obrotate - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഒബ്രൊറ്റേറ്റ് — SMARTS പാറ്റേണുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ബാച്ച്-റൊട്ടേറ്റ് ഡൈഹെഡ്രൽ കോണുകൾ

സിനോപ്സിസ്

ഒബ്രൊറ്റേറ്റ് 'SMARTS-പാറ്റേൺ' ഫയലിന്റെ പേര് ആറ്റം1 ആറ്റം2 ആറ്റം3 ആറ്റം4 കോൺ

വിവരണം

ഒബ്‌റോട്ടേറ്റ് പ്രോഗ്രാം തന്മാത്രകളിലെ ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ബോണ്ടിന്റെ ടോർഷണൽ (ഡൈഹെഡ്രൽ) കോണിനെ തിരിക്കുന്നു.
ഉപയോക്താവ് നിർവചിച്ചതിലേക്ക്. മറ്റൊരു വിധത്തിൽ പറഞ്ഞാൽ, ഒരു ഉപയോക്താവ് ഒരു ആംഗിൾ സജ്ജീകരിക്കുന്നത് പോലെയാണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത്
ഒരു മോളിക്യുലാർ മോഡലിംഗ് പാക്കേജ്, എന്നാൽ വളരെ വേഗത്തിലും ബാച്ച് മോഡിലും (അതായത് ഒന്നിലധികം
ഒരു ഫയലിലെ തന്മാത്രകൾ).

ആവശ്യമായ നാല് ആറ്റം ഐഡികൾ ആറ്റം 0-ൽ ആരംഭിക്കുന്ന SMARTS പാറ്റേണിലേക്കുള്ള സൂചികകളാണ്.
(പൂജ്യം). നൽകിയിരിക്കുന്ന കോൺ ഡിഗ്രിയിലാണ്. രണ്ട് ആറ്റങ്ങൾ ഡൈഹെഡ്രൽ ആംഗിൾ സജ്ജമാക്കാൻ ഉപയോഗിച്ചു
ഒപ്പം ബോണ്ടിന്റെ ആറ്റങ്ങളുമായി ബന്ധിപ്പിക്കേണ്ടതില്ല ഒപ്പം
ഏതെങ്കിലും വിധത്തിൽ.

ആറ്റങ്ങളുടെ ക്രമം പ്രധാനമാണ് -- ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന തന്മാത്രയുടെ ഭാഗം ഒപ്പം
സ്ഥിരമായി തുടരുക, എന്നാൽ ഭാഗം ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു ഒപ്പം & നീക്കുന്നു.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

ഒരു വലിയ സംഖ്യയുള്ള തന്മാത്രകളുടെ അനുരൂപീകരണം നിർവ്വചിക്കാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നുവെന്ന് പറയാം
പിറിഡൈൽ സ്കാർഫോൾഡ്, 3-സ്ഥാനത്ത് ഒരു അലിഫാറ്റിക് ചെയിൻ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു, ഉദാഹരണത്തിന്
ഡോക്കിംഗ് അല്ലെങ്കിൽ 3D-QSAR ഉദ്ദേശ്യങ്ങൾ.

ആദ്യത്തെ ഡൈഹെഡ്രൽ കോണിന്റെ മൂല്യം 90 ഡിഗ്രിയായി സജ്ജമാക്കാൻ:
ഒബ്രൊറ്റേറ്റ് 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90

ഇവിടെ 6 ഉം 7 ഉം SMARTS പാറ്ററിൽ തിരിക്കുന്നതിനുള്ള ബോണ്ടിനെ നിർവചിക്കുന്നു, അതായത്, c1-C, ആറ്റങ്ങൾ 5 ഉം 8 ഉം
തിരിക്കാനുള്ള പ്രത്യേക ഡൈഹെഡ്രൽ ആംഗിൾ നിർവ്വചിക്കുക.

ഡൈഹെഡ്രൽ നിർവചിക്കാൻ ആറ്റങ്ങൾ നേരിട്ട് ബന്ധിപ്പിക്കേണ്ടതില്ല എന്നതിനാൽ, നൈട്രജൻ
പിരിഡിൻ ഉപയോഗിക്കാം:
ഒബ്രൊറ്റേറ്റ് 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 4 6 7 8 90

പിറിഡൈൽ മോതിരം ഉറപ്പിച്ച് അലിഫാറ്റിക് ചെയിൻ ചലിപ്പിക്കുക:
ഒബ്രൊറ്റേറ്റ് 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 5 6 7 8 90

അലിഫാറ്റിക് ചെയിൻ ഉറപ്പിച്ച് പിറിഡൈൽ റിംഗ് നീക്കുക:
ഒബ്രൊറ്റേറ്റ് 'c1ccncc1CCC' pyridines.sdf 8 7 6 5 90

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഒബ്‌റോട്ടേറ്റ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക