സൂചി - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

സൂചി - രണ്ട് സീക്വൻസുകളുടെ നീഡിൽമാൻ-വുൺഷ് ആഗോള വിന്യാസം

സിനോപ്സിസ്

സൂചി - ക്രമം ക്രമം - അനുക്രമം തുടർച്ചയായി [- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്] - ഗാപോപെൻ ഫ്ലോട്ട്
-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട് [- എൻഡ് വെയ്റ്റ് ബൂളിയൻ] [- എൻഡോപ്പൺ ഫ്ലോട്ട്] [-എൻഡക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട്]
-ചുരുക്കത്തിലുള്ള ബൂളിയൻ - outfile വിന്യസിക്കുക

സൂചി -ഹെൽപ്പ്

വിവരണം

സൂചി EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ട്"). ഇത് "അലൈൻമെന്റ്:ഗ്ലോബൽ" കമാൻഡ് ഗ്രൂപ്പിന്റെ(കളുടെ) ഭാഗമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
- ക്രമം ക്രമം

- അനുക്രമം തുടർച്ചയായി

- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്
സീക്വൻസുകൾ താരതമ്യം ചെയ്യുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന സ്കോറിംഗ് മാട്രിക്സ് ഫയലാണിത്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി അത്
ഫയൽ 'EBLOSUM62' (പ്രോട്ടീനുകൾക്ക്) അല്ലെങ്കിൽ 'EDNAFULL' ഫയൽ (ന്യൂക്ലിക് സീക്വൻസുകൾക്ക്). ഇവ
EMBOSS ഇൻസ്റ്റാളേഷന്റെ 'ഡാറ്റ' ഡയറക്‌ടറിയിൽ ഫയലുകൾ കാണപ്പെടുന്നു.

ആവശ്യമായ വിഭാഗം
- ഗാപോപെൻ ഫ്ലോട്ട്
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി എന്നത് ഒരു വിടവ് സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ എടുത്ത സ്കോർ ആണ്. മികച്ച മൂല്യം
താരതമ്യ മാട്രിക്സിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു
പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്കായുള്ള EBLOSUM62 മാട്രിക്സ്, ന്യൂക്ലിയോടൈഡിന് EDNAFULL മാട്രിക്സ്
ക്രമങ്ങൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )

-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട്
ഗ്യാപ്പ് എക്‌സ്‌റ്റൻഷൻ, പെനാൽറ്റി എന്നിവ ഓരോ ബേസിന്റെയും സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റിയിലേക്ക് ചേർത്തിരിക്കുന്നു അല്ലെങ്കിൽ
വിടവിലെ അവശിഷ്ടം. ദൈർഘ്യമേറിയ വിടവുകൾക്ക് പിഴ ചുമത്തുന്നത് ഇങ്ങനെയാണ്. സാധാരണയായി നിങ്ങൾ കുറച്ച് പ്രതീക്ഷിക്കും
നിരവധി ചെറിയ വിടവുകളേക്കാൾ നീണ്ട വിടവുകൾ, അതിനാൽ വിടവ് വിപുലീകരണ പെനാൽറ്റി കുറവായിരിക്കണം
ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റിയേക്കാൾ. ഒന്നോ രണ്ടോ സീക്വൻസുകൾ ഒറ്റവായനകളാകുന്നിടത്താണ് ഒരു അപവാദം
സാധ്യമായ സീക്വൻസിംഗ് പിശകുകൾക്കൊപ്പം, നിങ്ങൾ നിരവധി ഒറ്റ അടിസ്ഥാന വിടവുകൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി പൂജ്യമായി (അല്ലെങ്കിൽ വളരെ താഴ്ന്നത്) സജ്ജീകരിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഈ ഫലം ലഭിക്കും
ഗ്യാപ്പ് സ്കോറിംഗ് നിയന്ത്രിക്കാൻ ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ പെനാൽറ്റി ഉപയോഗിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം:
@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )

അധികമായ വിഭാഗം
- എൻഡ് വെയ്റ്റ് ബൂളിയൻ
സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

- എൻഡോപ്പൺ ഫ്ലോട്ട്
എൻഡ് ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി എന്നത് ഒരു എൻഡ് ഗ്യാപ്പ് സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ എടുത്ത സ്കോർ ആണ്. മികച്ചത്
മൂല്യം താരതമ്യ മാട്രിക്സിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം നിങ്ങളാണെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു
പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്കായി EBLOSUM62 മാട്രിക്‌സും ഇതിനായി EDNAFULL മാട്രിക്‌സും ഉപയോഗിക്കുന്നു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )

-എൻഡക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട്
എൻഡ് ഗ്യാപ്പ് എക്‌സ്‌റ്റൻഷൻ, പെനാൽറ്റി, ഓരോ ബേസിനും വേണ്ടിയുള്ള എൻഡ് ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റിയിലേക്ക് ചേർത്തിരിക്കുന്നു അല്ലെങ്കിൽ
അവസാന വിടവിലെ അവശിഷ്ടം. ഇങ്ങനെയാണ് നീണ്ട അവസാന വിടവുകൾക്ക് പിഴ ചുമത്തുന്നത്. സ്ഥിര മൂല്യം:
@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )

ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
-ചുരുക്കത്തിലുള്ള ബൂളിയൻ
സംക്ഷിപ്ത ഐഡന്റിറ്റിയും സമാനതയും ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം: Y

- outfile വിന്യസിക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സൂചി ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക