പ്ലാസ്റ്റ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

plast - പാരലൽ ലോക്കൽ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് സെർച്ച് ടൂൾ

വിവരണം

പ്ലാസ്റ്റ് 2.3.1

- ബിൽഡ് തീയതി: 2016-02-09 09:47:45 - OS: Linux-4.3.0-1-amd64 - കമ്പൈലർ: /usr/bin/cc
(5.3.1) - ഹോസ്റ്റ് സിപിയു: 4 കോറുകൾ ലഭ്യമാണ്

[*] നിർബന്ധിത വാദത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.

-p [*]:
പ്രോഗ്രാമിന്റെ പേര് [plastp, tplastn, plastx, tplastx അല്ലെങ്കിൽ plastn]

-d [*]:
വിഷയ ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ

-i [*]:
ഡാറ്റാബേസ് ഫയൽ അന്വേഷിക്കുക

-o : PLAST റിപ്പോർട്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ

-e : പ്രതീക്ഷ മൂല്യം

-n : അയൽപക്കത്തിന്റെ വലിപ്പം, വിപുലീകരിക്കാത്ത വിപുലീകരണം

-s : അൺഗാപ്പ്ഡ് ത്രെഷോൾഡ് ഒരു ചെറിയ വിടവുള്ള വിപുലീകരണത്തെ ട്രിഗർ ചെയ്യുന്നു

-g : ചെറിയ വിടവുള്ള വിപുലീകരണത്തിനുള്ള പരിധി

-b : ചെറിയ വിടവുള്ള വിപുലീകരണത്തിനുള്ള ബാൻഡ്‌വിഡ്ത്ത്

-a : ഉപയോഗിക്കേണ്ട പ്രോസസ്സറുകളുടെ എണ്ണം

-G : ഒരു വിടവ് തുറക്കുന്നതിനുള്ള ചെലവ്

-E : ഒരു വിടവ് നീട്ടുന്നതിനുള്ള ചെലവ്

-xdrop-ungap :
അൺഗാപ്പ്ഡ് അലൈൻമെന്റിനുള്ള X ഡ്രോപ്പ് ഓഫ് മൂല്യം (ബിറ്റുകളിൽ) (പൂജ്യം സ്ഥിരസ്ഥിതി സ്വഭാവം 20 അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
ബിറ്റുകൾ)

-X : ഗ്യാപ്പ്ഡ് അലൈൻമെന്റിനുള്ള X ഡ്രോപ്പ്ഓഫ് മൂല്യം (ബിറ്റുകളിൽ) (പൂജ്യം ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം ആവശ്യപ്പെടുന്നു)

-Z : ബിറ്റുകളിലെ അവസാന വിടവുള്ള വിന്യാസത്തിനുള്ള X ഡ്രോപ്പ് ഓഫ് മൂല്യം (0.0 ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം ആവശ്യപ്പെടുന്നു)

-ഇൻഡക്സ്-ത്രെഷോൾഡ് :
അയൽക്കാർ തമ്മിലുള്ള സമാനത കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള സൂചിക പരിധി

-F : അന്വേഷണ ക്രമം ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക

-M : സ്കോർ മാട്രിക്സ് (BLOSUM62 അല്ലെങ്കിൽ BLOSUM50)

- സ്ട്രാൻഡ് :
plastn-നുള്ള സ്ട്രോണ്ടുകൾ: 'പ്ലസ്', 'മൈനസ്' അല്ലെങ്കിൽ 'രണ്ടും' (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-r : ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തത്തിനുള്ള പ്രതിഫലം (plastn)

-q : ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള പിഴ (പ്ലാസ്റ്റ്എൻ)

-ഫോഴ്സ്-ക്വറി-ഓർഡർ :
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിൽ ക്രമപ്പെടുത്തുന്ന അന്വേഷണങ്ങൾ നിർബന്ധിക്കുക.

-പരമാവധി ഡാറ്റാബേസ്-വലിപ്പം :
ഒരു ഡാറ്റാബേസിന് അനുവദനീയമായ പരമാവധി വലുപ്പം (ബൈറ്റുകളിൽ). വലുതാണെങ്കിൽ, ഡാറ്റാബേസ് വിഭജിച്ചിരിക്കുന്നു.

ഓരോ ചോദ്യത്തിനും പരമാവധി ഹിറ്റ് :
ഓരോ ചോദ്യത്തിനും പരമാവധി ഹിറ്റുകൾ. 0 മൂല്യം എല്ലാ ഹിറ്റുകളും ഉപേക്ഷിക്കും (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-max-hsp-per-hit :
ഓരോ ഹിറ്റിനും പരമാവധി വിന്യാസങ്ങൾ. 0 മൂല്യം എല്ലാ ഹിറ്റുകളും ഉപേക്ഷിക്കും (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

- outfmt :
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്: 1 ടാബുലേറ്റഡ് (ഡിഫോൾട്ട്), 2 വിപുലീകൃത ട്യൂബുലേറ്റഡ്, 4 എൻസിബിഐ
സ്ഫോടനം പോലെ.

-strands-list :
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ആൽഗോ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ട സ്ട്രോണ്ടുകളുടെ ലിസ്റ്റ് (ഉദാ: "1,2,6")
ഡാറ്റാബേസുകൾ.

-optim-codon-stop :
അവസാനത്തെ അസാധുവായ പ്രതീകത്തിനും അടുത്ത സ്റ്റോപ്പിനും ഇടയിലുള്ള അനുവദനീയമായ ശ്രേണിയുടെ വലുപ്പം
കോഡൺ

-ഫാക്ടറി-ഡിസ്പാച്ചർ :
ഡിസ്പാച്ചറിനെ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി.

- ഫാക്ടറി സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ :
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സ് ബിൽഡർ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി.

-ഫാക്ടറി-ഇൻഡക്സേഷൻ :
ഇൻഡക്സേഷൻ ബിൽഡർ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി.

-ഫാക്‌ടറി-ഹിറ്റ്-ഉങ്കാപ്പ് :
ungap ഹിറ്റുകൾ ഇറ്ററേറ്റർ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി.

-ഫാക്‌ടറി-ഹിറ്റ്-സ്മാൾഗാപ്പ് :
ചെറിയ വിടവ് സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി ഹിറ്റ് ഇറ്ററേറ്റർ.

-ഫാക്‌ടറി-ഹിറ്റ്-ഫുൾഗാപ്പ് :
ഫുൾ ഗ്യാപ്പ് സൃഷ്‌ടിക്കുന്ന ഫാക്‌ടറി ഹിറ്റുകൾ ഇറ്ററേറ്റർ.

-ഫാക്‌ടറി-ഹിറ്റ്-കോമ്പോസിഷൻ :
കോമ്പോസിഷൻ ഹിറ്റ് ഇറ്ററേറ്റർ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി.

-ഫാക്‌ടറി-വിടവ്-ഫലം :
വിടവ് വിന്യാസം സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി ഫലം.

-ഫാക്‌ടറി-ഉങ്കാപ്പ്-ഫലം :
അൺഗ്രാപ്പ് അലൈൻമെന്റുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി ഫലം.

-സ്പ്ലിറ്റർ :
ഒരു അലൈൻമെന്റ് സ്പ്ലിറ്റർ സൃഷ്ടിക്കുന്ന ഫാക്ടറി. സ്ട്രിംഗ്: 'സാധാരണ' അല്ലെങ്കിൽ 'ബാൻഡ്' (ഡിഫോൾട്ട്)

-optim-filter-ungap :
ungap അലൈൻമെന്റുകളിലൂടെ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്ന ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ.

-ബാർ ഗ്രാഫ് :
എക്സിക്യൂഷൻ സമയത്ത് ഒരു പ്രോഗ്രസ് ബാർ പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

-ബാർഗ്രാഫ് വലിപ്പം :
ബാർഗ്രാഫിലെ പ്രതീകങ്ങളുടെ Nb.

-പ്രോഗ്രഷൻ-ഫയൽ :
നിലവിലെ നിർവ്വഹണ ശതമാനം ഒരു ഫയലിൽ ഇടുക.

-വെർബോസ് :
അൽഗോരിതം എക്സിക്യൂഷൻ സമയത്ത് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

- മുഴുവൻ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ :
ഡംപ് അൽഗോരിതം സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ.

- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ :
പൊതുവായ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ഉപേക്ഷിക്കുക.

- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ-fmt :
സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളുടെ ഫോർമാറ്റ്: 'റോ' (ഡിഫോൾട്ട്) അല്ലെങ്കിൽ 'എക്സ്എംഎൽ'

- സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക്-യാന്ത്രിക :
യാന്ത്രിക സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കൽ

-വിന്യാസം-പുരോഗതി :
അൽഗോരിതം സമയത്ത് വർദ്ധിച്ചുവരുന്ന ungap/ungap അലൈൻമെന്റുകളുടെ എണ്ണം ഒരു ഫയലിൽ ഇടുക.

-വിഭവങ്ങൾ-പുരോഗതി :
അൽഗോരിതം സമയത്ത് ഉറവിടങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ ഒരു ഫയലിൽ ഇടുക.

-പ്ലാസ്ട്രക് :
പ്ലാസ്റ്റ് കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിന്റെ പാതനാമം.

-xmfilter :
ഒരു XML ഫിൽട്ടർ ഫയലിന്റെ Uri.

-വിത്ത്-ഉപയോഗ-അനുപാതം :
ഉപയോഗിക്കേണ്ട വിത്തുകളുടെ അനുപാതം.

-സീഡ്സ്-ഇൻഡക്സ്-ഫിൽട്ടർ :
ഇൻഡെക്സേഷൻ ഫിൽട്ടറിനായി ഉപയോഗിക്കേണ്ട വിത്തുകൾ നീളം.

-complete-subject-database-stats-file :
സമ്പൂർണ്ണ വിഷയ ഡാറ്റാബേസിന്റെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളിലേക്കുള്ള ഫയൽ പാത

-W : വിത്തുകളുടെ വലിപ്പം

-h : സഹായം

PLAST ഉദ്ധരിക്കുന്നു: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: സമാന്തര പ്രാദേശിക വിന്യാസ തിരയൽ ഉപകരണം
ഡാറ്റാബേസ് താരതമ്യത്തിനായി. ബിഎംസി ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സ്, വാല്യം 10, നമ്പർ 329.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് പ്ലാസ്റ്റ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക