hmmscan - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmmscan - ഒരു പ്രോട്ടീൻ പ്രൊഫൈൽ ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ്(കൾ) തിരയുക

സിനോപ്സിസ്

hmmscan [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

hmmscan പ്രോട്ടീൻ പ്രൊഫൈലുകളുടെ ശേഖരത്തിനെതിരെ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾ തിരയാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. വേണ്ടി
ഓരോ ക്രമത്തിലും , എന്നതിന്റെ ടാർഗെറ്റ് ഡാറ്റാബേസ് തിരയാൻ ആ അന്വേഷണ ക്രമം ഉപയോഗിക്കുക
പ്രൊഫൈലുകൾ , കൂടാതെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട പ്രൊഫൈലുകളുടെ ഔട്ട്‌പുട്ട് റാങ്ക് ലിസ്റ്റുകൾ
ക്രമവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു.

ദി ഒന്നിലധികം അന്വേഷണ ക്രമങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കാം. ഇത് ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ആകാം, അല്ലെങ്കിൽ
മറ്റ് പല സാധാരണ സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകൾ (genbank, embl, uniprot, മറ്റുള്ളവയിൽ), അല്ലെങ്കിൽ
അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിൽ (സ്റ്റോക്ക്ഹോം, അലൈൻ ചെയ്ത ഫാസ്റ്റ, മറ്റുള്ളവ). കാണുക --qformat ഓപ്ഷൻ
ഒരു പൂർണ്ണമായ ലിസ്റ്റിനായി.

ദി ഉപയോഗിച്ച് അമർത്തേണ്ടതുണ്ട് hmmpress ഉപയോഗിച്ച് തിരയുന്നതിന് മുമ്പ് hmmscan.
ഇത് നാല് ബൈനറി ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു, .h3{fimp} എന്ന പ്രത്യയം.

ചോദ്യം '-' (ഒരു ഡാഷ് പ്രതീകം) ആയിരിക്കാം, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ അന്വേഷണ ക്രമങ്ങൾ
എയിൽ നിന്ന് വായിച്ചു ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് പകരം പൈപ്പ്. ദി a യിൽ നിന്ന് വായിക്കാൻ കഴിയില്ല
സ്ട്രീം, കാരണം അതിന് നാല് സഹായ ബൈനറി ഫയലുകൾ ജനറേറ്റ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്
hmmpress.

ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന തരത്തിലാണ് രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്നത്, പക്ഷേ പലപ്പോഴും അത് വളരെ വലുതാണ്
ഇത് വായിക്കുന്നത് അപ്രായോഗികമാണ്, അത് പാഴ്‌സ് ചെയ്യുന്നത് ഒരു വേദനയാണ്. ദി --tblout ഒപ്പം --ഡോംബ്ലൗട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ
സംക്ഷിപ്തവും എളുപ്പത്തിൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്യാവുന്നതുമായ ലളിതമായ പട്ടിക ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് സംരക്ഷിക്കുക. ദി -o ഓപ്ഷൻ
പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ട് /dev/null-ൽ വലിച്ചെറിയുന്നതുൾപ്പെടെ റീഡയറക്‌ട് ചെയ്യാൻ അനുവദിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഔട്ട്പ്

-o മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഒരു ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക സ്ഥിരസ്ഥിതി stdout-ന് പകരം.

--tblout
ഓരോ ടാർഗെറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ടും സംഗ്രഹിക്കുന്ന ഒരു ലളിതമായ പട്ടിക (സ്‌പേസ്-ഡീലിമിറ്റഡ്) ഫയൽ സംരക്ഷിക്കുക,
ഒരു ഹോമോലോഗസ് ടാർഗെറ്റ് മോഡലിന് ഒരു ഡാറ്റ ലൈൻ കണ്ടെത്തി.

--ഡോംബ്ലൗട്ട്
ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഔട്ട്‌പുട്ട് സംഗ്രഹിക്കുന്ന ഒരു ലളിതമായ പട്ടിക (സ്‌പേസ്-ഡീലിമിറ്റഡ്) ഫയൽ സംരക്ഷിക്കുക,
ഓരോ ഹോമോലോഗസ് ഡൊമെയ്‌നിനും ഒരു ഡാറ്റ ലൈൻ ഉപയോഗിച്ച് ഓരോന്നിനും ഒരു അന്വേഷണ ക്രമത്തിൽ കണ്ടെത്തി
ഹോമോലോഗസ് മോഡൽ.

--pfamtblout
ഓരോ-നെയും സംഗ്രഹിക്കുന്ന ഒരു പ്രത്യേക സംക്ഷിപ്ത പട്ടിക (സ്പേസ്-ഡീലിമിറ്റഡ്) ഫയൽ സംരക്ഷിക്കുക
ടാർഗെറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ട്, ഒരു ഹോമോലോഗസ് ടാർഗെറ്റ് മോഡലിന് ഒരു ഡാറ്റ ലൈൻ കണ്ടെത്തി.

--ac പ്രൊഫൈലുകൾക്ക് ലഭ്യമായ പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ പേരുകൾക്ക് പകരം പ്രവേശനങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ ക്രമങ്ങൾ.

--നൊഅലി
പ്രധാന ഔട്ട്പുട്ടിൽ നിന്ന് അലൈൻമെന്റ് വിഭാഗം ഒഴിവാക്കുക. ഇത് ഔട്ട്പുട്ട് ഗണ്യമായി കുറയ്ക്കും
വോളിയം.

--notextw
പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ ഓരോ വരിയുടെയും ദൈർഘ്യം അൺലിമിറ്റ് ചെയ്യുക. ഡിഫോൾട്ട് പരിധി 120 ആണ്
ഓരോ വരിയിലും പ്രതീകങ്ങൾ, ഇത് ടെർമിനലുകളിലും ഔട്ട്‌പുട്ട് വൃത്തിയായി പ്രദർശിപ്പിക്കാൻ സഹായിക്കുന്നു
എഡിറ്റർമാരിൽ, എന്നാൽ ടാർഗെറ്റ് പ്രൊഫൈൽ വിവരണ വരികൾ വെട്ടിച്ചുരുക്കാൻ കഴിയും.

--textw
പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ടിന്റെ ലൈൻ ദൈർഘ്യ പരിധി ഇതിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക ഓരോ വരിയിലും പ്രതീകങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
120.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ത്രെഷോൾഡ്സ്

ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്ന ഹിറ്റുകൾ (പ്രധാന ഔട്ട്‌പുട്ട്,
--tblout, ഒപ്പം --ഡോംബ്ലൗട്ട്).

-E ഓരോ ടാർഗെറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ, <= എന്ന ഇ-മൂല്യം ഉള്ള ടാർഗെറ്റ് പ്രൊഫൈലുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക . ദി
സ്ഥിരസ്ഥിതി 10.0 ആണ്, അതായത് ശരാശരി 10 തെറ്റായ പോസിറ്റീവുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടും
ഓരോ ചോദ്യത്തിനും, അതിനാൽ നിങ്ങൾക്ക് ശബ്‌ദത്തിന്റെ മുകൾഭാഗം കാണാനും അതാണോ എന്ന് സ്വയം തീരുമാനിക്കാനും കഴിയും
ശരിക്കും ശബ്ദം.

-T ഇ-മൂല്യത്തിൽ ഓരോ പ്രൊഫൈൽ ഔട്ട്‌പുട്ടും ത്രെഷോൾഡ് ചെയ്യുന്നതിന് പകരം ടാർഗെറ്റ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
>= എന്ന ബിറ്റ് സ്കോർ ഉള്ള പ്രൊഫൈലുകൾ .

--domE
ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ, ഇതിനകം തന്നെ തൃപ്‌തിപ്പെടുത്തിയ ടാർഗെറ്റ് പ്രൊഫൈലുകൾക്കായി
പ്രൊഫൈൽ റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡ്, സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യം ഉള്ള വ്യക്തിഗത ഡൊമെയ്‌നുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
<= . സ്ഥിരസ്ഥിതി 10.0 ആണ്. ഒരു സോപാധിക ഇ-മൂല്യം അർത്ഥമാക്കുന്നത് പ്രതീക്ഷിച്ച സംഖ്യയാണ്
അവയുടെ ചെറിയ തിരയൽ സ്ഥലത്ത് അധിക തെറ്റായ പോസിറ്റീവ് ഡൊമെയ്‌നുകൾ
ഓരോ പ്രൊഫൈൽ റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡ് ഇതിനകം തൃപ്തിപ്പെടുത്തിയ താരതമ്യങ്ങൾ (അങ്ങനെ
ഇതിനകം ഒരു ഹോമോലോഗസ് ഡൊമെയ്‌നെങ്കിലും ഉണ്ടായിരിക്കണം).

--domT
E-value-ൽ ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഔട്ട്‌പുട്ട് ത്രെഷോൾഡ് ചെയ്യുന്നതിന് പകരം, a ഉപയോഗിച്ച് ഡൊമെയ്‌നുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ബിറ്റ് സ്കോർ >= .

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ഉൾപ്പെടുത്തൽ ത്രെഷോൾഡ്സ്

ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികൾ റിപ്പോർട്ടിംഗ് പരിധികളേക്കാൾ കർശനമാണ്. ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധി നിയന്ത്രണം
ഒരു ഔട്ട്‌പുട്ട് വിന്യാസത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്താൻ കഴിയുന്നത്ര വിശ്വസനീയമായി കണക്കാക്കുന്ന ഹിറ്റുകൾ അല്ലെങ്കിൽ എ
തുടർന്നുള്ള തിരയൽ റൗണ്ട്. ഇൻ hmmscan, അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഇല്ലാത്ത (ഇത് പോലെ
hmm തിരയൽ or phmmer) അല്ലെങ്കിൽ ഏതെങ്കിലും ആവർത്തന തിരയൽ ഘട്ടങ്ങൾ (ഇത് പോലെ ജാക്ക്ഹമ്മർ), ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധി
ചെറിയ ഫലമുണ്ട്. പ്രധാനപ്പെട്ട (!) എന്ന് അടയാളപ്പെടുത്തുന്ന ഡൊമെയ്‌നുകളെ മാത്രമേ അവ ബാധിക്കുകയുള്ളൂ അല്ലെങ്കിൽ
ഡൊമെയ്ൻ ഔട്ട്പുട്ടിൽ സംശയാസ്പദമായ (?).

--incE
<= എന്ന ഇ-മൂല്യം ഉപയോഗിക്കുക ഓരോ ടാർഗെറ്റ് ഉൾപ്പെടുത്തൽ ത്രെഷോൾഡ് ആയി. സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
0.01, അതായത് ഓരോന്നിലും ശരാശരി ഒരു തെറ്റായ പോസിറ്റീവ് പ്രതീക്ഷിക്കാം
വ്യത്യസ്ത അന്വേഷണ ക്രമങ്ങളുള്ള 100 തിരയലുകൾ.

--incT
ഇൻക്ലൂഷൻ ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജീകരിക്കുന്നതിന് ഇ-മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പകരം കുറച്ച് ഉപയോഗിക്കുക
സ്കോർ >= ഓരോ ടാർഗെറ്റ് ഉൾപ്പെടുത്തൽ ത്രെഷോൾഡ് ആയി. ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നത് അസാധാരണമായിരിക്കും
കൂടെ ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡുകൾ hmmscan, കാരണം നിങ്ങൾ ഒരു സ്കോർ പോലും പ്രതീക്ഷിക്കുന്നില്ല
വ്യത്യസ്ത പ്രൊഫൈലുകൾക്കായി പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള പരിധി; വ്യത്യസ്ത പ്രൊഫൈലുകൾക്ക് ചെറുതായി ഉണ്ട്
വ്യത്യസ്ത പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്കോർ വിതരണങ്ങൾ.

--incdomE
<= എന്ന സോപാധിക ഇ-മൂല്യം ഉപയോഗിക്കുക ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധി എന്ന നിലയിൽ, ഇൻ
മൊത്തത്തിലുള്ള ഓരോ ടാർജറ്റ് ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധി ഇതിനകം തൃപ്തിപ്പെടുത്തിയ ലക്ഷ്യങ്ങൾ.
സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.01 ആണ്.

--incdomT
ഇ-മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പകരം, >= എന്ന ബിറ്റ് സ്കോർ ഉപയോഗിക്കുക ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും ആയി
ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധി. ഉള്ളതുപോലെ --incT മുകളിൽ, ഒരൊറ്റ ബിറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നത് അസാധാരണമായിരിക്കും
സ്കോർ പരിധി hmmscan.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി മോഡൽ-നിർദ്ദിഷ്ടം സ്കോർ ത്രെഷോൾഡിംഗ്

ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്ത പ്രൊഫൈൽ ഡാറ്റാബേസുകൾ ഓരോ പ്രൊഫൈലിനും പ്രത്യേക ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡുകൾ നിർവചിച്ചേക്കാം,
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ പ്രാധാന്യത്തെ മാത്രം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഏതെങ്കിലും പരിധി മറികടക്കുന്നു.

ഈ ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, പ്രൊഫൈലിൽ ഉചിതമായ (GA, TC, കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ NC) അടങ്ങിയിരിക്കണം.
ഓപ്ഷണൽ സ്കോർ ത്രെഷോൾഡ് വ്യാഖ്യാനം; ഇത് എടുത്തതാണ് hmmbuild സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന്
വിന്യാസ ഫയലുകൾ. ഓരോ ത്രെഷോൾഡിംഗ് ഓപ്‌ഷനും രണ്ട് സ്‌കോറുകളുണ്ട്: ഓരോ സീക്വൻസ് ത്രെഷോൾഡ്
ഓരോ ഡൊമെയ്‌ൻ പരിധിയും എന്നതുപോലെയാണ് ഇവ പ്രവർത്തിക്കുന്നത് -T --incT --domT
--incdomT ഓരോ മോഡലിന്റെയും ക്യൂറേറ്റഡ് ത്രെഷോൾഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് പ്രത്യേകമായി പ്രയോഗിച്ചു.

--കട്ട്_ഗാ
ഓരോ സീക്വൻസും (GA1) ഓരോ ക്രമവും സജ്ജീകരിക്കാൻ മോഡലിൽ GA (ശേഖരണം) ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
ഡൊമെയ്ൻ (GA2) റിപ്പോർട്ടിംഗും ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികളും. GA ത്രെഷോൾഡുകൾ പൊതുവെ ആണ്
കുടുംബ അംഗത്വത്തെ നിർവചിക്കുന്ന വിശ്വസനീയമായ ക്യൂറേറ്റഡ് പരിധിയായി കണക്കാക്കുന്നു; വേണ്ടി
ഉദാഹരണത്തിന്, Pfam-ൽ, ഈ പരിധികൾ Pfam Full-ൽ എന്താണ് ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ടതെന്ന് നിർവചിക്കുന്നു
Pfam സീഡ് മോഡലുകളുമായുള്ള തിരയലുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ.

--cut_nc
ഓരോ സീക്വൻസും സജ്ജീകരിക്കാൻ മോഡലിൽ NC (നോയിസ് കട്ട്ഓഫ്) ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
(NC1), ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും (NC2) റിപ്പോർട്ടിംഗും ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികളും. NC ത്രെഷോൾഡുകളാണ്
ഏറ്റവും കൂടുതൽ സ്‌കോറായ അറിയപ്പെടുന്ന തെറ്റായ പോസിറ്റീവിന്റെ സ്‌കോറായി പൊതുവെ കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു.

--കട്ട്_ടിസി
ഓരോ സീക്വൻസും സജ്ജീകരിക്കാൻ മോഡലിൽ NC (ട്രസ്റ്റഡ് കട്ട്ഓഫ്) ബിറ്റ് സ്കോർ ത്രെഷോൾഡുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
(TC1), ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും (TC2) റിപ്പോർട്ടിംഗും ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികളും. TC ത്രെഷോൾഡുകളാണ്
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്‌കോറിംഗിന്റെ സ്‌കോറായി പൊതുവെ കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു
അറിയപ്പെടുന്ന എല്ലാ തെറ്റായ പോസിറ്റീവുകൾക്കും ഉപരിയാണ്.

നിയന്ത്രണം OF ദി ACCELERATION പൈപ്പ്ലൈൻ

HMMER3 തിരയലുകൾ മൂന്ന്-ഘട്ട ഫിൽട്ടർ പൈപ്പ്ലൈനിൽ ത്വരിതപ്പെടുത്തുന്നു: MSV ഫിൽട്ടർ,
വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടറും ഫോർവേഡ് ഫിൽട്ടറും. ആദ്യത്തെ ഫിൽട്ടർ ഏറ്റവും വേഗതയേറിയതും ഏറ്റവും വേഗതയുള്ളതുമാണ്
ഏകദേശം; അവസാനത്തേത് പൂർണ്ണ ഫോർവേഡ് സ്കോറിംഗ് അൽഗോരിതം ആണ്. ഒരു ബയസ് ഫിൽട്ടറും ഉണ്ട്
MSV, Viterbi എന്നിവയ്ക്കിടയിലുള്ള ഘട്ടം. ആക്സിലറേഷൻ പൈപ്പ്ലൈനിലെ എല്ലാ ഘട്ടങ്ങളും കടന്നുപോകുന്ന ലക്ഷ്യങ്ങൾ
പിന്നീട് പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗിന് വിധേയമാക്കുന്നു -- ഡൊമെയ്ൻ ഐഡന്റിഫിക്കേഷനും സ്കോറിംഗും ഉപയോഗിച്ച്
ഫോർവേഡ്/ബാക്ക്‌വേർഡ് അൽഗോരിതം.

ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡുകൾ മാറ്റുന്നത് പരിഗണനയിൽ നിന്ന് ടാർഗെറ്റുകൾ നീക്കംചെയ്യുകയോ ഉൾപ്പെടുത്തുകയോ ചെയ്യുന്നു; മാറ്റുന്നതിൽ
ഫിൽട്ടർ ത്രെഷോൾഡുകൾ ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ, ഇ-മൂല്യങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ വിന്യാസങ്ങൾ എന്നിവയെ മാറ്റില്ല, ഇവയെല്ലാം
പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗിൽ മാത്രം നിർണ്ണയിക്കപ്പെടുന്നു.

--പരമാവധി ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഉൾപ്പെടെ എല്ലാ ഫിൽട്ടറുകളും ഓഫാക്കി പൂർണ്ണമായി ഫോർവേഡ്/ബാക്ക്വേഡ് റൺ ചെയ്യുക
ഓരോ ലക്ഷ്യത്തിലും പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗ്. ഇത് ഒരു പരിധിവരെ, വലിയ അളവിൽ സംവേദനക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
വേഗതയിൽ ചിലവ്.

--F1
MSV ഫിൽട്ടർ ഘട്ടത്തിനായി പി-മൂല്യം ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.02 ആണ്, അർത്ഥം
ഏറ്റവുമധികം സ്കോർ ചെയ്യുന്ന ഹോമോളോജസ് ലക്ഷ്യങ്ങളുടെ ഏകദേശം 2% കടന്നുപോകുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു
ഫിൽട്ടർ.

--F2
വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടർ സ്റ്റെപ്പിനായി പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജീകരിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.001 ആണ്.

--F3
ഫോർവേഡ് ഫിൽട്ടർ ഘട്ടത്തിനായി പി-വാല്യൂ ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി 1e-5 ആണ്.

--നോബിയാസ്
ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഓഫ് ചെയ്യുക. ഇത് ഒരു പരിധിവരെ സംവേദനക്ഷമത വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു, പക്ഷേ a-ൽ വരാം
വേഗതയിൽ ഉയർന്ന ചിലവ്, പ്രത്യേകിച്ചും ചോദ്യത്തിന് പക്ഷപാതപരമായ അവശിഷ്ട ഘടനയുണ്ടെങ്കിൽ (ഉദാ
ഒരു ആവർത്തന ശ്രേണി പ്രദേശം, അല്ലെങ്കിൽ അത് വലിയ പ്രദേശങ്ങളുള്ള ഒരു മെംബ്രൻ പ്രോട്ടീൻ ആണെങ്കിൽ
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി). ബയസ് ഫിൽട്ടർ ഇല്ലെങ്കിൽ, നിരവധി സീക്വൻസുകൾ ഫിൽട്ടർ കടന്നുപോകാം
പക്ഷപാതപരമായ ചോദ്യങ്ങളോടെ, പ്രതീക്ഷിച്ചതിലും മന്ദഗതിയിലുള്ള പ്രകടനത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്നു
കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ തീവ്രതയുള്ള ഫോർവേഡ്/ബാക്ക്‌വേർഡ് അൽഗോരിതങ്ങൾ അസാധാരണമായി കനത്തതാണ്
ലോഡ്.

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--nonull2
പക്ഷപാതപരമായ രചനയ്ക്കായി null2 സ്കോർ തിരുത്തലുകൾ ഓഫാക്കുക.

-Z നിങ്ങളുടെ തിരയലുകളിലെ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ആകെ എണ്ണം ആണെന്ന് ഉറപ്പിക്കുക , ആവശ്യങ്ങൾക്കായി
ടാർഗെറ്റുകളുടെ യഥാർത്ഥ എണ്ണത്തേക്കാൾ, ഓരോ ശ്രേണിയിലും ഇ-മൂല്യ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ
കണ്ടു.

--domZ
നിങ്ങളുടെ തിരയലുകളിലെ ടാർഗെറ്റുകളുടെ ആകെ എണ്ണം ആണെന്ന് ഉറപ്പിക്കുക , ആവശ്യങ്ങൾക്കായി
ടാർഗെറ്റുകളുടെ എണ്ണത്തിന് പകരം ഓരോ ഡൊമെയ്‌നും സോപാധികമായ ഇ-മൂല്യ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ
അത് റിപ്പോർട്ടിംഗ് പരിധികൾ കടന്നു.

--വിത്ത്
ക്രമരഹിത സംഖ്യ വിത്ത് സജ്ജമാക്കുക . പോസ്റ്റ് പ്രോസസ്സിംഗിലെ ചില ഘട്ടങ്ങൾ മോണ്ടെ ആവശ്യമാണ്
കാർലോ സിമുലേഷൻ. സ്ഥിരമായ ഒരു വിത്ത് (42) ഉപയോഗിക്കുന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
കൃത്യമായി പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്. മറ്റേതൊരു പോസിറ്റീവ് പൂർണ്ണസംഖ്യയും വ്യത്യസ്തമായി നൽകും (മാത്രമല്ല
പുനരുൽപ്പാദിപ്പിക്കാവുന്ന) ഫലങ്ങൾ. 0 എന്ന ചോയ്‌സ് ഏകപക്ഷീയമായി തിരഞ്ഞെടുത്ത ഒരു വിത്ത് ഉപയോഗിക്കുന്നു.

--qformat
ക്വറി സീക്വൻസ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റിലാണെന്ന് ഉറപ്പിക്കുക . അംഗീകൃത ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു
ഫാസ്റ്റ, embl, ജെൻബാങ്ക്, ddbj, uniprot, സ്റ്റോക്ക്ഹോം, pfam, അക്സനുമ്ക്സമ്, ഒപ്പം AFA.

--സിപിയു
സമാന്തര തൊഴിലാളി ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, HMMER ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ അത് കണ്ടെത്തുന്ന സിപിയു കോറുകളുടെ എണ്ണം - അതായത്, അത് പരമാവധിയാക്കാൻ ശ്രമിക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ ലഭ്യമായ പ്രോസസർ കോറുകളുടെ ഉപയോഗം. ക്രമീകരണം എണ്ണത്തേക്കാൾ ഉയർന്നത്
ലഭ്യമായ കോറുകൾക്ക് എന്തെങ്കിലും മൂല്യമുണ്ടെങ്കിൽ അത് വളരെ കുറവായിരിക്കും, എന്നാൽ നിങ്ങൾക്കത് എന്തെങ്കിലും സജ്ജമാക്കാൻ താൽപ്പര്യമുണ്ടാകാം
കുറവ്. ഒരു പരിസ്ഥിതി വേരിയബിൾ സജ്ജീകരിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഈ നമ്പർ നിയന്ത്രിക്കാനും കഴിയും,
HMMER_NCPU.

HMMER POSIX ത്രെഡുകൾ പിന്തുണയോടെ സമാഹരിച്ചതാണെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ ലഭ്യമാകൂ.
ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട്, എന്നാൽ നിങ്ങളുടെ സൈറ്റിനോ മെഷീനിനോ വേണ്ടി ഇത് ഓഫാക്കിയിരിക്കാം
എന്തെങ്കിലും കാരണം.

-- സ്റ്റാൾ
MPI മാസ്റ്റർ/വർക്കർ പതിപ്പ് ഡീബഗ്ഗ് ചെയ്യുന്നതിനായി: പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കാൻ ആരംഭിച്ചതിന് ശേഷം താൽക്കാലികമായി നിർത്തുക
റണ്ണിംഗ് മാസ്റ്ററിലേക്കും വർക്കർ(കൾ) പ്രക്രിയകളിലേക്കും ഡീബഗ്ഗറുകൾ അറ്റാച്ചുചെയ്യാൻ ഡവലപ്പർ. അയക്കുക
താൽക്കാലികമായി നിർത്താൻ SIGCONT സിഗ്നൽ. (ജിഡിബിക്ക് കീഴിൽ: (ജിഡിബി) സിഗ്നൽ അടുത്തത്)

(കംപൈൽ-ടൈമിൽ ഓപ്ഷണൽ MPI പിന്തുണ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ.)

--mpi ഉപയോഗിച്ച്, MPI മാസ്റ്റർ/വർക്കർ മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക എംപിരുൺ.

(കംപൈൽ-ടൈമിൽ ഓപ്ഷണൽ MPI പിന്തുണ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ.)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmscan ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക