hmmer - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

HMMER - ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസ് വിശകലനത്തിനുള്ള പ്രൊഫൈൽ HMM-കൾ

സിനോപ്സിസ്

hmmalign
ഒരു പ്രൊഫൈലിലേക്ക് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക

hmmbuild
മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ്(കളിൽ) നിന്ന് പ്രൊഫൈൽ(കൾ) നിർമ്മിക്കുക

hmmconvert
പ്രൊഫൈൽ ഫയൽ വിവിധ HMMER, നോൺ-HMMER ഫോർമാറ്റുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

ഹമ്മെമിറ്റ്
ഒരു പ്രൊഫൈലിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകൾ

hmmfetch
ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് പ്രൊഫൈൽ HMM(കൾ) വീണ്ടെടുക്കുക

hmmmpgmd
hmmer.org വെബ് സെർവറിനും phmmer-, hmmsearch-, hmmscan പോലുള്ള തിരയലിനും ഡെമൺ ഉപയോഗിക്കുന്നു

hmmpress
hmmscan-നായി ഒരു HMM ഡാറ്റാബേസ് തയ്യാറാക്കുക

hmmscan
ഒരു പ്രോട്ടീൻ പ്രൊഫൈൽ ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ്(കൾ) തിരയുക

hmm തിരയൽ
ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ പ്രോട്ടീൻ പ്രൊഫൈൽ(കൾ) തിരയുക

ഹ്മ്മ്സിം
റാൻഡം സീക്വൻസുകളിൽ പ്രൊഫൈൽ സ്കോർ വിതരണങ്ങൾ ശേഖരിക്കുക

hmmstat
ഒരു പ്രൊഫൈൽ ഫയലിനായുള്ള സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ

ജാക്ക്ഹമ്മർ
ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരായ ഒരു പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണിയുടെ ആവർത്തന തിരയൽ

nhmmer
ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസിനെതിരെ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ്(കൾ), വിന്യാസം(കൾ), അല്ലെങ്കിൽ പ്രൊഫൈൽ(കൾ) എന്നിവ തിരയുക
ഡാറ്റാബേസ്

nhmmscan
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പ്രൊഫൈൽ ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ്(കൾ) തിരയുക

phmmer
ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ്(കൾ) തിരയുക

വിവരണം

ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിനും ഡാറ്റാബേസിനും വേണ്ടിയുള്ള നിരവധി പ്രോഗ്രാമുകളുടെ ഒരു സ്യൂട്ടാണ് HMMER
ഹോമോളജി തിരയൽ. ഇത് "പ്രൊഫൈൽ ഹിഡൻ മാർക്കോവ് മോഡലുകൾ" എന്ന് വിളിക്കുന്ന പ്രോബബിലിസ്റ്റിക് മോഡലുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
(പ്രൊഫൈൽ HMMs) ഒരൊറ്റ ശ്രേണിയുടെ പരിണാമപരമായ ഹോമോലോഗുകളെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നതിന് അല്ലെങ്കിൽ a
ഒരു സീക്വൻസ് ഫാമിലിയുടെ ഒന്നിലധികം വിന്യാസം. ഗവേഷണത്തിന്റെ ഒരു പ്രധാന മാർഗ്ഗം മെച്ചപ്പെടുത്തുക എന്നതാണ്
HMMER-ലെ പരിണാമ പ്രവചന മാതൃകകൾ തിരിച്ചറിയാനും കൃത്യമായി വിന്യസിക്കാനും കഴിയും
വർദ്ധിച്ചുവരുന്ന റിമോട്ട് ഹോമോലോഗുകൾ, കാലക്രമേണ വിദൂരമാണ്.

ക്രമാതീതമായി വളരുന്ന സംഖ്യകളെ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാൻ, ഒരു സംഘടനാ ഉപകരണമായും HMMER ഉപയോഗിക്കുന്നു
നന്നായി വ്യാഖ്യാനിച്ച സീക്വൻസ് ഫാമിലികളുടെ വളരെ ചെറിയ ഒരു സെറ്റിലേക്ക് ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസുകൾ. പുതിയത്
എന്നതിന്റെ ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത സീക്വൻസ് ഫാമിലി ഡാറ്റാബേസുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തി സീക്വൻസുകൾ വ്യാഖ്യാനിക്കാം
പ്രീ-ബിൽറ്റ് HMMER പ്രൊഫൈലുകൾ, കൂടാതെ അല്ലെങ്കിൽ മുഴുവൻ സീക്വൻസുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുന്നതിനുപകരം
ഡാറ്റാബേസ്. Pfam, SMART, TIGRfams തുടങ്ങിയ ഡാറ്റാബേസുകൾ ഇതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്
തത്വം.

HMMER മൂന്ന് പ്രധാന മോഡുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു: ഒരു പുതിയ ഹോമോലോഗുകൾക്കായി ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ
സീക്വൻസ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു സീക്വൻസ് ഫാമിലി; അറിയാവുന്നത് കണ്ടെത്താൻ ഒരു പ്രൊഫൈൽ ഡാറ്റാബേസ് (Pfam പോലെ) തിരയാൻ
കുടുംബത്തിന് ഒരു അന്വേഷണ ക്രമം ഉൾപ്പെടുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ അതിന് ഏതൊക്കെ ഡൊമെയ്‌നുകൾ ഉണ്ട്; കൂടാതെ യാന്ത്രികമായി നിർമ്മിക്കാനും
ഒരു ഉപയോഗിച്ച് വലിയ ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ (അതായത് ഫലപ്രദമായി പരിധിയില്ലാത്ത ശ്രേണികളോടെ).
ഒരു സീക്വൻസ് കുടുംബത്തിന്റെ പ്രൊഫൈൽ പ്രതിനിധി.

നിങ്ങൾക്ക് താൽപ്പര്യമുള്ള ഒരു സീക്വൻസ് ഫാമിലിയുടെ മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക
അധിക ഹോമോലോഗുകൾക്കായി ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു. ദി hmmbuild പ്രോഗ്രാം നിർമ്മിക്കുന്നു
ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള പ്രൊഫൈൽ(കൾ). ദി hmm തിരയൽ പ്രോഗ്രാം പ്രോട്ടീൻ പ്രൊഫൈൽ(കൾ) തിരയുന്നു
ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ, ഒപ്പം nhmmer ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പ്രൊഫൈൽ(കൾ) a എന്നതിനെതിരെ തിരയുന്നു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ്.

നിങ്ങൾക്ക് താൽപ്പര്യത്തിന്റെ ഒരൊറ്റ ശ്രേണി ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക, നിങ്ങൾക്ക് ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ താൽപ്പര്യമുണ്ട്
അധിക ഹോമോലോഗുകൾക്കായി. ദി phmmer പ്രോഗ്രാം a എന്നതിനെതിരെ ഒരൊറ്റ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് തിരയുന്നു
പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ്. ദി ജാക്ക്ഹമ്മർ പ്രോഗ്രാം ഒരേ കാര്യം ചെയ്യുന്നു, പക്ഷേ ആവർത്തിച്ച് --
മുമ്പത്തെ റൗണ്ടിൽ കണ്ടെത്തിയ ഹോമോലോഗുകൾ ഒരു പുതിയ പ്രൊഫൈലിലും പുതിയത്
പ്രൊഫൈൽ വീണ്ടും തിരഞ്ഞു. phmmer BLASTP പോലെ ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഒപ്പം ജാക്ക്ഹമ്മർ a പോലെ ഉപയോഗിക്കുന്നു
പ്രോട്ടീൻ PSI-BLAST. ദി nhmmer പ്രോഗ്രാം a എന്നതിനെതിരെ ഒരൊറ്റ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് തിരയുന്നു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ക്രമം.

നിങ്ങൾക്ക് HMMER അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പ്രൊഫൈൽ HMM ഉപയോഗിച്ച് വിശകലനം ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന സീക്വൻസ്(കൾ) ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക.
Pfam പോലുള്ള ഡാറ്റാബേസ് (http://pfam.sanger.ac.uk). എസ് hmmpress പ്രോഗ്രാം ഒരു പ്രൊഫൈൽ എച്ച്എംഎം ഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുന്നു
ഫ്ലാറ്റ് ഫയൽ (നിങ്ങൾ Pfam-ൽ നിന്ന് ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യുന്ന ഫയൽ പോലുള്ളവ) ഒരു HMMER ബൈനറി ഡാറ്റാബേസിലേക്ക്.
ദി hmmscan പ്രോഗ്രാം ആ ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് (കൾ) തിരയുന്നു. ദി nhmmscan
പ്രോഗ്രാമിന് സമാനമായി ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ്(കൾ) അമർത്തിപ്പിടിച്ച ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ തിരയാൻ കഴിയും
ഡിഫാമിൽ നിന്നുള്ള ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പ്രൊഫൈലുകൾ (http://dfam.janelia.org).

നിങ്ങൾക്ക് ധാരാളം സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കണമെന്ന് കരുതുക. നിങ്ങൾക്ക് കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കഴിയുന്ന ഒരു ചെറിയ ഭാഗം നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും
ഒരു പ്രതിനിധി സെറ്റ് സീക്വൻസുകളുടെ വിന്യാസം, ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മിക്കുക hmmbuild, ഉപയോഗിക്കുക
hmmalign ആ പ്രൊഫൈലിലേക്ക് എത്ര സീക്വൻസുകളും വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രോഗ്രാം.

വലിയ പ്രൊഫൈൽ ഡാറ്റാബേസുകളിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നതിനുള്ള ചില സഹായ ഉപകരണങ്ങളും HMMER ഉൾക്കൊള്ളുന്നു.
hmmfetch ഒരു ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് ഒന്നോ അതിലധികമോ പ്രൊഫൈലുകൾ ലഭ്യമാക്കുന്നു. hmmstat സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അച്ചടിക്കുന്നു
ഒരു പ്രൊഫൈൽ ഫയലിനെക്കുറിച്ച്.

മറ്റ് പ്രൊഫൈൽ സോഫ്‌റ്റ്‌വെയറുകളുമായും HMMER-ന്റെ മുൻ പതിപ്പുകളുമായും പൊരുത്തപ്പെടുന്നതിന്, the
hmmconvert പ്രോഗ്രാം പ്രൊഫൈലുകളെ മറ്റ് ചില ഫോർമാറ്റുകളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു. കൂടുതൽ പിന്തുണ നൽകാൻ ഞങ്ങൾ ഉദ്ദേശിക്കുന്നു
കാലക്രമേണ മറ്റ് ഫോർമാറ്റുകൾക്കായി.

ദി ഹമ്മെമിറ്റ് a യിൽ നിന്ന് സാമ്പിൾ ചെയ്യുന്നതിലൂടെ പ്രോഗ്രാം "ഹോമോലോഗസ്" സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു (അനുകരിക്കുന്നു).
പ്രൊഫൈൽ. ഇതിന് ഒരു "സമവായ" ക്രമം സൃഷ്ടിക്കാനും കഴിയും.

ദി ഹ്മ്മ്സിം സ്കോർ വിതരണത്തെക്കുറിച്ചുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ശേഖരിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു സിമുലേറ്ററാണ് പ്രോഗ്രാം
ക്രമരഹിതമായ ക്രമങ്ങളിൽ.

ഓരോ പ്രോഗ്രാമിനും അതിന്റേതായ മാൻ പേജ് ഉണ്ട്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmer ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക