PrimeGSRf - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

PrimeDLRS, PrimeGSRf - അതിഥി-ഇൻ-ഹോസ്റ്റ് ട്രീ അനുരഞ്ജന ഉപകരണം

സിനോപ്സിസ്

primeDLRS [ഓപ്ഷനുകൾ] seqfile ഹോസ്റ്റ് ഫയൽ [ജിഎസ് ഫയൽ]

വിവരണം

അതിഥി-ഇൻ-ഹോസ്റ്റ് ട്രീ അനുരഞ്ജന ഉപകരണം, ഉദാ ഗസ്റ്റ് ട്രീ ടോപ്പോളജികളുടെ വിശകലനം പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുന്നു,
അനുരഞ്ജന ഗുണങ്ങളും ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ-നഷ്ട നിരക്കുകളും. ഒരു ബയേസിയൻ MCMC ചട്ടക്കൂടിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി
അടിസ്ഥാന GSR മോഡൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു. പഴയ പ്രോഗ്രാമിന്റെ പേര്, primeGSRf, ഇപ്പോഴും a ആയി ലഭ്യമാണ്
PrimeDLRS-ലേക്കുള്ള സിംലിങ്ക്.

1) ഗസ്റ്റ് ട്രീ ടോപ്പോളജിയും അതിന്റെ വ്യതിചലന സമയവും ഒരു ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ ഉപയോഗിച്ച് മാതൃകയാക്കിയിരിക്കുന്നു-
ജീൻ എവല്യൂഷൻ മോഡലിന് (ജിഇഎം) അനുസൃതമായ നഷ്ടപ്രക്രിയ.

2) സീക്വൻസ് പരിണാമം ഒരു ഉപയോക്തൃ നിർവ്വചിച്ച സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡൽ ഉപയോഗിച്ചാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്.

3) ഗസ്റ്റ് ട്രീയുടെ അരികുകളേക്കാൾ അനുക്രമ പരിണാമ നിരക്ക് വ്യത്യാസം (അയവുള്ള തന്മാത്രാ ക്ലോക്ക്)
ഉപയോക്താവ് തിരഞ്ഞെടുത്ത വിതരണത്തിൽ നിന്ന് iid മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മാതൃകയാക്കിയിരിക്കുന്നു.

4) സൈറ്റുകൾ (സ്ഥാനങ്ങൾ) മേൽ അനുക്രമം പരിണാമ നിരക്ക് വ്യതിയാനം അനുസരിച്ച് മോഡൽ
ഒരു വ്യതിരിക്തമായ ഗാമാ വിതരണം.

അതിന്റെ കണക്കുകൂട്ടലുകൾ നടത്താൻ ഹോസ്റ്റ് ട്രീയുടെ ഒരു വിവേചനാധികാരം നടപ്പിലാക്കൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
നിങ്ങൾ സ്ഥിരസ്ഥിതി ക്രമീകരണങ്ങൾ മാറ്റേണ്ടതിനാൽ, ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകൾ അവലോകനം ചെയ്യുക. ഓപ്ഷൻ -ആർ
സ്കെയിലിംഗ് മൂലമുള്ള സംഖ്യാ പ്രശ്നങ്ങൾ ഒഴിവാക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാകും.

seqfile ഗസ്റ്റ് ട്രീ ഇലകൾക്കായി വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു ഫയലാണ്.

ഹോസ്റ്റ് ഫയൽ ഹോസ്റ്റ് ട്രീ ഉൾപ്പെടെയുള്ള ഒരു പ്രൈം ന്യൂക്ക് ഫയലാണ്. വ്യതിചലന സമയം. ഇലകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം
സമയം 0 ഉം റൂട്ടിന് സമയം > 0 ഉം ഉണ്ട്.

gsfile ഒരു ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ഫയലാണ്, വിവരമില്ലെങ്കിൽ, ട്രീ ഇലകൾ ഹോസ്റ്റുചെയ്യുന്നതിന് ഗസ്റ്റ് ട്രീ ഇലകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ്
ഉൾപ്പെടുത്തി ഹോസ്റ്റ് ഫയൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h, -u, -?
സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുക (ഈ വാചകം).

-o FILE
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്. stderr-ലേക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-s UNSIGNED_INT
കപട-റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനുള്ള വിത്ത്. ക്രമരഹിതമായ വിത്തിലേക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-i UNSIGNED_INT
ആവർത്തനങ്ങളുടെ എണ്ണം. ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-t UNSIGNED_INT
മെലിഞ്ഞത്, അതായത് ഓരോ സാമ്പിൾ -ആവർത്തനം. ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-w UNSIGNED_INT
ഓരോന്നിനും stderr ചെയ്യാനുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് ഡയഗ്നോസ്റ്റിക്സ് -ആം സാമ്പിൾ. ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-q ഡയഗ്നോസ്റ്റിക്സ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്. സ്വതവേ ശാന്തമല്ലാത്തത്.

-m MCMC|PDHC|PD
നിർവ്വഹണ തരം (MCMC, പ്രാരംഭ മൂല്യങ്ങളിൽ നിന്ന് പിൻഭാഗത്തെ സാന്ദ്രത കുന്നുകയറൽ, അല്ലെങ്കിൽ വെറും
പ്രാരംഭ പിൻഭാഗം സാന്ദ്രത). ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-എസ്.എം UniformAA|JC69|F81|JTT|UniformCodon|ArveCodon
സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡൽ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി.

-സു DNA|അമിനോ ആസിഡ്|കോഡൺ
...ഫ്ലോട്ട്(n*(n-1)/2)>
ഉപയോക്തൃ-നിർവചിക്കപ്പെട്ട പകരക്കാരൻ മോഡൽ. Pi, R എന്നിവയുടെ വലുപ്പം ഡാറ്റാ തരത്തിന് യോജിച്ചതായിരിക്കണം (DNA: n=4,
അമിനോആസിഡ്: n=20, കോഡൺ: n=62). പരന്ന മുകളിലെ ത്രികോണ മാട്രിക്സ് ആയി R നൽകിയിരിക്കുന്നു.
-Su, -Sm എന്നീ രണ്ട് ഓപ്ഷനുകളും ഉപയോഗിക്കരുത്.

-എസ്.എൻ UNSIGNED_INT
അനുക്രമ പരിണാമ നിരക്കിനായുള്ള ഡിസ്‌ക്രിറ്റൈസ്ഡ് ഗാമാ-വിതരണത്തിന്റെ ഘട്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം
സൈറ്റുകളിൽ വ്യത്യാസം. സ്ഥിരസ്ഥിതികൾ (വ്യത്യാസമില്ല).

-എഡ് Gamma|InvG|LogN|യൂണിഫോം
ഗസ്റ്റ് ട്രീയുടെ അരികുകളിൽ ഐഐഡി സീക്വൻസ് പരിണാമ നിരക്ക് വ്യതിയാനത്തിനായുള്ള വിതരണം.
(-Sn-മായി ആശയക്കുഴപ്പത്തിലാക്കരുത്) എന്നതിലേക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-എപ്പി ഫ്ലോട്ട് ഫ്ലോട്ട്
അനുക്രമ പരിണാമ നിരക്കിന്റെ പ്രാരംഭ ശരാശരിയും വ്യതിയാനവും. ഡിഫോൾട്ടുകൾ ലളിതമായ നിയമങ്ങൾ-ഓഫ്-
ആതിഥേയ വൃക്ഷത്തിന്റെ സമയത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള തള്ളവിരൽ.

-എഫ് അനുക്രമ പരിണാമ നിരക്കിന്റെ ശരാശരിയും വ്യതിയാനവും പരിഹരിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി പരിഹരിച്ചിട്ടില്ല.

-ജി FILE
പ്രാരംഭ ഗസ്റ്റ് ട്രീ ടോപ്പോളജി ഉള്ള ഫയലിന്റെ പേര്.

-ജി ജി പ്രാരംഭ ഗസ്റ്റ് ട്രീ ടോപ്പോളജി ശരിയാക്കുക, അതായത് ബ്രാഞ്ച് സ്വാപ്പിംഗ് നടത്തരുത്. വഴി പരിഹരിക്കാത്തത്
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി.

-Gl പ്രാരംഭ ഗസ്റ്റ് ട്രീ എഡ്ജ് നീളം (ടോപ്പോളജി കൂടാതെ) പരിഹരിക്കുക, അതായത് എഡ്ജ് ശരിയാക്കുക
നീളം. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി പരിഹരിച്ചിട്ടില്ല.

-ബിപി ഫ്ലോട്ട് ഫ്ലോട്ട്
പ്രാരംഭ ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷനും നഷ്ട നിരക്കും. ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ.

-ബി.എഫ് പ്രാരംഭ തനിപ്പകർപ്പും നഷ്ടനിരക്കും പരിഹരിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി പരിഹരിച്ചിട്ടില്ല.

-ബി.ടി ഫ്ലോട്ട്
ഹോസ്റ്റ് ട്രീയിൽ റൂട്ടിന് മുകളിലുള്ള എഡ്ജിന്റെ സമയപരിധി അസാധുവാക്കുക. മൂല്യം <=0 ആണെങ്കിൽ, സ്പാൻ
റൂട്ട്-ടു-ലീഫ് സമയത്തിന് തുല്യമായി സജ്ജീകരിക്കും. ഹോസ്റ്റ് ട്രീ ഫയലിൽ മൂല്യത്തിലേക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ടുകൾ.
ഓപ്ഷനും കാണുക -Dtt.

-ഡി.ടി ഫ്ലോട്ട്
ഏകദേശ വിവേചന സമയഘട്ടം. എല്ലാ അരികുകളും തുല്യമായി വിഭജിക്കാൻ 0 ആയി സജ്ജമാക്കുക
ഭാഗങ്ങൾ (-Di കാണുക). ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ. റൂട്ടിന് മുകളിലുള്ള അരികിനായി -Dtt കാണുക.

-ദി UNSIGNED_INT
ഓരോ അരികും സ്ലൈസ് ചെയ്യാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം ഭാഗങ്ങൾ. -Dt 0 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ, ഇതാണ്
ഭാഗങ്ങളുടെ കൃത്യമായ എണ്ണം. കുറഞ്ഞത് 2. ഡിഫോൾട്ടുകൾ . റൂട്ടിന് മുകളിലുള്ള അരികിനായി -Dtt കാണുക.

-Dtt UNSIGNED_INT
ഹോസ്റ്റ് ട്രീയിലെ റൂട്ടിന് മുകളിലുള്ള അരികിലെ ഡിസ്ക്രിറ്റൈസേഷൻ പോയിന്റുകളുടെ എണ്ണം അസാധുവാക്കുക. എഴുതിയത്
സ്ഥിരസ്ഥിതി, സമയപരിധി പരിഗണിക്കാതെ, ഇത് a എന്നതിനുള്ള പോയിന്റുകളുടെ എണ്ണമായി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
(സാങ്കൽപ്പിക) റൂട്ട്-ടു-ലീഫ് എഡ്ജ്

-r റൂട്ട്-ടു-ലീഫ് സമയം 1.0-ന് തുല്യമാകുന്ന തരത്തിൽ ഹോസ്റ്റ് ട്രീ പുനഃക്രമീകരിക്കുക. എല്ലാം അനുമാനിച്ചു
പാരാമീറ്ററുകൾ പുതിയ സ്കെയിലിനെ പരാമർശിക്കും. ഡിഫോൾട്ടായി ഓഫ്. വിവേചനാധികാരം എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
പാരാമീറ്ററുകൾ റീസ്കെയിൽ ചെയ്തിട്ടില്ല.

-Z കഴിഞ്ഞ വാൾ സമയവും സിപിയു സമയവും പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്

-W കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്

-debuginfo
മറ്റുള്ളവ കാണിക്കുക. ആവർത്തിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് stderr-ലേക്ക് വിവരം. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി കാണിക്കുന്നില്ല.

പുറത്ത് പദവി

0 വിജയകരമായ പ്രോഗ്രാം നിർവ്വഹണം.

1 ചില പിശക് സംഭവിച്ചു

യുആർഎൽ

പ്രൈം-ഫൈലോ ഹോം പേജ്: http://prime.sbc.su.se

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് പ്രൈംജിഎസ്ആർഎഫ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക