പ്രതിഷേധം - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

പ്രതിഷേധം - പ്രോട്ടീൻ പരിണാമത്തിന്റെ ഏറ്റവും അനുയോജ്യമായ മോഡലുകളുടെ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് (തുടർച്ചയായ പതിപ്പ്)

സിനോപ്സിസ്

പ്രതിഷേധം -i alignm_file [ഓപ്‌ഷനുകൾ]

വിവരണം

മോഡൽ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പ്രോഗ്രാമാണ് പ്രോട്ടസ്റ്റ് (മോഡൽ ടെസ്റ്റിന്റെ ബന്ധു).
പ്രോട്ടീൻ പരിണാമം, നൽകിയിരിക്കുന്ന ശ്രേണികളുടെ (വിന്യാസം) ഏറ്റവും നന്നായി യോജിക്കുന്നു.
ഈ ജാവ പ്രോഗ്രാം Phyml പ്രോഗ്രാമിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ് (പരമാവധി സാധ്യതയ്ക്കായി
കണക്കുകൂട്ടലുകളും പാരാമീറ്ററുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷനും) കൂടാതെ PAL ലൈബ്രറി ഉപയോഗിക്കുന്നു
നന്നായി. ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്ന മോഡലുകൾ അനുഭവപരമായ സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മെട്രിക്സുകളാണ് (WAG പോലുള്ളവ,
LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam,
MtArt, HIVb, HIVw) അമിനോ ആസിഡിന്റെ ആപേക്ഷിക നിരക്കുകളെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
മാറ്റിസ്ഥാപിക്കൽ, കൂടാതെ നിർദ്ദിഷ്ട മെച്ചപ്പെടുത്തലുകൾ (+I:മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകൾ, +G: നിരക്ക്
സൈറ്റുകൾക്കിടയിലുള്ള വൈവിധ്യം, +F: നിരീക്ഷിച്ച അമിനോ ആസിഡ് ആവൃത്തി) വരെ
സംരക്ഷണം ഏർപ്പെടുത്തിയ പരിണാമ നിയന്ത്രണങ്ങൾ കണക്കിലെടുക്കുക
പ്രോട്ടീൻ ഘടനയും പ്രവർത്തനവും. ProtTest Akaike വിവരങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
മാനദണ്ഡവും (AIC) മറ്റ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളും (AICc, BIC) ഇവയിൽ ഏതാണ് കണ്ടെത്തുക
കാൻഡിഡേറ്റ് മോഡലുകൾ കൈയിലുള്ള ഡാറ്റയ്ക്ക് ഏറ്റവും അനുയോജ്യമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

-i അലൈൻമെന്റ്_ഫയലിന്റെ പേര്

അലൈൻമെന്റ് ഇൻപുട്ട് ഫയൽ (ആവശ്യമാണ്)

-t മരം_ഫയലിന്റെ പേര്

ട്രീ ഫയൽ (ഓപ്ഷണൽ) [ഡിഫോൾട്ട്: NJ ട്രീ]

-o ഔട്ട്പുട്ട്_ഫയലിന്റെ പേര്

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ (ഓപ്ഷണൽ) [ഡിഫോൾട്ട്: സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ട്]

-ലോഗ് പ്രാപ്തമാക്കി/അപ്രാപ്തമാക്കി

ലോഗ് ഡയറക്ടറിയിലേക്ക് PhyML ലോഗിംഗ് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു / പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു (prottest.properties കാണുക)

-[മാട്രിക്സ്]

മാട്രിക്സ് (അമിനോ ആസിഡ്) = JTT LG DCMut MtREV MtMam MtArt Dayhoff WAG RtREV ഉൾപ്പെടുത്തുക
CpREV Blosum62 VT HIVb HIVw FLU

നിങ്ങൾ ഒരു മാട്രിക്സും വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, മുകളിൽ പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന എല്ലാ മെട്രിക്സുകളും ഉൾപ്പെടുത്തും.

-I

മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ അനുപാതമുള്ള മോഡലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക

-G

സൈറ്റുകൾക്കിടയിലും വിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണത്തിലും നിരക്ക് വ്യത്യാസമുള്ള മോഡലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക

-ഐജി

+I, +G പ്രോപ്പർട്ടികൾ ഉള്ള മോഡലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക

-എല്ലാ വിതരണങ്ങളും

സൈറ്റുകൾക്കിടയിലുള്ള നിരക്ക് വ്യത്യാസവും വിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണവും രണ്ടും ഉള്ള മോഡലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക

-ncat എണ്ണം_ഓഫ്_വിഭാഗങ്ങൾ

+G, +I+G മോഡലുകൾക്കായുള്ള വിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണം നിർവ്വചിക്കുക [സ്ഥിരസ്ഥിതി: 4]

-F

അനുഭവപരമായ ആവൃത്തി കണക്കാക്കിയ മോഡലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക

-എഐസി

Akaike ഇൻഫർമേഷൻ ക്രൈറ്റീരിയൻ (AIC) പ്രകാരം തരംതിരിച്ച ഡിസ്പ്ലേ മോഡലുകൾ

-ബിഐസി

ബയേസിയൻ ഇൻഫർമേഷൻ ക്രൈറ്റീരിയൻ (BIC) പ്രകാരം തരംതിരിച്ച ഡിസ്പ്ലേ മോഡലുകൾ

-എഐസിസി

തിരുത്തിയ അകൈകെ ഇൻഫർമേഷൻ ക്രൈറ്റീരിയൻ (AICc) പ്രകാരം തരംതിരിച്ച ഡിസ്പ്ലേ മോഡലുകൾ

-ഡി.ടി

ഡിസിഷൻ തിയറി ക്രൈറ്റീരിയൻ പ്രകാരം അടുക്കിയ മോഡലുകൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-എല്ലാം

ഒരു 7-ഫ്രെയിംവർക്ക് താരതമ്യ പട്ടിക പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു

-S ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ_സ്ട്രാറ്റജി

ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ സ്ട്രാറ്റജി മോഡ്: [ഡിഫോൾട്ട്: 0]

0: സ്ഥിരമായ BIONJ JTT

1: BIONJ ട്രീ

2: പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള വൃക്ഷം

3: ഉപയോക്താവ് നിർവചിച്ച ടോപ്പോളജി

-s നീക്കുന്നു

ML തിരയലിനായുള്ള ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്പറേഷൻ: NNI (വേഗതയുള്ളത്), SPR (മന്ദഗതിയിലുള്ളത്), മികച്ചത് (മികച്ചത്
NNI, SPR) [ഡിഫോൾട്ട്: NNI]

-ടി 1

മികച്ച മോഡലിന്റെ ന്യൂക്ക് ട്രീ പ്രദർശിപ്പിക്കുക [സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്]

-ടി 2

മികച്ച മോഡലിന്റെ ASCII ട്രീ പ്രദർശിപ്പിക്കുക [സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്]

-ടിസി consensus_threshold

0.5 നും 1.0 നും ഇടയിൽ [0.5 =] നിശ്ചിത പരിധിയിൽ കൺസെൻസസ് ട്രീ പ്രദർശിപ്പിക്കുക
ഭൂരിപക്ഷ ഭരണ സമവായം ; 1.0 = കർശനമായ സമവായം]

- ത്രെഡുകൾ നമ്പർ_അല്ലെങ്കിൽ_ത്രെഡുകൾ

കണക്കാക്കാൻ അഭ്യർത്ഥിച്ച ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം (MPJ ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ മാത്രം) [സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1]

-വെർബോസ്

വെർബോസ് മോഡ് [സ്ഥിരസ്ഥിതി: തെറ്റ്]

ഉദാഹരണം

പ്രതിഷേധം -i alignm_file -t ട്രീ_ഫയൽ -S 0 -എല്ലാ വിതരണങ്ങളും -F -എഐസി -ബിഐസി -ടിസി 0.5 > ഔട്ട്പുട്ട്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ പ്രതിഷേധം ഉപയോഗിക്കുക