് ആപേക്ഷിക സീക്വൻസ് വെയിറ്റുകളാണ് നൽകിയിരിക്കുന്നത് എന്നതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് സീക്വൻസുകൾ വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നത്. ചിലത്
വിന്യാസത്തിന്റെ അവശിഷ്ടങ്ങൾ നിയന്ത്രണങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്നതിനായി മാറ്റിയിരിക്കാം
പ്ലാൻ 7 പ്രൊഫൈൽ ആർക്കിടെക്ചർ, ഇത് ചേർക്കുന്നതിനും ഇല്ലാതാക്കുന്നതിനും ഇടയിലുള്ള പരിവർത്തനങ്ങൾ അനുവദിക്കുന്നില്ല
സംസ്ഥാനങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി വ്യക്തമാക്കുന്നത് ദി ആൽഫബെറ്റ്

അക്ഷരമാല തരം (അമിനോ, ഡിഎൻഎ, അല്ലെങ്കിൽ ആർഎൻഎ) സ്വയമേവ കണ്ടുപിടിക്കുന്നു.
യുടെ രചന msafile. ഓട്ടോ ഡിറ്റക്ഷൻ സാധാരണയായി തികച്ചും വിശ്വസനീയമാണ്, പക്ഷേ ഇടയ്ക്കിടെ
അക്ഷരമാല അവ്യക്തമാകാം, സ്വയം കണ്ടെത്തൽ പരാജയപ്പെടാം (ഉദാഹരണത്തിന്, ചെറിയ കളിപ്പാട്ടത്തിൽ
കുറച്ച് അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ വിന്യാസങ്ങൾ). ഇത് ഒഴിവാക്കാൻ, അല്ലെങ്കിൽ ഓട്ടോമേറ്റഡിൽ ദൃഢത വർദ്ധിപ്പിക്കുക
വിശകലന പൈപ്പ്ലൈനുകൾ, നിങ്ങൾക്ക് അക്ഷരമാല തരം വ്യക്തമാക്കാം msafile ഈ ഓപ്ഷനുകൾക്കൊപ്പം.

--അമിനോ
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക msafile പ്രോട്ടീനുകളാണ്.

--ഡിഎൻഎ എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക msafile ഡിഎൻഎ ആണ്.

--rna എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഇൻ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക msafile RNAകളാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു പ്രൊഫൈൽ നിർമാണം

ഒരു വിന്യാസത്തിൽ സമവായ നിരകൾ എങ്ങനെ നിർവചിക്കപ്പെടുന്നു എന്നത് ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു.

--വേഗത സമവായ നിരകളെ ഒരു ഭിന്നസംഖ്യ ഉള്ളവയായി നിർവ്വചിക്കുക >= സിംഫ്രാക് എന്ന നിലയിൽ അവശിഷ്ടങ്ങൾ
വിടവുകൾക്ക് എതിരാണ്. (അതിന് താഴെ കാണുക --സിംഫ്രാക് ഓപ്ഷൻ.) ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--കൈ ഒന്നിലധികം റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാനം ഉപയോഗിച്ച് അടുത്ത പ്രൊഫൈലിൽ സമവായ നിരകൾ നിർവചിക്കുക
വിന്യാസം. നിങ്ങൾ ഇഷ്ടപ്പെടുന്ന ഏത് സമവായ നിരകളും നിർവചിക്കാൻ ഇത് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു.

--സിംഫ്രാക്
എപ്പോൾ ഒരു സമവായ കോളം നിർവ്വചിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ അവശിഷ്ട ഭിന്നസംഖ്യയുടെ പരിധി നിർവചിക്കുക
ഉപയോഗിച്ച് --വേഗത ഓപ്ഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ഓരോ നിരയിലെയും ചിഹ്ന ഭിന്നസംഖ്യ
ആപേക്ഷിക ശ്രേണി വെയ്റ്റിംഗ് കണക്കിലെടുത്ത്, വിടവ് അവഗണിച്ചതിന് ശേഷം കണക്കാക്കുന്നു
സീക്വൻസ് ശകലങ്ങളുടെ അറ്റങ്ങളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന പ്രതീകങ്ങൾ (ആന്തരികത്തിന് വിപരീതമായി
ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ/ഇല്ലാതാക്കലുകൾ). ഇത് 0.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് അർത്ഥമാക്കുന്നത് ഓരോ വിന്യാസ കോളവും ചെയ്യും എന്നാണ്
സമവായമായി നിയോഗിക്കുക, ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാകും. ഇത് 1.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു
0 വിടവുകൾ (ആന്തരിക ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ/ഇല്ലാതാക്കലുകൾ) ഉൾപ്പെടുന്ന നിരകൾ മാത്രമായിരിക്കും എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്
സമവായമായി നിയോഗിച്ചു.

--ഫ്രാഗ്രെഷ്
വിന്യസിച്ച ക്രമം അറിയാമെങ്കിൽ മാത്രമേ ഞങ്ങൾ ടെർമിനൽ വിടവുകൾ ഇല്ലാതാക്കലായി കണക്കാക്കൂ
പൂർണ്ണ ദൈർഘ്യമുള്ളതായിരിക്കണം, അതൊരു ശകലമാണെങ്കിൽ അല്ല (ഉദാഹരണത്തിന്, കാരണം അതിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രം
ക്രമീകരിച്ചു). ശകലങ്ങൾ അനുമാനിക്കാൻ HMMER ഒരു ലളിതമായ നിയമം ഉപയോഗിക്കുന്നു: a ന്റെ ശ്രേണി ആണെങ്കിൽ
വിന്യാസത്തിലെ ക്രമം (ആദ്യത്തേതിനും
ക്രമത്തിന്റെ അവസാന സ്ഥാനങ്ങൾ) ഒരു ഭിന്നസംഖ്യയേക്കാൾ കുറവോ തുല്യമോ ആണ് ചിലപ്പോഴൊക്കെ
നിരകളിലെ വിന്യാസ ദൈർഘ്യം, തുടർന്ന് ക്രമം ഒരു ശകലമായി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു. ദി
സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ക്രമീകരണം --ഫ്രാഗ്രെഷ്0 നോ (ശൂന്യമായ) ക്രമം a ആയി നിർവചിക്കും
ശകലം; നിങ്ങൾക്ക് ശ്രദ്ധാപൂർവം ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്‌തതായി അറിയാമെങ്കിൽ നിങ്ങൾ ഇത് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
മുഴുനീള സീക്വൻസുകളുടെ വിന്യാസം. ക്രമീകരണം --ഫ്രാഗ്രെഷ്1 എല്ലാം നിർവചിക്കും
ശകലങ്ങളായി ക്രമങ്ങൾ; നിങ്ങളുടെ വിന്യാസം അറിയാമെങ്കിൽ നിങ്ങൾ ഇത് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
മെറ്റാജെനോമിക്കിൽ വിവർത്തനം ചെയ്‌ത ഹ്രസ്വ വായനകൾ പോലുള്ള ശകലങ്ങൾ കൊണ്ട് പൂർണ്ണമായും രചിക്കപ്പെട്ടതാണ്
ഷോട്ട്ഗൺ ഡാറ്റ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ആപേക്ഷികം ഭാരം

HMMER, അടുത്ത് ബന്ധപ്പെട്ട സീക്വൻസുകൾ കുറയ്ക്കാൻ ഒരു അഡ്‌ഹോക്ക് സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഒപ്പം ഉയർന്ന ഭാരവും വിദൂര ബന്ധമുള്ളവയും. ഇത് മോഡലുകളെ പക്ഷപാതപരമായി കുറച്ചുകൊണ്ടുവരുന്നു
അസമമായ ഫൈലോജെനെറ്റിക് പ്രാതിനിധ്യം. ഉദാഹരണത്തിന്, രണ്ട് സമാന ശ്രേണികൾ സാധാരണ ആയിരിക്കും
ഓരോന്നിനും ഒരു ശ്രേണിയുടെ പകുതി ഭാരം ലഭിക്കും. ഈ ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നത്
അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--wpb Henikoff പൊസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക [Henikoff, Henikoff,
ജെ. മോൾ. ബയോൾ. 243:574, 1994]. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക [Gerstein et al, J. Mol.
ബയോൾ. 235:1067, 1994].

--wblosum
BLOSUM കണക്കാക്കുന്നതിൽ ഡാറ്റ വെയ്റ്റ് ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിച്ച അതേ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക
സബ്സിറ്റ്യൂഷൻ മെട്രിക്സ് [ഹെനിക്കോഫ് ആൻഡ് ഹെനിക്കോഫ്, പ്രോസി. നാറ്റ്ൽ. അക്കാഡ്. ശാസ്ത്രം 89:10915, 1992].
സീക്വൻസുകൾ ഒരു ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡിൽ ഒറ്റ-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററാണ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62; കാണുക
--വിശാലം) കൂടാതെ സി സീക്വൻസുകളുടെ ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനുള്ളിലും, ഓരോ സീക്വൻസിനും ആപേക്ഷിക ഭാരം ലഭിക്കുന്നു
1/c.

--സ്വന്തം
ആപേക്ഷിക ഭാരം ഇല്ല. എല്ലാ സീക്വൻസുകൾക്കും ഏകീകൃത ഭാരം നിശ്ചയിച്ചിരിക്കുന്നു.

--വിശാലം
ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ സിംഗിൾ-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുന്നു --wblosum.
മറ്റേതെങ്കിലും വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീമിനൊപ്പം അസാധുവാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62 ആണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഫലപ്രദമാണ് അനുക്രമം NUMBER

ആപേക്ഷിക ഭാരം നിർണ്ണയിച്ച ശേഷം, അവ മൊത്തത്തിലുള്ള ഫലപ്രാപ്തിയിലേക്ക് നോർമലൈസ് ചെയ്യുന്നു
ക്രമസംഖ്യ, eff_nseq. ഈ സംഖ്യയിലെ ക്രമങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ സംഖ്യയായിരിക്കാം
വിന്യാസം, പക്ഷേ അത് മിക്കവാറും എപ്പോഴും അതിനേക്കാൾ ചെറുതാണ്. ഡിഫോൾട്ട് എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ്
രീതി (--eent) വിവര ഉള്ളടക്കം കുറയ്ക്കുന്നതിന് ഫലപ്രദമായ ക്രമസംഖ്യ കുറയ്ക്കുന്നു
(ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി അല്ലെങ്കിൽ യഥാർത്ഥ ഹോമോലോഗുകളിൽ ശരാശരി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്കോർ) സമവായ സ്ഥാനത്തിന്. ദി
ടാർഗെറ്റ് ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി നിയന്ത്രിക്കുന്നത് രണ്ട് പാരാമീറ്റർ ഫംഗ്‌ഷനാണ്, അവിടെ രണ്ടും
പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു --ഇവിടെ ഒപ്പം --എസിഗ്മ.

--eent ഓരോന്നിനും ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി നേടുന്നതിന് ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ ക്രമീകരിക്കുക
സ്ഥാനം (കാണുക --ഇവിടെ). ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--എക്ലസ്റ്റ്
ഏക-ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ എണ്ണത്തിലേക്ക് ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ സജ്ജമാക്കുക a
നിർദ്ദിഷ്ട ഐഡന്റിറ്റി ത്രെഷോൾഡ് (കാണുക --ഈദ്). ഈ ഓപ്ഷൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല; അതിനുള്ളതാണ്
പരീക്ഷണങ്ങൾ എത്രത്തോളം മികച്ചതാണെന്ന് വിലയിരുത്തുന്നു --eent ആണ്.

--എന്തോ
ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ നിർണ്ണയം ഓഫാക്കി യഥാർത്ഥ സംഖ്യ ഉപയോഗിക്കുക
ക്രമങ്ങൾ. നിങ്ങൾ ഇത് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാവുന്ന ഒരു കാരണം ബന്ധുവിനെ പരമാവധിയാക്കാൻ ശ്രമിക്കുക എന്നതാണ്
നിങ്ങളുടെ മോഡലിന്റെ എൻട്രോപ്പി/സ്ഥാനം, ഇത് ഹ്രസ്വ മോഡലുകൾക്ക് ഉപയോഗപ്രദമായേക്കാം.

--സെറ്റ്
എല്ലാ മോഡലുകൾക്കും ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ വ്യക്തമായി സജ്ജമാക്കുക .

--ഇവിടെ
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി/സ്ഥാന ലക്ഷ്യം ഇതിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക . ആവശ്യമാണ് --eent. സ്ഥിരസ്ഥിതി
ക്രമം അക്ഷരമാലയെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്ക്, ഇത് 0.59 ബിറ്റുകൾ/സ്ഥാനമാണ്;
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾക്ക്, ഇത് 0.45 ബിറ്റുകൾ/സ്ഥാനമാണ്.

--എസിഗ്മ
ഒരു മുഴുവൻ മോഡൽ വിന്യാസത്തിലൂടെ സംഭാവന ചെയ്ത ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി സജ്ജീകരിക്കുന്നു
അതിന്റെ മുഴുവൻ നീളവും. ഹ്രസ്വ മോഡലുകൾക്ക് ഉയർന്ന ആപേക്ഷികത ഉണ്ടാക്കുന്നതിന്റെ ഫലമാണിത്
ഓരോ സ്ഥാനത്തേക്കാളും എൻട്രോപ്പി --ഇവിടെ ഒറ്റയ്ക്ക് കൊടുക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതി 45.0 ബിറ്റുകളാണ്.

--ഈദ്
ഇതുപയോഗിച്ച് സിംഗിൾ ലിങ്കേജ് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്ന ഫ്രാക്ഷണൽ പെയർവൈസ് ഐഡന്റിറ്റി കട്ട്ഓഫ് സജ്ജീകരിക്കുന്നു
The --എക്ലസ്റ്റ് ഓപ്ഷൻ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.62 ആണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു PRIORS

ഡിഫോൾട്ടായി, വെയ്റ്റഡ് കൗണ്ടുകൾ അർത്ഥമാക്കുന്നത് പോസ്‌റ്റീരിയർ പ്രോബബിലിറ്റി പാരാമീറ്ററായി പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെടുന്നു
Dirichlet priors എന്ന മിശ്രിതം ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് മിശ്രിതം Dirichlet മുൻ പാരാമീറ്ററുകൾ
പ്രോട്ടീൻ മോഡലുകളും ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് (ആർഎൻഎ, ഡിഎൻഎ) മോഡലുകളും നിർമ്മിക്കുന്നു
ഡിഫോൾട്ട് പ്രിയറുകൾ അസാധുവാക്കാൻ ഓപ്ഷനുകൾ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു.

--pnone
മുൻകരുതലുകളൊന്നും ഉപയോഗിക്കരുത്. പ്രോബബിലിറ്റി പാരാമീറ്ററുകൾ ലളിതമായി നിരീക്ഷിക്കപ്പെടും
ആപേക്ഷിക ക്രമം വെയ്റ്റിംഗിന് ശേഷം ആവൃത്തികൾ.

--സ്ഥലം
ഡിഫോൾട്ട് മിശ്രിതമായ Dirichlet prior-ന്റെ സ്ഥാനത്ത് ഒരു Laplace +1 prior ഉപയോഗിക്കുക.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു E-VALUE കാലിബ്രേഷൻ

MSV ഫിൽട്ടർ സ്‌കോറുകൾക്കായി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്‌കോർ വിതരണങ്ങൾക്കായുള്ള ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്ററുകൾ,
വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടർ സ്‌കോറുകൾക്കും ഫോർവേഡ് സ്‌കോറുകൾക്കും മൂന്ന് ഹ്രസ്വ ക്രമരഹിതമായ അനുകരണങ്ങൾ ആവശ്യമാണ്.

--എംഎൽ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
MSV ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--എംഎൻ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
MSV ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EvL
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EvN
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ mu കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
Viterbi ഫിൽട്ടർ ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--EfL
ടൗ ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 100 ആണ്.

--ഇഎഫ്എൻ
ലൊക്കേഷൻ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് ഇ-മൂല്യങ്ങൾക്കായി tau. സ്ഥിരസ്ഥിതി 200 ആണ്.

--ഇഫ്റ്റ്
ലൊക്കേഷൻ കണക്കാക്കുന്ന സിമുലേഷനിൽ ചേരുന്നതിന് ടെയിൽ മാസ് ഫ്രാക്ഷൻ സജ്ജീകരിക്കുന്നു
ഫോർവേഡ് മൂല്യനിർണ്ണയത്തിനുള്ള പരാമീറ്റർ tau. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.04 ആണ്.

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--സിപിയു
സമാന്തര തൊഴിലാളി ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, HMMER ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ അത് കണ്ടെത്തുന്ന സിപിയു കോറുകളുടെ എണ്ണം - അതായത്, അത് പരമാവധിയാക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ ലഭ്യമായ പ്രോസസർ കോറുകളുടെ ഉപയോഗം. ക്രമീകരണം എണ്ണത്തേക്കാൾ ഉയർന്നത്
ലഭ്യമായ കോറുകൾക്ക് എന്തെങ്കിലും മൂല്യമുണ്ടെങ്കിൽ അത് വളരെ കുറവായിരിക്കും, എന്നാൽ നിങ്ങൾക്കത് എന്തെങ്കിലും സജ്ജമാക്കാൻ താൽപ്പര്യമുണ്ടാകാം
കുറവ്. ഒരു പരിസ്ഥിതി വേരിയബിൾ സജ്ജീകരിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഈ നമ്പർ നിയന്ത്രിക്കാനും കഴിയും,
HMMER_NCPU.

HMMER POSIX ത്രെഡുകൾ പിന്തുണയോടെ സമാഹരിച്ചതാണെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ ലഭ്യമാകൂ.
ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട്, എന്നാൽ നിങ്ങളുടെ സൈറ്റിനോ മെഷീനിനോ വേണ്ടി ഇത് ഓഫാക്കിയിരിക്കാം
എന്തെങ്കിലും കാരണം.

--വിവരങ്ങൾ
ഇൻപുട്ട് എന്ന് പ്രഖ്യാപിക്കുക msafile ഫോർമാറ്റിലാണ് . നിലവിൽ അംഗീകരിച്ച ഒന്നിലധികം
അലൈൻമെന്റ് സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം, അലൈൻഡ് ഫാസ്റ്റ, ക്ലസ്റ്റൽ, എൻസിബിഐ എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു
PSI-BLAST, PHYLIP, Selex, UCSC SAM A2M. യുടെ ഫോർമാറ്റ് സ്വയമേവ കണ്ടെത്തുന്നതാണ് ഡിഫോൾട്ട്
ഫയല്.

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സീഡ് ചെയ്യുക , ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 0. എങ്കിൽ പൂജ്യമല്ല, ഏതെങ്കിലും
സ്ഥായിയായ അനുകരണങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്; അതേ കമാൻഡ് അത് തന്നെ നൽകും
ഫലം. എങ്കിൽ 0 ആണ്, റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഏകപക്ഷീയമായി സീഡ് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം
ഒരേ കമാൻഡിന്റെ റൺ മുതൽ റൺ വരെ സ്റ്റോക്കാസ്റ്റിക് സിമുലേഷനുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
വിത്ത് 42 ആണ്.

--w_beta
വിൻഡോ നീളം വാൽ പിണ്ഡം. മുകളിലെ പരിധി, W, nhmmer പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ദൈർഘ്യത്തിൽ
മോഡലിന്റെ ഒരു ഉദാഹരണം കണ്ടെത്താൻ എല്ലാ സീക്വൻസുകളുടെയും അംശം സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
നീളമുള്ള മോഡൽ സൃഷ്ടിച്ചത് >= W കുറവാണ് . സ്ഥിരസ്ഥിതി 1e-7 ആണ്.

--w_length
മോഡൽ ഇൻസ്‌റ്റൻസ് ദൈർഘ്യം അസാധുവാക്കുക, W, അല്ലെങ്കിൽ നിയന്ത്രിക്കുന്നത്
--w_beta. ഇത് മോഡൽ ദൈർഘ്യത്തേക്കാൾ വലുതായിരിക്കണം. മൂല്യം W ആഴത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ആക്സിലറേഷൻ പൈപ്പ്ലൈനിൽ, കൂടാതെ മിതമായ മാറ്റങ്ങൾ ഫലങ്ങളെ ബാധിക്കുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നില്ല
(വലിയ മൂല്യങ്ങളാണെങ്കിലും W ദൈർഘ്യമേറിയ പ്രവർത്തന സമയത്തിലേക്ക് നയിക്കുക).

--mpi ഒരു സമാന്തര MPI പ്രോഗ്രാമായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക. ഓരോ അലൈൻമെന്റും ഒരു MPI വർക്കർ നോഡിന് നിയുക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു
നിർമ്മാണം. (അതിനാൽ, പരമാവധി സമാന്തരവൽക്കരണം ഇവയുടെ എണ്ണത്തിൽ കവിയരുത്
ഇൻപുട്ടിലെ വിന്യാസങ്ങൾ msafile.) വലിയ പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മിക്കുമ്പോൾ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ലൈബ്രറികൾ. ഓപ്ഷണൽ MPI ശേഷി പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ ലഭ്യമാകൂ
കംപൈൽ-സമയം.

-- സ്റ്റാൾ
MPI പാരലലൈസേഷൻ ഡീബഗ്ഗിംഗ് ചെയ്യുന്നതിന്: ഉടൻ തന്നെ പ്രോഗ്രാം എക്സിക്യൂഷൻ അറസ്റ്റ് ചെയ്യുക
ആരംഭിക്കുക, ഒരു ഡീബഗ്ഗർ റണ്ണിംഗ് പ്രോസസിലേക്ക് അറ്റാച്ചുചെയ്യുന്നതിനായി കാത്തിരിക്കുക, അത് റിലീസ് ചെയ്യുക
അറസ്റ്റ്.

--maxinsertlen
ഇൻസേർട്ട് ലെങ്ത് പാരാമീറ്ററൈസേഷൻ നിയന്ത്രിക്കുക, അതായത് പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ഇൻസേർട്ട് ദൈർഘ്യം
മോഡലിന്റെ ഓരോ സ്ഥാനവും കൂടുതലല്ല .

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmbuild ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക