Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന probabel.pl കമാൻഡ് ഇതാണ്.
പട്ടിക:
NAME
probabel - മൂന്ന് ProbABEL ബൈനറികൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള പൊതിഞ്ഞ്, അവയുടെ ഉപയോഗം ലളിതമാക്കുന്നു
സിനോപ്സിസ്
പ്രോബേബൽ CHROM-START ക്രോം-സ്റ്റോപ്പ് രീതി COHORT മോഡൽ PHENOTYPE [OTHER_OPTIONS]
വിവരണം
പ്രോബേബൽ മൂന്ന് ProbABEL ബൈനറികൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ഒരു റാപ്പറാണ്: പാലിയാർ, പാലോജിസ്റ്റ്, ഒപ്പം pacoxph.
സംരക്ഷിച്ചുകൊണ്ട് ഒരു ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ സ്റ്റഡി (GWAS) റണ്ണിംഗ് ലളിതമാക്കുന്നതിനാണ് ഇത് രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നത്.
ഉപയോക്താവിന്റെ വിലയേറിയ സമയം രണ്ട് തരത്തിൽ:
1) ഇത് എല്ലാ ക്രോമസോമുകളുടെയും റിഗ്രഷൻ വിശകലനം നടത്തുന്നു CHROM-START ലേക്ക് ക്രോം-സ്റ്റോപ്പ്.
2) മുകളിൽ സൂചിപ്പിച്ച മൂന്ന് ബൈനറികളിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി പ്രോബേബൽ ഉപയോക്താവിന് ആവശ്യമില്ല
ആവശ്യമായ ജനിതക ഡാറ്റ ഫയലുകളുടെ സ്ഥാനങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കാൻ. അവരുടെ സ്ഥാനം കേന്ദ്രീകൃതമാണ്
ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിൽ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു (/etc/probabel_config.cfg സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി).
ഓപ്ഷനുകൾ
ആവശ്യമായ കമാൻഡ് വര ഓപ്ഷനുകൾ
CHROM-START
വിശകലനം ആരംഭിക്കുന്നതിനുള്ള ക്രോമസോമിന്റെ എണ്ണം.
ക്രോം-അവസാനം
വിശകലനം അവസാനിപ്പിക്കാനുള്ള ക്രോമസോമിന്റെ എണ്ണം.
ഒരൊറ്റ ക്രോമസോമിന്റെ വിശകലനം ഒരേ നമ്പർ വ്യക്തമാക്കിയുകൊണ്ട് പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുമെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
CHROM-START ഒപ്പം ക്രോം-സ്റ്റോപ്പ്. വാസ്തവത്തിൽ, X അല്ലെങ്കിൽ Y-യ്‌ക്കായുള്ള വിശകലനം പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള മാർഗമാണിത്
ക്രോമസോം
രീതി ഏത് റിഗ്രഷൻ രീതിയാണ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടത്, അവയിലൊന്ന് ആകാം രേഖീയമായ, ലോജിസ്റ്റിക്, or coxph.
COHORT ൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ കൂട്ടത്തിന്റെ പേര് /etc/probabel_config.cfg ഫയൽ. ഉപയോഗിച്ച്
കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിൽ നിന്നുള്ള കോഹോർട്ട് ഐഡന്റിഫയർ മൂന്ന് യഥാർത്ഥ പ്രോബബെൽ ബൈനറികൾക്ക് അറിയാം
ജനിതകരൂപത്തിലുള്ള വിവര ഫയലുകൾ എവിടെ കണ്ടെത്താം (ഡോസേജ് ഫയലുകൾ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ പ്രോബബിലിറ്റി
ഫയലുകൾ).
മോഡൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട ജനിതക മാതൃക. ഒന്നുകിൽ ആകാം --സങ്കലനം അഡിറ്റീവ് മോഡലിന്
(ഡോസേജ് രൂപത്തിൽ ജനിതക തരം ഡാറ്റ ആവശ്യമാണ്), അല്ലെങ്കിൽ --എല്ലാ മോഡലുകളും എല്ലാ ജനിതക മോഡലുകളും പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ:
സങ്കലനം, മാന്ദ്യം, ആധിപത്യം, അമിത ആധിപത്യം, 2df.
PHENOTYPE
ഫിനോടൈപ്പ് ഫയലിന്റെ പേര്, അതിന്റെ വിപുലീകരണമില്ലാതെ (അതായിരിക്കണം .പിഎച്ച്ഇ!).
മറ്റു ഓപ്ഷനുകൾ
മുമ്പത്തെ (നിർബന്ധിതം) ശേഷം ലിസ്റ്റുചെയ്തിരിക്കുന്ന എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളും അണ്ടർലയിങ്ങിലേക്ക് കൈമാറും
ബൈനറി: പാലിയാർ, പാലോജിസ്റ്റ് or pacoxph, അനുസരിച്ച് രീതി.
ഏറ്റവും സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഓപ്ഷൻ ആണ് -o ഓപ്ഷൻ, തുടർന്ന് ഒരു ഫയൽ നാമം, ഇത് വ്യക്തമാക്കുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾക്കുള്ള ഫയലിന്റെ പേരിന്റെ തുടക്കം.
അധികമായ ഓപ്ഷനുകൾ
-h, --സഹായിക്കൂ എങ്ങനെ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം എന്നതിനെക്കുറിച്ച് അധിക സഹായം നേടുക പ്രോബേബൽ. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ മറ്റൊന്നുമല്ല
ഓപ്ഷനുകൾ വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്.
ഉദാഹരണങ്ങൾ
ഇത് ലീനിയർ റിഗ്രഷനും അഡിറ്റീവ് ജനിതകവും ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ സ്കാൻ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നു
കൂട്ടത്തിൽ മാതൃക My_Large_Cohort ഫിനോടൈപ്പിനായി എന്റെ_ഫിനോടൈപ്പ്:
probabel 1 22 ലീനിയർ "My_Large_Cohort" --additive my_phenotype
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് probabel.pl ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
