macs2_bdgcmp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

macs2_bdgcmp - ചിപ്പ്-സീക്വൻസിംഗിനായുള്ള മോഡൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വിശകലനം

വിവരണം

ഉപയോഗം: macs2 bdgcmp [-h] -t TFILE -c CFILE [-S SFACTOR] [-p PSEUDOCOUNT]

[-m {ppois,qpois, കുറയ്ക്കുക,logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois, കുറയ്ക്കുക, logFE,FE,logLR,slogLR} ...]]
[--ഔട്ട്ഡിർ ഔട്ട്ഡിർ] (--o-പ്രിഫിക്സ് ഒപ്രിഫിക്സ് | -o ഫയൽ [ഓഫീൽ ...])

ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-t TFILE, --tfile TFILE
ചികിത്സ ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയൽ, ഉദാ *_treat_pileup.bdg MACSv2-ൽ നിന്ന്. ആവശ്യമാണ്

-c CFILE, --cfile CFILE
ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയൽ നിയന്ത്രിക്കുക, ഉദാ *_control_lambda.bdg MACSv2-ൽ നിന്ന്. ആവശ്യമാണ്

-S SFACTOR, --സ്കെയിലിംഗ്-ഘടകം SFACTOR
ചികിത്സയ്ക്കും നിയന്ത്രണ ട്രാക്കിനുമുള്ള സ്കെയിലിംഗ് ഘടകം. ഇത് 1.0 ആയി അല്ലെങ്കിൽ മിക്കയിടത്തും സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി സൂക്ഷിക്കുക
കേസുകൾ. നിങ്ങൾക്ക് MACS2 callpeak-ൽ നിന്ന് SPMR ഔട്ട്പുട്ട് ഉള്ളപ്പോൾ മാത്രം ഇത് സജ്ജീകരിക്കുക, ഒപ്പം പ്ലാൻ ചെയ്യുക
MACS2 കോൾപീക്ക് മൊഡ്യൂളായി സ്‌കോറുകൾ കണക്കാക്കുക. നിങ്ങൾക്ക് 'കോൾപീക്ക്' w/o അനുകരിക്കണമെങ്കിൽ
'--ടു-ലാർജ്', റിഡന്റ് ഫിൽട്ടർ ചെയ്തതിന് ശേഷം ഫലപ്രദമായ ചെറിയ സാമ്പിൾ സൈസ് കണക്കാക്കുക
ദശലക്ഷത്തിൽ വായിക്കുന്നു (ഉദാ, ഫലപ്രദമായ വായനകൾ 31.415926 ആണെങ്കിൽ 31,415,926 ഇടുക) കൂടാതെ ഇൻപുട്ടും
അത് '-എസ്' എന്നതിന്; 'കോൾപീക്ക് --വലിയ', വലിയ സാമ്പിളിൽ ഫലപ്രദമായ വായനകൾ കണക്കാക്കുക.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.0

-p PSEUDOCOUNT, --സ്യൂഡോകൗണ്ട് PSEUDOCOUNT
logLR, logFE അല്ലെങ്കിൽ FE എന്നിവ കണക്കാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന കപടസംഖ്യ. എണ്ണം പ്രയോഗിക്കും
സീക്വൻസിങ് ഡെപ്ത് നോർമലൈസേഷന് ശേഷം. ഡിഫോൾട്ട്: 0.0, കപട കണക്കുകളൊന്നും ബാധകമല്ല.

-m {ppois,qpois, കുറയ്ക്കുക, logFE,FE,logLR,slogLR}
[{ppois,qpois, കുറയ്ക്കുക, logFE,FE,logLR,slogLR} ...], --രീതി
{ppois,qpois, കുറയ്ക്കുക, logFE,FE,logLR,slogLR} [{ppois,qpois, കുറയ്ക്കുക, logFE,FE,logLR,slogLR}
...]
ചികിത്സാ മൂല്യം താരതമ്യം ചെയ്ത് ഏതെങ്കിലും ബിന്നിലെ സ്കോർ കണക്കാക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ട രീതി
നിയന്ത്രണ മൂല്യം. ലഭ്യമായ ചോയിസുകൾ ഇവയാണ്: ppois, qpois, കുറയ്ക്കുക, logFE, logLR, കൂടാതെ
സ്ലോഗ്എൽആർ. അവർ Poisson Pvalue പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു (-ലോഗ് 10(pvalue) ഫോം) നിയന്ത്രണം ലാംഡയായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
കൂടാതെ നിരീക്ഷണം എന്ന നിലയിലുള്ള ചികിത്സ, ക്യു-മൂല്യം ഒരു ബിഎച്ച് പ്രക്രിയയിലൂടെ പോയിസൻ മൂല്യങ്ങൾക്കായി,
ചികിത്സയിൽ നിന്ന് കുറയ്ക്കൽ, ലീനിയർ സ്കെയിൽ ഫോൾഡ് എൻറിച്മെന്റ്, ലോഗ്10 ഫോൾഡ്
സമ്പുഷ്ടമാക്കൽ (സ്യൂഡോകൗണ്ട് സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട്), ChIP- സമ്പുഷ്ടമായ മോഡലിന് ഇടയിലുള്ള ലോഗ്10 സാധ്യത
കൂടാതെ ഓപ്പൺ ക്രോമാറ്റിൻ മോഡൽ (സ്യൂഡോകൗണ്ട് സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട്), കൂടാതെ സിമ്മട്രിക് ലോഗ്10 സാധ്യത
രണ്ട് ചിപ്പ്-സമ്പുഷ്ടീകരണ മോഡലുകൾക്കിടയിൽ. ഡിഫോൾട്ട് ഓപ്ഷൻ ppois ആണ്.

--പുറം പുറത്ത്
വ്യക്തമാക്കിയാൽ എല്ലാ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളും ആ ഡയറക്‌ടറിയിലേക്ക് എഴുതപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി: the
നിലവിലെ പ്രവർത്തന ഡയറക്ടറി

--o-പ്രിഫിക്സ് ഒപ്രിഫിക്സ്
സ്കോറുകൾ എഴുതുന്നതിനുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ബെഡ്ഗ്രാഫ് ഫയലിന്റെ പ്രിഫിക്സ്. എ എന്നും രീതി എന്നും നൽകിയാൽ
'ppois' ആണ്, ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ A_ppois.bdg ആയിരിക്കും. പരസ്പരവിരുദ്ധമായി -o/--ഓഫിൽ.

-o ഫയൽ [ഓഫീൽ ...], --ofile ഫയൽ [ഓഫീൽ ...]
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്. പരസ്പരവിരുദ്ധമായി --o-പ്രിഫിക്സ്. നമ്പറും ക്രമവും
എന്നതിനായുള്ള വാദങ്ങൾ --ofile എന്നതിന് സമാനമായിരിക്കണം -m.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് macs2_bdgcmp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക