മമ്മർ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

mummer - ഒന്നിലധികം ജീനോമുകളുടെ ക്രമ വിന്യാസത്തിനുള്ള പാക്കേജ്

സിനോപ്സിസ്

മമ്മർ-വിവരണം
MUM-കൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക
dnadiff [ഓപ്ഷനുകൾ]അല്ലെങ്കിൽ [ഓപ്ഷനുകൾ]-d<ഡെൽറ്റഫയൽ>
കൃത്യമായ-ടാൻഡെമുകൾ
വിടവുകൾ
മാപ്പ് വ്യൂ [ഓപ്ഷനുകൾ]<കോർഡുകൾഫയൽ>[UTRകോർഡുകൾ][സിഡിഎസ്കോർഡുകൾ]
mgaps [-ഡി][-എഫ്][-എൽ][-സെ]
മമ്മർ [ഓപ്ഷനുകൾ]
മമ്മർപ്ലോട്ട് [ഓപ്ഷനുകൾ]<മത്സരംഫയൽ>
സംഖ്യ [ഓപ്ഷനുകൾ]
nucmer2xfig
പ്രൊമർ [ഓപ്ഷനുകൾ]
ആവർത്തന-പൊരുത്തം [ഓപ്ഷനുകൾ]
റൺ-മമ്മർ1 <വേഗതറഫറൻസ്><വേഗതചോദ്യം>[-r]
റൺ-മമ്മർ3 <വേഗതറഫറൻസ്><മൾട്ടി ഫാസ്റ്റചോദ്യം>
കാണിക്കുക-അലൈൻ ചെയ്യുന്നു [ഓപ്ഷനുകൾ]<refഐഡി><qryഐഡി>

ഇൻപുട്ട് എന്നത് "nucmer" അല്ലെങ്കിൽ "promer" പ്രോഗ്രാമിന്റെ .delta ഔട്ട്പുട്ടാണ്
കമാൻഡ് ലൈൻ.

ഔട്ട്‌പുട്ട് stdout ആണ്, കൂടാതെ അന്വേഷണത്തിനും റഫറൻസിനും ഇടയിലുള്ള എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
കമാൻഡ് ലൈനിൽ സീക്വൻസുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞു.

ശ്രദ്ധിക്കുക: ഡിഫോൾട്ടായി സോർട്ടിംഗൊന്നും ചെയ്യപ്പെടുന്നില്ല, അതിനാൽ അലൈൻമെന്റുകൾ അതിൽ കാണുന്നതുപോലെ ഓർഡർ ചെയ്യപ്പെടും
ദി ഇൻപുട്ട്.
ഷോ-കോർഡുകൾ [ഓപ്ഷനുകൾ]
ഷോ-എസ്എൻപിഎസ് [ഓപ്ഷനുകൾ]
ഷോ-ടൈലിംഗ് [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഓപ്ഷനുകൾ

എല്ലാ ടൂളുകളും (വിടവുകൾ ഒഴികെ) -h, --help, -V, --version ഓപ്‌ഷനുകൾ ഒരു പോലെ അനുസരിക്കുന്നു
പ്രതീക്ഷിക്കുക. ഈ സഹായം മികച്ചതും ഈ മാൻ പേജുകളെ അടിസ്ഥാനപരമായി കാലഹരണപ്പെടുത്തുന്നതുമാണ്.
MUM-കൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുക MUM-കളെ സംയോജിപ്പിക്കുന്നു MUM-കൾ തമ്മിലുള്ള മത്സരങ്ങൾ നീട്ടിക്കൊണ്ട്.
റഫറൻസ് സീക്വൻസിൻറെ ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫയലാണ്. ഒരു മൾട്ടി-
റഫറൻസുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ ഫാസ്റ്റ ഫയൽ

-ഡി വ്യത്യാസം സ്ഥാനങ്ങൾ stdout ചെയ്യാൻ മാത്രം ഔട്ട്പുട്ട്
കഥാപാത്രങ്ങളും
-n ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ, അതായത് എസിജിടികൾക്കിടയിൽ മാത്രം പൊരുത്തങ്ങൾ അനുവദിക്കുക
-N നം ബ്രേക്ക് മത്സരങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ കൂടുതൽ തുടർച്ചയായ നോൺ-എസിജിടികൾ
-ക്യു ടാഗ് അന്വേഷണ പൊരുത്തം ലേബൽ ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
-r ടാഗ് റഫറൻസ് പൊരുത്തം ലേബൽ ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
-S സ്ട്രിംഗുകളിലെ എല്ലാ വ്യത്യാസങ്ങളും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക
-t ലേബൽ ക്വറി ക്വറി ഫാസ്റ്റ ഹെഡറുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു
-v നം അധിക ഔട്ട്പുട്ടിനായി വെർബോസ് ലെവൽ സജ്ജമാക്കുക
-W ഫയൽ default ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ നാമം witherrors.gaps പുനഃസജ്ജമാക്കുക
-x .കവർ ഫയലുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്
-e പിശക് നിരക്ക് കട്ട്ഓഫ് e ആയി സജ്ജമാക്കുക (ഉദാ: 0.02 രണ്ട് ശതമാനം ആണ്)
dnadiff ന്യൂക്മറും അതുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതുമായ രണ്ട് സീക്വൻസ് സെറ്റുകളുടെ താരതമ്യ വിശകലനം പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന പാരാമീറ്ററുകൾ ഉള്ള യൂട്ടിലിറ്റികൾ. കൂടുതൽ വിശദമായി MUMmer ഡോക്യുമെന്റേഷൻ കാണുക
ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ വിവരണം. ഇനിപ്പറയുന്ന ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു:

.റിപ്പോർട്ട് - വിന്യാസങ്ങൾ, വ്യത്യാസങ്ങൾ, എസ്എൻപികൾ എന്നിവയുടെ സംഗ്രഹം
.delta - സ്റ്റാൻഡേർഡ് ന്യൂക്മർ അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട്
.1delta - 1-to-1 alignment from delta-filter -1
.mdelta - ഡെൽറ്റ-ഫിൽട്ടറിൽ നിന്ന് M-to-M വിന്യാസം -m
.1coords - ഷോ-കോർഡുകളിൽ നിന്നുള്ള 1 മുതൽ 1 വരെ കോർഡിനേറ്റുകൾ -THrcl .1delta
.mcoords - ഷോ-കോർഡുകളിൽ നിന്നുള്ള M-to-M കോർഡിനേറ്റുകൾ -THrcl .mdelta
.snps - show-snps -rlTHC .1delta-ൽ നിന്നുള്ള SNP-കൾ
.rdiff - show-diff -rH .mdelta-ൽ നിന്നുള്ള ക്ലാസിഫൈഡ് റെഫ് ബ്രേക്ക്‌പോയിന്റുകൾ
.qdiff - show-diff -qH .mdelta-ൽ നിന്നുള്ള ക്ലാസിഫൈഡ് qry ബ്രേക്ക്‌പോയിന്റുകൾ
.unref - അലൈൻ ചെയ്യാത്ത റഫറൻസ് ഐഡികളും നീളവും (ബാധകമെങ്കിൽ)
.unqry - അലൈൻ ചെയ്യാത്ത അന്വേഷണ ഐഡികളും നീളവും (ബാധകമെങ്കിൽ)

നിർബന്ധം:
reference ഇൻപുട്ട് റഫറൻസ് മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫയൽനാമം സജ്ജമാക്കുക
ചോദ്യം ഇൻപുട്ട് ചോദ്യം മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫയൽനാമം സജ്ജമാക്കുക
or
delta ഫയൽ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാത്ത .delta alignment file from nucmer

ഓപ്ഷനുകൾ:
-d|delta വിശകലനത്തിനായി പ്രീകംപ്യൂട്ടഡ് ഡെൽറ്റ ഫയൽ നൽകുക
-h
--സഹായം സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-p|പ്രിഫിക്‌സ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളുടെ പ്രിഫിക്‌സ് സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് "ഔട്ട്")
-V
--version പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

മാപ്പ് വ്യൂ
-h
--സഹായം സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-m|mag ചിത്രം റെൻഡർ ചെയ്യുന്ന മാഗ്‌നിഫിക്കേഷൻ സജ്ജമാക്കുക,
ഇത് സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന fig2dev-നുള്ള ഒരു ഓപ്ഷനാണ്
PDF, PS ഫയലുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1.0)
-n|num പാർട്ടീഷൻ ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുക
ഔട്ട്പുട്ട്, ഇതും ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത് ഒഴിവാക്കാനാണ്
പ്രദർശിപ്പിക്കാൻ വലുത് (ഡിഫോൾട്ട് 10)
-p|പ്രിഫിക്സ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ പ്രിഫിക്സ് സജ്ജമാക്കുക
(ഡിഫോൾട്ട് "PROMER_graph അല്ലെങ്കിൽ NUCMER_graph")
-v
--verbose പ്രോസസ്സ് ചെയ്ത ഫയലുകളുടെ വെർബോസ് ലോഗിംഗ്
-V
--version പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-x1 coord ഡിസ്പ്ലേയുടെ താഴ്ന്ന കോർഡിനേറ്റ് ബൗണ്ട് സജ്ജമാക്കുക
-x2 coord ഡിസ്പ്ലേയുടെ മുകളിലെ കോർഡിനേറ്റ് ബൗണ്ട് സജ്ജമാക്കുക
-g|ref ഇൻപുട്ട് ഫയൽ നൽകിയിരിക്കുന്നത് 'mgaps' ആണെങ്കിൽ, സെറ്റ് ചെയ്യുക
റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഐഡി (ആദ്യ നിരയിൽ കാണുന്നത് പോലെ
UTR/CDS കോർഡ് ഫയലിന്റെ)
-ഞാൻ അന്വേഷണ സീക്വൻസുകളുടെ പേര് പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു
റഫറൻസ് ജീനുകളുടെ പേര് പ്രദർശിപ്പിക്കുക
മമ്മർ ആവശ്യത്തിന് നീളമുള്ള എല്ലാറ്റിന്റെയും സ്ഥാനങ്ങളും ദൈർഘ്യവും കണ്ടെത്തി ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക (stdout-ലേക്ക്).
ഒരു സബ്‌സ്‌ട്രിംഗിന്റെ പരമാവധി പൊരുത്തങ്ങൾ ഒപ്പം

-mum രണ്ട് സീക്വൻസുകളിലും അദ്വിതീയമായ പരമാവധി പൊരുത്തങ്ങൾ കണക്കാക്കുക
-mumcand -mumreference പോലെ തന്നെ
-mumreference കംപ്യൂട്ടിൽ അദ്വിതീയമായ പരമാവധി പൊരുത്തങ്ങൾ
റഫറൻസ്-സീക്വൻസ് എന്നാൽ അന്വേഷണ-ക്രമത്തിൽ ആവശ്യമില്ല
(സ്ഥിരസ്ഥിതി)
-maxmatch എല്ലാ മാക്സിമൽ പൊരുത്തങ്ങളും അവയുടെ പ്രത്യേകത പരിഗണിക്കാതെ കണക്കാക്കുക
-n a, c, g, അല്ലെങ്കിൽ t എന്ന അക്ഷരങ്ങൾ മാത്രം പൊരുത്തപ്പെടുത്തുക
അവ വലിയ അക്ഷരത്തിലോ ചെറിയ അക്ഷരത്തിലോ ആകാം
-l ഒരു മത്സരത്തിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കി
സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ, സ്ഥിര മൂല്യം 20 ആണ്
-ബി കമ്പ്യൂട്ട് ഫോർവേഡ്, റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് പൊരുത്തങ്ങൾ
-r റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് പൊരുത്തങ്ങൾ മാത്രം കണക്കാക്കുക
-കൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സബ്‌സ്ട്രിംഗുകൾ കാണിക്കുന്നു
-c റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് മാച്ചിന്റെ അന്വേഷണ-സ്ഥാനം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
യഥാർത്ഥ അന്വേഷണ ക്രമവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ്
-എഫ് ഫോഴ്സ് 4 കോളം ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് പരിഗണിക്കാതെ എണ്ണം
റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഇൻപുട്ടുകൾ
ഹെഡർ ലൈനിലെ അന്വേഷണ ശ്രേണികളുടെ ദൈർഘ്യം -L കാണിക്കുന്നു
കന്യാസ്ത്രീ
nucmer രണ്ട് mutli-FASTA ഇൻപുട്ടുകൾക്കിടയിൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് വിന്യാസം സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ഫയലുകൾ. രണ്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു. .cluster ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ ലിസ്റ്റുകൾ
ഓരോ സീക്വൻസിനുമിടയിലുള്ള പൊരുത്തങ്ങളുടെ കൂട്ടങ്ങൾ. .delta ഫയൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുന്നു
പരമാവധി സ്കോറിംഗ് സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും ഇല്ലാതാക്കലും തമ്മിലുള്ള ദൂരം
ഓരോ സീക്വൻസിനുമിടയിലുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ.

നിർബന്ധം:
റഫറൻസ് ഇൻപുട്ട് റഫറൻസ് മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫയൽനാമം സജ്ജമാക്കുക
ചോദ്യം ഇൻപുട്ട് ക്വറി മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഫയൽനാമം സജ്ജമാക്കുക

--mum രണ്ട് റഫറൻസിലും അദ്വിതീയമായ ആങ്കർ പൊരുത്തങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
അന്വേഷണവും
--mumcand --mumreference
--mumreference റഫറൻസിൽ അദ്വിതീയമായ ആങ്കർ പൊരുത്തങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
എന്നാൽ അന്വേഷണത്തിൽ അതുല്യമായിരിക്കണമെന്നില്ല (സ്ഥിര സ്വഭാവം)
--maxmatch എല്ലാ ആങ്കർ പൊരുത്തങ്ങളും അവയുടെ പ്രത്യേകത പരിഗണിക്കാതെ ഉപയോഗിക്കുക

-b|breaklen ഒരു വിന്യാസ വിപുലീകരണം ശ്രമിക്കുന്ന ദൂരം സജ്ജമാക്കുക
ഉപേക്ഷിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് മോശം സ്കോറിംഗ് മേഖലകൾ നീട്ടുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 200)
-c|mincluster പൊരുത്തങ്ങളുടെ ഒരു ക്ലസ്റ്ററിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 65)
--[no]delta ഡെൽറ്റ ഫയലിന്റെ നിർമ്മാണം ടോഗിൾ ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി --delta)
--ആശ്രിതത്വ വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-d|diagfactor ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഡയഗണൽ വ്യത്യാസം വേർതിരിക്കൽ ഘടകം സജ്ജമാക്കുക
(സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.12)
--[no]വിപുലീകരിക്കുക ക്ലസ്റ്റർ വിപുലീകരണ ഘട്ടം ടോഗിൾ ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി --വിപുലീകരിക്കുക)
-f
--forward ക്വറി സീക്വൻസുകളുടെ ഫോർവേഡ് സ്ട്രാൻഡ് മാത്രം ഉപയോഗിക്കുക
-g|maxgap a-യിൽ അടുത്തുള്ള രണ്ട് പൊരുത്തങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള പരമാവധി വിടവ് സജ്ജമാക്കുക
ക്ലസ്റ്റർ (ഡിഫോൾട്ട് 90)
-h
--സഹായം സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-l|minmatch ഒരൊറ്റ പൊരുത്തത്തിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 20)
-o
--coords യഥാർത്ഥ NUCmer1.1 കോർഡുകൾ സ്വയമേവ സൃഷ്ടിക്കുന്നു
'ഷോ-കോർഡ്സ്' പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ
--[no]ഒപ്റ്റിമൈസ് അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ടോഗിൾ ചെയ്യുക, അതായത് ഒരു വിന്യാസമാണെങ്കിൽ
വിപുലീകരണം ഒരു ശ്രേണിയുടെ അവസാനത്തിൽ എത്തുന്നു, അത് ബാക്ക്ട്രാക്ക് ചെയ്യും
അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിന് പകരം അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ
ക്രമത്തിന്റെ അവസാനത്തിൽ വിന്യാസം (ഡിഫോൾട്ട് --ഒപ്റ്റിമൈസ്)
-p|പ്രിഫിക്‌സ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളുടെ പ്രിഫിക്‌സ് സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് "ഔട്ട്")
-r
--റിവേഴ്സ് ക്വറി സീക്വൻസുകളുടെ റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് മാത്രം ഉപയോഗിക്കുക
--[ഇല്ല] ഷാഡോഡ് ക്ലസ്റ്ററുകൾ നീക്കം ചെയ്തുകൊണ്ട് അലൈൻമെന്റുകൾ ലളിതമാക്കുക. വളവ്
കാണുന്നതിനായി ഒരു സീക്വൻസ് സ്വയം വിന്യസിക്കുകയാണെങ്കിൽ ഈ ഓപ്ഷൻ ഓഫാണ്
ആവർത്തനങ്ങൾക്കായി (ഡിഫോൾട്ട് --ലളിതമാക്കുക)

പ്രൊമർ
രണ്ട് mutli-FASTA DNA ഇൻപുട്ടുകൾക്കിടയിൽ promer അമിനോ ആസിഡ് വിന്യാസം സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ഫയലുകൾ. രണ്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു. .cluster ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ ലിസ്റ്റുകൾ
ഓരോ സീക്വൻസിനുമിടയിലുള്ള പൊരുത്തങ്ങളുടെ കൂട്ടങ്ങൾ. .delta ഫയൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുന്നു
പരമാവധി സ്കോറിംഗ് സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും ഇല്ലാതാക്കലും തമ്മിലുള്ള ദൂരം
ഓരോ സീക്വൻസിനുമിടയിലുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ. ഡിഎൻഎ ഇൻപുട്ട് എല്ലാ 6 ലേക്കും വിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെടുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് ജനറേറ്റ് ചെയ്യുന്നതിനായി ഫ്രെയിമുകൾ വായിക്കുന്നു, പക്ഷേ ഔട്ട്പുട്ട് കോർഡിനേറ്റ് ചെയ്യുന്നു
യഥാർത്ഥ DNA ഇൻപുട്ട് പരാമർശിക്കുക.

നിർബന്ധം:
റഫറൻസ് ഇൻപുട്ട് റഫറൻസ് മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഡിഎൻഎ ഫയൽ സജ്ജമാക്കുക
ചോദ്യം ഇൻപുട്ട് ക്വറി മൾട്ടി-ഫാസ്റ്റ ഡിഎൻഎ ഫയൽ സജ്ജമാക്കുക

--mum രണ്ട് റഫറൻസിലും അദ്വിതീയമായ ആങ്കർ പൊരുത്തങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
അന്വേഷണവും
--mumcand --mumreference
--mumreference റഫറൻസിൽ അദ്വിതീയമായ ആങ്കർ പൊരുത്തങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക
എന്നാൽ അന്വേഷണത്തിൽ അതുല്യമായിരിക്കണമെന്നില്ല (സ്ഥിര സ്വഭാവം)
--maxmatch എല്ലാ ആങ്കർ പൊരുത്തങ്ങളും അവയുടെ പ്രത്യേകത പരിഗണിക്കാതെ ഉപയോഗിക്കുക

-b|breaklen ഒരു വിന്യാസ വിപുലീകരണം ശ്രമിക്കുന്ന ദൂരം സജ്ജമാക്കുക
ഉപേക്ഷിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് മോശം സ്‌കോറിംഗ് മേഖലകൾ വിപുലീകരിക്കുക, അളക്കുക
അമിനോ ആസിഡുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 60)
-c|mincluster മാച്ചുകളുടെ ഒരു ക്ലസ്റ്ററിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജീകരിക്കുന്നു
അമിനോ ആസിഡുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 20)
--[no]delta ഡെൽറ്റ ഫയലിന്റെ നിർമ്മാണം ടോഗിൾ ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി --delta)
--ആശ്രിതത്വ വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക
-d|diagfactor ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഡയഗണൽ വ്യത്യാസം വേർതിരിക്കൽ ഘടകം സജ്ജമാക്കുക
(സ്ഥിരസ്ഥിതി .11)
--[no]വിപുലീകരിക്കുക ക്ലസ്റ്റർ വിപുലീകരണ ഘട്ടം ടോഗിൾ ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി --വിപുലീകരിക്കുക)
-g|maxgap a-യിൽ അടുത്തുള്ള രണ്ട് പൊരുത്തങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള പരമാവധി വിടവ് സജ്ജമാക്കുക
അമിനോ ആസിഡുകളിൽ അളക്കുന്ന ക്ലസ്റ്റർ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 30)
-l|minmatch അമിനോയിൽ അളക്കുന്ന ഒരൊറ്റ പൊരുത്തം ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുക
ആസിഡുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 6)
-m|masklen അമിനോയിൽ അളക്കുന്ന പരമാവധി ബുക്ക്‌എൻഡ് മാസ്കിംഗ് ലെന്ത് സജ്ജമാക്കുക
ആസിഡുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 8)
-o
--coords യഥാർത്ഥ PROmer1.1 ".coords" യാന്ത്രികമായി ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു
"ഷോ-കോർഡ്സ്" പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ
--[no]ഒപ്റ്റിമൈസ് അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ടോഗിൾ ചെയ്യുക, അതായത് ഒരു വിന്യാസമാണെങ്കിൽ
വിപുലീകരണം ഒരു ശ്രേണിയുടെ അവസാനത്തിൽ എത്തുന്നു, അത് ബാക്ക്ട്രാക്ക് ചെയ്യും
അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിന് പകരം അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യാൻ
ക്രമത്തിന്റെ അവസാനത്തിൽ വിന്യാസം (ഡിഫോൾട്ട് --ഒപ്റ്റിമൈസ്)

-p|പ്രിഫിക്‌സ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളുടെ പ്രിഫിക്‌സ് സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് "ഔട്ട്")
-x|മാട്രിക്സ് അലൈൻമെന്റ് മാട്രിക്സ് നമ്പർ 1 [ബ്ലോസം 45] ആയി സജ്ജമാക്കുക,
2 [ബ്ലോസം 62] അല്ലെങ്കിൽ 3 [ബ്ലോസം 80] (സ്ഥിരസ്ഥിതി 2)
ആവർത്തന-പൊരുത്തം എല്ലാ കൃത്യമായ പൊരുത്തങ്ങളും കണ്ടെത്തുക
-ഇ പൊരുത്തങ്ങൾ കണ്ടെത്താൻ സമഗ്രമായ (സ്ലോ) തിരയൽ ഉപയോഗിക്കുക
-f ഫോർവേഡ് സ്ട്രാൻഡ് മാത്രം, റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് ഉപയോഗിക്കരുത്
-n # ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കൃത്യമായ പൊരുത്ത ദൈർഘ്യം # ആയി സജ്ജമാക്കുക
-t ഔട്ട്പുട്ട് ടാൻഡം ആവർത്തനങ്ങൾ മാത്രം
-V # വെർബോസ് (ഡീബഗ്ഗിംഗ്) പ്രിന്റിംഗിന്റെ ലെവൽ # ആയി സജ്ജമാക്കുക
കാണിക്കുക-അലൈൻ ചെയ്യുന്നു
-h സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
-q ക്വറി സ്റ്റാർട്ട് കോർഡിനേറ്റ് പ്രകാരം അലൈൻമെന്റുകൾ അടുക്കുക
-r റഫറൻസ് സ്റ്റാർട്ട് കോർഡിനേറ്റ് പ്രകാരം വിന്യാസങ്ങൾ അടുക്കുക
-w int സ്ക്രീൻ വീതി സജ്ജമാക്കുക - സ്ഥിരസ്ഥിതി 60 ആണ്
-x int മാട്രിക്സ് തരം സജ്ജമാക്കുക - ഡിഫോൾട്ട് 2 ആണ് (BLOSUM 62),
മറ്റ് ഓപ്ഷനുകളിൽ 1 (BLOSUM 45), 3 (BLOSUM 80) എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു
ശ്രദ്ധിക്കുക: അമിനോ ആസിഡ് വിന്യാസത്തിൽ മാത്രമേ സ്വാധീനം ചെലുത്തൂ
ഷോ-കോർഡുകൾ
-b മാച്ച് ഡയർ പരിഗണിക്കാതെ ഓവർലാപ്പിംഗ് അലൈൻമെന്റുകൾ ലയിപ്പിക്കുന്നു
അല്ലെങ്കിൽ ഫ്രെയിം കൂടാതെ ഏതെങ്കിലും ഐഡന്റിറ്റി വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നില്ല.
-B ഔട്ട്‌പുട്ട് btab ഫോർമാറ്റിലേക്ക് മാറ്റുക
-c ഔട്ട്പുട്ടിൽ ശതമാനം കവറേജ് വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക
-d അധികമായി വിന്യാസ ദിശ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
FRM നിരകൾ (പ്രോമറിനുള്ള ഡിഫോൾട്ട്)
-g ഒഴിവാക്കിയ ഓപ്ഷൻ. പകരം 'delta-filter' ഉപയോഗിക്കുക
-h സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
-H ഔട്ട്പുട്ട് ഹെഡർ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്
-ഞാൻ ഫ്ലോട്ട് പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിന് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി സജ്ജമാക്കുക
-k നോക്കൗട്ട് (പ്രദർശിപ്പിക്കരുത്) ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്ന വിന്യാസങ്ങൾ
മറ്റൊരു ഫ്രെയിമിലെ മറ്റൊരു വിന്യാസം 50% ൽ കൂടുതൽ
അവയുടെ നീളം, കൂടാതെ ഒരു ചെറിയ ശതമാനം സാമ്യമുണ്ട്
അല്ലെങ്കിൽ മറ്റ് വിന്യാസത്തിന്റെ വലിപ്പത്തിന്റെ 75% ൽ താഴെയാണ്
(പ്രോമർ മാത്രം)
-l ഔട്ട്പുട്ടിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യ വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക
-L നീളം പ്രദർശിപ്പിക്കാൻ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിന്യാസ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുക
-o രണ്ട് സീക്വൻസുകൾക്കിടയിലുള്ള പരമാവധി വിന്യാസങ്ങൾ വ്യാഖ്യാനിക്കുക, അതായത്
റഫറൻസ്, ക്വറി സീക്വൻസുകൾക്കിടയിൽ ഓവർലാപ് ചെയ്യുന്നു
-q അന്വേഷണ ഐഡികളും കോർഡിനേറ്റുകളും അനുസരിച്ച് ഔട്ട്‌പുട്ട് ലൈനുകൾ അടുക്കുക
-r റഫറൻസ് ഐഡികളും കോർഡിനേറ്റുകളും അനുസരിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് ലൈനുകൾ അടുക്കുക
-T ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് മാറുക

ഇൻപുട്ട് എന്നത് "nucmer" അല്ലെങ്കിൽ "promer" പ്രോഗ്രാമിന്റെ .delta ഔട്ട്പുട്ടാണ്
കമാൻഡ് ലൈൻ.

ഔട്ട്‌പുട്ട് stdout ആണ്, കൂടാതെ കോർഡിനേറ്റുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ്, ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി എന്നിവയും മറ്റുള്ളവയും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ആയി ഉപയോഗിക്കുന്ന .delta ഫയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന അലൈൻമെന്റ് ഡാറ്റയെ സംബന്ധിച്ച ഉപയോഗപ്രദമായ വിവരങ്ങൾ
ഇൻപുട്ട്.

ശ്രദ്ധിക്കുക: ഡിഫോൾട്ടായി സോർട്ടിംഗൊന്നും ചെയ്യപ്പെടുന്നില്ല, അതിനാൽ അലൈൻമെന്റുകൾ കണ്ടെത്തിയതുപോലെ ഓർഡർ ചെയ്യപ്പെടും
ൽ ഇൻപുട്ട്.
ഷോ-എസ്എൻപിഎസ്
-സി അവ്യക്തതയുള്ള വിന്യാസത്തിൽ നിന്ന് എസ്എൻപികൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യരുത്
മാപ്പിംഗ്, അതായത് [R] ഉം [Q] ഉം ഉള്ള SNP-കൾ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
നിരകൾ 0 ന് തുല്യമാണ്, ഈ നിരകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്
-h സഹായ വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
-H ഔട്ട്പുട്ട് ഹെഡർ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്
-ഞാൻ ഇൻഡലുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നില്ല
-l ഔട്ട്പുട്ടിൽ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യ വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക
-q അന്വേഷണ ഐഡികളും എസ്എൻപി സ്ഥാനങ്ങളും അനുസരിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് ലൈനുകൾ അടുക്കുക
-r റഫറൻസ് ഐഡികളും എസ്എൻപി സ്ഥാനങ്ങളും അനുസരിച്ച് ഔട്ട്പുട്ട് ലൈനുകൾ അടുക്കുക
-S പാസിംഗ് വഴി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യേണ്ട അലൈൻമെന്റുകൾ വ്യക്തമാക്കുക
stdin-ലേക്കുള്ള 'show-coords' ലൈനുകൾ
-T ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് മാറുക
-x int ചുറ്റുമുള്ള SNP സന്ദർഭത്തിന്റെ x പ്രതീകങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക
ഔട്ട്പുട്ട്, ഡിഫോൾട്ട് 0

ഇൻപുട്ട് എന്നത് കമാൻഡിൽ പാസ്സാക്കിയ ന്യൂക്മർ അല്ലെങ്കിൽ പ്രൊമർ പ്രോഗ്രാമിന്റെ .ഡെൽറ്റ ഔട്ട്പുട്ടാണ്
ലൈൻ.

ഔട്ട്‌പുട്ട് stdout ആണ്, കൂടാതെ SNP-കളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് (അല്ലെങ്കിൽ അമിനോ ആസിഡ് പകരം വയ്ക്കുന്നത്
promer) സ്ഥാനങ്ങളും മറ്റ് ഉപയോഗപ്രദമായ വിവരങ്ങളും. ഔട്ട്പുട്ട് ഡിഫോൾട്ടായി -r ഉപയോഗിച്ച് അടുക്കും
കൂടാതെ [BUFF] കോളം എല്ലായ്പ്പോഴും സ്ഥാനങ്ങൾ ക്രമീകരിച്ച ക്രമത്തെ സൂചിപ്പിക്കും.
ഈ മൂല്യം ഈ എസ്എൻപിയിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള പൊരുത്തക്കേടിലേക്കുള്ള ദൂരം വ്യക്തമാക്കുന്നു (വിന്യാസത്തിന്റെ അവസാനം,
indel, SNP, etc) ഒരേ വിന്യാസത്തിൽ, [DIST] കോളം ദൂരം വ്യക്തമാക്കുന്നു
ഈ SNP മുതൽ ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള സീക്വൻസ് അവസാനം വരെ. [R], [Q] നിരകളുള്ള SNP-കൾ
0-ൽ കൂടുതലുള്ളത് ജാഗ്രതയോടെ വിലയിരുത്തണം, കാരണം ഈ നിരകൾ അവയുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുന്നു
ഈ സ്ഥാനം ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്ന മറ്റ് വിന്യാസങ്ങൾ. SNP-കളിൽ നിന്ന് മാത്രമേ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടുള്ളൂവെന്ന് ഉറപ്പാക്കാൻ -C ഉപയോഗിക്കുക
അദ്വിതീയ വിന്യാസ മേഖലകൾ.

ഷോ-ടൈലിംഗ്
-a ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് പ്രിന്റ് ചെയ്തുകൊണ്ട് ടൈലിംഗ് പാത വിവരിക്കുക
വിന്യാസ മേഖല stdout-ലേക്ക് ഏകോപിപ്പിക്കുന്നു
-c റഫറൻസ് സീക്വൻസുകൾ വൃത്താകൃതിയിലാണെന്ന് കരുതുക, അനുവദിക്കുക
ഉത്ഭവം വ്യാപിക്കാൻ ടൈൽ ചെയ്ത കോണ്ടിഗുകൾ
-g int ക്ലസ്റ്റേർഡ് വിന്യാസങ്ങൾക്കിടയിൽ പരമാവധി വിടവ് സജ്ജമാക്കുക [-1, INT_MAX]
-1 എന്ന മൂല്യം അനന്തതയെ പ്രതിനിധീകരിക്കും
(ന്യൂക്മർ ഡിഫോൾട്ട് = 1000)
(പ്രോമർ ഡിഫോൾട്ട് = -1)
-ഐ ഫ്ലോട്ട് ടൈലിലേക്ക് കുറഞ്ഞ ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റി സജ്ജീകരിക്കുക [0.0, 100.0]
(ന്യൂക്മർ ഡിഫോൾട്ട് = 90.0)
(പ്രോമർ ഡിഫോൾട്ട് = 55.0)
-l int [-1, INT_MAX] റിപ്പോർട്ടുചെയ്യാൻ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ നീളം സജ്ജീകരിക്കുക
-1 എന്ന മൂല്യം അനന്തതയെ പ്രതിനിധീകരിക്കും
(പൊതുവായ സ്ഥിരസ്ഥിതി = 1)
-p ഫയൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് അന്വേഷണത്തിന്റെ ഒരു വ്യാജ തന്മാത്ര 'ഫയൽ' ആയി മാറുന്നു
-R ക്രമരഹിതമായി അവ സ്ഥാപിക്കുന്നതിലൂടെ ആവർത്തിച്ചുള്ള കോണ്ടിഗുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുക
അവരുടെ കോപ്പി ലൊക്കേഷനുകളിലൊന്നിൽ (അതായത് -V 0)
-t ഫയൽ ഓരോ അന്വേഷണ ക്രമത്തിന്റെയും TIGR സ്റ്റൈൽ contig ലിസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക
അത് റഫറൻസുമായി വേണ്ടത്ര പൊരുത്തപ്പെടുന്നു (വൃത്താകൃതിയിൽ അല്ലാത്തത്)
-u ഫയൽ ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് അലൈൻമെന്റ് റീജിയൻ കോർഡിനേറ്റുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക
'ഫയൽ' ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കാനാകാത്ത കോൺടിഗുകൾ
-v ഫ്ലോട്ട് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോൺടിഗ് കവറേജ് ടൈലായി സജ്ജമാക്കുക [0.0, 100.0]
(ന്യൂക്മർ ഡിഫോൾട്ട് = 95.0) വ്യക്തിഗത വിന്യാസങ്ങളുടെ ആകെത്തുക
(പ്രോമർ ഡിഫോൾട്ട് = 50.0) സിന്റനിക് മേഖലയുടെ പരിധി
-വി ഫ്ലോട്ട് മിനിമം കോൺടിഗ് കവറേജ് വ്യത്യാസം സജ്ജമാക്കുക [0.0, 100.0]
അതായത് ഒരു വിന്യാസം നിർണ്ണയിക്കാൻ ആവശ്യമായ വ്യത്യാസം
മറ്റൊരു വിന്യാസത്തേക്കാൾ മികച്ചതാണ്
(ന്യൂക്മർ ഡിഫോൾട്ട് = 10.0) വ്യക്തിഗത വിന്യാസങ്ങളുടെ ആകെത്തുക
(പ്രോമർ ഡിഫോൾട്ട് = 30.0) സിന്റനിക് മേഖലയുടെ പരിധി
-x XML contig പ്രിന്റ് ചെയ്തുകൊണ്ട് ടൈലിംഗ് പാത വിവരിക്കുക
stdout-ലേക്ക് വിവരങ്ങൾ ലിങ്ക് ചെയ്യുന്നു

ന്യൂക്മർ പ്രോഗ്രാമിന്റെ .delta ഔട്ട്പുട്ടാണ് ഇൻപുട്ട്, വളരെ സമാനമായ സീക്വൻസ് ഡാറ്റയിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ
പ്രൊമർ പ്രോഗ്രാമിന്റെ .delta ഔട്ട്പുട്ട്, വ്യത്യസ്‌ത ശ്രേണി ഡാറ്റയിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

ഔട്ട്‌പുട്ട് stdout ആണ്, കൂടാതെ ഓരോ വിന്യസിക്കുന്ന അന്വേഷണത്തിന്റെയും പ്രവചിച്ച സ്ഥാനം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
കോൺടിഗ് റഫറൻസ് സീക്വൻസുകളിലേക്ക് മാപ്പ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു. ഈ കോർഡിനേറ്റുകൾ വ്യാപ്തിയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
കോൺടിഗിന്റെ ഒരു നിശ്ചിത ശതമാനം മാത്രമേ യഥാർത്ഥത്തിൽ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂവെങ്കിലും, മുഴുവൻ അന്വേഷണ കോൺടിഗും
വിന്യസിച്ചു (-a ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ). നിരകൾ ഇവയാണ്, റെഫറിൽ ആരംഭിക്കുക, റഫറിൽ അവസാനം, ദൂരം
അടുത്ത കോൺടിഗ്, ഈ കോൺടിഗിന്റെ ദൈർഘ്യം, വിന്യാസ കവറേജ്, ഐഡന്റിറ്റി, ഓറിയന്റേഷൻ, ഐഡി
യഥാക്രമം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മമ്മർ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക