pymvpa2-searchlight - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

pymvpa2-searchlight - സഞ്ചരിക്കുന്ന ROI വിശകലനം

സിനോപ്സിസ്

pymvpa2 തിരയൽ വെളിച്ചം [--പതിപ്പ്] [-h] -i ഡാറ്റാസെറ്റ് [ഡാറ്റാസെറ്റ് ...] --പേലോഡ് പെയ്‌ലോഡ്
--അയൽക്കാർ സ്പെക്ക് [--nproc NPROC] [--multiproc-backend {native,hdf5}] [--അഗ്രഗേറ്റ്-എഫ്എക്സ്
AGGREGATE_FX] [--ds-preproc-fx DS_PREPROC_FX] [--enable-ca NAME [NAME ...]] [--disable-ca
NAME [NAME ...]] [--സ്കാറ്റർ-റോയിസ് സ്പെക്ക്] [--roi-attr ATTR/EXPR [ATTR/EXPR ...]] [--സിവി-
പഠിതാവ് CV_LEARNER] [--സിവി-ലേർണർ-സ്പേസ് CV_LEARNER_SPACE] [--cv-partitioner
CV_PARTITIONER] [--cv-errorfx CV_ERRORFX] [--cv-avg-datafold-ഫലങ്ങൾ] [--സിവി-ബാലൻസ്-
പരിശീലനം CV_BALANCE_TRAINING] [--സിവി-സാമ്പിൾ-ആവർത്തനങ്ങൾ CV_SAMPLING_REPETITIONS] [--സിവി-
ക്രമമാറ്റം CV_PERMUTATIONS] [--cv-prob-tail {ഇടത് വലത്}] -o ഔട്ട്പ് [--hdf5-കംപ്രഷൻ
തരം]

വിവരണം

ട്രാവലിംഗ് ROI വിശകലനം

ഓപ്ഷനുകൾ

--പതിപ്പ്
പ്രോഗ്രാമിന്റെ പതിപ്പും ലൈസൻസ് വിവരങ്ങളും കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-h, --സഹായിക്കൂ, --help-np
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക. --help-np ഒരു പേജറിന്റെ ഉപയോഗം ബലമായി പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു
സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിന്.

-i ഡാറ്റാസെറ്റ് [ഡാറ്റസെറ്റ് ...], --ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റ് [ഡാറ്റസെറ്റ് ...]
ഒന്നോ അതിലധികമോ PyMVPA ഡാറ്റാസെറ്റ് ഫയലുകളിലേക്കുള്ള പാത(കൾ). എല്ലാ ഡാറ്റാസെറ്റുകളും a-യിലേക്ക് ലയിപ്പിക്കും
സ്പെസിഫിക്കേഷന്റെ ക്രമത്തിൽ ഒറ്റ ഡാറ്റാസെറ്റ് (vstack'ed). ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ ഈ ഓപ്ഷൻ ഉണ്ടാകാം
ഒന്നിലധികം, എന്നാൽ പ്രത്യേകം, ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ ആണെങ്കിൽ ഒന്നിലധികം തവണ വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്
ആവശ്യമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി തിരയൽ വെളിച്ചം സജ്ജമാക്കുക:
--പേലോഡ് പെയ്‌ലോഡ്
ഒരു സെർച്ച്ലൈറ്റ് ഫാഷനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഒരു പ്രത്യേക വിശകലന തരം തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ മാറുക
ഡാറ്റാഗണം. ചോയിസിനെ ആശ്രയിച്ച്, അനുബന്ധ വിശകലന സജ്ജീകരണ ഓപ്ഷനുകൾ
വിലയിരുത്തി. 'cv' ഒരു ക്രോസ്-വാലിഡേഷൻ വിശകലനം കണക്കാക്കുന്നു. മറ്റൊരുതരത്തിൽ, വാദം
ഈ ഓപ്‌ഷനിലേക്ക് ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത അളവ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു സ്‌ക്രിപ്റ്റ് ഫയൽനാമവും ആകാം
അത് പിന്നീട് ഒരു സെർച്ച് ലൈറ്റായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

--അയൽക്കാർ സ്പെക്ക്
ഒരു കേന്ദ്രം/വിത്ത് ലൊക്കേഷനുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് ഒരു ROI-യുടെ വലുപ്പവും രൂപവും നിർവ്വചിക്കുക. അത് അങ്ങിനെയെങ്കിൽ
ഒറ്റ പൂർണ്ണസംഖ്യ സംഖ്യ നൽകിയിരിക്കുന്നു, അത് ആരമായി വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടുന്നു (ഗ്രിഡിന്റെ എണ്ണത്തിൽ
മൂലകങ്ങൾ) ഒരു വിത്ത് സ്ഥലത്തിന് ചുറ്റും. സവിശേഷതകൾക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ടായി ഗ്രിഡ് കോർഡിനേറ്റുകളാണ്
ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റിലെ 'voxel_indices' ഫീച്ചർ ആട്രിബ്യൂട്ടിൽ നിന്ന് എടുത്തതാണ്. കോർഡിനേറ്റുകളാണെങ്കിൽ
വ്യത്യസ്‌ത ആട്രിബ്യൂട്ടിൽ നിന്നാണ് എടുക്കുന്നത്, റേഡിയസ് മൂല്യം പ്രിഫിക്‌സ് ചെയ്യാം
ആട്രിബ്യൂട്ടിന്റെ പേര്, അതായത് 'altcoords:2'. ഗോളങ്ങൾ ഒഴികെയുള്ള ROI ആകൃതികൾക്കായി (കൂടെ
സാധ്യതയുള്ള അധിക പാരാമീറ്ററുകൾ), ആകൃതിയുടെ പേരും സൂചിപ്പിക്കാം, അതായത്
'voxel_indices:HollowSphere:3:2'. അയൽപക്കത്തുള്ള എല്ലാ വസ്തുക്കളും
mvpa2.misc.neighborhood മൊഡ്യൂൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു. ഇഷ്‌ടാനുസൃത ROI രൂപങ്ങൾക്കും ഇത് ഉണ്ട്
ഒരു സ്ക്രിപ്റ്റ് ഫയൽനാമം അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ആട്രിബ്യൂട്ട് നാമവും സ്ക്രിപ്റ്റ് ഫയൽനാമവും കൈമാറാൻ സാധ്യമാണ്
കോമ്പിനേഷൻ, അതായത് 'voxel_indices:myownshape.py' (വിപുലമായത്). അത് സാധ്യമാണ്
മൾട്ടി-സ്പേസ് ROI രൂപങ്ങൾ നിർവചിക്കുന്നതിന് ഈ ഓപ്ഷൻ ഒന്നിലധികം തവണ വ്യക്തമാക്കുക, ഉദാ,
സ്പേഷ്യോ ടെമ്പറൽ സെർച്ച്ലൈറ്റുകൾ.

--nproc NPROC
കമ്പ്യൂട്ടിംഗിനായി നിർദ്ദിഷ്ട നമ്പർ അല്ലെങ്കിൽ തൊഴിലാളി പ്രക്രിയകൾ ഉപയോഗിക്കുക.

--multiproc-backend {native,hdf5}
ഒരു പ്രോസസ്സിംഗ് ബ്ലോക്കിൽ നിന്ന് ഫലങ്ങൾ തിരികെ നൽകുന്ന രീതി വ്യക്തമാക്കുന്നു
--nproc > 1. 'നേറ്റീവ്' എന്നത് ഫലങ്ങളുടെ അച്ചാർ/അച്ചെടുക്കൽ ആണ്, അതേസമയം 'hdf5' HDF5 ഉപയോഗിക്കുന്നു
അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഫയൽ സംഭരണം. 'hdf5' ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ കൂടുതൽ സമയവും മെമ്മറിയും കാര്യക്ഷമമായേക്കാം.

--അഗ്രഗേറ്റ്-എഫ്എക്സ് AGGREGATE_FX
സെർച്ച്‌ലൈറ്റിനായി ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത ഫല സമാഹരണ ഫംഗ്‌ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക

--ds-preproc-fx DS_PREPROC_FX
ഡാറ്റ ലോഡുചെയ്‌ത ഉടൻ തന്നെ ഇഷ്‌ടാനുസൃത പ്രീപ്രോസസിംഗ് ഫംഗ്‌ഷൻ പ്രയോഗിക്കും

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി സോപാധിക ഗുണവിശേഷങ്ങൾ:
--enable-ca NAME [NAME ...]
പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കേണ്ട സോപാധിക ആട്രിബ്യൂട്ടുകളുടെ ലിസ്റ്റ്

--disable-ca NAME [NAME ...]
പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കേണ്ട സോപാധിക ആട്രിബ്യൂട്ടുകളുടെ ലിസ്റ്റ്

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു The സെർച്ച്ലൈറ്റ്:
--സ്കാറ്റർ-റോയിസ് സ്പെക്ക്
ലഭ്യമായ സ്ഥലത്ത് ഉടനീളം ROI ലൊക്കേഷനുകൾ വിതറുക. ഇതിനെ പിന്തുണയ്ക്കുന്ന വാദങ്ങൾ
ഓപ്ഷൻ സമാനമാണ് --അയൽക്കാർ. ROI ലൊക്കേഷനുകൾ ക്രമരഹിതമായി തിരഞ്ഞെടുത്തു
സാധ്യമായ എല്ലാ സ്ഥലങ്ങളിൽ നിന്നും കേന്ദ്രം കോർഡിനേറ്റ് ചെയ്യുന്ന നിയന്ത്രണത്തോടെ
ROI അയൽപക്കത്തിനുള്ളിൽ അല്ല (ഈ ഓപ്ഷന്റെ ആർഗ്യുമെന്റ് നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ) a
രണ്ടാമത്തെ ROI. അയൽപക്കത്തിന്റെ വലിപ്പം വർധിപ്പിക്കുന്നതിനാൽ അത് വർദ്ധിക്കുന്നു
സാമ്പിളിന്റെ ദൗർലഭ്യം.

--roi-attr ATTR/EXPR [ATTR/EXPR ...]
പൂജ്യമല്ലാത്ത മൂല്യങ്ങൾ സാധ്യമായ ROI നിർവചിക്കുന്ന ഒരു സവിശേഷത ആട്രിബ്യൂട്ടിന്റെ പേര്
വിത്തുകൾ/കേന്ദ്രങ്ങൾ. പകരമായി, ഇത് പോലെയുള്ള ഒരു പദപ്രയോഗവും ആകാം: parcellation_roi
eq 16 (ഏത് എക്സ്പ്രഷനുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു എന്ന വിവരത്തെക്കുറിച്ചുള്ള 'തിരഞ്ഞെടുക്കുക' കമാൻഡ് കാണുക).

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ക്രോസ് വാലിഡേഷൻ സജ്ജമാക്കുക:
--സിവി-പഠിതാവ് CV_LEARNER
ഒരു പഠിതാവിനെ (പരിശീലിപ്പിക്കാവുന്ന നോഡ്) അതിന്റെ വിവരണത്തിലൂടെ പഠിതാവിന്റെ വെയർഹൗസിൽ തിരഞ്ഞെടുക്കുക (കാണുക
ഒരു ലിസ്റ്റിംഗിനുള്ള 'info' കമാൻഡ്), കോളൻ-വേർതിരിക്കപ്പെട്ട കഴിവുകളുടെ ലിസ്റ്റ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഫയൽ
ഒരു പൈത്തൺ സ്ക്രിപ്റ്റിലേക്കുള്ള പാത, അത് ഒരു ക്ലാസിഫയർ ഉദാഹരണം സൃഷ്ടിക്കുന്നു (വിപുലമായത്).

--സിവി-ലേർണർ-സ്പേസ് CV_LEARNER_SPACE
ഒരു പഠിതാവ് പഠിക്കേണ്ട മാതൃകയെ നിർവചിക്കുന്ന ഒരു സാമ്പിൾ ആട്രിബ്യൂട്ടിന്റെ പേര്. എഴുതിയത്
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ഇത് 'ടാർഗെറ്റുകൾ' എന്ന് പേരുള്ള ഒരു ആട്രിബ്യൂട്ടാണ്.

--cv-partitioner CV_PARTITIONER
ഒരു ഡാറ്റ ഫോൾഡിംഗ് സ്കീം തിരഞ്ഞെടുക്കുക. പിന്തുണയ്ക്കുന്ന വാദങ്ങൾ ഇവയാണ്: സ്പ്ലിറ്റ്-ഹാഫ് എന്നതിന് 'ഹാഫ്'
വിഭജനം, ഒറ്റ ഇരട്ട ഭാഗങ്ങളായി വിഭജിക്കുന്നതിന് 'ഒഡിവൻ', 'ഗ്രൂപ്പ്-എക്സ്' എവിടെയാണ്
X ഗ്രൂപ്പുകളിൽ പാർട്ടീഷൻ ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഏതെങ്കിലും പോസിറ്റീവ് പൂർണ്ണസംഖ്യ X ആകാം, X ആയിരിക്കാവുന്നിടത്ത് 'nX'
ലീവ്-എക്സ്-ചങ്ക്സ് ഔട്ട് പാർട്ടീഷനിംഗിനുള്ള ഏതെങ്കിലും പോസിറ്റീവ് പൂർണ്ണസംഖ്യ. ഡിഫോൾട്ട് പാർട്ടീഷനറുകൾ വഴി
ഒരു 'ചങ്ക്‌സ്' സാമ്പിൾ ആട്രിബ്യൂട്ട് ഉപയോഗിച്ച് നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന ഡാറ്റാസെറ്റ് ചങ്കുകളിൽ പ്രവർത്തിക്കുക. പേര്
"ചങ്കിംഗ്" ആട്രിബ്യൂട്ടിന്റെ കോളണും അതിന്റെ പേരും ചേർത്ത് മാറ്റാവുന്നതാണ്
ആട്രിബ്യൂട്ട് (ഉദാ: 'oddeven:run'). ഓപ്ഷണലായി ഈ ഓപ്‌ഷനിലേക്കുള്ള ഒരു വാദവും ആകാം
ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത പാർട്ടീഷനർ ഇൻസ്റ്റൻസ് സൃഷ്‌ടിക്കുന്ന ഒരു പൈത്തൺ സ്‌ക്രിപ്‌റ്റിലേക്കുള്ള ഒരു ഫയൽ പാത
(വിപുലമായത്).

--cv-errorfx CV_ERRORFX
ഓരോന്നിന്റെയും ലക്ഷ്യങ്ങളിലും പ്രവചനങ്ങളിലും പ്രയോഗിക്കേണ്ട പിശക് പ്രവർത്തനം
ക്രോസ്-വാലിഡേഷൻ ഡാറ്റ ഫോൾഡ്. ഇത് ഏതെങ്കിലും പിശക് പ്രവർത്തനത്തിന്റെ പേരായിരിക്കാം
PyMVPA-യുടെ mvpa2.misc.errorfx മൊഡ്യൂൾ, അല്ലെങ്കിൽ സൃഷ്ടിക്കുന്ന പൈത്തൺ സ്ക്രിപ്റ്റിലേക്കുള്ള ഒരു ഫയൽ പാത്ത്
ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത പിശക് പ്രവർത്തനം (വിപുലമായത്).

--cv-avg-datafold-ഫലങ്ങൾ
പാർട്ടീഷനർ സൃഷ്ടിച്ച ഡാറ്റ ഫോൾഡുകളിലുടനീളം ശരാശരി ഫല മൂല്യങ്ങൾ. ഉദാഹരണത്തിന്
ഒരു ക്രോസ്വാലിഡേഷൻ നടപടിക്രമത്തിന്റെ എല്ലാ ഫോൾഡുകളിലും ഒരു ശരാശരി പ്രവചന പിശക് കണക്കാക്കാൻ.

--സിവി-ബാലൻസ്-ട്രെയിനിംഗ് CV_BALANCE_TRAINING
പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയാൽ, ഓരോ ഡാറ്റ ഫോൾഡിലും പരിശീലന സാമ്പിളുകൾ ബാലൻസ് ചെയ്യപ്പെടും. കീവേഡ് ആണെങ്കിൽ
ഓരോ അദ്വിതീയത്തിനും തുല്യമായ ക്രമരഹിത സാമ്പിളുകൾ ആർഗ്യുമെന്റായി 'തുല്യം' നൽകിയിരിക്കുന്നു
ടാർഗെറ്റ് മൂല്യം തിരഞ്ഞെടുത്തു. ഓരോ വിഭാഗത്തിനും സാമ്പിളുകളുടെ എണ്ണം നിർണ്ണയിക്കുന്നത്
ബന്ധപ്പെട്ട പരിശീലന സെറ്റിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സാമ്പിളുകളുള്ള വിഭാഗം. എ
പൂർണ്ണസംഖ്യ ആർഗ്യുമെന്റ് ഓരോ വിഭാഗത്തിനും അനുയോജ്യമായ സാമ്പിളുകളുടെ എണ്ണം ഉണ്ടാക്കും
ക്രമരഹിതമായി തിരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടും. ഒരു ഫ്ലോട്ടിംഗ് പോയിന്റ് നമ്പർ ആർഗ്യുമെന്റ് (ഇടവേള [0,1]) സൂചിപ്പിക്കുന്നു
ലഭ്യമായ സാമ്പിളുകളുടെ എത്ര ഭാഗം തിരഞ്ഞെടുക്കും.

--സിവി-സാമ്പിൾ-ആവർത്തനങ്ങൾ CV_SAMPLING_REPETITIONS
പരിശീലന സെറ്റ് ബാലൻസിംഗ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, എത്ര തവണ ക്രമരഹിതമായ സാമ്പിൾ തിരഞ്ഞെടുക്കണം
ഓരോ ഡാറ്റ ഫോൾഡിനും വേണ്ടി നടപ്പിലാക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1

--സിവി-ക്രമമാറ്റങ്ങൾ CV_PERMUTATIONS
ഒരു H0 കണക്കാക്കാൻ മോണ്ടെ-കാർലോ പെർമ്യൂട്ടേഷൻ റണ്ണുകളുടെ എണ്ണം കണക്കാക്കണം
എല്ലാ ക്രോസ്വാലിഡേഷൻ ഫലങ്ങൾക്കും വിതരണം. ഈ ഓപ്‌ഷൻ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കും
ഫല സംഗ്രഹത്തിലും ഔട്ട്‌പുട്ടിലും ലഭ്യമായ പി-മൂല്യങ്ങളുടെ റിപ്പോർട്ടുകൾ.

--cv-prob-tail {ഇടത് വലത്}
മൂല്യനിർണ്ണയം നടത്തുമ്പോൾ p-മൂല്യം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യേണ്ട പ്രോബബിലിറ്റി ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷന്റെ ഏത് വാലിലാണ്
ക്രമപ്പെടുത്തൽ പരിശോധന ഫലങ്ങൾ. ഉദാഹരണത്തിന്, ഒരു ക്രോസ്-വാലിഡേഷൻ കമ്പ്യൂട്ടിംഗ് അർത്ഥമാക്കുന്നത് പ്രവചനമാണ്
ഒറ്റ-വശങ്ങളുള്ള ടെസ്റ്റിനായി ലെഫ്റ്റ്-ടെയിൽ പി-വാല്യൂ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തേക്കാവുന്ന പിശക്.

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
-o ഔട്ട്പുട്ട്, --ഔട്ട്പുട്ട് ഔട്ട്പ്
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമം (ആവശ്യമെങ്കിൽ '.hdf5' വിപുലീകരണം സ്വയമേവ ചേർക്കും). ശ്രദ്ധിക്കുക: ദി
PyMVPA കമാൻഡുകൾ തമ്മിലുള്ള ഡാറ്റാ കൈമാറ്റത്തിന് ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് അനുയോജ്യമാണ്, പക്ഷേ അങ്ങനെയല്ല
അതിന്റെ നിർദ്ദിഷ്ട ഉള്ളടക്കം വ്യത്യാസപ്പെടാം എന്നതിനാൽ ദീർഘകാല സംഭരണത്തിനോ വിനിമയത്തിനോ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
യഥാർത്ഥ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ പരിതസ്ഥിതിയെ ആശ്രയിച്ച്. ദീർഘകാല സംഭരണത്തിനായി പരിഗണിക്കുക
മറ്റ് ഡാറ്റ ഫോർമാറ്റുകളിലേക്കുള്ള പരിവർത്തനം ('dump' കമാൻഡ് കാണുക).

--hdf5-കംപ്രഷൻ തരം
HDF5 സംഭരണത്തിനുള്ള കംപ്രഷൻ തരം. ലഭ്യമായ മൂല്യങ്ങൾ നിർദ്ദിഷ്ട HDF5-നെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു
ഇൻസ്റ്റലേഷൻ. സാധാരണ മൂല്യങ്ങൾ ഇവയാണ്: 'gzip', 'lzf', 'szip', അല്ലെങ്കിൽ 1 മുതൽ 9 വരെയുള്ള പൂർണ്ണസംഖ്യകൾ
gzip കംപ്രഷൻ ലെവലുകൾ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് pymvpa2-searchlight ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക