Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന plink1.9 കമാൻഡ് ഇതാണ്.
പട്ടിക:
NAME
PLINK - മുഴുവൻ ജീനോം SNP വിശകലനം
വിവരണം
PLINK v1.90b3.31 64-ബിറ്റ് (3 ഫെബ്രുവരി 2016) https://www.cog-genomics.org/plink2 (C)
2005-2016 ഷോൺ പർസെൽ, ക്രിസ്റ്റഫർ ചാങ് ഗ്നു ജനറൽ പബ്ലിക് ലൈസൻസ് v3
പിന്തുടരുന്ന കമാൻഡ് ലൈൻ ഫ്ലാഗ് നിർവചനങ്ങളിൽ,
* [സ്ക്വയർ ബ്രാക്കറ്റുകൾ] ആവശ്യമുള്ള പാരാമീറ്ററിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, ഇവിടെ വാചകം തമ്മിലുള്ള വാചകം
ബ്രാക്കറ്റുകൾ അതിന്റെ സ്വഭാവം വിവരിക്കുന്നു.
* ഒരു ഓപ്ഷണൽ മോഡിഫയർ സൂചിപ്പിക്കുക (അല്ലെങ്കിൽ '|' ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു സെറ്റ്
പരസ്പര വിരുദ്ധമായ ഓപ്ഷണൽ മോഡിഫയറുകൾ).
എന്നതിലെ കൃത്യമായ വാചകം ഉപയോഗിക്കുക
നിർവചനം, ഉദാ '--ഡമ്മി എസിജിടി'.
* ആംഗിൾ ബ്രാക്കറ്റുകൾ/കൃത്യമായ ടെക്സ്റ്റ് റൂൾ എന്നിവയ്ക്ക് ഒരു അപവാദമുണ്ട്: ഒരു ആംഗിൾ ആയിരിക്കുമ്പോൾ
ബ്രാക്കറ്റ് ടേം അവസാനിക്കുന്നത് '=[മൂല്യം]', '[മൂല്യം]' ഒരു വേരിയബിൾ പാരാമീറ്റർ നിർദ്ദേശിക്കുന്നു.
* {ചുരുണ്ട ബ്രേസുകൾ} എന്നത് ഒരു ഓപ്ഷണൽ പാരാമീറ്ററിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, ഇവിടെ വാചകങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള വാചകം
ബ്രേസ് അതിന്റെ സ്വഭാവം വിവരിക്കുന്നു.
* ഒരു എലിപ്സിസ് (...) നിങ്ങൾക്ക് ഒന്നിലധികം പാരാമീറ്ററുകൾ നൽകാമെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു
നിർദ്ദിഷ്ട തരം.
plink [ഇൻപുട്ട് ഫ്ലാഗ്(കൾ)...] {കമാൻഡ് ഫ്ലാഗ്(കൾ)...} {മറ്റ് ഫ്ലാഗ്(കൾ)...} plink --സഹായിക്കൂ {പതാക
പേര്(ങ്ങൾ)...}
മിക്ക PLINK റണ്ണുകളും കൃത്യമായി ഒരു പ്രധാന ഇൻപുട്ട് ഫയൽസെറ്റ് ആവശ്യമാണ്. ഇനിപ്പറയുന്ന പതാകകൾ ലഭ്യമാണ്
അതിന്റെ രൂപവും സ്ഥാനവും നിർവചിക്കുന്നതിന്:
--bfile {prefix} : .bed + .bim + .fam പ്രിഫിക്സ് (ഡിഫോൾട്ട് 'plink') വ്യക്തമാക്കുക.
--കിടക്ക [filename] : .bed ഫയലിന്റെ പൂർണ്ണമായ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--ബിം [filname] : .bim ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--ഫാം [ഫയലിന്റെ പേര്] : .fam ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--കീപ്പ്-ഓട്ടോകോൺവ്
: കൂടെ --ഫയൽ/--tfile/--lfile/--vcf/--bcf/--data/--23file, ഇല്ലാതാക്കരുത്
റൺ അവസാനിക്കുമ്പോൾ സ്വയം ജനറേറ്റഡ് ബൈനറി ഫയൽസെറ്റ്.
--ഫയൽ {പ്രിഫിക്സ്}
: .ped + .map ഫയൽനാമം പ്രിഫിക്സ് (ഡിഫോൾട്ട് 'plink') വ്യക്തമാക്കുക.
--ped [filename] : .ped ഫയലിന്റെ പൂർണ്ണമായ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--മാപ്പ് [filename] : .map ഫയലിന്റെ പൂർണ്ണമായ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--നോ-ഫിഡ്
: .fam/.ped ഫയലിൽ കോളം 1 (കുടുംബ ഐഡി) അടങ്ങിയിട്ടില്ല.
--ഇല്ല-മാതാപിതാക്കൾ
: .fam/.ped ഫയലിൽ 3-4 നിരകൾ അടങ്ങിയിട്ടില്ല (മാതാപിതാക്കൾ).
--നോ-സെക്സ്
: .fam/.ped ഫയലിൽ കോളം 5 (സെക്സ്) അടങ്ങിയിട്ടില്ല.
--നോ-ഫീനോ
: .fam/.ped ഫയലിൽ കോളം 6 (ഫിനോടൈപ്പ്) അടങ്ങിയിട്ടില്ല.
--tfile {prefix} : .tped + .tfam ഫയൽനാമം പ്രിഫിക്സ് (ഡിഫോൾട്ട് 'plink') വ്യക്തമാക്കുക.
--tped [പേര്]
: .tped ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--tfam [പേര്]
: .tfam ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--file {prefix} : .lgen + .map + .fam (ലോംഗ്-ഫോർമാറ്റ് ഫയൽസെറ്റ്) പ്രിഫിക്സ് വ്യക്തമാക്കുക.
--lgen [പേര്]
: .lgen ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--റഫറൻസ് [fn] : .lgen ഇൻപുട്ടിനൊപ്പം ഡിഫോൾട്ട് അല്ലീൽ ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക.
--allele-count
: കൂടെ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ --file/--lgen + --റഫറൻസ്, .lgen ഫയൽ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നു
റഫറൻസ് അല്ലീൽ കൗണ്ടുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
--vcf [ഫയലിന്റെ പേര്] : .vcf അല്ലെങ്കിൽ .vcf.gz ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--bcf [ഫയലിന്റെ പേര്] : BCF2 ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--ഡാറ്റ {പ്രിഫിക്സ്}
: Oxford .gen + .സാമ്പിൾ പ്രിഫിക്സ് (ഡിഫോൾട്ട് 'plink') വ്യക്തമാക്കുക.
--തലമുറ [ഫയലിന്റെ പേര്] : .gen അല്ലെങ്കിൽ .gen.gz ഫയലിന്റെ പൂർണ്ണമായ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--ബിജെൻ [f] : .bgen ഫയലിന്റെ മുഴുവൻ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--സാമ്പിൾ [fname] : .സാമ്പിൾ ഫയലിന്റെ പൂർണ്ണമായ പേര് വ്യക്തമാക്കുക.
--23ഫയൽ [fname] {FID} {IID} {sex} {pheno} {pat. ഐഡി} {മാറ്റ്. ഐഡി} :
23andMe ഇൻപുട്ട് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക.
--grm-gz {prfx}
: .grm.gz + .grm.id (GCTA rel. മാട്രിക്സ്) പ്രിഫിക്സ് വ്യക്തമാക്കുക.
--ഗ്രാം-ബിൻ {prfx} : .grm.bin + .grm.N.bin + .grm.id (GCTA ത്രികോണാകാരം) വ്യക്തമാക്കുക
ബൈനറി റിലേഷൻഷിപ്പ് മാട്രിക്സ്) ഫയൽനാമം പ്രിഫിക്സ്.
--ഡമ്മി [സാമ്പിൾ ct] [SNP ct] {missing geno freq} {missing pheno freq}
ഇത് നിർദ്ദിഷ്ട എണ്ണം സാമ്പിളുകളും SNP-കളും ഉപയോഗിച്ച് ഒരു വ്യാജ ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു.
ഡിഫോൾട്ടായി, കാണാതായ ജനിതകരൂപവും ഫിനോടൈപ്പ് ആവൃത്തികളും പൂജ്യവും ജനിതകരൂപങ്ങളും
As ഉം Bs ഉം ('acgt'/'1234'/'12' ഉപയോഗിച്ച് രണ്ടാമത്തേത് മാറ്റുക). 'സ്കെലാർ-ഫിനോ'
മോഡിഫയർ സാധാരണയായി വിതരണം ചെയ്യപ്പെടുന്ന ഒരു സ്കെലാർ ഫിനോടൈപ്പിന് പകരം ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
ഒരു ബൈനറി.
--അനുകരിക്കുക [സിമുലേഷൻ പാരാമീറ്റർ ഫയൽ]
--സിമുലേറ്റ്-ക്യുടി [സിമുലേഷൻ പാരാമീറ്റർ ഫയൽ]
--അനുകരിക്കുക രോഗവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട SNP-കൾക്കൊപ്പം ഒരു വ്യാജ ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു,
സമയത്ത് --സിമുലേറ്റ്-ക്യുടി ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ട്രെയ്റ്റ് ലോക്കി ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ഡാറ്റാസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു.
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് ഡിഫോൾട്ടായി 'plink.{extension}' ഫോമിന്റെ പേരുകളുണ്ട്. നിങ്ങൾക്ക് മാറ്റാൻ കഴിയും
കൂടെ 'plink' പ്രിഫിക്സ്
--പുറത്ത് [പ്രിഫിക്സ്]
: ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾക്കായി പ്രിഫിക്സ് വ്യക്തമാക്കുക.
മിക്ക റണ്ണുകൾക്കും ഇനിപ്പറയുന്ന കമാൻഡുകളിലൊന്നെങ്കിലും ആവശ്യമാണ്:
--കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക
ഒരു പുതിയ ബൈനറി ഫയൽസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക.
ഓട്ടോമാറ്റിക് ടെക്സ്റ്റ്-ടു-ബൈനറി പോലെയല്ല
കൺവെർട്ടറുകൾ (ക്രോമസോം ഫിൽട്ടറുകൾ മാത്രം ശ്രദ്ധിക്കുന്നവ), ഇത് എല്ലാ PLINK-കളെയും പിന്തുണയ്ക്കുന്നു
ഫിൽട്ടറിംഗ് ഫ്ലാഗുകൾ.
--നിർമ്മിക്കുക-ജസ്റ്റ്-ബിം
--വെറും-ഫാം ഉണ്ടാക്കുക
ന്റെ വകഭേദങ്ങൾ --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക ഒരു പുതിയ .bim അല്ലെങ്കിൽ .fam ഫയൽ മാത്രമേ എഴുതൂ.
ആകാം
.bim/.fam ഇൻപുട്ടിൽ മാത്രം ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഇവ ജാഗ്രതയോടെ ഉപയോഗിക്കുക. അത് വളരെ എളുപ്പമാണ്
നിങ്ങൾ ഇവ ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ നിങ്ങളുടെ ബൈനറി ജനിതക തരം ഡാറ്റയും .bim/.fam സൂചികകളും സമന്വയിപ്പിക്കുക
തെറ്റായി കമാൻഡുകൾ. നിങ്ങൾക്ക് എന്തെങ്കിലും സംശയമുണ്ടെങ്കിൽ, തുടരുക --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക.
--റെക്കോഡ് <01 | 12> <23 | A{-transpose} | എ.ഡി | ബീഗിൾ{-നോമാപ്പ്} | ബിംബം{-1chr}
| സംയുക്ത-ജനിതകരൂപങ്ങൾ | ഫാസ്റ്റ്ഫേസ്{-1chr} | HV{-1chr} | lgen{-ref} | പട്ടിക | ഓക്സ്ഫോർഡ് |
പട്ടിക | ഘടന | സ്ഥാനമാറ്റം | vcf | vcf-fid | vcf-iid>
| gen-gz>
പ്രയോഗിച്ച എല്ലാ ഫിൽട്ടറുകളും ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പുതിയ ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക.
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ,.
ഫയൽസെറ്റിൽ ഒരു .ped, ഒരു .map ഫയലുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു --ഫയൽ. * '12'
മോഡിഫയർ A1 (സാധാരണയായി മൈനർ) അല്ലീലുകൾ '1' ആയി കോഡ് ചെയ്യാൻ കാരണമാകുന്നു
കൂടാതെ A2 അല്ലീലുകളെ '2' ആയി കോഡ് ചെയ്യണം, അതേസമയം '01' A1 -> 0, A2 -> 1 എന്നിവ മാപ്പ് ചെയ്യുന്നു.
* '23' മോഡിഫയർ ഒരു 23andMe- ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയൽ ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
ഈ
ഒരു സാമ്പിളിന്റെ ഡാറ്റയിൽ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയൂ (--സൂക്ഷിക്കുക സുലഭമായിരിക്കാം).
* 'AD' മോഡിഫയർ ഒരു സാമ്പിൾ-മേജർ അഡിറ്റീവിനു കാരണമാകുന്നു (0/1/2) + ആധിപത്യം
(het = 1, അല്ലാത്തപക്ഷം 0) ഘടകം ഫയൽ, R-ൽ നിന്ന് ലോഡുചെയ്യുന്നതിന് അനുയോജ്യമാണ്
സൃഷ്ടിച്ചത്. നിങ്ങൾക്ക് പ്രബലമായ ഘടകം ആവശ്യമില്ലെങ്കിൽ, പകരം 'A' ഉപയോഗിക്കുക. നിനക്ക് ആവശ്യമെങ്കിൽ
ഹെഡർ ലൈനിൽ പേരിടാൻ എണ്ണപ്പെടാത്ത അല്ലീലുകൾ, 'include-alt' മോഡിഫയർ ചേർക്കുക.
* 'എ-ട്രാൻസ്‌പോസ്' മോഡിഫയർ ഒരു വേരിയന്റ്-മേജർ അഡിറ്റീവ് ഘടക ഫയലിന് കാരണമാകുന്നു
ജനറേറ്റ് ചെയ്യേണ്ടത്.
* 'ബീഗിൾ' മോഡിഫയർ, ഓരോ ഓട്ടോസോം .dat, .മാപ്പ് ഫയലുകൾക്കും ഘട്ടം ഘട്ടമായി മാറ്റാൻ കാരണമാകുന്നു,
'ബീഗിൾ-നോമാപ്പ്' ജനറേറ്റുചെയ്യുമ്പോൾ, ആദ്യകാല BEAGLE പതിപ്പുകൾക്ക് വായിക്കാൻ കഴിയും, ജനറേറ്റ് ചെയ്യപ്പെടും
ഒരൊറ്റ .beagle.dat ഫയൽ.
* 'ബിംബം' മോഡിഫയർ ഒരു BIMBAM- ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയൽസെറ്റ് ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
നിങ്ങളുടെ ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റയിൽ ഒരു ക്രോമസോം മാത്രമേ അടങ്ങിയിട്ടുള്ളൂ എങ്കിൽ, പകരം നിങ്ങൾക്ക് 'ബിംബം-1chr' ഉപയോഗിക്കാം
രണ്ട് കോളങ്ങളുള്ള .pos.txt ഫയൽ എഴുതാൻ.
* 'കോമ്പൗണ്ട്-ജെനോടൈപ്പുകൾ' മോഡിഫയർ ജോഡികൾക്കിടയിലുള്ള ഇടം നീക്കംചെയ്യുന്നു
ഒരു .ped + .map ഫയൽസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ അതേ വേരിയന്റിനുള്ള അല്ലീൽ കോഡുകൾ.
* 'ഫാസ്റ്റ്ഫേസ്' മോഡിഫയർ ഓരോ ക്രോമസോമിനും ഫാസ്റ്റ്ഫേസ് ഫയലുകൾ ഉണ്ടാക്കുന്നു
സൃഷ്ടിച്ചത്.
നിങ്ങളുടെ ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റയിൽ ഒരു ക്രോമസോം മാത്രമേ അടങ്ങിയിട്ടുള്ളൂ എങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാം
ഫയൽ എക്സ്റ്റൻഷനിൽ നിന്ന് ക്രോമസോം നമ്പർ ഒഴിവാക്കുന്നതിന് പകരം 'fastphase-1chr'.
* 'HV' മോഡിഫയർ ഒരു Haploview-ഫോർമാറ്റ് .ped + .info ഫയൽസെറ്റ് ഉണ്ടാക്കുന്നു
ഓരോ ക്രോമസോമിലും ജനറേറ്റ് ചെയ്യുന്നത്.
'HV-1chr' എന്നത് 'fastphase-1chr' എന്നതിന് സമാനമാണ്.
* 'lgen' മോഡിഫയർ ഒരു ദൈർഘ്യമേറിയ ഫോർമാറ്റ് ഫയൽസെറ്റിന് കാരണമാകുന്നു (ഇത് ഉപയോഗിച്ച് ലോഡുചെയ്യാനാകും --file)
ജനറേറ്റുചെയ്യാൻ, 'lgen-ref' ഒരു (സാധാരണയായി) ഒരു ചെറിയ ദീർഘ-ഫോർമാറ്റ് ഫയൽസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ഉപയോഗിച്ച് ലോഡ് ചെയ്യാവുന്നത് --file + --റഫറൻസ്.
* 'ലിസ്റ്റ്' മോഡിഫയർ ഒരു ജനിതകമാതൃക അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പട്ടിക സൃഷ്ടിക്കുന്നു, അതേസമയം 'rlist' സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ഒരു അപൂർവ ജനിതക തരം ഫയൽസെറ്റ്.
ഈ ഫോർമാറ്റുകൾ ഉപയോഗിച്ച്, 'ഒമിറ്റ്-നോൺമലെ-വൈ'
മോഡിഫയർ Y ക്രോമസോമിൽ പുരുഷമല്ലാത്ത ജനിതകരൂപങ്ങൾ ഒഴിവാക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
* 'oxford' ഒരു Oxford- ഫോർമാറ്റ് .gen + .സാമ്പിൾ ഫയൽസെറ്റ് ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
നിങ്ങൾ 'gen-gz' മോഡിഫയറും ഉൾപ്പെടുത്തിയാൽ, .gen ഫയൽ ജിസിപ്പ് ചെയ്യപ്പെടും.
* 'സ്ട്രക്ചർ' മോഡിഫയർ ഒരു സ്ട്രക്ചർ ഫോർമാറ്റ് ഫയൽ ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു. *
'transpose' ഒരു ട്രാൻസ്‌പോസ് ചെയ്ത ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽസെറ്റ് സൃഷ്ടിക്കുന്നു (ഇത് ഉപയോഗിച്ച് ലോഡുചെയ്യാനാകും --tfile). * 'vcf',
'vcf-fid', 'vcf-iid' എന്നിവ ഒരു VCFv4.2 ഫയൽ നിർമ്മിക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
'vcf-fid', 'vcf-iid' എന്നിവ യഥാക്രമം ഫാമിലി ഐഡികളോ കുടുംബത്തിനുള്ളിലെ ഐഡികളോ ഉണ്ടാക്കുന്നു
അവസാന തലക്കെട്ട് വരിയിലെ സാമ്പിൾ ഐഡികൾക്കായി ഉപയോഗിച്ചു, അതേസമയം 'vcf' രണ്ട് ഐഡികളെയും ലയിപ്പിക്കുന്നു
അവർക്കിടയിൽ അടിവരയിടുന്നു. 'bgz' മോഡിഫയർ ചേർത്താൽ, VCF ഫയൽ ആണ്
ബ്ലോക്ക്-ജിസിപ്പ്ഡ്. A2 അല്ലീൽ റഫറൻസായി സംരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു, സാധാരണഗതിയിൽ അല്ല എന്ന് ഫ്ലാഗ് ചെയ്യുന്നു
ഒരു യഥാർത്ഥ റഫറൻസ് ജീനോമിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ('PR' INFO ഫീൽഡ് മൂല്യം). അത് പ്രധാനമാകുമ്പോൾ
റഫറൻസ് അല്ലീലുകൾ ശരിയായിരിക്കണമെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്താനും ആഗ്രഹിക്കും --a2-അലീൽ ഒപ്പം
--real-ref-alleles നിങ്ങളുടെ കൽപ്പനയിൽ.
* 'ടാബ്' മോഡിഫയർ ഔട്ട്‌പുട്ടിനെ കൂടുതലും ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ആക്കുന്നു
ഭൂരിഭാഗവും സ്പേസ്-ഡീലിമിറ്റഡ്.
'tabx', 'spacex' എന്നിവ എല്ലാ ടാബുകളും എല്ലാം നിർബന്ധമാക്കുന്നു
യഥാക്രമം ഇടങ്ങൾ.
--ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ
(അപരനാമം: --ഫ്ലിപ്സ്കാൻ) കേസ്/കൺട്രോൾ സ്ട്രാൻഡ് പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള എൽഡി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്കാൻ.
--റൈറ്റ്-കവർ
അത് അങ്ങിനെയെങ്കിൽ --covar ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്തു, --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക/--make-just-fam ഒപ്പം --റെക്കോഡ് ഓട്ടോമാറ്റിയ്ക്കായി
ഒരു അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്ത പതിപ്പ് സൃഷ്ടിക്കുക (എല്ലാ ഫിൽട്ടറുകളും പ്രയോഗിച്ചു). എന്നിരുന്നാലും, നിങ്ങൾ ചെയ്യുന്നില്ലെങ്കിൽ
ഒരേസമയം ഒരു പുതിയ ജനിതക തരം ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു, നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാം --റൈറ്റ്-കവർ ലേക്ക്
പ്രൂൺ ചെയ്ത ഒരു കോവേറിയറ്റ് ഫയൽ നിർമ്മിക്കുക.
--റൈറ്റ്-ക്ലസ്റ്റർ
ഉപയോഗിച്ച് ക്ലസ്റ്ററുകൾ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ --അകത്ത്/--കുടുംബം, ഇത് ഒരു പുതിയ ക്ലസ്റ്റർ ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുന്നു
(എല്ലാ ഫിൽട്ടറുകളും പ്രയോഗിച്ചു). 'ഒമിറ്റ്-അൺ അസൈൻഡ്' മോഡിഫയർ അൺക്ലസ്റ്റേർഡ് ഉണ്ടാക്കുന്നു
ഫയലിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കേണ്ട സാമ്പിളുകൾ; അല്ലെങ്കിൽ അവയുടെ ക്ലസ്റ്റർ 'NA' ആണ്.
--റൈറ്റ്-സെറ്റ്
--സെറ്റ്-ടേബിൾ
സെറ്റുകൾ നിർവചിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, --റൈറ്റ്-സെറ്റ് ഡംപ്‌സ് 'END'-ടെർമിനേറ്റഡ് സെറ്റ് അംഗത്വ ലിസ്റ്റുകൾ
{output prefix}.set, while --സെറ്റ്-ടേബിൾ ഒരു വേരിയന്റ്-ബൈ-സെറ്റ് അംഗത്വ പട്ടിക എഴുതുന്നു
{output prefix}.set.table-ലേക്ക്.
--ലയിപ്പിക്കുക [.ped ഫയൽനാമം] [.മാപ്പ് ഫയൽനാമം]
--ലയിപ്പിക്കുക [ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽസെറ്റ് പ്രിഫിക്സ്]
--bmerge [.ബെഡ് ഫയലിന്റെ പേര്] [.ബിം ഫയലിന്റെ പേര്] [.ഫാം ഫയൽനാമം]
--bmerge [ബൈനറി ഫയൽസെറ്റ് പ്രിഫിക്സ്]
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫയൽസെറ്റിനെ ആദ്യം ലോഡ് ചെയ്ത ഫയൽസെറ്റുമായി ലയിപ്പിക്കുക, ഫലം എഴുതുക
{output prefix}.bed + .bim + .fam. (ഇനി ഒരേസമയം ആവശ്യമില്ല
വ്യക്തമാക്കുക --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക.)
--ലയിപ്പിക്കുക-ലിസ്റ്റ് [ഫയലിന്റെ പേര്]
ടെക്സ്റ്റ് ഫയലിൽ പേരുള്ള എല്ലാ ഫയൽസെറ്റുകളും റഫറൻസ് ഫയൽസെറ്റുമായി ലയിപ്പിക്കുക
വ്യക്തമാക്കിയ. (എന്നിരുന്നാലും, ഇതും *ഒരു റഫറൻസ് ഇല്ലാതെ* ഉപയോഗിക്കാം; അങ്ങനെയെങ്കിൽ,
പുതുതായി സൃഷ്‌ടിച്ച ഫയൽസെറ്റ് മറ്റ് മിക്ക PLINK-ഉം റഫറൻസായി കണക്കാക്കുന്നു
പ്രവർത്തനങ്ങൾ.) ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു: * ഒരു വരിയിൽ മാത്രം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നുവെങ്കിൽ
ഒരു പേര്, അത് a എന്നതിന്റെ ഉപസർഗ്ഗമായി കരുതപ്പെടുന്നു
ബൈനറി ഫയൽസെറ്റ്.
* ഒരു വരിയിൽ കൃത്യമായി രണ്ട് പേരുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, അവ പൂർണ്ണമാണെന്ന് അനുമാനിക്കപ്പെടുന്നു
ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽസെറ്റിനുള്ള ഫയൽനാമങ്ങൾ (ആദ്യം.ped, പിന്നെ .map).
* ഒരു വരിയിൽ കൃത്യമായി മൂന്ന് പേരുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, അവ പൂർണ്ണമാണെന്ന് അനുമാനിക്കപ്പെടുന്നു
ഒരു ബൈനറി ഫയൽസെറ്റിനുള്ള ഫയൽനാമങ്ങൾ (.ബെഡ്, പിന്നെ .ബിം, പിന്നെ .ഫാം).
--write-snplist
--ലിസ്റ്റ്-23-ഇൻഡലുകൾ
--write-snplist എല്ലാ വേരിയന്റുകളുടെയും പേരുകൾ ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്ന ഒരു .snplist ഫയൽ എഴുതുന്നു
നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കിയ ഫിൽട്ടറുകളും ഉൾപ്പെടുത്തൽ പരിധികളും കടന്നുപോകുമ്പോൾ
--ലിസ്റ്റ്-23-ഇൻഡലുകൾ 23andMe-style indel calls (D/I അല്ലീൽ) ഉപയോഗിച്ച് ഉപസെറ്റ് എഴുതുന്നു
കോഡുകൾ).
--ലിസ്റ്റ്-ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ്-vars
--ലിസ്റ്റ്-ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ്-vars എല്ലാ ഗ്രൂപ്പുകളെയും വിവരിക്കുന്ന ഒരു .dupvar ഫയൽ എഴുതുന്നു
പൊസിഷനുകളും അല്ലീൽ കോഡുകളും ഉള്ള വകഭേദങ്ങൾ. * ഡിഫോൾട്ടായി, A1/A2 അല്ലീൽ
അസൈൻമെന്റുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു; 'require-same-ref' ഉപയോഗിക്കുക
ഇത് മറികടക്കാൻ.
* സാധാരണയായി, റിപ്പോർട്ടിൽ സ്ഥാനവും അല്ലീൽ കോഡുകളും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു.
അവരെ നീക്കം ചെയ്യാൻ
(ഉദാ. ഉപയോഗിച്ച് നേരിട്ട് ഉപയോഗിക്കാവുന്ന ഒരു ഫയൽ നിർമ്മിക്കുക --എക്സ്ട്രാക്റ്റ്/--ഒഴിവാക്കുക), 'ids-only' ഉപയോഗിക്കുക.
റിപ്പോർട്ടുചെയ്ത ഏതെങ്കിലും ഐഡികളാണെങ്കിൽ ഈ കമാൻഡ് 'ids-മാത്രം' മോഡിൽ പരാജയപ്പെടുമെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
അതുല്യമല്ല.
* 'സപ്രസ്-ഫസ്റ്റ്' ഓരോ ഗ്രൂപ്പിലെയും ആദ്യ വേരിയന്റ് ഐഡി ഒഴിവാക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
റിപ്പോർട്ടിൽ നിന്ന്.
--ആവൃത്തി
--ആവൃത്തി
--ആവൃത്തി ഒരു അടിസ്ഥാന അല്ലീൽ ആവൃത്തി സൃഷ്ടിക്കുന്നു (അല്ലെങ്കിൽ 'എണ്ണം' എങ്കിൽ എണ്ണുക
മോഡിഫയർ നിലവിലുണ്ട്) റിപ്പോർട്ട്.
ഇതുമായി സംയോജിപ്പിക്കാം --അകത്ത്/--കുടുംബം
പകരം ഒരു ക്ലസ്റ്റർ-സ്ട്രാറ്റിഫൈഡ് അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസി/കൗണ്ട് റിപ്പോർട്ട് നിർമ്മിക്കാൻ, അല്ലെങ്കിൽ
'കേസ്-കൺട്രോൾ' മോഡിഫയർ കേസ് റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നതിനും അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസികൾ പ്രത്യേകം നിയന്ത്രിക്കുന്നതിനും.
--ആവൃത്തി ഉപയോഗിക്കുന്നതിനായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്ത കൂടുതൽ വിശദമായ ജനിതക തരം കൗണ്ട് റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കുന്നു
--ആവർത്തനം വായിക്കുക.
--കാണാതായിരിക്കുന്നു
സാമ്പിളും വേരിയന്റും അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള നഷ്‌ടമായ ഡാറ്റ റിപ്പോർട്ടുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക.
ക്ലസ്റ്ററുകൾ ആണെങ്കിൽ
നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്, വേരിയന്റ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള റിപ്പോർട്ട് ക്ലസ്റ്റർ-സ്ട്രാറ്റിഫൈഡ് ആണ്.
'gz' കാരണമാകുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ ജിസിപ്പ് ചെയ്യണം.
--ടെസ്റ്റ്-അപകടം
മിസ്സിംഗ് കോളുകളും ഫ്ലാങ്കിംഗ് ഹാപ്ലോടൈപ്പുകളും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം പരിശോധിക്കുക.
--ഹാർഡി
ഒരു ഹാർഡി-വെയ്ൻബെർഗ് കൃത്യമായ ടെസ്റ്റ് പി-വാല്യൂ റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക.
(ഇത് ചെയ്യുന്നില്ല
ഒരേസമയം p-മൂല്യം ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക; ഉപയോഗിക്കുക --ഹ്വെ അതിനു വേണ്ടി.)
കൂടെ
'മിഡ്‌പി' മോഡിഫയർ, ഗ്രാഫെൽമാനിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന മിഡ്-പി അഡ്ജസ്റ്റ്‌മെന്റ് ടെസ്റ്റ് പ്രയോഗിക്കുന്നു
J, Moreno V (2013) ഹാർഡി-വെയ്ൻബർഗ് ഇക്വിലിബ്രിയത്തിനായുള്ള കൃത്യമായ പരിശോധനകളിലെ മിഡ് പി-മൂല്യം.
--മെൻഡൽ
ഒരു മെൻഡൽ പിശക് റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക.
'സംഗ്രഹങ്ങൾ മാത്രം' മോഡിഫയർ കാരണമാകുന്നു
.mendel ഫയൽ (എല്ലാ പിശകുകളും ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്നു) ഒഴിവാക്കണം.
--ഹെറ്റ്
--ibc
ഇൻബ്രീഡിംഗ് ഗുണകങ്ങൾ കണക്കാക്കുക.
--ഹെറ്റ് റിപ്പോർട്ടുകൾ രീതി-നിമിഷങ്ങൾ
എസ്റ്റിമേറ്റ്, അതേസമയം --ibc യാങ് ജെ, ലീ എസ്എച്ച് എന്നിവയിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന മൂന്ന് മൂല്യങ്ങളും കണക്കാക്കുന്നു,
ഗോദാർഡ് എം.ഇ.യും വിഷർ പി.എം. (2011) ജി.സി.ടി.എ.: ജീനോം-വൈഡ് കോംപ്ലക്‌സ് സ്വഭാവത്തിനുള്ള ഒരു ഉപകരണം
വിശകലനം. (ആ പേപ്പർ ഞങ്ങൾ റിലേഷൻഷിപ്പ് മാട്രിക്സ് കംപ്യൂട്ടേഷനും വിവരിക്കുന്നു
reimplement.) * ഈ പ്രവർത്തനങ്ങൾക്ക് മാന്യമായ MAF എസ്റ്റിമേറ്റുകൾ ആവശ്യമാണ്. വളരെ ഉണ്ടെങ്കിൽ
കുറച്ച്
നിങ്ങളുടെ ഉടനടി ഫയൽസെറ്റിലെ സാമ്പിളുകൾ, --ആവർത്തനം വായിക്കുക മുതൽ പ്രായോഗികമായി നിർബന്ധമാണ്
ആ കേസിൽ കുറ്റപ്പെടുത്തപ്പെട്ട MAF-കൾ വളരെ കൃത്യമല്ല.
* മാർക്കർ സെറ്റ് ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥയിലാണെന്നും അവർ അനുമാനിക്കുന്നു. * വഴി
സ്ഥിരസ്ഥിതി, --ഹെറ്റ് Nei പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന n/(n-1) ഗുണനം ഒഴിവാക്കുന്നു
ഹോമോസൈഗോസിറ്റി ഫോർമുല.
'സ്മോൾ-സാമ്പിൾ' മോഡിഫയർ അതിന് കാരണമാകുന്നു
നിർബന്ധിക്കുമ്പോൾ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട് --ഹെറ്റ് ഉടനടി സ്ഥാപകരിൽ നിന്ന് കണക്കാക്കിയ MAF-കൾ ഉപയോഗിക്കാൻ
ഡാറ്റാസെറ്റ്.
--സെക്സ് പരിശോധിക്കുക {സ്ത്രീ പരമാവധി F} {ആൺ മിനിറ്റ് F}
--സെക്സ് പരിശോധിക്കുക ycount {സ്ത്രീ പരമാവധി F} {ആൺ മിനിറ്റ് F} {സ്ത്രീ പരമാവധി Y obs}
{പുരുഷ മിനിമം Y obs}
--സെക്സ് പരിശോധിക്കുക y-മാത്രം {സ്ത്രീ max Y obs} {പുരുഷ മിനിമം Y obs}
--ഇംപ്യൂട്ട്-സെക്സ് {സ്ത്രീ പരമാവധി F} {ആൺ മിനിറ്റ് F}
--ഇംപ്യൂട്ട്-സെക്സ് ycount {സ്ത്രീ പരമാവധി F} {ആൺ മിനിറ്റ് F} {സ്ത്രീ പരമാവധി Y obs}
{പുരുഷ മിനിമം Y obs}
--ഇംപ്യൂട്ട്-സെക്സ് y-മാത്രം {സ്ത്രീ max Y obs} {പുരുഷ മിനിമം Y obs}
--സെക്സ് പരിശോധിക്കുക സാധാരണയായി ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റിലെ ലൈംഗിക അസൈൻമെന്റുകൾ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
X ക്രോമസോം ഇൻബ്രീഡിംഗ് ഗുണകങ്ങളിൽ നിന്ന് കണക്കാക്കിയവ. * X എന്ന് ഉറപ്പാക്കുക
ക്രോമസോം കപട-ഓട്ടോസോമൽ മേഖല വിഭജിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു
ഓഫ് (ഉദാ --വിഭജനം-x) ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്.
* നിങ്ങൾക്ക് മാന്യമായ MAF എസ്റ്റിമേറ്റുകളും ആവശ്യമാണ് (അതിനാൽ, നിങ്ങളുടെ സാമ്പിളുകളിൽ വളരെ കുറച്ച് മാത്രമേ ഉള്ളൂ
ഉടനടി ഫയൽസെറ്റ്, ഉപയോഗിക്കുക --ആവർത്തനം വായിക്കുക), നിങ്ങളുടെ മാർക്കർ സെറ്റ് ഏകദേശം ആയിരിക്കണം
ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥ.
* ഡിഫോൾട്ടായി, F കണക്കാക്കുന്നത് 0.2-ൽ താഴെ സ്ത്രീ കോളുകളും മൂല്യങ്ങളും നൽകുന്നു
0.8-നേക്കാൾ വലുത് പുരുഷ കോളുകൾ നൽകുന്നു.
നിങ്ങൾ സംഖ്യാ പരാമീറ്റർ(കൾ) കൈമാറുകയാണെങ്കിൽ
--സെക്സ് പരിശോധിക്കുക, ആദ്യത്തെ രണ്ടെണ്ണം ഈ പരിധികളെ നിയന്ത്രിക്കുന്നു.
Y ക്രോമസോം ഡാറ്റ പരിഗണിക്കുന്ന രണ്ട് മോഡുകൾ ഇപ്പോൾ ഉണ്ട്. * 'ycount' മോഡിൽ,
ലിംഗഭേദം ഇപ്പോഴും X ക്രോമസോമിൽ നിന്നാണ് കണക്കാക്കുന്നത്, പക്ഷേ
0-ൽ കൂടുതൽ വിട്ടുപോകാത്ത Y എന്നിരിക്കെ സ്ത്രീ കോളുകൾ അവ്യക്തമായി തരംതാഴ്ത്തപ്പെടും
ജനിതകമാതൃകകൾ നിലവിലുണ്ട്, 0-ൽ താഴെയുള്ളപ്പോൾ പുരുഷ കോളുകൾ തരംതാഴ്ത്തപ്പെടും.
(ഇവ നിരക്കുകളല്ല, എണ്ണങ്ങളാണെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക.) ഈ പരിധികൾ നിയന്ത്രിക്കാവുന്നതാണ്
--സെക്സ് പരിശോധിക്കുക ycount-ന്റെ ഓപ്ഷണൽ 3-ഉം 4-ഉം സംഖ്യാ പാരാമീറ്ററുകൾ.
* 'y-ഒൺലി' മോഡിൽ, Y ജീനോടൈപ്പ് എണ്ണത്തിൽ നിന്ന് ലിംഗഭേദം കണക്കാക്കുന്നു.
ഈ സാഹചര്യത്തിൽ പൂജ്യത്തിന് പകരം പുരുഷ മിനിമം ത്രെഷോൾഡ് ഡിഫോൾട്ട് 1 ആണ്.
--ഇംപ്യൂട്ട്-സെക്സ് കണക്കാക്കിയ മൂല്യങ്ങളിലേക്ക് ലൈംഗിക അസൈൻമെന്റുകൾ മാറ്റുന്നു
അല്ലെങ്കിൽ സമാനമാണ് --സെക്സ് പരിശോധിക്കുക.
കൂടെ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതാണ്
--കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക/--recode/--write-covar.
--fst
(അപരനാമം: --Fst) ഉപയോഗിക്കുന്ന ഓരോ ഓട്ടോസോമൽ ഡിപ്ലോയിഡ് വേരിയന്റിനും റൈറ്റ്സ് എഫ്എസ്ടി കണക്കാക്കുക
വെയർ ബിഎസ്, കോക്കർഹാം സിസി (1984) എഫ്-സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സ് കണക്കാക്കുന്ന രീതി
ജനസംഖ്യാ ഘടനയുടെ വിശകലനം, ഒരു കൂട്ടം ഉപജനസംഖ്യകൾ വഴി നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു
--അകത്ത്. അസംസ്കൃതവും തൂക്കമുള്ളതുമായ ആഗോള മാർഗങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്നു. * നിങ്ങൾക്ക് താൽപ്പര്യമുണ്ടെങ്കിൽ
ആഗോള മാർഗങ്ങളിൽ, സാധാരണയായി അത് നിർവഹിക്കുന്നതാണ് നല്ലത്
ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥയിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു മാർക്കറിൽ ഈ കണക്കുകൂട്ടൽ.
* നിങ്ങൾക്ക് രണ്ട് ഉപജനസംഖ്യ മാത്രമേ ഉള്ളൂവെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് അവരെ പ്രതിനിധീകരിക്കാം
കേസ്/നിയന്ത്രണ നില, 'കേസ്-കൺട്രോൾ' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിക്കുക.
--indep [ജാലക വലുപ്പം] [ഘട്ട വലുപ്പം (വേരിയന്റ് ct)] [VIF ത്രെഷോൾഡ്]
--indep-joywise [ജാലക വലുപ്പം] [ഘട്ട വലുപ്പം (ഭേദം ct)] [r^2 പരിധി]
--indep-pairphase [ജാലക വലുപ്പം] [ഘട്ട വലുപ്പം (ഭേദം ct)] [r^2 പരിധി]
ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥയിൽ മാർക്കറുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക.
കൂടെ
'kb' മോഡിഫയർ, വിൻഡോ വലുപ്പം വേരിയന്റ് കൗണ്ട് യൂണിറ്റുകൾക്ക് പകരം കിലോബേസിലാണ്.
(പ്രീ-'കെബി' സ്പെയ്സ് ഓപ്‌ഷണലാണ്, അതായത് '--ഇൻഡെപ്-പെയർവൈസ് 500 കെബി 5 0.5' കൂടാതെ
'--indep-pairwise 500kb 5 0.5' എന്നതിന് സമാന ഫലമുണ്ട്.) നിങ്ങൾ വീണ്ടും പ്രവർത്തിപ്പിക്കേണ്ടതുണ്ടെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക.
PLINK ഉപയോഗിക്കുന്നത് --എക്സ്ട്രാക്റ്റ് or --പെടുത്തിയിട്ടില്ല പ്രയോഗിക്കാൻ .prune.in/.prune.out ഫയലിൽ
മറ്റൊരു കണക്കുകൂട്ടലിലേക്ക് ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുക.
--ആർ
--r2
LD സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക് റിപ്പോർട്ടുകൾ.
--ആർ അസംസ്കൃത ഇന്റർ-വേരിയന്റ് പരസ്പര ബന്ധങ്ങൾ നൽകുന്നു, അതേസമയം
--r2 അവരുടെ ചതുരങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു.
എല്ലാ ജോഡികൾക്കും നിങ്ങൾക്ക് ഫലങ്ങൾ അഭ്യർത്ഥിക്കാം
മാട്രിക്സ് ഫോർമാറ്റ് (നിങ്ങൾ 'ബിൻ' അല്ലെങ്കിൽ ഷേപ്പ് മോഡിഫയറുകളിൽ ഒന്ന് വ്യക്തമാക്കുകയാണെങ്കിൽ), എല്ലാ ജോഡികളും
പട്ടിക ഫോർമാറ്റ് ('ഇന്റർ-ചർ'), അല്ലെങ്കിൽ പട്ടിക ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഒരു പരിമിത വിൻഡോ (സ്ഥിരസ്ഥിതി). * ദി
'gz' മോഡിഫയർ ഔട്ട്പുട്ട് ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ജിസിപ്പ് ചെയ്യാൻ കാരണമാകുന്നു. * 'ബിൻ' ഔട്ട്പുട്ടിന് കാരണമാകുന്നു
ഇരട്ട-പ്രിസിഷൻ ബൈനറിയിൽ എഴുതേണ്ട മാട്രിക്സ്
ഫോർമാറ്റ്, അതേസമയം 'bin4' സ്പെസിഫിക് സിംഗിൾ-പ്രിസിഷൻ ബൈനറി.
മാട്രിക്സ് ആണ്
ഒരു ആകൃതിയും വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ ചതുരം.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ടെക്സ്റ്റ് മെട്രിക്സുകൾ ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ആണ്; 'spaces' ഇത് മാറ്റുന്നു. *
'in-phase' ടേബിൾ ഫോർമാറ്റിലേക്ക് ഇൻ-ഫേസ് അല്ലീൽ ജോഡികളുള്ള ഒരു കോളം ചേർക്കുന്നു
റിപ്പോർട്ടുകൾ.
(വളരെ നീളമുള്ള അല്ലീൽ കോഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഇത് ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയില്ല.)
* 'dprime' ടേബിൾ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത റിപ്പോർട്ടുകളിലേക്ക് Lewontin-ന്റെ D-prime സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് ചേർക്കുന്നു,
കൂടാതെ r/r^2, D-prime എന്നിവയെ പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള പരിഹാരത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാക്കുന്നു
ഗൗണ്ട് ടി, റോഡ്രിഗസ് എസ്, ഡേ I (2007) ക്യൂബിക് കൃത്യമായതിൽ ചർച്ച ചെയ്ത ക്യൂബിക് സമവാക്യം
ജോഡിവൈസ് ഹാപ്ലോടൈപ്പ് ഫ്രീക്വൻസികൾ കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള പരിഹാരങ്ങൾ.
* 'with-freqs' പട്ടിക ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത റിപ്പോർട്ടുകളിലേക്ക് MAF നിരകൾ ചേർക്കുന്നു. * ഫലമായി
ഫയൽ എളുപ്പത്തിൽ വലുതായിരിക്കും, നിങ്ങൾ ചേർക്കേണ്ടതുണ്ട്
ഫിൽട്ടർ ചെയ്യാത്തതും വിതരണം ചെയ്യാത്തതുമായ എല്ലാ ജോഡികളും അഭ്യർത്ഥിക്കുമ്പോൾ 'yes-really' മോഡിഫയർ
400k ലധികം വേരിയന്റുകളിലെ കണക്കുകൂട്ടൽ.
* ഈ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഉപവിഭജിക്കാവുന്നതാണ് --സമാന്തരം (അപ്പോൾ പോലും
'സ്ക്വയർ' മോഡിഫയർ സജീവമാണ്).
--ld [വേരിയന്റ് ഐഡി] [വേരിയന്റ് ഐഡി]
ഇത് ഒരു ജോഡി വേരിയന്റുകൾക്ക് ഹാപ്ലോടൈപ്പ് ഫ്രീക്വൻസികൾ, r^2, D' എന്നിവ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.
ഹാപ്ലോടൈപ്പ് ഫ്രീക്വൻസിക്ക് ജൈവശാസ്ത്രപരമായി സാധ്യമായ ഒന്നിലധികം പരിഹാരങ്ങൾ ഉള്ളപ്പോൾ
ക്യൂബിക് സമവാക്യം, എല്ലാം പ്രദർശിപ്പിക്കും (പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള പരിഹാരത്തിന് പകരം
വഴി തിരിച്ചറിഞ്ഞു --ആർ/--r2), HWE കൃത്യമായ ടെസ്റ്റ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾക്കൊപ്പം.
--ഷോ-ടാഗുകൾ [ഫയലിന്റെ പേര്]
--ഷോ-ടാഗുകൾ എല്ലാം
* ഒരു ഫയൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു വേരിയന്റെങ്കിലും ടാഗ് ചെയ്യുന്ന എല്ലാ വേരിയന്റുകളും ലിസ്റ്റ് ചെയ്യുക
ഫയലിൽ പേരിട്ടു.
(ഇത് സാധാരണയായി ഒറിജിനലിന്റെ സൂപ്പർസെറ്റായിരിക്കും
ലിസ്റ്റ്, കാരണം ഒരു വേരിയന്റ് തന്നെ ഇവിടെ ടാഗ് ചെയ്യുന്നതായി കണക്കാക്കുന്നു.)
* 'എല്ലാം' മോഡ് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഓരോ വേരിയന്റിനും, ഓരോ *മറ്റൊരു* വേരിയന്റും
അത് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട ടാഗുകൾ.
--ബ്ലോക്കുകൾ
ബ്ലോക്ക് നിർവചനത്തിന്റെ ഹാപ്ലോവ്യൂവിന്റെ വ്യാഖ്യാനം വഴി ഹാപ്ലോടൈപ്പ് ബ്ലോക്കുകൾ കണക്കാക്കുക
ഗബ്രിയേൽ എസ് തുടങ്ങിയവർ നിർദ്ദേശിച്ചു. (2002) മനുഷ്യരിലെ ഹാപ്ലോടൈപ്പ് ബ്ലോക്കുകളുടെ ഘടന
ജീനോം. * സാധാരണയായി, നഷ്‌ടമായ ഫിനോടൈപ്പുകൾ ഉള്ള സാമ്പിളുകൾ ഇത് പരിഗണിക്കില്ല
കണക്കുകൂട്ടൽ; 'no-pheno-req' മോഡിഫയർ ഈ നിയന്ത്രണം നീക്കുന്നു.
* സാധാരണയായി, സൈസ്-2 ബ്ലോക്കുകൾ 20 കെബിയിൽ കൂടുതലാകരുത്, സൈസ്-3 ബ്ലോക്കുകൾ
30kb ആയി പരിമിതപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു.
'നോ-സ്മോൾ-മാക്സ്-സ്പാൻ' മോഡിഫയർ ഇവ നീക്കം ചെയ്യുന്നു
പരിധി.
.blocks ഫയൽ PLINK 1.07-ന്റെ സാധുവായ ഇൻപുട്ടാണ് --ഹാപ്പ് കമാൻഡ്.
എന്നിരുന്നാലും,
The --ഹാപ്പ്... ദരിദ്രമായതിനാൽ PLINK 1.9-ൽ പതാകകളുടെ കുടുംബം പുനഃസ്ഥാപിച്ചിട്ടില്ല
മറ്റ് സോഫ്റ്റ്വെയറുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ ഘട്ടം ഘട്ടമായുള്ള കൃത്യത; ഇപ്പോൾ, BEAGLE ഉപയോഗിക്കാൻ ഞങ്ങൾ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
കേസ്/കൺട്രോൾ ഹാപ്ലോടൈപ്പ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനത്തിനായി PLINK-ന് പകരം. (നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാം
BEAGLE 3.3-ലേക്ക് ഡാറ്റ കയറ്റുമതി ചെയ്യാൻ '--recode beagle'.) ഞങ്ങൾ ക്ഷമ ചോദിക്കുന്നു
അസൌകര്യം, എന്നിവയുടെ വകഭേദങ്ങൾ വികസിപ്പിക്കാൻ പദ്ധതിയിടുന്നു --ഹാപ്പ്... കൈകാര്യം ചെയ്യുന്ന പതാകകൾ
മുൻകൂട്ടി തയ്യാറാക്കിയ ഡാറ്റ ഫലപ്രദമായി.
--ദൂരം <0-ibs>
താഴെയുള്ള ത്രികോണാകൃതിയിലുള്ള ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ടേബിൾ (ഭാരമുള്ള) ജനിതക ദൂരങ്ങൾ എഴുതുക
{output prefix}.dist-ലേക്കുള്ള അല്ലീലെ കൗണ്ട് യൂണിറ്റുകളും അനുബന്ധ സാമ്പിളിന്റെ ഒരു ലിസ്റ്റും
{output prefix}.dist.id എന്നതിലേക്കുള്ള ഐഡികൾ. .dist ഫയലിന്റെ ആദ്യ വരിയിൽ ഒറ്റത്തവണ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
{ജീനോം 1-ജീനോം 2} ദൂരം, രണ്ടാമത്തെ വരിയിൽ {ജീനോം 1-ജീനോം 3} ഉണ്ട്
ആ ക്രമത്തിലുള്ള {ജീനോം 2-ജീനോം 3} ദൂരങ്ങൾ മുതലായവ. * സാധാരണയായി ഇത് നിർവഹിക്കുന്നതാണ് നല്ലത്
ഈ കണക്കുകൂട്ടൽ ഒരു മാർക്കറിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥ.
* 'സ്ക്വയർ' അല്ലെങ്കിൽ 'സ്ക്വയർ0' മോഡിഫയർ ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു ചതുര മാട്രിക്സ്
പകരം എഴുതിയിരിക്കുന്നു; 'square0' മുകളിൽ വലത് ത്രികോണത്തെ പൂജ്യങ്ങൾ കൊണ്ട് നിറയ്ക്കുന്നു.
* 'gz' മോഡിഫയർ ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു കംപ്രസ് ചെയ്ത .dist.gz ഫയൽ എഴുതപ്പെടും
ഒരു പ്ലെയിൻ ടെക്സ്റ്റ് ഫയലിന് പകരം.
* 'ബിൻ' മോഡിഫയർ ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു ബൈനറി (ചതുരം) മാട്രിക്സ്
R-ൽ നിന്ന് ലോഡുചെയ്യുന്നതിന് അനുയോജ്യമായ ഇരട്ട-പ്രിസിഷൻ ഫ്ലോട്ടിംഗ് പോയിന്റ് മൂല്യങ്ങളാണ് പകരം
{output prefix}.dist.bin-ലേക്ക് എഴുതിയിരിക്കുന്നു. ('bin4' ഒറ്റ-പ്രിസിഷൻ നമ്പറുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു
പകരം.) നിങ്ങൾക്ക് ഇപ്പോഴും മുകളിൽ വലത് വേണമെങ്കിൽ 'സ്ക്വയർ0' എന്നതുമായി സംയോജിപ്പിക്കാം
മുകളിൽ വലതുവശത്ത് പാഡ് ചെയ്യാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ പൂജ്യം ഒഴിവാക്കി അല്ലെങ്കിൽ 'ത്രികോണം'.
* 'ibs' മോഡിഫയർ ഉണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു ഐഡന്റിറ്റി-ബൈ-സ്റ്റേറ്റ് മാട്രിക്സ് എഴുതപ്പെടും
{output prefix} എന്നതിലേക്ക്.mibs.
'1-ibs' ജനിതകമായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ദൂരങ്ങൾക്ക് കാരണമാകുന്നു
അനുപാതങ്ങൾ (അതായത് 1 - IBS) {output prefix}.mdist-ലേക്ക് എഴുതണം. കൂടെ സംയോജിപ്പിക്കുക
നിങ്ങൾക്ക് സാധാരണ .dist ഫയലും ജനറേറ്റ് ചെയ്യണമെങ്കിൽ 'allele-ct'.
* ഡിഫോൾട്ടായി, നഷ്‌ടമായ ജനിതക തരം കോളുകളുടെ സാന്നിധ്യത്തിൽ ദൂരം പുനഃക്രമീകരിക്കുന്നു
അല്ലീൽ കൗണ്ട് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷനോട് സെൻസിറ്റീവ് ആണ്: വേരിയന്റ് A സംഭാവന ചെയ്താൽ, ശരാശരി,
വേരിയന്റ് B-യെക്കാൾ ഇരട്ടി മറ്റ് ജോഡി ദൂരങ്ങളിലേക്ക്, വേരിയന്റ് A-ൽ ഒരു മിസ്സിംഗ് കോൾ
നഷ്ടപരിഹാരത്തിന്റെ ഇരട്ടി വലുതായിരിക്കും. ഇത് ഓഫാക്കാൻ
(ഉദാ: നിങ്ങളുടെ മിസ്സിംഗ് കോളുകൾ വളരെ ക്രമരഹിതമാണ്), 'ഫ്ലാറ്റ്-മിസ്സിംഗ്' ഉപയോഗിക്കുക
മോഡിഫയർ.
* കണക്കുകൂട്ടൽ ഉപയോഗിച്ച് ഉപവിഭജിക്കാം --സമാന്തരം.
--ദൂര-മാട്രിക്സ്
--ibs-matrix
ഈ ഒഴിവാക്കിയ കമാൻഡുകൾ '--ഡിസ്റ്റൻസ് 1-ഇബിഎസ് ഫ്ലാറ്റ്-മിസ്സിംഗ് സ്ക്വയർ' എന്നതിന് തുല്യമാണ്.
കൂടാതെ '--ഡിസ്റ്റൻസ് ibs ഫ്ലാറ്റ്-മിസ്സിംഗ് സ്ക്വയർ', യഥാക്രമം, അവ സൃഷ്ടിക്കുന്നത് ഒഴികെ
സ്പേസ്- ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ടെക്സ്റ്റ് മെട്രിക്സുകൾക്ക് പകരം.
--make-rel
ഒരു താഴ്ന്ന-ത്രികോണ വേരിയൻസ്-സ്റ്റാൻഡേർഡൈസ്ഡ് റിയൽസ്ഡ് റിലേഷൻഷിപ്പ് മാട്രിക്സ് എഴുതുക
{output prefix}.rel, കൂടാതെ {output prefix}.rel.id എന്നതിലേക്കുള്ള അനുബന്ധ ഐഡികളും. *അതാണ്
സാധാരണയായി ഒരു മാർക്കറിൽ ഈ കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്തുന്നത് നല്ലതാണ്
ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥ.
* 'ചതുരം', 'ചതുരം0', 'ത്രികോണം', 'gz', 'ബിൻ', 'bin4' എന്നിവ പ്രവർത്തിക്കുന്നത് പോലെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു
on --ദൂരം.
* 'കോവ്' മോഡിഫയർ വേരിയൻസ് സ്റ്റാൻഡേർഡൈസേഷൻ ഘട്ടം നീക്കം ചെയ്യുന്നു, ഇത് എ
പകരം കണക്കാക്കേണ്ടത് covariance matrix.
* ഡിഫോൾട്ടായി, റിലേഷൻഷിപ്പ് മാട്രിക്സിലെ ഡയഗണൽ ഘടകങ്ങൾ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്
--ibcന്റെ Fhat1; Fhat2-നെ അടിസ്ഥാനമാക്കാൻ 'ibc3' അല്ലെങ്കിൽ 'ibc2' മോഡിഫയറുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
അല്ലെങ്കിൽ പകരം Fhat3.
* കണക്കുകൂട്ടൽ ഉപയോഗിച്ച് ഉപവിഭജിക്കാം --സമാന്തരം.
--make-grm-gz
--make-grm-bin
--make-grm-gz GCTA-യുടെ യഥാർത്ഥ gzipped ലിസ്റ്റിൽ ബന്ധങ്ങൾ എഴുതുന്നു
ഓരോ വരിയിലും ഒരു ജോഡിയെ വിവരിക്കുന്ന ഫോർമാറ്റ് --make-grm-bin അവ GCTA-യിൽ എഴുതുന്നു
1.1+ ന്റെ ഒറ്റ-പ്രിസിഷൻ ത്രികോണ ബൈനറി ഫോർമാറ്റ്. ഈ ഫോർമാറ്റുകൾ ശ്രദ്ധിക്കുക
സാധുതയുള്ള നിരീക്ഷണങ്ങളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമായി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക (ഒരു സാമ്പിൾക്കും എ
മിസ്സിംഗ് കോൾ) ഓരോ ജോഡിക്കും ചില സ്ക്രിപ്റ്റുകൾക്ക് ഉപയോഗപ്രദമായ ഇൻപുട്ടാണ്. ഇവ
കണക്കുകൂട്ടലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ഉപവിഭജിക്കാം --സമാന്തരം.
--rel-കട്ട്ഓഫ് {val}
(അപരനാമം: --ഗ്രാം-കട്ട്ഓഫ്) ബന്ധമുള്ള ഓരോ ജോഡി സാമ്പിളുകളിലും ഒരു അംഗത്തെ ഒഴിവാക്കുക
നൽകിയിരിക്കുന്ന കട്ട്ഓഫ് മൂല്യത്തേക്കാൾ വലുത് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.025). പിന്നീട് പ്രവർത്തനം ഇല്ലെങ്കിൽ
ശേഷിക്കുന്ന സാമ്പിളുകളുടെ ലിസ്റ്റ് ഡിസ്കിലേക്ക് എഴുതാൻ ഇടയാക്കുന്നു, ഇത് അതിനെ സേവ് ചെയ്യും
{output prefix}.rel.id. ശേഷിക്കുന്ന സാമ്പിൾ വലുപ്പം പരമാവധിയാക്കുന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
NP-ഹാർഡ് മാക്സിമം ഇൻഡിപെൻഡന്റ് സെറ്റ് പ്രശ്നത്തിന് തുല്യമാണ്, അതിനാൽ ഞങ്ങൾ ഒരു അത്യാഗ്രഹം ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഒപ്റ്റിമലിറ്റി ഉറപ്പുനൽകുന്നതിനുപകരം അൽഗോരിതം. (ഉപയോഗിക്കുക --make-rel ഒപ്പം
--സൂക്ഷിക്കുക/--നിങ്ങൾക്ക് നന്നായി ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കണമെങ്കിൽ ഫ്ലാഗുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക.)
--ibs-ടെസ്റ്റ് {ക്രമമാറ്റ എണ്ണം}
--ഗ്രൂപ്പ്ഡിസ്റ്റ് {iters} {d}
കേസ്/നിയന്ത്രണ ഫിനോടൈപ്പ് ഡാറ്റ നൽകിയാൽ, ഈ കമാൻഡുകൾ മൂന്ന് ഉപസെറ്റുകൾ പരിഗണിക്കുന്നു
ദൂരം മാട്രിക്സ്: ബാധിച്ച സാമ്പിളുകളുടെ ജോഡി, ബാധിക്കപ്പെടാത്ത ജോഡികൾ, ജോഡികൾ
ബാധിക്കാത്ത സാമ്പിളുകൾ. ഈ ഓരോ ഉപവിഭാഗത്തിനും ജോഡിവൈസ് ജനിതകത്തിന്റെ ഒരു വിതരണമുണ്ട്
ദൂരങ്ങൾ; --ibs-ടെസ്റ്റ് പി-മൂല്യങ്ങൾ കണക്കാക്കാൻ പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: ഏത് തരം
ജോഡികൾ ഏറ്റവും സമാനമാണ്, അതേസമയം --ഗ്രൂപ്പ്ഡിസ്റ്റ് തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസങ്ങളിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കുന്നു
ഈ വിതരണങ്ങളുടെ കേന്ദ്രങ്ങളും ഡിലീറ്റ്-ഡി വഴി സാധാരണ പിശകുകൾ കണക്കാക്കുന്നു
ജാക്ക്നൈഫ്.
--റിഗ്രസ്-ദൂരം {iters} {d}
പെയർവൈസ് ആവറേജ് ഫിനോടൈപ്പുകളിലെ ജോഡിവൈസ് ജീനോമിക് ദൂരങ്ങളുടെ ലീനിയർ റിഗ്രഷൻ
തിരിച്ചും, സാധാരണ പിശകുകൾക്കായി ഡിലീറ്റ്-ഡി ജാക്ക്നൈഫ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഒരു സ്കെയിലർ ഫിനോടൈപ്പ് ആണ്
ആവശ്യമാണ്. * രണ്ടിൽ താഴെ പാരാമീറ്ററുകൾ ഉപയോഗിച്ച്, d എന്നത് {ആളുകളുടെ എണ്ണം}^0.6 ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
വൃത്താകൃതിയിൽ
താഴേക്ക്.
പാരാമീറ്ററുകളൊന്നുമില്ലാതെ, 100k ആവർത്തനങ്ങൾ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.
--റിഗ്രസ്-rel {iters} {d}
പെയർവൈസ് ആവറേജ് ഫിനോടൈപ്പുകളിലെ ജോഡിവൈസ് ജീനോമിക് ബന്ധങ്ങളുടെ ലീനിയർ റിഗ്രഷൻ,
തിരിച്ചും. ഇറ്ററുകളുടെയും ഡിയുടെയും ഡിഫോൾട്ടുകൾ എന്നതിന് സമാനമാണ് --റിഗ്രസ്-ദൂരം.
--ജീനോം
ഒരു ഐഡന്റിറ്റി-ബൈ-ഡിസെന്റ് റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക. * സാധാരണയായി ഇത് നിർവഹിക്കുന്നതാണ് നല്ലത്
ഒരു മാർക്കറിലെ കണക്കുകൂട്ടൽ
ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥ.
* 'റെൽ-ചെക്ക്' മോഡിഫയർ വ്യത്യസ്ത എഫ്ഐഡികളുള്ള ജോഡി സാമ്പിളുകളെ ഒഴിവാക്കുന്നു
അന്തിമ റിപ്പോർട്ടിൽ നിന്ന്.
* 'പൂർണ്ണം' റിപ്പോർട്ടിലേക്ക് റോ ജോഡിവൈസ് താരതമ്യ ഡാറ്റ ചേർക്കുന്നു. * P(IBD=0/1/2)
ഈ കമാൻഡ് ഉപയോഗിച്ചുള്ള എസ്റ്റിമേറ്റർ ചിലപ്പോൾ ഫലം നൽകുന്നു
പരിധിക്ക് പുറത്തുള്ള സംഖ്യകൾ [0,1]; സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ഇവ ക്ലിപ്പ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.
ദി
'അൺബൗണ്ടഡ്' മോഡിഫയർ ഈ ക്ലിപ്പിംഗ് ഓഫാക്കുന്നു.
* തുടർന്ന്, PI_HAT^2 < P(IBD=2), 'nudge' അന്തിമ P(IBD=0/1/2) ക്രമീകരിക്കുമ്പോൾ
സൈദ്ധാന്തികമായി സാധ്യമായ കോൺഫിഗറേഷനിലേക്ക് കണക്കാക്കുന്നു.
* കണക്കുകൂട്ടൽ ഉപയോഗിച്ച് ഉപവിഭജിക്കാം --സമാന്തരം.
--ഹോമോസിഗ്
--homozyg-snp [മിനിറ്റ് വാർ എണ്ണം]
--homozyg-kb [മിനിറ്റ് നീളം]
--homozyg-ഡെൻസിറ്റി [പരമാവധി വിപരീത സാന്ദ്രത (kb/var)]
--homozyg-gap [പരമാവധി ആന്തരിക വിടവ് kb നീളം]
--ഹോമോസിഗ്-ഹെറ്റ് [പരമാവധി ഹെറ്റ്സ്]
--homozyg-window-snp [ജാലക വലുപ്പം സ്കാൻ ചെയ്യുന്നു]
--homozyg-window-het [സ്കാനിംഗ് വിൻഡോ ഹിറ്റിലെ പരമാവധി ഹെറ്റുകൾ]
--homozyg-ജാലകം-കാണാതായിരിക്കുന്നു [സ്കാനിംഗ് വിൻഡോ ഹിറ്റിലെ പരമാവധി മിസ്സിംഗ് കോളുകൾ]
--homozyg-window-threshold [മിനിറ്റ് സ്കാനിംഗ് വിൻഡോ ഹിറ്റ് നിരക്ക്]
ഈ കമാൻഡുകൾ റൺ-ഓഫ്-ഹോമോസൈഗോസിറ്റി റിപ്പോർട്ടുകളുടെ ഒരു കൂട്ടം അഭ്യർത്ഥിക്കുകയും നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
അവ എങ്ങനെ സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു എന്നത് ഇഷ്‌ടാനുസൃതമാക്കുക. * എല്ലാ ഡിഫോൾട്ടിലും നിങ്ങൾ സംതൃപ്തനാണെങ്കിൽ
താഴെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന ക്രമീകരണങ്ങൾ, വെറും
ഉപയോഗം --ഹോമോസിഗ് മോഡിഫയറുകൾ ഇല്ലാതെ.
അല്ലെങ്കിൽ, --ഹോമോസിഗ് a മാറ്റാൻ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
കുറച്ച് ബൈനറി ക്രമീകരണങ്ങൾ: * 'ഗ്രൂപ്പ്{-verbose}' ഓവർലാപ്പിംഗ് റണ്ണുകളുടെ പൂളുകളെക്കുറിച്ചുള്ള ഒരു റിപ്പോർട്ട് ചേർക്കുന്നു
of
ഹോമോസൈഗോസിറ്റി.
(എപ്പോൾ സ്വയമേവ സജ്ജീകരിക്കുന്നു --homozyg-match നിലവിലുണ്ട്.)
* 'ഗ്രൂപ്പ്{-verbose}' എന്നതിനൊപ്പം, 'സമവായം-പൊരുത്ത' ജോഡിവൈസ് സെഗ്മെന്റലിന് കാരണമാകുന്നു
പൂളിന്റെ സമവായ വിഭാഗത്തിലെ വകഭേദങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് മത്സരങ്ങൾ വിളിക്കേണ്ടത്
ജോഡിവൈസ് കവലയിലെ വേരിയന്റുകളേക്കാൾ.
* സ്കാനിംഗ് വിൻഡോ അൽഗോരിതം എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു എന്നതിനാൽ, എ
ROH കുറച്ച് ഹോമോസൈഗസ് വേരിയന്റുകളോട് ചേർന്നാണെന്ന് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തു.
'വിപുലീകരിക്കുക'
മോഡിഫയർ അവരെ റിപ്പോർട്ടുചെയ്ത ROH-ൽ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നുവെങ്കിൽ, ഒരു
യുടെ ലംഘനം --homozyg-ഡെൻസിറ്റി ബന്ധിച്ചിരിക്കുന്നു.
* ഡിഫോൾട്ടായി, സെഗ്‌മെന്റ് ബിപി ദൈർഘ്യം [എൻഡ് ബിപി സ്ഥാനം] ആയി കണക്കാക്കുന്നു -
[ആരംഭ ബിപി സ്ഥാനം] + 1.
അതിനാൽ, റിപ്പോർട്ടുകൾ സാധാരണയായി അല്പം വ്യത്യാസപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു
PLINK 1.07-ൽ നിന്ന്, അത് അവസാനം 1 ചേർക്കുന്നില്ല.
പരിശോധനയ്ക്കായി
ഉദ്ദേശ്യങ്ങൾക്കായി, പഴയത് പ്രയോഗിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾക്ക് 'ഒഴിവാക്കുക-1-നീളത്തിൽ നിന്ന്' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിക്കാം
ഫോർമുല.
* ഡിഫോൾട്ടായി, കുറഞ്ഞത് 100 വേരിയന്റുകളെങ്കിലും അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ഹോമോസൈഗോസിറ്റിയുടെ റണ്ണുകൾ മാത്രം,
കൂടാതെ മൊത്തം നീളം >= 1000 കിലോബേസുകൾ.
നിങ്ങൾക്ക് ഇവ മാറ്റാം
കൂടെ മിനിമം --homozyg-snp ഒപ്പം --homozyg-kb, യഥാക്രമം.
* ഡിഫോൾട്ടായി, ഒരു ROH-ന് ശരാശരി 50 kb-യിൽ ഒരു വേരിയന്റെങ്കിലും ഉണ്ടായിരിക്കണം;
ഇതുമായി ബന്ധിപ്പിച്ച് മാറ്റുക --homozyg-ഡെൻസിറ്റി.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, തുടർച്ചയായി രണ്ട് വേരിയന്റുകൾ 1000 kb-ൽ കൂടുതൽ അകലെയാണെങ്കിൽ, അവ
ഒരേ ROH-ൽ ആയിരിക്കാൻ കഴിയില്ല; ഇതുമായി ബന്ധിപ്പിച്ച് മാറ്റുക --homozyg-gap.
* ഡിഫോൾട്ടായി, ഒരു ROH-ന് അൺലിമിറ്റഡ് ഹെറ്ററോസൈഗസ് കോളുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കാം;
നിങ്ങൾക്ക് ഒരു പരിധി ഏർപ്പെടുത്താം --ഹോമോസിഗ്-ഹെറ്റ്.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, സ്കാനിംഗ് വിൻഡോയിൽ 50 വകഭേദങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു; ഇതുപയോഗിച്ച് മാറ്റുക
--homozyg-window-snp.
* ഡിഫോൾട്ടായി, ഒരു സ്കാനിംഗ് വിൻഡോ ഹിറ്റിൽ പരമാവധി 1 ഹെറ്ററോസൈഗസ് അടങ്ങിയിരിക്കാം
കോളും 5 മിസ്സിംഗ് കോളുകളും; ഉപയോഗിച്ച് ഈ പരിധികൾ മാറ്റുക --homozyg-window-het ഒപ്പം
--homozyg-ജാലകം-കാണാതായിരിക്കുന്നു, യഥാക്രമം.
* ഡിഫോൾട്ടായി, ഒരു ROH-ൽ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഒരു വേരിയന്റിന് യോഗ്യത നേടുന്നതിന്, ഹിറ്റ്
വേരിയന്റ് അടങ്ങിയ എല്ലാ സ്കാനിംഗ് വിൻഡോകളുടെയും നിരക്ക് കുറഞ്ഞത് 0.05 ആയിരിക്കണം; മാറ്റം
ഈ പരിധി --homozyg-window-threshold.
--ക്ലസ്റ്റർ
ജോഡിവൈസ് സമാന സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് (സാധാരണയായി IBS) ഉപയോഗിക്കുന്ന ക്ലസ്റ്റർ സാമ്പിളുകൾ. * 'സിസി'
മോഡിഫയർ എല്ലാ ക്ലസ്റ്ററിനും കുറഞ്ഞത് ഒരു കേസും ഒരെണ്ണവും ഉണ്ടായിരിക്കാൻ നിർബന്ധിക്കുന്നു
നിയന്ത്രണം.
* 'ഗ്രൂപ്പ്-ശരാശരി' മോഡിഫയർ ശരാശരിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ക്ലസ്റ്ററുകൾ ചേരുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
മിനിമം ജോഡിവൈസ് സമാനതയ്ക്ക് പകരം.
* 'കാണാതായ' മോഡിഫയർ ക്ലസ്റ്ററിംഗിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാക്കുന്നു
ഐഡന്റിറ്റി-ബൈ-സ്റ്റേറ്റ് എന്നതിനുപകരം ഐഡന്റിറ്റി-ബൈ-മിസ്സിംഗ്നെസ്സ്, കൂടാതെ സ്പേസ്-ഡിലിമിറ്റഡ് എഴുതുന്നു
ഡിസ്കിലേക്കുള്ള ഐഡന്റിറ്റി-ബൈ-മിസ്സിംഗ്സ് മാട്രിക്സ്.
* 'only2' മോഡിഫയർ ഒരു .cluster2 ഫയലിന് മാത്രമേ കാരണമാകൂ (ഇത് സാധുവായ ഇൻപുട്ടാണ്
വേണ്ടി --അകത്ത്) എഴുതണം; അല്ലെങ്കിൽ മറ്റ് 2 ഫയലുകൾ ഹാജരാക്കും.
* ഡിഫോൾട്ടായി, PLINK 1.07 പോലെ IBS ബന്ധങ്ങൾ തകർക്കപ്പെടുന്നില്ല, അതിനാൽ
അന്തിമ ക്ലസ്റ്റർ പരിഹാരങ്ങൾ വ്യത്യസ്തമായിരിക്കും.
ഇത് പൊതുവെ നിരുപദ്രവകരമാണ്.
എന്നിരുന്നാലും, പരിശോധന ലളിതമാക്കാൻ, നിങ്ങൾക്ക് നിർബന്ധിക്കാൻ 'ഓൾഡ്-ടൈബ്രേക്കുകൾ' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിക്കാം
പഴയ അൽഗോരിതത്തിന്റെ അനുകരണം.
--പിസിഎ {count}
ഒരു വേരിയൻസ്-സ്റ്റാൻഡേർഡൈസ്ഡ് റിലേഷൻഷിപ്പ് മാട്രിക്സ് കണക്കാക്കുന്നു (ഉപയോഗം
--make-rel/--make-grm-gz/--make-grm-bin to dump), കൂടാതെ മികച്ച 20 എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ചെയ്യുന്നു
പ്രധാന ഘടകങ്ങൾ. * സാധാരണയായി ഈ കണക്കുകൂട്ടൽ ഒരു മാർക്കറിൽ നടത്തുന്നതാണ് നല്ലത്
സജ്ജമാക്കുക
ഏകദേശ ലിങ്കേജ് സന്തുലിതാവസ്ഥ.
* ഒരു സംഖ്യാ പരാമീറ്റർ കടന്നുപോകുന്നതിലൂടെ നിങ്ങൾക്ക് പിസികളുടെ എണ്ണം മാറ്റാനാകും. * "തലക്കെട്ട്"
മോഡിഫയർ .eigenvec ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് ഒരു ഹെഡർ ലൈൻ ചേർക്കുന്നു.
(അതേ പേരിലുള്ള GCTA ഫ്ലാഗുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നതിന്, സ്ഥിരസ്ഥിതി തലക്കെട്ടല്ല
വരി.)
* 'ടാബുകൾ' മോഡിഫയർ .eigenvec ഫയലിനെ(കൾ) ടാബ്-ഡിലിമിറ്റ് ചെയ്യാൻ കാരണമാകുന്നു. * ദി
'var-wts' മോഡിഫയർ PC-കൾക്കൊപ്പം ഒരു അധിക .eigenvec.var ഫയൽ അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
സാമ്പിൾ വെയ്‌റ്റുകൾക്ക് പകരം വേരിയന്റ് വെയ്റ്റുകളായി പ്രകടിപ്പിക്കുന്നു.
--അയൽക്കാരൻ [n1] [n2]
(അപരനാമം: --അയൽക്കാരൻ) ഓരോ സാമ്പിളിൽ നിന്നും അവയുടെ n1-ലേക്ക് IBS ദൂരങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
n2-മത്തെ അയൽക്കാർ, ബന്ധപ്പെട്ട Z-സ്കോറുകൾ, ആ അയൽക്കാരുടെ ഐഡന്റിറ്റികൾ.
ഔട്ട്‌ലിയർ കണ്ടെത്തലിന് ഉപയോഗപ്രദമാണ്.
--അസോ
--അസോ
--മാതൃക
അടിസ്ഥാന അസോസിയേഷൻ വിശകലന റിപ്പോർട്ട്. ഒരു കേസ്/നിയന്ത്രണ ഫിനോടൈപ്പ് നൽകിയിരിക്കുന്നു, --അസോ
ഒരു 1df ചി-സ്ക്വയർ അല്ലെലിക് ടെസ്റ്റ് നടത്തുന്നു --മാതൃക മറ്റ് 4 ടെസ്റ്റുകൾ നടത്തുന്നു
നന്നായി (1df ആധിപത്യമുള്ള ജീൻ പ്രവർത്തനം, 1df റീസെസീവ് ജീൻ പ്രവർത്തനം, 2df ജനിതകരൂപം,
കൊക്രാൻ-ആർമിറ്റേജ് ട്രെൻഡ്). * 'ഫിഷർ'/'ഫിഷർ-മിഡ്‌പി' ഉപയോഗിച്ച്, ഫിഷറിന്റെ കൃത്യമായ പരീക്ഷണം
സൃഷ്ടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
പി-മൂല്യങ്ങൾ.
'fisher-midp' ലങ്കാസ്റ്ററിന്റെ മിഡ്-പി ക്രമീകരണവും പ്രയോഗിക്കുന്നു.
* 'പെർം' ഒരു അഡാപ്റ്റീവ് പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് നടത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു. * 'mperm=[value]'
നിർദ്ദിഷ്‌ടതയ്‌ക്കൊപ്പം ഒരു മാക്സ്(ടി) പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റിന് കാരണമാകുന്നു
നടപ്പിലാക്കേണ്ട ആവർത്തനങ്ങളുടെ എണ്ണം.
* 'പെർം-കൗണ്ട്' പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് റിപ്പോർട്ടിന് പകരം എണ്ണങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
ആവൃത്തികളുടെ.
* 'കണക്കുകൾ' കാരണങ്ങൾ --അസോ ആവൃത്തികൾക്ക് പകരം അല്ലീൽ കൗണ്ടുകൾ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യാൻ. *
'സെറ്റ്-ടെസ്റ്റ്' വേരിയന്റ് സെറ്റുകളുടെ പ്രാധാന്യം പരിശോധിക്കുന്നു. ക്രമമാറ്റം ആവശ്യമാണ്;
ഉപയോഗിച്ച് ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാം --സെറ്റ്-പി/--set-r2/--set-max.
* 'dom', 'rec', 'gen', 'trend' എന്നിവ അനുബന്ധ പരിശോധന ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പ്രേരിപ്പിക്കുന്നു
അടിസ്ഥാനമായി --മാതൃക ക്രമമാറ്റം.
(സ്വതവേ, ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ടത്
അല്ലെലിക്, ആധിപത്യം, മാന്ദ്യം എന്നിവയ്ക്കിടയിലുള്ള ഫലം ഉപയോഗിക്കുന്നു.)
* ട്രെൻഡ്-ഒൺലി' എന്നത് ട്രെൻഡ് ടെസ്റ്റ് മാത്രം നടത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു. ഒരു അളവ് നൽകി
ഫിനോടൈപ്പ്, --അസോ സാധാരണയായി ഒരു വാൾഡ് ടെസ്റ്റ് നടത്തുന്നു. * ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, 'qt- അർത്ഥം'
മോഡിഫയർ സ്വഭാവഗുണങ്ങളും നിലവാരവും ഉണ്ടാക്കുന്നു
ജനിതകമാതൃകയാൽ തരംതിരിക്കപ്പെട്ട വ്യതിയാനങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യേണ്ടതാണ്.
* ലിൻ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് കണക്കുകൂട്ടാൻ 'ലിൻ' കാരണമാവുകയും അതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
ഒന്നിലധികം-ടെസ്റ്റിംഗ് തിരുത്തലുകളും പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റുകളും.
മറ്റ് നിരവധി പതാകകൾ (പ്രത്യേകിച്ച്, --അപെർമ്) ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാം
ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധന.
--mh
(അപരനാമം: --cmh)
--bd
--mh2
--ഹോമോഗ്
ഒരു കേസ്/നിയന്ത്രണ ഫിനോടൈപ്പും ഒരു കൂട്ടം ക്ലസ്റ്ററുകളും നൽകിയിരിക്കുന്നു, --mh 2x2xK കണക്കാക്കുന്നു
ഓരോ വേരിയന്റിനുമുള്ള Cochran-Mantel-Haenszel സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ --bd എന്നതും നിർവഹിക്കുന്നു
അസന്തുലിത അനുപാതത്തിന്റെ ഏകതാനതയ്ക്കുള്ള ബ്രെസ്ലോ-ഡേ ടെസ്റ്റ്. പെർമ്യൂട്ടേഷനും വേരിയന്റ് സെറ്റ് പരിശോധനയും
CMH (ഡിഫോൾട്ട്) അല്ലെങ്കിൽ ബ്രെസ്ലോ-ഡേ ('perm-bd' ഉള്ളപ്പോൾ) സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കി
പിന്തുണച്ചു. ഇനിപ്പറയുന്ന സമാന വിശകലനങ്ങളും ലഭ്യമാണ്: * --mh2 മാറ്റുന്നു
കേസ്/നിയന്ത്രണ നിലയുടെയും ക്ലസ്റ്റർ അംഗത്വത്തിന്റെയും റോളുകൾ,
അസോസിയേഷനിൽ ഒരു ഫിനോടൈപ്പ്-സ്ട്രാറ്റിഫൈഡ് IxJxK Cochran-Mantel-Haenszel ടെസ്റ്റ് നടത്തുന്നു
ക്ലസ്റ്റർ അസൈൻമെന്റുകൾക്കും ജനിതകരൂപങ്ങൾക്കും ഇടയിൽ.
* --ഹോമോഗ് അടിസ്ഥാനമാക്കി ബ്രെസ്ലോ-ഡേ ടെസ്റ്റിന് ബദൽ നടപ്പിലാക്കുന്നു
ചി-സ്ക്വയർ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സിന്റെ വിഭജനം.
--ജിഎക്സ്ഇ {covariate index}
ഒരു ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ഫിനോടൈപ്പും ഒരു കെയ്‌സ്/കൺട്രോൾ കോവേരിയേറ്റും നൽകിയിരിക്കുന്നു
--covar രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകളെ നിർവചിക്കുന്നു --ജിഎക്സ്ഇ നിന്ന് ഉരുത്തിരിഞ്ഞ റിഗ്രഷൻ കോഫിഫിഷ്യന്റ് താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
റിഗ്രഷൻ കോഫിഫിഷ്യന്റിലേക്ക് ഒരു ഗ്രൂപ്പിലെ അംഗങ്ങളെ മാത്രം പരിഗണിക്കുന്നു
മറ്റൊന്നിലെ അംഗങ്ങളെ മാത്രം പരിഗണിക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ടായി, ലെ ആദ്യ കോവേരിയേറ്റ്
--covar ഫയൽ ഗ്രൂപ്പുകളെ നിർവചിക്കുന്നു; മൂന്നാമത്തേതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കാൻ ഉദാ '--gxe 3' ഉപയോഗിക്കുക
പകരം covariate.
--ലീനിയർ
--ലോജിസ്റ്റിക്
ഒരു ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവിലെ മൾട്ടി-കോവേരിയേറ്റ് അസോസിയേഷൻ വിശകലനം (--ലീനിയർ) അല്ലെങ്കിൽ കേസ്/നിയന്ത്രണം
(--ലോജിസ്റ്റിക്) ഫിനോടൈപ്പ്. കൂടെ സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്നു --covar. * 'പെർം' സാധാരണയായി ഒരു കാരണമാകുന്നു
അഡാപ്റ്റീവ് പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് നടത്തണം
പ്രധാന പ്രഭാവം, അതേസമയം 'mperm=[value]' ഒരു max(T) ക്രമമാറ്റ പരിശോധന ആരംഭിക്കുന്നു.
* 'പെർം-കൗണ്ട്' പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് റിപ്പോർട്ടിന് പകരം എണ്ണങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
ആവൃത്തികളുടെ.
* 'സെറ്റ്-ടെസ്റ്റ്' വേരിയന്റ് സെറ്റുകളുടെ പ്രാധാന്യം പരിശോധിക്കുന്നു.
ക്രമമാറ്റം ആവശ്യമാണ്;
ഉപയോഗിച്ച് ഇഷ്ടാനുസൃതമാക്കാം --സെറ്റ്-പി/--set-r2/--set-max.
* 'ജെനോടൈപ്പിക്' മോഡിഫയർ ഒരു സങ്കലന പ്രഭാവം/ആധിപത്യ വ്യതിയാനം 2df ചേർക്കുന്നു
ജോയിന്റ് ടെസ്റ്റ് (0/1/2, 0/1/0 കോഡിംഗ്), അതേസമയം 'hethom' 0/0/1, 0/1/0 കോഡിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു
പകരം. ക്രമപ്പെടുത്തലും അഭ്യർത്ഥിച്ചാൽ, ഈ മോഡിഫയറുകൾ ക്രമപ്പെടുത്തലിന് കാരണമാകുന്നു
സംയുക്ത പരിശോധനയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി.
* 'ആധിപത്യം', 'മാന്ദ്യം' എന്നിവ പൂർണ്ണ ആധിപത്യം അനുമാനിക്കുന്ന ഒരു മാതൃക വ്യക്തമാക്കുന്നു അല്ലെങ്കിൽ
A1 അല്ലീലിന് യഥാക്രമം മാന്ദ്യം.
* 'no-snp' ഫിനോടൈപ്പിലും ദിയിലും മാത്രം റിഗ്രഷൻ നടത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
ജീനോമിക് ഡാറ്റയെ പരാമർശിക്കാതെ covariates.
ക്രമമാറ്റവും ആണെങ്കിൽ
അഭ്യർത്ഥിച്ചു, എല്ലാ കോവേറിയറ്റുകൾക്കും ഫലങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു.
* 'ഹൈഡ്-കോവർ' റിപ്പോർട്ടിൽ നിന്ന് കോവേരിയേറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ലൈനുകൾ നീക്കംചെയ്യുന്നു. * സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ലൈംഗികത
(ആൺ = 1, സ്ത്രീ = 0) സ്വയമേവ a ആയി ചേർക്കുന്നു
X ക്രോമസോം വേരിയന്റുകളിൽ covariate, മറ്റെവിടെയുമില്ല.
'സെക്സ്' മോഡിഫയർ
ഇത് എല്ലായിടത്തും ചേർക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു, അതേസമയം 'നോ-എക്സ്-സെക്സ്' അതിനെ ഒഴിവാക്കുന്നു.
* 'ഇന്ററാക്ഷൻ' മോഡലിലേക്ക് ജനിതകമാതൃക x കോവേരിയേറ്റ് ഇടപെടലുകൾ ചേർക്കുന്നു.
ഈ
സാധാരണ ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധനകൾക്കൊപ്പം ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയില്ല; ഉപയോഗിക്കുക --ടെസ്റ്റുകൾ നിർവചിക്കാൻ
പകരം പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സ്.
* പ്രധാന റിപ്പോർട്ടിൽ ഇന്റർസെപ്റ്റുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് 'ഇന്റർസെപ്റ്റ്' കാരണമാകുന്നു. * ലോജിസ്റ്റിക്സിന്
റിഗ്രഷനുകൾ, 'ബീറ്റ' മോഡിഫയർ റിഗ്രഷനു കാരണമാകുന്നു
അസന്തുലിത അനുപാതങ്ങൾക്ക് പകരം ഗുണകങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യണം.
* കൂടെ --ലീനിയർ, 'സ്റ്റാൻഡേർഡ്-ബീറ്റ' മോഡിഫയർ ഫിനോടൈപ്പിനെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ചെയ്യുന്നു
റിഗ്രഷനുമുമ്പ് പൂജ്യം ശരാശരിയും യൂണിറ്റ് വ്യതിയാനവും എല്ലാ പ്രവചകരും.
--മാത്ര [അലീൽ ഡോസേജ് ഫയൽ]
--മാത്ര [ലിസ്റ്റ് ഫയൽ] ലിസ്റ്റ്
--റൈറ്റ്-ഡോസ്
വേരിയന്റ്-മേജർ അല്ലെലിക് ഡോസേജ് ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് ടെക്സ്റ്റ് ഫയലുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക (ജിസിപ്പ് ചെയ്തിരിക്കാം). ഈ
ഒരു സാധാരണ ഇൻപുട്ട് ഫയൽസെറ്റിനൊപ്പം ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയില്ല; പകരം, നിങ്ങൾ *മാത്രം* വ്യക്തമാക്കണം a
.fam, ഒരുപക്ഷേ ഒരു .map ഫയലും, കൂടാതെ നിങ്ങൾക്ക് മറ്റ് കമാൻഡുകളൊന്നും വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയില്ല. * PLINK
2.0-ന് ജനിതകമാതൃക പ്രോബബിലിറ്റികൾക്ക് ഫസ്റ്റ് ക്ലാസ് പിന്തുണ ഉണ്ടായിരിക്കും. എ
തത്തുല്യമായ ഡാറ്റ ഇറക്കുമതി ഫ്ലാഗ് അപ്പോൾ നൽകും, ഒപ്പം --മാത്ര വിരമിക്കും.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, --മാത്ര ഒരു അല്ലെലിക് ഡോസേജ് ഫയൽ മാത്രമായിരിക്കണമെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു
ലോഡുചെയ്‌തു.
ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കാൻ,
1. ഓരോ വരിയിലും ഒരു എൻട്രി ഉള്ള ഒരു മാസ്റ്റർ ലിസ്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക.
സാധാരണയായി രണ്ടെണ്ണം ഉണ്ട്
ഈ ലിസ്‌റ്റിനായി പിന്തുണയ്‌ക്കുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ: ഓരോ വരിയിലും ഒരു ഫയൽനാമം അല്ലെങ്കിൽ വേരിയന്റ് ബാച്ച് നമ്പറുകൾ
ആദ്യ നിരയിലും ഫയലിന്റെ പേരുകൾ രണ്ടാമത്തേതിൽ.
2. ആ ലിസ്റ്റിന്റെ പേര് ആദ്യത്തേതായി നൽകുക --മാത്ര പരാമീറ്റർ. 3. ചേർക്കുക
'ലിസ്റ്റ്' മോഡിഫയർ.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, --മാത്ര അല്ലെലിക് ഡോസേജ് ഫയലിൽ(കളിൽ) ഒരു ഹെഡർ ഉണ്ടെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു
i+1 കോളത്തിൽ 'SNP', i+j+1 കോളത്തിൽ 'A2', i+j+2 കോളത്തിൽ 'A3' എന്നിവ ഉള്ള ലൈൻ,
കൂടാതെ i+j+k+4 കോളത്തിൽ നിന്ന് ആരംഭിക്കുന്ന സാമ്പിൾ FID/IID-കൾ. (i/j/k സാധാരണയായി പൂജ്യമാണ്, പക്ഷേ
യഥാക്രമം 'skip0', 'skip1', 'skip2' എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റാവുന്നതാണ്.) അത്തരമൊരു തലക്കെട്ടുണ്ടെങ്കിൽ
ലൈൻ നിലവിലില്ല, * എല്ലാ സാമ്പിളുകളും ഒരേ ക്രമത്തിൽ ദൃശ്യമാകുമ്പോൾ
.fam ഫയൽ,
നിങ്ങൾക്ക് 'നോഹെഡർ' മോഡിഫർ ഉപയോഗിക്കാം.
* അല്ലെങ്കിൽ, 'സെപ്ഹെഡർ' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിക്കുക, കൂടാതെ സാമ്പിൾ ഐഡി ഫയൽനാമങ്ങൾ ചേർക്കുക
നിങ്ങളുടെ 'ലിസ്റ്റ്' ഫയൽ എൻട്രികളിലേക്ക്.
* ഉപയോഗിച്ച മൂല്യങ്ങളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കാൻ 'ഫോർമാറ്റ്' മോഡിഫയർ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
ഓരോ ഡോസേജും പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു.
'format=1' സാധാരണയായി ഒറ്റ 0..2 A1 സൂചിപ്പിക്കുന്നു
പ്രതീക്ഷിച്ച എണ്ണം; 'dose1' ഇതിനെ 0..1 ആവൃത്തിയിലേക്ക് പരിഷ്‌ക്കരിക്കുന്നു.
'ഫോർമാറ്റ്=2'
(ഡിഫോൾട്ട്) 0..1 ഹോമോസൈഗസ് A1 സാധ്യതയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, തുടർന്ന് 0..1 ഹെറ്റ്
സാധ്യത, അതേസമയം 'ഫോർമാറ്റ്=3' 0..1 ഹോം എ1, 0..1 ഹെറ്റ്, 0..1 ഹോം എ2 എന്നിവയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
* 'Zout' ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ ജിസിപ്പ് ചെയ്യാൻ കാരണമാകുന്നു. * സാധാരണയായി, ഒരു അസോസിയേഷൻ വിശകലനം
അവതരിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. 'സ്റ്റാൻഡേർഡ്-ബീറ്റ' ഒപ്പം
'ലൈംഗികത' അവരോട് ചെയ്യേണ്ടതുപോലെ പെരുമാറുന്നു --ലീനിയർ/--ലോജിസ്റ്റിക്.
'case-control-freqs' കേസ്, കൺട്രോൾ അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസികൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാൻ കാരണമാകുന്നു
വെവ്വേറെ.
* അസോസിയേഷൻ വിശകലനത്തിന് കാരണമാകുന്ന മൂന്ന് ഇതര മോഡുകളുണ്ട്
ഒഴിവാക്കും. * 'occur' ഒരു ലളിതമായ വേരിയന്റ് സംഭവ റിപ്പോർട്ട് അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു. *
--റൈറ്റ്-ഡോസ് ഫോർമാറ്റുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ലളിതമായ ഒരു ലയിപ്പിച്ച ഫയലിന് കാരണമാകുന്നു
സ്പെസിഫിക്കേഷൻ ('ഡോസ്1' ഉൾപ്പെടുന്നില്ല) ജനറേറ്റ് ചെയ്യണം.
* --സ്കോർ ഡോസേജുകൾക്ക് ഒരു ലീനിയർ സ്കോറിംഗ് സിസ്റ്റം പ്രയോഗിക്കുന്നു.
--ലസ്സോ [h2 ഏകദേശം] {min lambda}
LASSO റിഗ്രഷൻ വഴി വേരിയന്റ് ഇഫക്റ്റ് വലുപ്പങ്ങൾ കണക്കാക്കുക.
നിങ്ങൾ ഒരു നൽകണം
റിഗ്രഷൻ കാലിബ്രേറ്റ് ചെയ്യുന്നതിനുള്ള അഡിറ്റീവ് ഹെറിറ്റബിലിറ്റി എസ്റ്റിമേറ്റ്. ഈ രീതി ശ്രദ്ധിക്കുക
ഫലപ്രദമാകാൻ വളരെ വലിയ സാമ്പിൾ സൈസ് (ഉദാ. ലക്ഷക്കണക്കിന്) ആവശ്യമായി വന്നേക്കാം
സങ്കീർണ്ണമായ പോളിജെനിക് സ്വഭാവങ്ങളിൽ.
--ടെസ്റ്റ്-നഷ്‌ടമായി
ഫിഷേഴ്‌സ് ഉപയോഗിച്ച്, കാണാതായതും കേസ്/നിയന്ത്രണ നിലയും തമ്മിലുള്ള ബന്ധം പരിശോധിക്കുക
കൃത്യമായ പരിശോധന. 'മിഡ്‌പി' മോഡിഫയർ ലങ്കാസ്റ്ററിന്റെ മിഡ്-പി ക്രമീകരണം പ്രയോഗിക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
--make-perm-pheno [ct]
ഒരു അഭ്യർത്ഥിക്കാതെ തന്നെ ഫിനോടൈപ്പ് പെർമ്യൂട്ടേഷനുകൾ സൃഷ്ടിച്ച് അവ ഡിസ്കിലേക്ക് എഴുതുക
അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റ്.
--tdt
പ്രക്ഷേപണ അസന്തുലിതാവസ്ഥ ടെസ്റ്റ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക, നൽകിയിരിക്കുന്ന കേസ്/നിയന്ത്രണ പ്രതിഭാസങ്ങൾ
വംശാവലി വിവരങ്ങളും. * മെൻഡൽ പിശക് പരിശോധന മെയിനിന് മുമ്പ് നടത്തുന്നു
പരിശോധനകൾ; കുറ്റപ്പെടുത്തുന്ന
ഈ വിശകലനം വഴി ജനിതകരൂപങ്ങളെ കാണാതായതായി കണക്കാക്കുന്നു.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, അടിസ്ഥാന TDT p-മൂല്യം ഒരു ചി-സ്ക്വയർ ടെസ്റ്റിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്.
നിങ്ങൾ 'കൃത്യമായ' അല്ലെങ്കിൽ 'കൃത്യമായ-മിഡ്‌പി' ഉപയോഗിച്ച് കൃത്യമായ ബൈനോമിയൽ ടെസ്റ്റ് അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു.
* 'perm'/'mperm=[value]' ഒരു കുടുംബം അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അഡാപ്റ്റീവ് അല്ലെങ്കിൽ max(T) അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധന.
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധനയുടെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് ഇതാണ്
അടിസ്ഥാന TDT p-മൂല്യം; 'parentdt1'/'parentdt2' parenTDT അല്ലെങ്കിൽ സംയുക്ത പരിശോധനയ്ക്ക് കാരണമാകുന്നു
പകരം യഥാക്രമം p-മൂല്യങ്ങൾ പരിഗണിക്കും.
* 'സെറ്റ്-ടെസ്റ്റ്' വേരിയന്റ് സെറ്റുകളുടെ പ്രാധാന്യം പരിശോധിക്കുന്നു.
ഇത് ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയില്ല
ഇപ്പോൾ കൃത്യമായ പരിശോധനകളോടെ.
'poo' മോഡിഫയർ ഒരു പാരന്റ് ഓഫ് ഒറിജിൻ വിശകലനം നടത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
ഹെറ്ററോസൈഗസ് പിതാക്കന്മാരിൽ നിന്നും ഹെറ്ററോസൈഗസ് അമ്മമാരിൽ നിന്നുമുള്ള സംക്രമണം പരിഗണിക്കപ്പെടുന്നു
പ്രത്യേകം. * മാതാപിതാക്കളുടെ ഉത്ഭവ വിശകലനം നിലവിൽ കൃത്യമായി പിന്തുണയ്ക്കുന്നില്ല
പരിശോധനകൾ. * ഡിഫോൾട്ടായി, പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക് ആണ് കേവലം
പാരന്റ് ഓഫ് ഒറിജിൻ ടെസ്റ്റ് Z സ്കോർ; 'pat'/'mat' പിതൃ അല്ലെങ്കിൽ മാതൃ TDT-ക്ക് കാരണമാകുന്നു
ചി-സ്ക്വയർ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ യഥാക്രമം, പകരം പരിഗണിക്കണം.
--qfam
--qfam-മാതാപിതാക്കൾ
--qfam-ഇടയിൽ
--qfam-ആകെ
ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് സ്വഭാവസവിശേഷതകൾക്കായുള്ള QFAM കുടുംബാധിഷ്ഠിത അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റ്. * ഒരു മെൻഡൽ പിശക് പരിശോധന
പ്രധാന പരിശോധനകൾക്ക് മുമ്പ് നടത്തപ്പെടുന്നു; കുറ്റപ്പെടുത്തുന്ന
ഈ വിശകലനം വഴി ജനിതകരൂപങ്ങളെ കാണാതായതായി കണക്കാക്കുന്നു.
* ഈ നടപടിക്രമത്തിന് ക്രമമാറ്റം ആവശ്യമാണ്.
'perm', 'perm-count' എന്നിവയുണ്ട്
സാധാരണ അർത്ഥങ്ങൾ.
എന്നിരുന്നാലും, 'mperm=[value]' ഒരു നിശ്ചിത സംഖ്യ വ്യക്തമാക്കുന്നു
ക്രമമാറ്റങ്ങളുടെ; ശരിയായ മാക്സ്(ടി) ടെസ്റ്റിനെ ഈ രീതി പിന്തുണയ്ക്കുന്നില്ല.
* 'emp-se' മോഡിഫയർ BETA, EMP_SE എന്നിവ ചേർക്കുന്നു (ഇതിനായുള്ള അനുഭവപരമായ സാധാരണ പിശക്
ബീറ്റ) .perm ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിലേക്കുള്ള ഫീൽഡുകൾ.
--വിശദീകരണം [PLINK റിപ്പോർട്ട്]
ഒരു വേരിയന്റ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള PLINK റിപ്പോർട്ടിലേക്ക് വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ ചേർക്കുക.
ഇതിന് ഒരു ആവശ്യമാണ്
വ്യാഖ്യാന ഉറവിടം: * 'attrib=[file]' ഒരു (ഒരുപക്ഷേ ജിസിപ്പ് ചെയ്ത) ആട്രിബ്യൂട്ട് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു.
* 'ranges=[file]' ഒരു ജീൻ/റേഞ്ച് ലിസ്റ്റ് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു. (രണ്ട് ഉറവിട തരങ്ങളും ആകാം
ഒരേസമയം വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു.) ഇനിപ്പറയുന്ന ഓപ്ഷനുകളും പിന്തുണയ്ക്കുന്നു: *
'filter=[file]' ഫയലിലെ ഒരു ശ്രേണിയിൽ മാത്രം വേരിയന്റുകൾക്ക് കാരണമാകുന്നു
പുതിയ റിപ്പോർട്ടിൽ ഉൾപ്പെടുത്തണം.
* 'snps=[file]' ഫയലിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന വകഭേദങ്ങൾ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
പുതിയ റിപ്പോർട്ട്.
* 'NA' മോഡിഫയർ വ്യാഖ്യാനിക്കാത്ത വേരിയന്റുകൾക്ക് '.' എന്നതിന് പകരം 'NA' ഉണ്ടാകാൻ കാരണമാകുന്നു.
പുതിയ റിപ്പോർട്ടിന്റെ ANNOT കോളത്തിൽ, 'പ്രൂൺ' മോഡിഫയർ അവരെ ഒഴിവാക്കുന്നു
പൂർണ്ണമായും.
* 'ബ്ലോക്ക്' മോഡിഫയർ സിംഗിൾ ANNOT കോളത്തിന് പകരം 0/1-കോഡുള്ള ഒരു കോളം നൽകുന്നു
സാധ്യമായ ഓരോ വ്യാഖ്യാനത്തിനും കോളം.
* ശ്രേണികളോടെ,
* 'സബ്സെറ്റ്=[ഫയൽ]' ഉപസെറ്റ് ഫയലിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഇടവേളകൾ മാത്രമേ ഉണ്ടാകൂ
ശ്രേണികളുടെ ഫയലിൽ നിന്ന് ലോഡ് ചെയ്തു.
* ഇടവേള വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ സാധാരണയായി പരാൻതീസൈസ് ചെയ്ത ഒപ്പിട്ട ദൂരത്തോടൊപ്പമാണ് വരുന്നത്
ഇടവേള അതിർത്തിയിലേക്ക് (0 വേരിയന്റ് ഇടവേളയ്ക്കുള്ളിൽ സ്ഥിതിചെയ്യുന്നുണ്ടെങ്കിൽ; ഇതാണ്
ഇല്ലാതെ എപ്പോഴും സത്യം --അതിർത്തി). 'മിനിമൽ' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിച്ച് അവ ഒഴിവാക്കാവുന്നതാണ്.
* 'ഡിസ്റ്റൻസ്' മോഡിഫയർ ഒപ്പിട്ടത് വിവരിക്കുന്ന 'DIST', 'SGN' കോളങ്ങൾ ചേർക്കുന്നു
ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള ഇടവേളയിലേക്കുള്ള ദൂരം.
* എപ്പോൾ --ഫിൽറ്റർ നിലവിലുണ്ട്, ഉയർന്ന പി-മൂല്യങ്ങൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യപ്പെടുന്നു.
--കൂട്ടം [PLINK റിപ്പോർട്ട് ഫയൽനാമം(കൾ)...]
'എസ്എൻപി', പി-വാല്യൂ കോളങ്ങൾ എന്നിവയ്‌ക്കൊപ്പം പ്രോസസ് അസോസിയേഷൻ വിശകലന റിപ്പോർട്ട്(കൾ), ഓർഗനൈസിംഗ്
എൽഡി അധിഷ്ഠിത ക്ലമ്പുകളുടെ ഫലങ്ങൾ. ഒന്നിലധികം ഫയൽനാമങ്ങൾ സ്‌പെയ്‌സുകളാൽ വേർതിരിക്കാം അല്ലെങ്കിൽ
കോമകൾ.
--ജീൻ-റിപ്പോർട്ട് [PLINK റിപ്പോർട്ട്] [ജീൻ ശ്രേണി ഫയൽ]
വേരിയന്റ് അധിഷ്ഠിത റിപ്പോർട്ടിൽ നിന്ന് ഒരു ജീൻ അധിഷ്ഠിത റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക. * എപ്പോൾ --ഫിൽറ്റർ is
നിലവിൽ, ഉയർന്ന പി-മൂല്യങ്ങൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യപ്പെടുന്നു. * എപ്പോൾ --എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ('റേഞ്ച്' ഇല്ലാതെ) ആണ്
നിലവിൽ, എന്നതിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന വകഭേദങ്ങൾ മാത്രം
--എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ഫയൽ പരിഗണിക്കുന്നു.
--മെറ്റാ-വിശകലനം [PLINK റിപ്പോർട്ട് ഫയൽനാമങ്ങൾ...]
--മെറ്റാ-വിശകലനം [PLINK റിപ്പോർട്ട് ഫയൽനാമങ്ങൾ...] +
'SNP', 'SE' എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് നിരവധി വേരിയൻറ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള റിപ്പോർട്ടുകളിൽ ഒരു മെറ്റാ അനാലിസിസ് നടത്തുക
വയലുകൾ. * സാധാരണയായി, ഓരോ ഇൻപുട്ടിലും ഒരു 'OR' ഓഡ്സ് റേഷ്യോ ഫീൽഡും ഉണ്ടായിരിക്കണം
ഫയൽ.
'ലോഗ്‌സ്‌കെയിൽ', 'ബീറ്റ' ലോഗ്-ഓഡ്സ് മൂല്യങ്ങൾ/റിഗ്രഷൻ ഗുണകങ്ങൾ എന്നിവയ്‌ക്കൊപ്പം
പകരം പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു, പക്ഷേ ജനറേറ്റ് ചെയ്ത റിപ്പോർട്ടിൽ ഇപ്പോഴും അസന്തുലിത അനുപാതം അടങ്ങിയിരിക്കും
കണക്കാക്കുന്നു. 'qt' ഉപയോഗിച്ച്, ഇൻപുട്ട്, ഔട്ട്പുട്ട് മൂല്യങ്ങൾ റിഗ്രഷൻ ബീറ്റകളാണ്.
* 'CHR', 'BP', 'A1' ഫീൽഡുകളും സാധാരണയായി ആവശ്യമാണ്.
'നോ-മാപ്പ്' കാരണങ്ങൾ
അവയെല്ലാം അവഗണിക്കപ്പെടും, അതേസമയം 'നോ-അലീൽ' 'A1' അവഗണിക്കപ്പെടുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
* 'A2' ഫീൽഡുകൾ നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ, 'നോ-മാപ്പ്' അല്ലെങ്കിൽ 'നോ-അലീൽ' എന്നിവ ഇല്ലായിരുന്നുവെങ്കിൽ
വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, A1/A2 അല്ലീൽ ഫ്ലിപ്പുകൾ ശരിയായി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു.
അല്ലെങ്കിൽ, A1
പൊരുത്തക്കേടുകൾ പുറത്തെടുക്കുന്നു.
* 'പഠനം' പഠന-നിർദ്ദിഷ്ട ഇഫക്റ്റ് എസ്റ്റിമേറ്റുകൾ സംയോജിപ്പിക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
മെറ്റാ അനാലിസിസ് റിപ്പോർട്ട്.
* 'റിപ്പോർട്ട്-എല്ലാം' ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ മാത്രമുള്ള വേരിയന്റുകൾക്ക് കാരണമാകുന്നു
മെറ്റാ അനാലിസിസ് റിപ്പോർട്ടിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
* 'weighted-z' വെയ്റ്റഡ് Z- സ്കോർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള p- മൂല്യങ്ങൾ അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു (കണക്കാക്കിയത് പ്രകാരം
അബെകാസിസ് ലാബിന്റെ മെറ്റൽ സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ) സാധാരണ വിപരീത വേരിയൻസ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതിന് പുറമേ
വിശകലനം. ഇതിന് പിയും ഫലപ്രദമായ സാമ്പിൾ സൈസ് ഫീൽഡുകളും ആവശ്യമാണ്.
* എപ്പോൾ --എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ('റേഞ്ച്' ഇല്ലാതെ) നിലവിലുണ്ട്, എന്നതിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന വകഭേദങ്ങൾ മാത്രം
--എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ഫയൽ പരിഗണിക്കുന്നു.
* 'നോ-മാപ്പ്' വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ക്രോമസോം ഫിൽട്ടറുകളും ബഹുമാനിക്കപ്പെടുന്നു.
--വേഗത-എപ്പിസ്റ്റാസിസ്
--എപ്പിസ്റ്റാസിസ്
എപ്പിസ്റ്റാറ്റിക് ഇടപെടലുകൾക്കായി സ്കാൻ ചെയ്യുക.
--വേഗത-എപ്പിസ്റ്റാസിസ് 3x3 ജോയിന്റ് പരിശോധിക്കുന്നു
ജനിതകമാതൃക എണ്ണൽ പട്ടികകൾ, കേസ്/നിയന്ത്രണ ഫിനോടൈപ്പുകൾക്ക് മാത്രമേ ബാധകമാകൂ
--എപ്പിസ്റ്റാസിസ് ലീനിയർ അല്ലെങ്കിൽ ലോജിസ്റ്റിക് റിഗ്രഷൻ നടത്തുന്നു. * സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, --വേഗത-എപ്പിസ്റ്റാസിസ്
PLINK 1.07 അല്ലീൽ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ടെസ്റ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. രണ്ട്
പുതിയ ടെസ്റ്റുകൾ ഇപ്പോൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു: 'ബൂസ്റ്റ്' അവതരിപ്പിച്ച സാധ്യതാ അനുപാത പരിശോധനയെ അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
വാൻ എക്സ് തുടങ്ങിയവർ (2010) ബൂസ്റ്റ്: ജീൻ-ജീൻ ഇടപെടലുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു വേഗത്തിലുള്ള സമീപനം
ജീനോം-വൈഡ് കേസ്-നിയന്ത്രണ പഠനങ്ങളിൽ, 'ജോയിന്റ്-ഇഫക്റ്റുകൾ' ജോയിന്റിനെ പ്രയോഗിക്കുമ്പോൾ
Ueki M, Cordell HJ (2012) ൽ ഇഫക്റ്റ് ടെസ്റ്റ് അവതരിപ്പിച്ചു, ഇതിനായുള്ള മെച്ചപ്പെട്ട സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
ജീനോം-വൈഡ് ഇന്ററാക്ഷൻ വിശകലനം.
* യഥാർത്ഥ --വേഗത-എപ്പിസ്റ്റാസിസ് ടെസ്റ്റ് സാധാരണയായി വ്യത്യാസം പ്രയോഗിക്കുന്നു ഒപ്പം
യുഎകിയും കോർഡലിന്റെ പേപ്പറും നിർദ്ദേശിച്ച ശൂന്യമായ സെൽ തിരുത്തലുകൾ.
പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കാൻ
അവ, 'no-ueki' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിക്കുക.
* 'കേസ്-ഒൺലി' ഒരു കേസ്/കൺട്രോൾ ടെസ്റ്റിന് പകരം ഒരു കേസ്-മാത്രം അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു. * സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി,
മുഴുവൻ ജീനോമിലുമുള്ള എല്ലാ ജോഡി വേരിയന്റുകളും പരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു.
ഒരൊറ്റ സെറ്റിനുള്ളിൽ വേരിയന്റുകളുടെ ജോഡികൾ പരീക്ഷിക്കാൻ, 'സെറ്റ്-ബൈ-സെറ്റ്' മോഡിഫയർ ചേർക്കുക
ഒരു സെറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് കൃത്യമായി ലോഡ് ചെയ്യുക --സെറ്റ്/--നിർമ്മാണം-സെറ്റ്; കൃത്യമായി രണ്ട് സെറ്റുകൾ ലോഡുചെയ്‌തു, എല്ലാം
ഒരു സെറ്റിലെ വകഭേദങ്ങൾ മറ്റൊന്നിലെ എല്ലാ വേരിയന്റുകളിലും പരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു. 'സെറ്റ്-ബൈ-എല്ലാം'
പകരം മുഴുവൻ ജീനോമിനെതിരെയും ഒരു സെറ്റിൽ എല്ലാ വേരിയന്റുകളും പരിശോധിക്കുന്നു.
* 'nop' പ്രധാന റിപ്പോർട്ടിൽ നിന്ന് p-മൂല്യം സ്ട്രിപ്പുകൾ. * ഈ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ ആകാം
ഉപയോഗിച്ച് ഉപവിഭാഗം --സമാന്തരം; എങ്കിലും...
--epistasis-smary-merge [പൊതു ഫയൽ പ്രിഫിക്സ്] [ct]
എപ്പോഴാണ് ഒരു --{fast-}epistasis ജോലി ഉപവിഭജിച്ചിരിക്കുന്നു --സമാന്തരം, പ്രധാന റിപ്പോർട്ട് ആകാം
സാധാരണ രീതിയിൽ Unix 'cat' പ്രയോഗിച്ച് അവസാനം അസംബിൾ ചെയ്തു, പക്ഷേ
.summary.1, .summary.2, ... ഫയലുകൾക്ക് ഒരു പ്രത്യേക ലയനം ആവശ്യമായി വന്നേക്കാം.
--epistasis-smary-merge രണ്ടാമത്തേത് പരിപാലിക്കുന്നു.
--ടുലോകസ് [വേരിയന്റ് ഐഡി] [വേരിയന്റ് ഐഡി]
ടു-ലോക്കസ് ജോയിന്റ് ജനോടൈപ്പ് കൗണ്ട് റിപ്പോർട്ട്.
--സ്കോർ [ഫയലിന്റെ പേര്] {i} {j} {k}
ഓരോ സാമ്പിളിലും ഒരു ലീനിയർ സ്കോറിംഗ് സിസ്റ്റം പ്രയോഗിക്കുക. ഇൻപുട്ട് ഫയലിന് ഒരു വരി ഉണ്ടായിരിക്കണം
ഓരോ സ്കോർ വേരിയന്റും. #i കോളത്തിൽ നിന്ന് വേരിയന്റ് ഐഡികൾ വായിക്കുന്നു, അല്ലീൽ കോഡുകൾ വായിക്കുന്നു
#j എന്ന കോളത്തിൽ നിന്ന്, സ്കോറുകൾ #k കോളത്തിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നു, അവിടെ i സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 1, j
സ്ഥിരസ്ഥിതികൾ i+1-ലേയ്ക്കും k ഡിഫോൾട്ടുകൾ j+1-ലേയ്ക്കും. * 'ഹെഡർ' മോഡിഫയർ ആദ്യത്തേതിന് കാരണമാകുന്നു
ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ ശൂന്യമായ വരി
അവഗണിക്കപ്പെടും; അല്ലാത്തപക്ഷം, --സ്കോർ ഹെഡർ ലൈൻ ഇല്ലെന്ന് കരുതുന്നു.
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, അന്തിമ സ്കോറുകൾ സാധുതയുള്ള ഓരോ വേരിയന്റ് സ്‌കോറുകളുടെ ശരാശരിയാണ്.
പകരം തുകകൾ റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നതിന് 'സം' മോഡിഫയർ കാരണമാകുന്നു.
(ഇത് പറ്റില്ല
'നോ-മീൻ-ഇംപ്യൂട്ടേഷൻ' ഉപയോഗിച്ചു.
പിന്നാക്ക അനുയോജ്യതയ്ക്ക്, 'സം' ആണ്
'നോ-സം' വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ ഡോസേജ് ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് സ്വയമേവ ഓണാകും.)
* സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, പേരിടാത്ത അല്ലീലിന്റെ പകർപ്പുകൾ സ്‌കോറിലേക്ക് പൂജ്യം സംഭാവന ചെയ്യുന്നു
കാണാത്ത ജനിതകരൂപങ്ങൾ ലോഡ് ചെയ്തതിന് ആനുപാതികമായ തുക സംഭാവന ചെയ്യുന്നു (വഴി --ആവർത്തനം വായിക്കുക)
അല്ലെങ്കിൽ കണക്കാക്കിയ അല്ലീൽ ആവൃത്തി. പകരം നഷ്‌ടമായ നിരീക്ഷണങ്ങൾ എറിയാൻ (കുറയുന്നു
ഇത് സംഭവിക്കുമ്പോൾ അവസാന ശരാശരിയിലെ ഡിനോമിനേറ്റർ), ഉപയോഗിക്കുക
'no-mean-imputation' മോഡിഫയർ.
* പകരമായി, എല്ലാ സ്‌കോറുകളും മാറ്റാൻ നിങ്ങൾക്ക് 'സെന്റർ' മോഡിഫയർ ഉപയോഗിക്കാം
പൂജ്യം എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്.
* ഡോസേജ് ഡാറ്റയ്‌ക്കൊപ്പം ഈ കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കാം.
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, 'CNT' കോളം
ഈ സാഹചര്യത്തിൽ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയിരിക്കുന്നു; അത് സൂക്ഷിക്കാൻ 'include-cnt' ഉപയോഗിക്കുക. കൂടാതെ,
സ്കോറുകൾ ഗുണിക്കുന്നത് 0..1 ഡോസേജുകളാലാണ്, 0..2 ഡിപ്ലോയിഡ് അല്ലീൽ കൗണ്ടുകളല്ല,
'ഡബിൾ-ഡോസേജ്' മോഡിഫയർ ഇല്ലെങ്കിൽ.
--write-var-ranges [ബ്ലോക്ക് സിടി]
വേരിയന്റുകളുടെ സെറ്റ് തുല്യ വലുപ്പത്തിലുള്ള ബ്ലോക്കുകളായി വിഭജിക്കുക.
(ഉപയോഗിക്കാം
--snps ഒന്നിലധികം മെഷീനുകളിൽ ജോലി വിഭജിക്കാൻ.)
ഇനിപ്പറയുന്ന മറ്റ് ഫ്ലാഗുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു. (പ്രവർത്തനങ്ങളുടെ ക്രമം ഇവിടെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു
https://www.cog-genomics.org/plink2/order .)
--സ്ക്രിപ്റ്റ് [fname] : ഫയലിൽ നിന്ന് കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--വീണ്ടും പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക {ലോഗ്}
: ലോഗിൽ കമാൻഡുകൾ വീണ്ടും പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് 'plink.log').
--പതിപ്പ്
: പുറത്തുകടക്കുന്നതിന് മുമ്പ് പതിപ്പ് നമ്പർ മാത്രം പ്രദർശിപ്പിക്കുക.
--നിശബ്ദത
: കൺസോളിലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് അടിച്ചമർത്തുക.
--gplink
: gPLINK-യുമായുള്ള പരസ്പര പ്രവർത്തനത്തിനായി കരുതിവച്ചിരിക്കുന്നു.
--കാണാതായ-ജീനോടൈപ്പ് [char] : നഷ്‌ടമായ ജീനോടൈപ്പ് കോഡ് സജ്ജമാക്കുക (സാധാരണയായി '0').
--ഇരട്ട-ഐഡി
: FID-കളും IID-കളും VCF/BCF സാമ്പിൾ ഐഡിയിലേക്ക് സജ്ജീകരിക്കുക.
--const-fid {ID}
: എല്ലാ FID-കളും നൽകിയിരിക്കുന്ന സ്ഥിരാങ്കത്തിലേക്ക് സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് '0').
--id-delim {d}
: സാമ്പിൾ ഐഡികൾ [FID][d][IID] ആയി പാഴ്‌സ് ചെയ്യുക (ഡിഫോൾട്ട് ഡെലിം '_').
--vcf-idspace-to [c] : സാമ്പിൾ ഐഡികളിലെ സ്‌പെയ്‌സുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന പ്രതീകത്തിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക.
--biallelic-മാത്രം : 2+ alt ഉള്ള VCF വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക. അല്ലീലുകൾ.
--vcf-min-qual [val]
: കുറഞ്ഞ/നഷ്‌ടമായ QUAL ഉള്ള VCF വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--vcf-ഫിൽറ്റർ {ഒഴിവാക്കൽ(കൾ)...}
: FILTER പരാജയങ്ങളുള്ള വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--vcf-require-gt
: GT ഫീൽഡ് ഇല്ലാത്ത വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--vcf-min-gq [val]
: GQ നൽകിയിരിക്കുന്ന പരിധിക്ക് താഴെയാണെങ്കിൽ ഒരു ജനിതകരൂപത്തെ വിളിക്കരുത്.
--vcf-min-gp [val]
: 0-1 സ്കെയിൽ ചെയ്ത ജിപി നൽകിയിരിക്കുന്ന പരിധിക്ക് താഴെയാണെങ്കിൽ ഒരു ജനിതകരൂപത്തെ വിളിക്കരുത്.
--vcf-ഹാഫ്-കോൾ [മീറ്റർ]
: '0/.' എങ്ങനെയെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക. സമാനമായ VCF GT മൂല്യങ്ങൾ കൈകാര്യം ചെയ്യണം. ഇനിപ്പറയുന്നവ
മൂന്ന് മോഡുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു: * 'പിശക്'/'ഇ' (സ്ഥിരസ്ഥിതി) പിശകുകൾ ഒഴിവാക്കുകയും ലൈൻ # റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു.
* 'ഹാപ്ലോയിഡ്'/'എച്ച്' അവയെ ഹാപ്ലോയിഡ് കോളുകളായി കണക്കാക്കുന്നു. * 'കാണാതായിരിക്കുന്നു'/'m' അവരെ ഇങ്ങനെയാണ് പരിഗണിക്കുന്നത്
കാണുന്നില്ല.
--oxford-single-chr [chr nm] : ഇതുപയോഗിച്ച് സിംഗിൾ-ക്രോമസോം .gen ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക
അവഗണിക്കാനാവാത്ത ആദ്യ നിര.
--oxford-pheno-name [col nm] : .സാമ്പിൾ ഫയലിൽ നിന്ന് പേരുള്ള ഫിനോടൈപ്പ് ഇറക്കുമതി ചെയ്യുക.
--ഹാർഡ്-കോൾ-ത്രെഷോൾഡ് [val]
: ഒരു ഓക്സ്ഫോർഡ് ഫോർമാറ്റ് ഫയൽസെറ്റ് ലോഡ് ചെയ്യുമ്പോൾ, വിളിക്കുന്നു
--ഹാർഡ്-കോൾ-ത്രെഷോൾഡ് ക്രമരഹിതം
അനിശ്ചിതത്വ നില 0.1-ൽ കൂടുതലാണെങ്കിൽ, സാധാരണയായി കാണാത്തതായി കണക്കാക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
ഒരു സംഖ്യാ പരാമീറ്റർ നൽകി ഈ പരിധി ക്രമീകരിക്കുക, അല്ലെങ്കിൽ എല്ലാ കോളുകളും ക്രമരഹിതമാക്കുക
'റാൻഡം'.
--കോഡ് കാണുന്നില്ല {string list} : നഷ്‌ടമായ ഫിനോടൈപ്പിന്റെ കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ്
(അപരനാമം: --കോഡ് കാണുന്നില്ല)
ഓക്സ്ഫോർഡ് ഫോർമാറ്റ് ഫയൽസെറ്റുകൾക്കുള്ള മൂല്യങ്ങൾ (def. 'NA').
--സിമുലേറ്റ്-എൻകേസുകൾ [എണ്ണം]
: സെറ്റ് --അനുകരിക്കുക കേസുകളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000).
--simulate-ncontrols [ഇല്ല]
: സെറ്റ് --അനുകരിക്കുക നിയന്ത്രണ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000).
--സിമുലേറ്റ്-പ്രെവലൻസ് [p] : സെറ്റ് --അനുകരിക്കുക രോഗ വ്യാപനം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.01).
--സിമുലേറ്റ്-എൻ [എണ്ണം]
: സെറ്റ് --സിമുലേറ്റ്-ക്യുടി സാമ്പിൾ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000).
--സിമുലേറ്റ്-ലേബൽ [പ്രിഫിക്സ്] : സെറ്റ് --അനുകരിക്കുക{-qt} FID/IID നെയിം പ്രിഫിക്സ്.
--സിമുലേറ്റ്-കാണാതായിരിക്കുന്നു [ആവൃത്തി] : സെറ്റ് --അനുകരിക്കുക{-qt} നഷ്‌ടമായ ജനിതക തരം ആവൃത്തി.
--allow-extra-chr <0>
: തിരിച്ചറിയാത്ത ക്രോമസോം കോഡുകൾ അനുവദിക്കുക. '0'
(അപരനാമം: --എസി)
മോഡിഫയർ അവയെ പൂജ്യമായി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ കണക്കാക്കുന്നു.
--chr-സെറ്റ് [ഓട്ടോസോം സിടി] :
മനുഷ്യേതര ക്രോമസോം സെറ്റ് വ്യക്തമാക്കുക.
ആദ്യ പാരാമീറ്റർ സംഖ്യ സജ്ജമാക്കുന്നു
പോസിറ്റീവ് ആണെങ്കിൽ ഡിപ്ലോയിഡ് ഓട്ടോസോം ജോഡികൾ, അല്ലെങ്കിൽ നെഗറ്റീവ് ആണെങ്കിൽ ഹാപ്ലോയിഡ് ക്രോമസോമുകൾ. നൽകിയത്
ഡിപ്ലോയിഡ് ഓട്ടോസോമുകൾ, ബാക്കിയുള്ള മോഡിഫയറുകൾ പേരിന്റെ അഭാവത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
നോൺ-ഓട്ടോസോമൽ ക്രോമസോമുകൾ.
--പശു/--നായ/--കുതിര/--എലി/--അരി/--ആടുകൾ : ആ സ്പീഷീസുകൾക്കുള്ള കുറുക്കുവഴികൾ.
--ഓട്ടോസോം-നം [മൂല്യം]
: '--chr-set [മൂല്യം] no-y no-xy no-mt' എന്നതിന്റെ അപരനാമം.
--സെ.മീ-മാപ്പ് [fname പാറ്റേൺ] {chr} : സജ്ജമാക്കാൻ SHAPEIT ഫോർമാറ്റ് റീകോമ്പിനേഷൻ മാപ്പുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
സെന്റിമോർഗൻ സ്ഥാനങ്ങൾ. ഒന്നിലധികം ക്രോമസോമുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നതിന്, അതിൽ ഒരു '@' ഉൾപ്പെടുത്തുക
chrom എവിടെയുള്ള ആദ്യ പാരാമീറ്റർ. നമ്പർ വകയാണ്, ഉദാ
'genetic_map_chr@_combined_b37.txt'.
--പൂജ്യം-സെ.മീ
: സീറോ ഔട്ട് സെന്റിമോർഗൻ സ്ഥാനങ്ങൾ.
--ഫീനോ [പേര്]
: എന്നതിലെ മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പകരം, നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിൽ നിന്ന് ഫിനോടൈപ്പ് ഡാറ്റ ലോഡ് ചെയ്യുക
പ്രധാന ഇൻപുട്ട് ഫയൽസെറ്റ്.
--എല്ലാ-ഫീനോ
: അടിസ്ഥാന അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റുകൾക്കായി, എല്ലാ ഫിനോടൈപ്പുകളും ലൂപ്പ് ചെയ്യുക --ഫീനോ ഫയൽ.
--എംഫെനോ [ഇല്ല]
: കോളം (n+2) ൽ നിന്ന് ഫിനോടൈപ്പ് ലോഡ് ചെയ്യുക --ഫീനോ ഫയൽ.
--ഫിനോ-നാമം [c] : എങ്കിൽ --ഫീനോ ഫയലിന് ഒരു തലക്കെട്ട് വരിയുണ്ട്, കൂടെ കോളം ഉപയോഗിക്കുക
പേരിന്റെ ആദ്യഭാഗം.
--ഫിനോ-ലയനം
: പ്രധാന ഇൻപുട്ട് ഫയൽസെറ്റിൽ ഒരു സാമ്പിളിനായി ഒരു ഫിനോടൈപ്പ് മൂല്യം അടങ്ങിയിരിക്കുമ്പോൾ, എന്നാൽ
--ഫീനോ ഫയൽ ഇല്ല, ഫിനോടൈപ്പിനെ ഇതായി കണക്കാക്കുന്നതിനുപകരം യഥാർത്ഥ മൂല്യം ഉപയോഗിക്കുക
കാണുന്നില്ല.
--കാണാതായ-ഫിനോടൈപ്പ് [v] : നഷ്‌ടമായ ഫിനോടൈപ്പ് മൂല്യം സജ്ജമാക്കുക (സാധാരണയായി -9).
--1 : കേസ്/നിയന്ത്രണ ഫിനോടൈപ്പുകൾ 0 = നിയന്ത്രണം, 1 = കേസ്, എന്നതിന് പകരം കോഡ് ചെയ്യപ്പെടുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുക
സാധാരണ 0 = കാണുന്നില്ല, 1 = നിയന്ത്രണം, 2 = കേസ്.
--make-feno [fn] [val] : ഒരു പുതിയ കേസ്/നിയന്ത്രണ ഫിനോടൈപ്പ് നിർവചിക്കുക.
വാൽ പാരാമീറ്റർ '*' ആണെങ്കിൽ, നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫയലിൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്ന എല്ലാ സാമ്പിളുകളും കേസുകൾ ആണ്, കൂടാതെ
മറ്റെല്ലാവരും ഒരു നിയന്ത്രണമാണ്. (ചില ഷെല്ലുകളിൽ ഇത് ആവശ്യമാണെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഉദ്ധരണികൾക്കൊപ്പം * ചുറ്റുക.) അല്ലെങ്കിൽ, മൂന്നാം നിര എൻട്രി ഉള്ള എല്ലാ സാമ്പിളുകളും തുല്യമാണ്
val പരാമീറ്ററിലേക്ക് കേസുകൾ, ഫയലിൽ സൂചിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന മറ്റെല്ലാ സാമ്പിളുകളും
നിയന്ത്രണങ്ങൾ.
--ടെയിൽ-ഫീനോ [Lt] {Hbt} : ഒരു കേസ്/നിയന്ത്രണത്തിലേക്ക് ഒരു സ്കെയിലർ ഫിനോടൈപ്പ് ഡൗൺകോഡ് ചെയ്യുക
ഫിനോടൈപ്പ്. Hbt-നേക്കാൾ വലിയ ഫിനോടൈപ്പ് മൂല്യങ്ങളുള്ള എല്ലാ സാമ്പിളുകളും കേസുകളാണ്, എല്ലാം
Lt-നേക്കാൾ കുറവോ തുല്യമോ ആയ മൂല്യങ്ങൾ നിയന്ത്രണങ്ങളാണ്. Hbt വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, അത്
ലെഫ്റ്റനന്റിന് തുല്യമാണ്; അല്ലാത്തപക്ഷം, ഫിനോടൈപ്പ് മൂല്യങ്ങൾ നഷ്‌ടമായി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.
--covar [ഫയലിന്റെ പേര്] : covariate ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക.
--covar-name [...]
: ഇൻ കോവേരിയേറ്റ് (കൾ) വ്യക്തമാക്കുക --covar പേര് പ്രകാരം ഫയൽ. ഒന്നിലധികം പേരുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വേർതിരിക്കുക
സ്‌പെയ്‌സുകൾ അല്ലെങ്കിൽ കോമകൾ, കൂടാതെ ശ്രേണികൾ നിശ്ചയിക്കാൻ ഡാഷുകൾ ഉപയോഗിക്കുക.
--covar-number [...]
: ഇൻ കോവേരിയേറ്റ് (കൾ) വ്യക്തമാക്കുക --covar സൂചിക പ്രകാരം ഫയൽ.
--no-const-covar
: സ്ഥിരമായ കോവേറിയറ്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--അകത്ത് [f]
: പ്രാരംഭ ക്ലസ്റ്റർ അസൈൻമെന്റുകൾ വ്യക്തമാക്കുക.
--മിനുള്ളിൽ [ഇല്ല]
: n+2 കോളത്തിൽ നിന്ന് ക്ലസ്റ്റർ അസൈൻമെന്റുകൾ ലോഡുചെയ്യുക.
--കുടുംബം
: ഓരോ കുടുംബ ഐഡിക്കും ഒരു ക്ലസ്റ്റർ സൃഷ്ടിക്കുക.
--ലൂപ്പ്-അസോ [f]
: ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനും നിർദ്ദിഷ്ട കേസ്/നിയന്ത്രണ അസോസിയേഷൻ കമാൻഡുകൾ ഒരിക്കൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
ഫയൽ, ക്ലസ്റ്റർ അംഗത്വം ഫിനോടൈപ്പായി ഉപയോഗിക്കുന്നു.
--സെറ്റ് [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഒരു .set ഫയലിൽ നിന്ന് സെറ്റുകൾ ലോഡ് ചെയ്യുക.
--സെറ്റ്-പേരുകൾ [പേര്(കൾ)...]
: കമാൻഡ് ലൈനിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന സെറ്റുകൾ മാത്രം ലോഡ് ചെയ്യുക. ഒന്നിലധികം പേരുകൾ വേർതിരിക്കാൻ സ്‌പെയ്‌സുകൾ ഉപയോഗിക്കുക.
--ഉപഗണം [ഫയലിന്റെ പേര്]
: നൽകിയിരിക്കുന്ന ടെക്സ്റ്റ് ഫയലിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന സെറ്റുകൾ മാത്രം ലോഡുചെയ്യുക.
--set-collapse-എല്ലാം [സെറ്റ് നാമം] : എല്ലാ സെറ്റുകളും ലയിപ്പിക്കുക.
--പൂരക-സെറ്റുകൾ
: എല്ലാ സെറ്റുകളും വിപരീതമാക്കുക. (പേരുകൾക്ക് 'C_' പ്രിഫിക്സുകൾ ലഭിക്കുന്നു.)
--make-set-complement-all [കൾ] : --set-collapse-എല്ലാം + വിപരീതം.
--നിർമ്മാണം-സെറ്റ് [ഫയലിന്റെ പേര്]
: പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ബിപി ശ്രേണികളുടെ പട്ടികയിൽ നിന്ന് സെറ്റുകൾ നിർവ്വചിക്കുക.
--make-set-border [കെബിഎസ്]
: പ്രദേശങ്ങൾ അകത്തേക്ക് നീട്ടുക --നിർമ്മാണം-സെറ്റ് ഫയൽ.
--make-set-collapse-group
: സെറ്റുകൾക്ക് പകരം ഗ്രൂപ്പുകളിൽ നിന്നുള്ള സെറ്റുകൾ നിർവ്വചിക്കുക --നിർമ്മാണം-സെറ്റ് ഫയൽ.
--സൂക്ഷിക്കുക [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഫയലിൽ പേരില്ലാത്ത എല്ലാ സാമ്പിളുകളും ഒഴിവാക്കുക.
--നീക്കം ചെയ്യുക [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഫയലിൽ പേരുള്ള എല്ലാ സാമ്പിളുകളും ഒഴിവാക്കുക.
--കീപ്പ്-ഫാം [ഫയലിന്റെ പേര്] : ഫയലിൽ പേരില്ലാത്ത എല്ലാ കുടുംബങ്ങളെയും ഒഴിവാക്കുക.
--നീക്കം-ഫാം [പേര്]
: ഫയലിൽ പേരുള്ള എല്ലാ കുടുംബങ്ങളെയും ഒഴിവാക്കുക.
--എക്സ്ട്രാക്റ്റ് [f] : ഫയലിൽ പേരില്ലാത്ത എല്ലാ വകഭേദങ്ങളും ഒഴിവാക്കുക.
--പെടുത്തിയിട്ടില്ല [f] : ഫയലിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന എല്ലാ വകഭേദങ്ങളും ഒഴിവാക്കുക.
--ക്ലസ്റ്ററുകൾ സൂക്ഷിക്കുക [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഇവ വ്യക്തിഗതമായോ അകത്തോ ഉപയോഗിക്കാം
--ക്ലസ്റ്റർ-നാമങ്ങൾ സൂക്ഷിക്കുക [പേര്(കൾ)...]
സൂക്ഷിക്കേണ്ട ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് നിർവചിക്കുന്നതിനുള്ള കോമ്പിനേഷൻ; എല്ലാ സാമ്പിളുകളും ഒരു ക്ലസ്റ്ററിലല്ല
ആ പട്ടിക പിന്നീട് ഒഴിവാക്കപ്പെടും. ക്ലസ്റ്റർ നാമങ്ങൾ വേർതിരിക്കാൻ സ്‌പെയ്‌സുകൾ ഉപയോഗിക്കുക
--ക്ലസ്റ്റർ-നാമങ്ങൾ സൂക്ഷിക്കുക.
--ക്ലസ്റ്ററുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഫയലിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന എല്ലാ ക്ലസ്റ്ററുകളും ഒഴിവാക്കുക.
--ക്ലസ്റ്റർ-നാമങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യുക [പേര്(കൾ)...] : പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ക്ലസ്റ്ററുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--ജീൻ [സെറ്റുകൾ...] : കമാൻഡ് ലൈനിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഒരു സെറ്റിൽ ഇല്ലാത്ത വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
(ഒന്നിലധികം സെറ്റ് പേരുകൾ സ്‌പെയ്‌സുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വേർതിരിക്കുക.)
--ജീൻ-എല്ലാം
: ഒരു സെറ്റിലും അംഗമല്ലാത്ത വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക. (PLINK 1.07 സ്വയമേവ ചെയ്തു
ഇത് ചില സാഹചര്യങ്ങളിൽ.)
--ആട്രിബ് [f] {att lst} : വേരിയന്റുകൾക്ക് ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ നൽകുന്ന ഒരു ഫയൽ നൽകിയിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ a
--attrib-indiv [f] {a}
ആട്രിബ്യൂട്ട് പേരുകളുടെ കോമ-ഡിലിമിറ്റഡ് ലിസ്റ്റ് (വൈറ്റ്സ്പേസ് ഇല്ലാതെ), നീക്കം ചെയ്യുക
ഒന്നുകിൽ ഫയലിൽ നിന്ന് നഷ്‌ടമായ അല്ലെങ്കിൽ ഇതിലൊന്നും ഇല്ലാത്ത വകഭേദങ്ങൾ/സാമ്പിളുകൾ
ലിസ്റ്റ് ചെയ്ത ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ. ലിസ്റ്റിലെ ചില ആട്രിബ്യൂട്ട് പേരുകൾക്ക് മുമ്പായി '-' ഉണ്ടെങ്കിൽ, അവ
പകരം 'നെഗറ്റീവ് പൊരുത്ത വ്യവസ്ഥകൾ' ആയി കണക്കാക്കുന്നു: കുറഞ്ഞത് ഒരെണ്ണമെങ്കിലും ഉള്ള വകഭേദങ്ങൾ
നെഗറ്റീവ് മാച്ച് ആട്രിബ്യൂട്ട് നീക്കം ചെയ്തു. ലിസ്റ്റിലെ ആദ്യ പ്രതീകം a ആയിരിക്കരുത്
'-', കമാൻഡ്-ലൈൻ പാഴ്‌സിംഗ് എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുന്നു എന്നതിന്റെ കാരണം; ചുറ്റിക്കറങ്ങാൻ മുന്നിൽ ഒരു കോമ ചേർക്കുക
ഈ.
--chr [chrs...]
: തന്നിരിക്കുന്ന ക്രോമസോമിൽ(കളിൽ) അല്ലാത്ത എല്ലാ വകഭേദങ്ങളും ഒഴിവാക്കുക. മനുഷ്യർക്കുള്ള സാധുവായ തിരഞ്ഞെടുപ്പുകൾ
0 (സ്ഥാപിക്കാത്തത്), 1-22, X, Y, XY, MT എന്നിവയാണ്. ഒന്നിലധികം ക്രോമസോമുകൾ വേർതിരിക്കുക
സ്‌പെയ്‌സുകൾ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ കോമ, കൂടാതെ ഒരു ഡാഷ് ഉപയോഗിക്കുക (അടുത്തുള്ള സ്‌പെയ്‌സുകൾ അനുവദനീയമല്ല)
ശ്രേണി, ഉദാ '--chr 1-4, 22, xy'.
--അല്ല- chr [...]
: വിപരീതം --chr (ലിസ്റ്റുചെയ്ത ക്രോമസോമുകളിലെ വകഭേദങ്ങൾ ഒഴിവാക്കുക).
--ഓട്ടോസോം
: എല്ലാ നോൺ-ഓട്ടോസോമൽ വേരിയന്റുകളും ഒഴിവാക്കുക.
--autosome-xy
: ക്രോമസോം കോഡ് XY ഉള്ളവ ഒഴികെ, ഓട്ടോസോമൽ ഇതര എല്ലാ വേരിയന്റുകളും ഒഴിവാക്കുക
(X ന്റെ കപട-ഓട്ടോസോമൽ മേഖല).
--snps-മാത്രം : ഒന്നിലധികം പ്രതീകങ്ങളുള്ള അല്ലീൽ കോഡുകളുള്ള വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--നിന്ന് [var ID]
: ലോഡ് ചെയ്യാനുള്ള വേരിയന്റ് ശ്രേണി വ്യക്തമാക്കാൻ ഐഡി(കൾ) ഉപയോഗിക്കുക. ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ
--ലേക്ക് [var ID] ഒരുമിച്ച്, രണ്ട് വേരിയന്റുകളും ഒരേ ക്രോമസോമിൽ ആയിരിക്കണം.
--snp [var ID] : ലോഡ് ചെയ്യാൻ ഒരൊറ്റ വേരിയന്റ് വ്യക്തമാക്കുക.
--ഒഴിവാക്കുക-എസ്എൻപി [] : ഒഴിവാക്കാൻ ഒരൊറ്റ വേരിയന്റ് വ്യക്തമാക്കുക.
--ജാലകം
[kbs] : കൂടെ --snp or --ഒഴിവാക്കുക-എസ്എൻപി, പകുതിയിൽ ഉള്ള എല്ലാ വേരിയന്റുകളും ലോഡ് ചെയ്യുന്നു/ഒഴിവാക്കുന്നു
പേരിട്ടിരിക്കുന്നതിന്റെ നിർദ്ദിഷ്ട kb ദൂരം.
--from-bp [പോസ്]
: ഒരു വേരിയന്റ് ശ്രേണി നിർവചിക്കുന്നതിന് ഫിസിക്കൽ പൊസിഷൻ(കൾ) ഉപയോഗിക്കുക
--ടു-ബിപി
[പോസ്] ലോഡ്. --kb-ൽ നിന്ന്/--to-kb/--from-mb/--to-mb ദശാംശം അനുവദിക്കുക
--kb-ൽ നിന്ന് [പോസ്]
മൂല്യങ്ങൾ. നിങ്ങൾ ഒരൊറ്റ ക്രോമസോമും വ്യക്തമാക്കണം (ഉപയോഗിക്കുന്നത്
--ടു-കെബി
[പോസ്] ഉദാ --chr) ഈ പതാകകൾ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ.
--എംബിയിൽ നിന്ന് [പോസ്]
--ശവകുടീരം
[പോസ്]
--snps [var IDകൾ...]
: ലോഡുചെയ്യാനുള്ള വേരിയന്റ് ശ്രേണി(കൾ) വ്യക്തമാക്കാൻ ഐഡികൾ ഉപയോഗിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ
--ഒഴിവാക്കുക-snps [...]
പെടുത്തിയിട്ടില്ല. ഉദാ '--snps rs1111-rs2222, rs3333, rs4444'.
--നേർത്ത [p]
: ക്രമരഹിതമായി വേരിയന്റുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക, ഓരോന്നും പ്രോബ് ഉപയോഗിച്ച് നിലനിർത്തുക. പി.
--നേർത്ത എണ്ണം [n] : വേരിയന്റുകളിൽ n നിലനിൽക്കുന്നതുവരെ ക്രമരഹിതമായി നീക്കം ചെയ്യുക.
--bp-സ്പെയ്സ് [bps] : വേരിയന്റുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക, അതുവഴി ഓരോ ജോഡിയും ജോഡിയെക്കാൾ അടുത്തില്ല
bp ദൂരം നൽകിയിരിക്കുന്നു. (VCFtools-ന് തുല്യം --നേർത്ത.)
--thin-indiv [p]
: ക്രമരഹിതമായി സാമ്പിളുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക, പ്രോബ് ഉപയോഗിച്ച് നിലനിർത്തുക. പി.
--thin-indiv-count [ഇല്ല]
: സാമ്പിളുകൾ n നിലനിൽക്കുന്നതുവരെ ക്രമരഹിതമായി നീക്കം ചെയ്യുക.
--ഫിൽട്ടർ [f] [val(s)...] : 3-ാമത്തെ കോളം എൻട്രി ഇല്ലാതെ എല്ലാ സാമ്പിളുകളും ഒഴിവാക്കുക
നൽകിയിരിക്കുന്ന സ്പെയ്സ് വേർതിരിക്കുന്ന മൂല്യങ്ങളിലൊന്നുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഫയൽ.
--എംഫിൽറ്റർ [ഇല്ല]
: പകരം (n+2)th നിരയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തുക.
--ജെനോ {val}
: ഒരു പരിധിയേക്കാൾ കൂടുതലുള്ള മിസ്‌സ് കോൾ ഫ്രീക്വൻസികളുള്ള വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്
0.1). (ഡിഫോൾട്ട് ത്രെഷോൾഡ് എങ്കിൽ മാത്രമേ ബാധകമാകൂ --ജെനോ അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
ഒരു പരാമീറ്റർ ഇല്ലാതെ; എപ്പോൾ --ജെനോ അഭ്യർത്ഥിച്ചിട്ടില്ല, ഓരോ വേരിയന്റിനും മിസ്സിംഗ് കോൾ ഇല്ല
ഫ്രീക്വൻസി സീലിംഗ് പൂർണ്ണമായും നടപ്പിലാക്കിയിട്ടുണ്ട്. മറ്റ് ഉൾപ്പെടുത്തൽ/ഒഴിവാക്കൽ ഡിഫോൾട്ട് ത്രെഷോൾഡുകൾ
അതേ രീതിയിൽ പ്രവർത്തിക്കുക.)
--മനസ്സ് {val}
: ഒരു പരിധിയേക്കാൾ കൂടുതലുള്ള മിസ്‌സ് കോൾ ഫ്രീക്വൻസികളുള്ള സാമ്പിളുകൾ ഒഴിവാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്
0.1).
--കടപ്പാട്-കാണാതായിരിക്കുന്നു [f1] [f2] : നഷ്‌ടമായ ജനിതക തരം കോളുകളുടെ ബ്ലോക്കുകൾ വ്യക്തമാക്കുക
--ജെനോ/--അവഗണിക്കാനുള്ള മനസ്സ്. ആദ്യ ഫയലിന് ആദ്യ ഫയലിൽ വേരിയന്റ് ഐഡികൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
രണ്ടാമത്തേതിൽ കോളവും ബ്ലോക്ക് ഐഡികളും, രണ്ടാമത്തെ ഫയലിൽ FID-കൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
ആദ്യ കോളം, രണ്ടാമത്തേതിൽ ഐഐഡികൾ, മൂന്നാമത്തേതിൽ ബ്ലോക്ക് ഐഡികൾ.
--പ്രൂൺ
: നഷ്‌ടമായ ഫിനോടൈപ്പുകൾ ഉള്ള സാമ്പിളുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക.
--മാഫ് {freq}
: ഒരു പരിധിയേക്കാൾ കുറവുള്ള മൈനർ അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസി ഉള്ള വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്
0.01).
--max-maf [ആവൃത്തി]
: ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ വലിയ MAF ഉള്ള വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--മാക് [ct]
: മൈനർ അല്ലീൽ കൗണ്ട് എന്നതിനേക്കാൾ കുറവുള്ള വകഭേദങ്ങൾ ഒഴിവാക്കുക
(അപരനാമം: --min-ac)
നൽകിയ പരിധി.
--max-mac [ct]
: മൈനർ അല്ലീലിന്റെ എണ്ണത്തേക്കാൾ കൂടുതലുള്ള വേരിയന്റുകൾ ഒഴിവാക്കുക
(അപരനാമം: --max-ac)
നൽകിയിരിക്കുന്ന പരിധി.
--maf-succ
: പിന്തുടർച്ചയുടെ റൂൾ MAF എസ്റ്റിമേഷൻ (EIGENSOFT-ൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു). ജെ നിരീക്ഷണങ്ങൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു
ഒരു അല്ലീലും മറ്റൊന്നിന്റെ k >= j നിരീക്ഷണങ്ങളും, (j+1) / (j+k+2), MAF അനുമാനിക്കുക
ഡിഫോൾട്ട് j / (j+k) എന്നതിനേക്കാൾ.
--ആവർത്തനം വായിക്കുക [fn] : നൽകിയിരിക്കുന്നതിൽ നിന്നുള്ള MAF-കളും ഹെറ്ററോസൈഗോട്ട് ആവൃത്തികളും കണക്കാക്കുക
--ആവൃത്തിഇൻപുട്ട് ഫയൽസെറ്റിന് പകരം {x} റിപ്പോർട്ട്.
--ഹ്വെ [p] : ഹാർഡി-വെയ്ൻബെർഗ് ഉള്ള വകഭേദങ്ങൾ ഒഴിവാക്കുക
സമതുലിതാവസ്ഥ കൃത്യമായ ടെസ്റ്റ് പി-മൂല്യങ്ങൾ ഒരു പരിധിക്ക് താഴെയാണ്.
--ഞാൻ [t] [v] : മെൻഡൽ പിശക് ഉപയോഗിച്ച് ട്രയോകളും വേരിയന്റുകളും ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
നൽകിയിരിക്കുന്ന പരിധി കവിയുന്ന നിരക്കുകൾ.
--മെ-ഒഴിവാക്കുക-ഒന്ന് {ratio} : ഉണ്ടാക്കുക --ഞാൻ ഓരോ മൂവർക്കും ഒരു സാമ്പിൾ മാത്രം ഒഴിവാക്കുക.
--ക്വാൽ-സ്കോറുകൾ [f] {qcol} {IDcol} {skip} : ഇതുപയോഗിച്ച് വേരിയന്റുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക
പരിധിക്ക് പുറത്തുള്ള ഗുണനിലവാര സ്കോറുകൾ. ഡിഫോൾട്ട് ശ്രേണി ഇപ്പോൾ [0, \infty ) ആണ്.
--ക്വൽ-ത്രെഷോൾഡ് [മിനിറ്റ് ക്വാൽ സ്കോർ]
: സെറ്റ് --ക്വാൽ-സ്കോറുകൾ പരിധി തറ.
--ക്വൽ-മാക്സ്-ത്രെഷോൾഡ് [പരമാവധി ക്വാൽ സ്കോർ]
: സെറ്റ് --ക്വാൽ-സ്കോറുകൾ പരിധി പരിധി.
--അനുവദിക്കരുത്-സെക്സ്
: അവ്യക്തമായ-ലൈംഗിക സാമ്പിളുകൾ വിശകലനത്തിൽ നഷ്‌ടമായ ഫിനോടൈപ്പുകൾ ഉള്ളതായി കണക്കാക്കരുത്
കമാൻഡുകൾ. (ഓട്ടോമാറ്റിക് /w --നോ-സെക്സ്.)
--നിർബന്ധമായും-സെക്സ്
: അവ്യക്ത-ലൈംഗിക പ്രതിഭാസങ്ങൾ നഷ്‌ടപ്പെടുത്താൻ നിർബന്ധിക്കുക
--കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക/--make-just-fam/--recode/--write-covar.
--ഫിൽട്ടർ-കേസുകൾ
: നിലവിലെ വിശകലനത്തിൽ കേസുകൾ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--ഫിൽട്ടർ-നിയന്ത്രണങ്ങൾ
: നിയന്ത്രണങ്ങൾ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--ഫിൽട്ടർ-ആൺ
: പുരുഷന്മാരെ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--ഫിൽട്ടർ-പെൺ
: സ്ത്രീകളെ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--ഫിൽട്ടർ-സ്ഥാപകർ
: സ്ഥാപകരെ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--ഫിൽട്ടർ-നോൺഫൗണ്ടർമാർ : അടിസ്ഥാനരഹിതരെ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--അസ്ഥാപകർ
: അല്ലീൽ ആവൃത്തി/HWE കണക്കുകൂട്ടലുകളിൽ നോൺഫൗണ്ടർമാരെ ഉൾപ്പെടുത്തുക.
--നിർമ്മാതാക്കൾ : അവർക്കുള്ള രക്ഷാകർതൃ ഐഡികൾ മായ്‌ക്കുക
1+ നഷ്‌ടമായ രക്ഷിതാക്കൾക്കൊപ്പം.
--recode-allele [fn] : കൂടെ --റെക്കോഡ് A/A-transpose/AD, എണ്ണിയിരിക്കുന്ന അല്ലീലുകൾ
ഫയൽ (അല്ലെങ്കിൽ A1 അല്ലീലുകൾ എപ്പോഴും കണക്കാക്കും).
--output-chr [MT കോഡ്] : ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളിൽ ക്രോമസോം കോഡിംഗ് സ്കീം സജ്ജമാക്കുക
ആവശ്യമുള്ള ഹ്യൂമൻ മൈറ്റോകോണ്ട്രിയൽ കോഡ് നൽകുന്നു. (ഓപ്ഷനുകൾ '26', 'എം', 'എംടി',
'0M', 'chr26', 'chrM', 'chrMT'.)
--output- missing-genotype [ch] : കാണാതായതിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന കോഡ് സജ്ജമാക്കുക
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളിലെ ജനിതകരൂപങ്ങൾ (സാധാരണയായി --കാണാതായ-ജീനോടൈപ്പ് മൂല്യം).
--ഔട്ട്പുട്ട്-മിസ്സിംഗ്-ഫിനോടൈപ്പ് [കൾ] : കാണാതായതിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന സ്ട്രിംഗ് സജ്ജമാക്കുക
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളിലെ ഫിനോടൈപ്പുകൾ (സാധാരണയായി --കാണാതായ-ഫിനോടൈപ്പ് മൂല്യം).
--പൂജ്യം-ക്ലസ്റ്റർ [f] : സംയോജനത്തിൽ --അകത്ത്/--കുടുംബം, സെറ്റ് ബ്ലോക്കുകൾ
കാണാത്തതിലേക്കുള്ള ജനിതക തരം കോളുകൾ. ഇൻപുട്ട് ഫയലിന് ആദ്യത്തേതിൽ വേരിയന്റ് ഐഡികൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
രണ്ടാമത്തേതിൽ കോളവും ക്ലസ്റ്റർ ഐഡികളും. ഇത് ഇപ്പോൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട് --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക അല്ല
മറ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് കമാൻഡുകൾ.
--set-hh-കാണാതായിരിക്കുന്നു : കാരണം --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക ഒപ്പം --റെക്കോഡ് ഹെറ്ററോസൈഗസ് ഹാപ്ലോയിഡ് സജ്ജമാക്കാൻ
ജനിതകരൂപങ്ങൾ കാണുന്നില്ല.
--വിഭജനം-x [bp1] [bp2] : എല്ലാ X ക്രോമസോമുകളുടെയും ക്രോമസോം കോഡ് മാറ്റുന്നു
--വിഭജനം-x [നിർമ്മാണം]
bp പൊസിഷനുള്ള വേരിയന്റുകൾ <= bp1 അല്ലെങ്കിൽ >= bp2 മുതൽ XY വരെ. ഇനിപ്പറയുന്ന ബിൽഡ് കോഡുകൾ
ചുരുക്കെഴുത്തായി പിന്തുണയ്ക്കുന്നു: * 'b36'/'hg18' = NCBI 36, 2709521/154584237 * 'b37'/'hg19'
= GRCh37, 2699520/154931044 * 'b38'/'hg38' = GRCh38, 2781479/155701383 സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി,
വേരിയന്റുകളൊന്നും ബാധിക്കാത്തപ്പോൾ PLINK പിശകുകൾ സംഭവിക്കുന്നു --വിഭജനം-x; 'പരാജയമില്ല'
മോഡിഫയർ (സ്ക്രിപ്റ്റുകളിൽ ഉപയോഗപ്രദമാണ്) ഇതിനെ അസാധുവാക്കുന്നു.
--ലയനം-x
: XY ക്രോമസോം തിരികെ X-മായി ലയിപ്പിക്കുക.
--സെറ്റ്-മീ-മിസ്സിംഗ്
: കാരണം --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക മെൻഡൽ പിശകുകൾ കാണുന്നില്ല എന്ന് സജ്ജമാക്കാൻ.
--fill- missing-a2 : കാരണം --കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുക എല്ലാ മിസ്സിംഗ് കോളുകളും മാറ്റിസ്ഥാപിക്കാൻ
ഹോമോസൈഗസ് എ2 കോളുകൾ.
--set- missing-var-ids [t]
: ക്രോമസോം കോഡ് പോകേണ്ട '@' ഉള്ള ഒരു ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ട്രിംഗ് നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഒപ്പം '#'
ബിപി കോർഡിനേറ്റ് എവിടെയാണ് --set- missing-var-ids അസൈൻ ചെയ്യുന്നു
പേരിടാത്ത വേരിയന്റുകളിലേക്കുള്ള ക്രോമസോമും ബിപിയും അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഐഡികൾ. ഇതിനായി നിങ്ങൾക്ക് '$1', '$2' എന്നിവയും ഉപയോഗിക്കാം
ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ട്രിംഗിലെ അല്ലീൽ പേരുകൾ റഫർ ചെയ്യുക, വാസ്തവത്തിൽ ഇത് അത്യന്താപേക്ഷിതമാണ്
ഒന്നിലധികം വകഭേദങ്ങൾ ഒരേ കോർഡിനേറ്റ് പങ്കിടുമ്പോൾ.
--new-id-max-allele-len [n] : മുൻനിര പ്രതീകങ്ങളുടെ പരമാവധി എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക
പുതിയ വേരിയന്റ് ഐഡികളിൽ ഉൾപ്പെടുത്താനുള്ള അല്ലീൽ പേരുകളിൽ നിന്ന് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 23).
--കാണാതായ-var-code [string] : പേരിടാത്ത വേരിയന്റ് കോഡ് മാറ്റുക (ഡിഫോൾട്ട് '.').
--update-chr
[f] {chrcol} {IDcol} {skip} : വേരിയന്റ് ക്രോമസോം കോഡുകൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--അപ്ഡേറ്റ്-സെ.മീ
[f] {cmcol} {IDcol} {skip} : സെന്റിമോർഗൻ സ്ഥാനങ്ങൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--അപ്ഡേറ്റ്-മാപ്പ്
[f] {bpcol} {IDcol} {skip} : വേരിയന്റ് bp സ്ഥാനങ്ങൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--അപ്ഡേറ്റ്-പേര് [f] {newcol} {oldcol} {skip} : വേരിയന്റ് ഐഡികൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--update-alleles [fname] : വേരിയന്റ് അല്ലീൽ കോഡുകൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--allele1234 : A/C/G/T അല്ലീലുകളെ 1/2/3/4 ആയി വ്യാഖ്യാനിക്കുക/റീകോഡ് ചെയ്യുക.
'മൾട്ടിച്ചാർ' ഉപയോഗിച്ച്, അല്ലീൽ പേരിലുള്ള എല്ലാ A/C/G/T-കളും 1/2/3/4s ആയി പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.
--alleleACGT : വിപരീതം --allele1234.
--അപ്ഡേറ്റ്-ഐഡികൾ [F]
: സാമ്പിൾ ഐഡികൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--അപ്ഡേറ്റ്-മാതാപിതാക്കൾ [f] : രക്ഷാകർതൃ ഐഡികൾ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
--അപ്ഡേറ്റ്-സെക്സ് [f] {n} : ലിംഗഭേദം അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക.
സെക്സ് (1 അല്ലെങ്കിൽ M = പുരുഷൻ, 2 അല്ലെങ്കിൽ F = സ്ത്രീ, 0 = കാണാതായത്) n+2 കോളത്തിൽ നിന്ന് ലോഡ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു
(ഡിഫോൾട്ട് n 1 ആണ്).
--ഫ്ലിപ്പ് [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഫയലിലെ SNP ഐഡികൾക്കായി അല്ലീലുകൾ (A<->T, C<->G) ഫ്ലിപ്പ് ചെയ്യുക.
--ഫ്ലിപ്പ്-സബ്സെറ്റ് [fn]
: മാത്രം അപേക്ഷിക്കുക --ഫ്ലിപ്പ് സാമ്പിളുകളിലേക്ക് --ഫ്ലിപ്പ്-സബ്സെറ്റ് ഫയൽ.
--ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ-വിൻഡോ [ct+1] : സെറ്റ് --ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ പരമാവധി വേരിയന്റ് ct ജില്ല. (def. 10).
--ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ-വിൻഡോ-കെബി [x] : സെറ്റ് --ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ പരമാവധി കെബി ദൂരം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000).
--ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ-ത്രെഷോൾഡ് [x] : സെറ്റ് --ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ മിനിറ്റ് പരസ്പരബന്ധം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5).
--കീപ്പ്-അലീൽ-ഓർഡർ
: .bim ഫയലിൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന അല്ലീൽ ക്രമം നിലനിർത്തുക,
--real-ref-alleles
A2 പ്രധാന അല്ലീൽ ആകാൻ നിർബന്ധിക്കുന്നതിനു പകരം. --real-ref-alleles 'പിആർ' നീക്കം ചെയ്യുന്നു
പുറപ്പെടുവിച്ച INFO മൂല്യങ്ങളിൽ നിന്ന് --റെക്കോഡ് vcf{-fid/-iid}.
--a1-അലീൽ [f] {a1col} {IDcol} {skip} : ഫയലിലെ അല്ലീലുകൾ A1 ലേക്ക് നിർബന്ധിക്കുക.
--a2-അലീൽ [ഫയലിന്റെ പേര്] {a2col} {IDcol} {skip} :
ഫയലിലെ അല്ലീലുകൾ A2 ലേക്ക് നിർബന്ധിക്കുക.
("--a2-allele [VCF ഫയൽനാമം] 4 3 '#'",
ഒരു വിസിഎഫ് ഫയലിൽ നിന്ന് റഫറൻസ് അല്ലീൽ അസൈൻമെന്റുകൾ സ്ക്രാപ്പ് ചെയ്യുന്നത് പ്രത്യേകിച്ചും ഉപയോഗപ്രദമാണ്.)
--indiv-sort [m] {f} : FID/IID അടുക്കൽ ക്രമം വ്യക്തമാക്കുക.
ഇനിപ്പറയുന്ന നാല് മോഡുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു: * 'ഒന്നുമില്ല'/'0' സാമ്പിളുകൾ ക്രമത്തിൽ സൂക്ഷിക്കുന്നു
അവർ ഇങ്ങനെയായിരുന്നു
ലോഡുചെയ്‌തു.
ലയിപ്പിക്കാത്ത പ്രവർത്തനങ്ങൾക്ക് ഡിഫോൾട്ട്.
* 'സ്വാഭാവികം'/'n' 'സ്വാഭാവിക തരം' വിളിക്കുന്നു, ഉദാ
'id2' < 'ID3' < 'id10'. ലയിപ്പിക്കുമ്പോൾ ഡിഫോൾട്ട്.
* 'ascii'/'a' ASCII ക്രമത്തിൽ അടുക്കുന്നു, ഉദാ
'ID3' < 'id10' < 'id2'.
* 'file'/'f' നൽകിയിരിക്കുന്ന ഫയലിലെ ക്രമം ഉപയോഗിക്കുന്നു (പേര്
രണ്ടാമത്തെ പരാമീറ്ററിൽ).
ഇപ്പോൾ, മാത്രം --ലയിപ്പിക്കുക/--bmerge/--merge-list ഒപ്പം
--കിടക്ക ഉണ്ടാക്കുകഈ പതാകയെ ബഹുമാനിക്കുക.
--വിത്ത്-ഫിനോടൈപ്പ് : കൂടുതൽ സാമ്പിൾ വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക
പുതിയ .cov ഫയലിൽ.
--ഡമ്മി-കോഡിംഗ് {N} : വിഭാഗീയ വേരിയബിളുകൾ വിഭജിക്കുക (n വിഭാഗങ്ങൾ,
2 < n <= N, ഡിഫോൾട്ട് N 49) കോവേരിയേറ്റ് എഴുതുമ്പോൾ n-1 ബൈനറി ഡമ്മി വേരിയബിളുകളിലേക്ക്
ഫയൽ.
--ലയിപ്പിക്കൽ-മോഡ് [ഇല്ല]
: ക്രമീകരിക്കുക --ഒരു സംഖ്യാ കോഡ് അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള {b}ലയനം/--ലയിപ്പിക്കൽ-ലിസ്റ്റ് പെരുമാറ്റം. 1 (സ്ഥിരസ്ഥിതി) =
മിസ്സിംഗ് കോളുകൾ അവഗണിക്കുക, അല്ലെങ്കിൽ വ്യത്യാസം
-> കാണുന്നില്ല
2 = യഥാർത്ഥത്തിൽ നഷ്‌ടമായ കോളുകൾ മാത്രം പുനരാലേഖനം ചെയ്യുക 3 = നഷ്‌ടപ്പെടാതിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം തിരുത്തിയെഴുതുക
പുതിയ ഫയൽ 4/5 = ഒരിക്കലും തിരുത്തിയെഴുതരുത്, എപ്പോഴും തിരുത്തിയെഴുതുക, യഥാക്രമം 6 = എല്ലാം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
മിസ്മാച്ചിംഗ് കോളുകൾ ലയിപ്പിക്കാതെ 7 = മിസ് മാച്ച് ചെയ്യാത്ത കോളുകൾ ഇല്ലാതെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ലയിപ്പിക്കുന്നു
--മെർജ്-ഇക്വൽ-പോസ്
: കൂടെ --ലയിപ്പിക്കുക/--bmerge/--merge-list, വ്യത്യസ്ത പേരുകളുള്ള വേരിയന്റുകൾ ലയിപ്പിക്കുക
സമാന സ്ഥാനങ്ങൾ. (ഒഴിവാക്കൽ: ഒരേ സ്ഥാനമുള്ള ക്രോമസോം കോഡ് 0 വേരിയന്റുകളല്ല
ലയിപ്പിച്ചു.)
--മെൻഡൽ-ഡ്യുവോസ്
: മെൻഡൽ പിശക് പരിശോധനകൾ നടത്തുക, ഡാറ്റാസെറ്റിൽ ഒരു രക്ഷകർത്താവ് മാത്രമുള്ള സാമ്പിളുകൾ പരിഗണിക്കുക.
--മെൻഡൽ-മൾട്ടിജെൻ
: മെൻഡൽ പിശക് പരിശോധനകൾ മാതാപിതാക്കളായിരിക്കുമ്പോൾ (മഹത്തായ) മുത്തശ്ശിമാരുടെ ജനിതകരൂപങ്ങൾ പരിഗണിക്കുക
ജനിതക തരം ഡാറ്റ കാണുന്നില്ല.
--ld-ജാലകം [ct+1] : സെറ്റ് --ആർ/--r2 max variant ct ജോഡിവൈസ് ദൂരം (usu. 10).
--ld-window-kb [x] : സെറ്റ് --ആർ/--r2 max kb ജോഡിവൈസ് ദൂരം (സാധാരണയായി 1000).
--ld-window-r2 [x] : ഇതിനായി പരിധി സജ്ജമാക്കുക --r2 റിപ്പോർട്ട് ഉൾപ്പെടുത്തൽ (സാധാരണയായി 0.2).
--ld-snp [var ID]
: എല്ലാത്തിലും ആദ്യ വേരിയന്റ് സജ്ജമാക്കുക --ആർ/--r2 ജോഡി.
--ld-snps [vID...] : ആദ്യം നിയന്ത്രിക്കുക --ആർനൽകിയിരിക്കുന്ന ശ്രേണികളിലേക്കുള്ള /--r2 വേരിയന്റ്.
--ld-snp-list [F]
: ആദ്യം നിയന്ത്രിക്കുക --ആർ/--r2 var. ഫയലിൽ പേരുള്ളവർക്ക്.
--ലിസ്റ്റ്-എല്ലാം
: ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ 'എല്ലാം' മോഡ് റിപ്പോർട്ട് സൃഷ്ടിക്കുക --ഷോ-ടാഗുകൾ ഫയൽ മോഡിൽ.
--tag-kb [കെബിഎസ്]
: സെറ്റ് --ഷോ-ടാഗുകൾ പരമാവധി ടാഗ് kb ദൂരം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 250).
--ടാഗ്-r2 [val]
: സെറ്റ് --ഷോ-ടാഗുകൾ മിനിട്ട് ടാഗ് r-സ്ക്വയർ (ഡിഫോൾട്ട് 0.8)
--ടാഗ്-മോഡ്2
: രണ്ട് കോളം ഉപയോഗിക്കുക --ഷോ-ടാഗുകൾ (ഫയൽ മോഡ്) I/O ഫോർമാറ്റ്.
--ld-xchr [കോഡ്]
ഇതിനായി Xchr മോഡൽ സജ്ജമാക്കുക --indep{-ജോടിയായി}, --ആർ/--r2, --ഫ്ലിപ്പ്-സ്കാൻ, ഒപ്പം --ഷോ-ടാഗുകൾ. 1
(ഡിഫോൾട്ട്) = പുരുഷന്മാർ 0/1, സ്ത്രീകൾ 0/1/2 (A1 അളവ്) 2 = പുരുഷന്മാർ 0/2 3 =
പുരുഷന്മാർ 0/2 എന്ന് കോഡ് ചെയ്തു, എന്നാൽ സ്ത്രീകൾക്ക് ഇരട്ട വെയ്റ്റിംഗ് നൽകിയിരിക്കുന്നു
--blocks-max-kb [കെബിഎസ്]
: സെറ്റ് --ബ്ലോക്കുകൾ പരമാവധി ഹാപ്ലോബ്ലോക്ക് സ്പാൻ (def. 200).
--blocks-min-maf [വിച്ഛേദിക്കുക]
: ക്രമീകരിക്കുക --ബ്ലോക്കുകൾ MAF മിനിമം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.05).
--ബ്ലോക്കുകൾ-strong-lowci [എക്സ്]
: സെറ്റ് --ബ്ലോക്കുകൾ 'ശക്തമായ LD' CI പരിധികൾ (ഡിഫോൾട്ടുകൾ
--ബ്ലോക്കുകൾ-സ്ട്രോങ്ങ്-ഹൈസി [എക്സ്]
0.70, 0.98).
--blocks-recomb-highci [x] : 'recombination' CI ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് 0.90).
--blocks-inform-frac [എക്സ്]
: ഹാപ്ലോബ്ലോക്ക് നിർബന്ധിക്കുക [ശക്തമായ എൽഡി ജോഡികൾ]:[മൊത്തം വിവരദായക ജോഡികൾ] അനുപാതങ്ങൾ വലുതായിരിക്കണം
ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.95).
--ദൂരം-wts എക്സ്പ്=[x]
: ജനിതക ദൂരങ്ങൾ കണക്കാക്കുമ്പോൾ, ഓരോ വേരിയന്റിനും (2q(1-q))^{-x} ഭാരം നൽകുക,
ഇവിടെ q എന്നത് ലോഡ് ചെയ്തതോ അനുമാനിച്ചതോ ആയ MAF ആണ്.
--ഡിസ്റ്റുകൾ വായിക്കുക [dist file] {id file} : ഒരു ത്രികോണ ബൈനറി ഡിസ്റ്റൻസ് മാട്രിക്സ് ലോഡ് ചെയ്യുക
ആദ്യം മുതൽ വീണ്ടും കണക്കാക്കുന്നതിന് പകരം.
--ppc- വിടവ് [val]
: മാർക്കറുകളുടെ വിവരദായക ജോഡികൾക്കിടയിൽ, അടിസ്ഥാന ജോഡികളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം, ആയിരക്കണക്കിന്
ഉപയോഗിച്ചു --ജീനോം പിപിസി ടെസ്റ്റ്. വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ 500.
--മിനിറ്റ് [വിച്ഛേദിക്കുക]
: ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ PI_HAT വ്യക്തമാക്കുക --ജീനോം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--പരമാവധി [വിച്ഛേദിക്കുക]
: ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് പരമാവധി PI_HAT വ്യക്തമാക്കുക --ജീനോം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--homozyg-match [] : സംയുക്തമായി ഹോമോസൈഗസിലുടനീളം മിനിമം കോൺകോർഡൻസ് സജ്ജമാക്കുക
ഒരു പെയർവൈസ് അല്ലെലിക് പൊരുത്തത്തിനുള്ള വകഭേദങ്ങൾ പ്രഖ്യാപിക്കും.
--കുളത്തിന്റെ വലിപ്പം [ct]
: '--homozyg ഗ്രൂപ്പ്' റിപ്പോർട്ടിൽ പൂളുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വലുപ്പം സജ്ജമാക്കുക.
--റീഡ്-ജീനോം [fn] : ലോഡ് --ജീനോം വേണ്ടി റിപ്പോർട്ട് --ക്ലസ്റ്റർ/--അയൽക്കാരൻ, പകരം
IBS, PPC ടെസ്റ്റ് p-മൂല്യങ്ങൾ ആദ്യം മുതൽ വീണ്ടും കണക്കാക്കുന്നു.
--ppc [p-val]
: ഒരു ക്ലസ്റ്ററിനുള്ളിൽ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ പിപിസി ടെസ്റ്റ് പി-മൂല്യം വ്യക്തമാക്കുക.
--എംസി [പരമാവധി വലിപ്പം]
: പരമാവധി ക്ലസ്റ്റർ വലിപ്പം വ്യക്തമാക്കുക.
--എംസിസി [c1] [c2]
: ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനും പരമാവധി കേസും നിയന്ത്രണ എണ്ണവും വ്യക്തമാക്കുക.
--കെ [മിനിറ്റ് എണ്ണം]
: ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ക്ലസ്റ്റർ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക.
--ibm [val]
: കുറഞ്ഞ ഐഡന്റിറ്റി വ്യക്തമാക്കുക.
--പൊരുത്തം [f] {mv} : ക്ലസ്റ്ററിംഗ് നിയന്ത്രിക്കാൻ കോവേരിയേറ്റ് മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക.
കൂടാതെ --പൊരുത്ത തരം, രണ്ട് സാമ്പിളുകൾ ഒരേ ക്ലസ്റ്ററിൽ മാത്രമേ ഉണ്ടാകൂ
പൊരുത്തം. ഓപ്ഷണൽ രണ്ടാമത്തെ പാരാമീറ്റർ ആയി കണക്കാക്കാനുള്ള ഒരു കോവേരിയേറ്റ് മൂല്യം വ്യക്തമാക്കുന്നു
കാണുന്നില്ല.
--പൊരുത്ത തരം [f] : ശുദ്ധീകരിക്കുക --പൊരുത്തം ഫയൽ.
ദി --പൊരുത്ത തരം ഫയലിന്റെ അത്രയും എൻട്രികളുള്ള ഒരൊറ്റ വരി ആയിരിക്കുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു
--പൊരുത്തം ഫയലിന് കോവേറിയറ്റുകൾ ഉണ്ട്; '0' എൻട്രികൾ 'നെഗറ്റീവ് പൊരുത്തങ്ങൾ' വ്യക്തമാക്കുന്നു (അതായത് സാമ്പിളുകൾ
തുല്യ കോവേരിയേറ്റ് മൂല്യങ്ങളുള്ള ഒരേ ക്ലസ്റ്ററിൽ ആയിരിക്കരുത്), '1' എൻട്രികൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു
'പോസിറ്റീവ് പൊരുത്തങ്ങൾ' (ഡിഫോൾട്ട്), '-1' എന്നിവ അനുബന്ധ കോവേരിയേറ്റ് ആകുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു
അവഗണിച്ചു.
--qmatch [f] {m} : ഒരു ക്ലസ്റ്ററിലെ എല്ലാ അംഗങ്ങളും സമാനമായിരിക്കാൻ നിർബന്ധിക്കുക
--ക്യു.ടി [പേര്]
ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് കോവേരിയേറ്റ് മൂല്യങ്ങൾ. ദി --qmatch ഫയലിൽ കോവേരിയേറ്റ് മൂല്യങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു,
അതേസമയം --ക്യു.ടി ഫയൽ എന്നത് നെഗറ്റീവ് ടോളറൻസുകളുടെ ഒരു പട്ടികയാണ് (ഒപ്പം '-1'ന്റെ അടയാളപ്പെടുത്തലും
ഒഴിവാക്കാനുള്ള covariates).
--pca-cluster-names [...] : ഇവ വ്യക്തിഗതമായോ സംയോജിപ്പിച്ചോ ഉപയോഗിക്കാം
--pca-ക്ലസ്റ്ററുകൾ [പേര്]
അടിസ്ഥാനത്തിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട ക്ലസ്റ്ററുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് നിർവചിക്കാൻ --പിസിഎ കണക്കുകൂട്ടൽ.
(--pca-cluster-names ക്ലസ്റ്റർ നാമങ്ങളുടെ ഒരു സ്പേസ്-ഡിലിമിറ്റഡ് സീക്വൻസ് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു, അതേസമയം
--pca-ക്ലസ്റ്ററുകൾ ഓരോ വരിയിലും ഒരു ക്ലസ്റ്റർ നാമമുള്ള ഒരു ഫയൽ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.) പുറത്തുള്ള എല്ലാ സാമ്പിളുകളും
ആ ക്ലസ്റ്ററുകൾ പിന്നീട് കണക്കാക്കിയ പിസികളിലേക്ക് പ്രൊജക്റ്റ് ചെയ്യപ്പെടും.
--mds-പ്ലോട്ട് [മങ്ങൽ] :
മൾട്ടി-ഡൈമൻഷണൽ സ്കെയിലിംഗ് വിശകലനം.
ആവശ്യമാണ് --ക്ലസ്റ്റർ.
--സെൽ [മെതിക്കുക]
: ചിലത് ഒഴിവാക്കുക --മാതൃക ഒരു കണ്ടിജൻസി ടേബിൾ എൻട്രി നൽകിയിരിക്കുന്നതിനേക്കാൾ ചെറുതായിരിക്കുമ്പോൾ പരിശോധിക്കുന്നു
ഉമ്മരപ്പടി.
--അവസ്ഥ [var ID] : a ആയി ഒരു വേരിയന്റ് ചേർക്കുക --ലീനിയർ
or --ലോജിസ്റ്റിക് covariate.
--കണ്ടീഷൻ-ലിസ്റ്റ് [f] : ഫയലിൽ പേരിട്ടിരിക്കുന്ന വകഭേദങ്ങൾ ചേർക്കുക
as --ലീനിയർ/--ലോജിസ്റ്റിക് കോവുകൾ.
--പാരാമീറ്ററുകൾ [...]
: നൽകിയിരിക്കുന്ന സഹവർത്തിത്വങ്ങൾ/ഇന്ററാക്ഷനുകൾ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തുക --ലീനിയർ---ലോജിസ്റ്റിക് മോഡലുകൾ,
1-അടിസ്ഥാന സൂചികകളും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ അവയുടെ ശ്രേണികളും ഒരു ലിസ്റ്റ് വഴി തിരിച്ചറിഞ്ഞു.
--ടെസ്റ്റുകൾ {...} : ലെ നിർദ്ദിഷ്ട ടേം(കളിൽ) ഒരു (ജോയിന്റ്) ടെസ്റ്റ് നടത്തുക
--ലീനിയർ/--ലോജിസ്റ്റിക് മോഡൽ, 1-അടിസ്ഥാന സൂചികകളും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ അവയുടെ ശ്രേണികളും തിരിച്ചറിയുന്നു. എങ്കിൽ
ക്രമമാറ്റം അഭ്യർത്ഥിച്ചു, ഇത് ഈ പരിശോധനയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്. * എപ്പോൾ എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
--പാരാമീറ്ററുകൾ കൂടിയുണ്ട്, ദി
പ്രൂണിങ്ങിനു ശേഷം ശേഷിക്കുന്ന നിബന്ധനകളെ സൂചികകൾ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
--പാരാമീറ്ററുകൾ.
* എല്ലാ നിബന്ധനകളും ഉൾപ്പെടുത്താൻ നിങ്ങൾക്ക് '--ടെസ്റ്റ് എല്ലാം' ഉപയോഗിക്കാം.
--vif [പരമാവധി VIF]
: ഇതിനായി VIF ത്രെഷോൾഡ് സജ്ജമാക്കുക --ലീനിയർ മൾട്ടികോളിനാരിറ്റി പരിശോധന (ഡിഫോൾട്ട് 50).
--xchr-മോഡൽ [കോഡ്] : X ക്രോമസോം സജ്ജമാക്കുക --ലീനിയർ/--ലോജിസ്റ്റിക് മോഡൽ.
0 = ലൈംഗികതയും ഹാപ്ലോയിഡ് ക്രോമസോമുകളും ഒഴിവാക്കുക 1 (സ്ഥിരസ്ഥിതി) = X-ൽ ലൈംഗികതയെ ഒരു കോവേരിയേറ്റ് ആയി ചേർക്കുക
ക്രോമസോം 2 = കോഡ് പുരുഷ ജനിതകരൂപങ്ങൾ 0/2 0 ന് പകരം 1/3 = പരസ്പര പ്രവർത്തനത്തിനുള്ള പരിശോധന
ജനിതക രൂപത്തിനും ലൈംഗികതയ്ക്കും ഇടയിൽ
--lasso-select-covars {cov(s)...} : ചില അല്ലെങ്കിൽ എല്ലാ കോവേറിയറ്റുകളും LASSO-യ്ക്ക് വിധേയമാക്കുക
മോഡൽ തിരഞ്ഞെടുപ്പ്.
-- ക്രമീകരിക്കുക
: ഒന്നിലധികം പരിശോധനാ തിരുത്തലുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--ലാംഡ [val]
: ഇതിനായി ജനിതക നിയന്ത്രണ ലാംഡ സജ്ജമാക്കുക -- ക്രമീകരിക്കുക.
--ci [വലുപ്പം]
: അസന്തുലിത അനുപാതങ്ങൾക്കുള്ള ആത്മവിശ്വാസ ഇടവേളകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--ഫിൽറ്റർ [val]
: ഉയർന്ന പി-മൂല്യങ്ങളുള്ള അസോസിയേഷൻ ടെസ്റ്റ് ഫലങ്ങൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക.
--അപെർമ് [മിനിറ്റ് പെർംസ് - 1] {max perms} {alpha} {beta} {init interval} {slope} :
അഡാപ്റ്റീവ് പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ആറ് പാരാമീറ്ററുകൾ വരെ സജ്ജമാക്കുക. *ആദ്യത്തെ രണ്ട്
പെർമ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞതും കൂടിയതുമായ എണ്ണം നിയന്ത്രിക്കുക
ഓരോ വേരിയന്റിനും വേണ്ടി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം; സ്ഥിര മൂല്യങ്ങൾ 5 ഉം 1000000 ഉം ആണ്.
* അടുത്ത രണ്ടെണ്ണം നേരത്തെയുള്ള അവസാനിപ്പിക്കൽ അവസ്ഥയെ നിയന്ത്രിക്കുന്നു.
A
100% * (1 - ബീറ്റ/2T) ആത്മവിശ്വാസ ഇടവേള ഓരോ അനുഭവപരമായ പി-മൂല്യത്തിനും കണക്കാക്കുന്നു,
ഇവിടെ T എന്നത് വകഭേദങ്ങളുടെ ആകെ എണ്ണമാണ്; ഈ ആത്മവിശ്വാസ ഇടവേള ഉണ്ടാകാത്തപ്പോഴെല്ലാം
ആൽഫ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, വേരിയന്റിനെ കൂടുതൽ ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധനയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയിരിക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യങ്ങൾ 0, 1e-4 എന്നിവയാണ്.
* നേരത്തെയുള്ള അവസാനിപ്പിക്കൽ അവസ്ഥ പരിശോധിക്കുമ്പോൾ അവസാന രണ്ട് നിയന്ത്രണം.
If
പെർമ്യൂട്ടേഷൻ #p-ൽ ഒരു ചെക്ക് സംഭവിക്കുന്നു, അടുത്ത ചെക്ക് [ചരിവ്]p + [init-ന് ശേഷം സംഭവിക്കുന്നു
ഇടവേള] കൂടുതൽ ക്രമപ്പെടുത്തലുകൾ (റൌണ്ട് ഡൌൺ). ഡിഫോൾട്ട് പ്രാരംഭ ഇടവേള 1 ആണ്, ഒപ്പം
സ്ഥിരസ്ഥിതി ചരിവ് 0.001 ആണ്.
--mperm-സേവ്
: മികച്ച മാക്സ്(T) പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ സംരക്ഷിക്കുക.
--mperm-save-all : എല്ലാ max(T) പെർമ്യൂട്ടേഷൻ ടെസ്റ്റ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളും സംരക്ഷിക്കുക.
--സെറ്റ്-പി [p-val]
: ടെസ്റ്റ് കാര്യമായ വേരിയന്റ് പി-മൂല്യം പരിധി ക്രമീകരിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.05).
--set-r2 {v}
: ടെസ്റ്റ് കാര്യമായ വേരിയന്റ് ജോടിയായി r^2 സീലിംഗ് ക്രമീകരിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5). 'എഴുതുക'
ലംഘിക്കുന്ന ജോഡികൾ {output prefix}.ldset-ലേക്ക് തള്ളപ്പെടുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു.
--സെറ്റ്-പരമാവധി [ct]
: ഓരോ സെറ്റിനും പരിഗണിക്കുന്ന പ്രധാന വേരിയന്റുകളുടെ പരമാവധി # ടെസ്റ്റ് സെറ്റ് ക്രമീകരിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി 5).
--സെറ്റ്-ടെസ്റ്റ്-ലാംഡ [v] : സെറ്റ് ടെസ്റ്റിനായി ജനിതക നിയന്ത്രണ തിരുത്തൽ വ്യക്തമാക്കുക.
--അതിർത്തി [കെബിഎസ്]
: നീട്ടുക --വിശദീകരണം നൽകിയിരിക്കുന്ന # kbs പ്രകാരം ശ്രേണി ഇടവേളകൾ.
--annotate-snp-ഫീൽഡ് [nm] : സെറ്റ് --വിശദീകരണം വേരിയന്റ് ഐഡി ഫീൽഡ് നാമം.
--clump-p1 [pval] : സെറ്റ് --കൂട്ടം സൂചിക var. പി-മൂല്യം പരിധി (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1e-4).
--clump-p2 [pval] : സെറ്റ് --കൂട്ടം ദ്വിതീയ പി-മൂല്യം പരിധി (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.01).
--clump-r2 [r^2]
: സെറ്റ് --കൂട്ടം r^2 ത്രെഷോൾഡ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5).
--clump-kb [കെബിഎസ്]
: സെറ്റ് --കൂട്ടം kb ആരം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 250).
--clump-snp-ഫീൽഡ് [n...]
: സെറ്റ് --കൂട്ടം വേരിയന്റ് ഐഡി ഫീൽഡ് നാമം (ഡിഫോൾട്ട് 'എസ്എൻപി'). ഒന്നിലധികം ഫീൽഡ് നാമങ്ങൾക്കൊപ്പം,
മുമ്പത്തെ പേരുകൾ പിന്നീടുള്ള പേരുകളേക്കാൾ മുൻഗണന നൽകുന്നു.
--ക്ലമ്പ്-ഫീൽഡ് [പേര്...]
: സെറ്റ് --കൂട്ടം p-value ഫീൽഡ് നാമം (ഡിഫോൾട്ട് 'P').
--clump-allow-overlap
: അനുവദിക്കുക --കൂട്ടം നോൺ-ഇൻഡക്സ് vars. ഒന്നിലധികം കൂട്ടങ്ങൾ ചേരുക.
--clump-verbose
: അഭ്യർത്ഥന നീട്ടി --കൂട്ടം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--clump-annotate [hdr...] : പേരിട്ടിരിക്കുന്ന അധിക ഫീൽഡുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക --clump-verbose ഒപ്പം
--കൂട്ടം-മികച്ചത് റിപ്പോർട്ടുകൾ. (ഫീൽഡ് പേരുകൾ സ്‌പെയ്‌സുകളോ കോമകളോ ഉപയോഗിച്ച് വേർതിരിക്കാം.)
--ക്ലമ്പ്-റേഞ്ച് [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ക്ലമ്പുകളും പ്രദേശങ്ങളും തമ്മിലുള്ള ഓവർലാപ്പുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--clump-range-border [kb] : പ്രദേശങ്ങൾ അകത്തേക്ക് നീട്ടുക --ക്ലമ്പ്-റേഞ്ച് ഫയൽ.
--clump-index-fist
: എക്സ്ട്രാക്റ്റ് --കൂട്ടം സൂചിക vars. ആദ്യ ഫയലിൽ നിന്ന് മാത്രം.
--clump-replicate
: ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് മാത്രം ദ്വിതീയ ഫലങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ക്ലമ്പുകൾ ഒഴിവാക്കുക.
--കൂട്ടം-മികച്ചത്
: ഓരോന്നിനും മികച്ച പ്രോക്സി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക --കൂട്ടം സൂചിക var.
--മെറ്റാ-അനാലിസിസ്-എസ്എൻപി-ഫീൽഡ് [n...] : സെറ്റ് --മെറ്റാ-വിശകലനം വേരിയന്റ് ഐഡി, A1/A2
--മെറ്റാ-വിശകലനം-a1-ഫീൽഡ് [n...]
അല്ലീൽ, പി-മൂല്യം കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ ഫലപ്രദമായ സാമ്പിൾ
--മെറ്റാ-വിശകലനം-a2-ഫീൽഡ് [n...]
വലിപ്പം ഫീൽഡ് നാമങ്ങൾ. ഡിഫോൾവുകൾ 'SNP' ആണ്,
--മെറ്റാ-അനാലിസിസ്-പി-ഫീൽഡ് [n...]
'A1', 'A2', 'P', 'NMISS',
--മെറ്റാ-അനാലിസിസ്-എസ്സ്-ഫീൽഡ് [n...]
യഥാക്രമം. ഈ ഫ്ലാഗുകൾക്ക് ഒന്നിലധികം പാരാമീറ്ററുകൾ നൽകുമ്പോൾ, മുമ്പത്തെ പേരുകൾ
പിന്നീടുള്ളവയെക്കാൾ മുൻഗണന നൽകുക. കേസുകളുടെയും നിയന്ത്രണങ്ങളുടെയും എണ്ണമാണെങ്കിൽ അത് ശ്രദ്ധിക്കുക
അസമമാണ്, ഫലപ്രദമായ സാമ്പിൾ വലുപ്പം ആയിരിക്കണം
4 / (1/[# കേസുകൾ] + 1/[# നിയന്ത്രണങ്ങൾ]).
--മെറ്റാ-അനാലിസിസ്-റിപ്പോർട്ട്-ഡ്യൂപ്പുകൾ
: ഒരേ ഫയലിൽ ഒരു വേരിയന്റ് ഒന്നിലധികം തവണ ദൃശ്യമാകുമ്പോൾ, അത് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.
--ജീൻ-ലിസ്റ്റ്-ബോർഡർ [കെബിഎസ്]
: നീട്ടുക --ജീൻ-റിപ്പോർട്ട് നൽകിയിരിക്കുന്ന # kbs പ്രകാരം പ്രദേശങ്ങൾ.
--ജീൻ-ഉപഗണം [ഫയലിന്റെ പേര്]
: ഇതിനായുള്ള ജീൻ നാമ ഉപസെറ്റ് വ്യക്തമാക്കുക --ജീൻ-റിപ്പോർട്ട്.
--gene-report-snp-field [] : സെറ്റ് --ജീൻ-റിപ്പോർട്ട് വേരിയന്റ് ഐഡി ഫീൽഡ് നാമം (സ്ഥിരസ്ഥിതി
'എസ്എൻപി'). കൂടെ മാത്രം പ്രസക്തമാണ് --എക്സ്ട്രാക്റ്റ്.
--വിടവ് [കെബിഎസ്]
: '--ഫാസ്റ്റ്-എപ്പിസ്റ്റാസിസ് കേസ്-ഒൺലി' മിനിറ്റ് സജ്ജമാക്കുക. വിടവ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000).
--epi1 [p-value] : സെറ്റ് --{fast-}epistasis റിപ്പോർട്ടിംഗ് ത്രെഷോൾഡ് (ഡിഫോൾട്ട്
'ബൂസ്റ്റ്' എന്നതിന് 5e-6, അല്ലാത്തപക്ഷം 1e-4).
--epi2 [p-value] : SIG_E എണ്ണത്തിലേക്ക് സംഭാവന ചെയ്യുന്നതിനുള്ള പരിധി സജ്ജമാക്കുക (def. 0.01).
--ജെ-സെൽമിൻ [n] : 3x3x2 ആകസ്മികതയ്ക്ക് ആവശ്യമായ നിരീക്ഷണങ്ങളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക
ജോയിന്റ്-ഇഫക്റ്റ് ടെസ്റ്റിനുള്ള ടേബിൾ സെൽ (ഡിഫോൾട്ട് 5).
--ക്യു-സ്കോർ-റേഞ്ച് [റേഞ്ച് ഫയൽ] [ഡാറ്റ ഫയൽ] {i} {j} :
പ്രയോഗിക്കുക --സ്കോർ പ്രൈമറി സ്കോർ ലിസ്റ്റിലെ വേരിയന്റുകളുടെ ഉപഗണത്തിലേക്ക് (ഉദാ
p-മൂല്യം ശ്രേണികൾ. * ആദ്യ ഫയലിന് ആദ്യ കോളത്തിൽ ശ്രേണി ലേബലുകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം,
p- മൂല്യം
രണ്ടാമത്തെ നിരയിൽ താഴത്തെ അതിരുകൾ, മൂന്നാമത്തെ നിരയിൽ മുകളിലെ അതിരുകൾ. ലൈനുകൾ
വളരെ കുറച്ച് എൻട്രികൾ, അല്ലെങ്കിൽ രണ്ടാമത്തെയോ മൂന്നാമത്തെയോ നിരയിലെ അസംഖ്യാ മൂല്യങ്ങൾ
അവഗണിച്ചു.
* രണ്ടാമത്തെ ഫയലിൽ ഓരോന്നിനും ഒരു വേരിയന്റ് ഐഡിയും ഒരു പി-വാല്യൂവും ഉണ്ടായിരിക്കണം
ശൂന്യമായ വരി (ഒരുപക്ഷേ ആദ്യത്തേത് ഒഴികെ).
വേരിയന്റ് ഐഡികൾ വായിക്കുന്നത്
കോളം #i, p-മൂല്യം എന്നിവ #j നിരയിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നു, ഇവിടെ i സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 1, j എന്നിവയിലേക്ക് മാറുന്നു
i+1 ലേക്ക് സ്ഥിരസ്ഥിതികൾ. 'ഹെഡർ' മോഡിഫയർ ഈ ഫയലിന്റെ ആദ്യത്തെ നോൺപ്റ്റി ലൈനിന് കാരണമാകുന്നു
ഒഴിവാക്കണം.
--സമാന്തരം [k] [n] : ഔട്ട്പുട്ട് മാട്രിക്‌സിനെ n കഷണങ്ങളായി വിഭജിക്കുക, തുടർന്ന് മാത്രം കണക്കുകൂട്ടുക
kth കഷണം. പ്രാഥമിക ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിൽ പീസ് നമ്പർ ഉൾപ്പെടുത്തും
പേര്, ഉദാ plink.rel.13 അല്ലെങ്കിൽ plink.rel.13.gz k ആണെങ്കിൽ 13. ഈ ഫയലുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു
ക്രമത്തിൽ പലിശയുടെ മുഴുവൻ മാട്രിക്സും ലഭിക്കും. (അതെ, ഇത് മുമ്പ് ചെയ്യാം
അൺസിപ്പ് ചെയ്യുന്നു.) NB ഇത് സാധാരണയായി ഒരു സമമിതി നേരിട്ട് എഴുതാൻ ഉപയോഗിക്കാനാവില്ല
ചതുര മാട്രിക്സ്. പകരം ചതുരാകൃതിയിലുള്ള 0 അല്ലെങ്കിൽ ത്രികോണാകൃതി തിരഞ്ഞെടുക്കുക, തുടർന്ന് പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക
അത്യാവശ്യമാണ്.
--ഓർമ്മ [val]
: പ്രാരംഭ വർക്ക്‌സ്‌പേസ് malloc ശ്രമത്തിന്റെ വലുപ്പം MB-യിൽ സജ്ജമാക്കുക. (പ്രായോഗികമായി നിർബന്ധമാണ്
ഗ്നു പാരലൽ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ.)
--ത്രെഡുകൾ [val]
: കൺകറന്റ് ത്രെഡുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക. ഇതിന് അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു പരിമിതിയുണ്ട്: ചിലത്
BLAS/LAPACK ലീനിയർ ബീജഗണിത പ്രവർത്തനങ്ങൾ PLINK-ന് സാധിക്കാത്ത വിധത്തിൽ മൾട്ടിത്രെഡ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു.
നിയന്ത്രണം. ഇത് പ്രശ്നമാണെങ്കിൽ, ഒറ്റ-ത്രെഡിനെതിരെ നിങ്ങൾ വീണ്ടും കംപൈൽ ചെയ്യണം
BLAS/LAPACK.
--ഡി [char]
: വേരിയന്റ്/കോവേരിയേറ്റ് റേഞ്ച് ഡിലിമിറ്റർ മാറ്റുക (സാധാരണയായി '-').
--വിത്ത് [val...]
: ക്രമരഹിത സംഖ്യ വിത്ത് (കൾ) സജ്ജമാക്കുക. ഓരോ മൂല്യവും 0 നും ഇടയിലുള്ള ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ ആയിരിക്കണം
4294967295 ഉൾപ്പെടെ.
--perm-batch-size [val] : ചിലതിന് ഓരോ ബാച്ചിലും ക്രമമാറ്റങ്ങളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക
ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധനകൾ.
--ഔട്ട്പുട്ട്-മിനി-പി [p] : റിപ്പോർട്ടുകളിലേക്ക് എഴുതാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ പി-മൂല്യം വ്യക്തമാക്കുക.
--ഡീബഗ്
: വേഗത കുറഞ്ഞതും കൂടുതൽ ക്രാഷ്-റെസിസ്റ്റന്റ് ലോഗിംഗ് രീതി ഉപയോഗിക്കുക.
പ്രൈമറി മെത്തേഡസ് പേപ്പർ: ചാങ് സിസി, ചൗ സിസി, ടെല്ലിയർ LCAM, വട്ടികുറ്റി എസ്, പർസെൽ എസ്എം, ലീ ജെജെ
(2015) രണ്ടാം തലമുറ PLINK: വലുതും സമ്പന്നവുമായ ഡാറ്റാസെറ്റുകളുടെ വെല്ലുവിളിയിലേക്ക് ഉയരുന്നു.
ഗിഗാ സയൻസ്, 4.
കൂടുതൽ ഡോക്യുമെന്റേഷനും പിന്തുണയ്ക്കും, പ്രധാന വെബ്‌പേജ് പരിശോധിക്കുക
(https://www.cog-genomics.org/plink2) കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റ്
(https://groups.google.com/d/forum/plink2-users ).
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് plink1.9 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
