quiver - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

quiver - പസഫിക് ബയോസയൻസസ് ഡാറ്റയ്‌ക്കായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌ത ജീനോമിക് കൺസെൻസസ് കോളർ

വിവരണം

ആവനാഴി ഒന്നിലധികം PacBio റീഡുകളിൽ നിന്ന് വളരെ കൃത്യമായ സമവായം വിളിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു അൽഗോരിതം ആണ്,
ഒരു ജോടി-HMM ഉപയോഗിച്ച് ബേസ്കോളുകളും ക്യുവി മെട്രിക്സും ഉപയോഗിച്ച് യഥാർത്ഥ അടിസ്ഥാനം അനുമാനിക്കുന്നു
DNA ക്രമം.

ഡാറ്റ ഫയല് ആവശ്യകതകൾ
ഏറ്റവും കൃത്യമായ സമവായ കോളുകൾ സാധ്യമാക്കാൻ, ക്വിവർ ഒരു ബാറ്ററി ഉപയോഗിക്കുന്നു
ബേസ്കോളർ കണക്കാക്കിയ ഗുണനിലവാര മൂല്യ മെട്രിക്സ്. നിങ്ങൾ ഒരു SMRTportal ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ
ഇൻസ്റ്റലേഷൻ പതിപ്പ് 1.4 അല്ലെങ്കിൽ അതിനുശേഷമുള്ളത്, തുടർന്ന് SMRTportal എല്ലാ വിവരങ്ങളും Quiver ലോഡ് ചെയ്യും
ആവശ്യകതകൾ, അതിനാൽ നിങ്ങൾക്ക് ഈ വിഭാഗത്തിന്റെ ബാക്കി ഭാഗം ഒഴിവാക്കാം.

SMRTportal പതിപ്പുകൾ 1.3.3-ലും അതിനുമുമ്പും, ഡിഫോൾട്ടായി ഈ ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളുടെ ഒരു ഉപവിഭാഗം മാത്രം
ൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു .cmp.h5 SMRTanalysis നിർമ്മിച്ച ഫയലുകൾ. ഒരു ലഭിക്കാൻ .cmp.h5 എല്ലാ
ക്യുവികൾ ലോഡുചെയ്‌തു, നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട് RS_Mapping_QV-കൾ ഒരു സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രോട്ടോക്കോൾ cmp.h5 എന്നതിനായുള്ള ഫയൽ
ആവനാഴി.

നിങ്ങൾ SMRTportal/SMRTanalysis 1.3.3-നേക്കാൾ പഴയ പതിപ്പാണ് ഉപയോഗിക്കുന്നതെങ്കിൽ, അപ്‌ഗ്രേഡ് ചെയ്യുക.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

പ്രവർത്തിക്കുന്ന ആവനാഴി
ഉദാഹരണത്തിന്,

$ quiver -j8 aligned_reads.bam \
> -r path/to/lambda.fasta \
> -o variants.gff -o consensus.fasta

Quiver പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് 8 CPU-കൾ ഉപയോഗിക്കും aligned_reads.bam, സമവായ ക്രമം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു ഒപ്പം
വേരിയന്റുകൾ.

നിങ്ങൾ ഒരു cmp.h5 ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുകയും അത് ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക RS_Mapping_QV-കൾ പ്രോട്ടോക്കോൾ
ആ ഫയൽ ജനറേറ്റ് ചെയ്യുക---അല്ലെങ്കിൽ ഉറവിട bas.h5 ഫയൽ സൃഷ്ടിച്ചത് പ്രീ-1.3.1 ഇൻസ്ട്രുമെന്റ് ആണെങ്കിൽ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ--- ഒപ്റ്റിമലിന് ആവശ്യമായ ക്യുവി മെട്രിക്സിന്റെ മുഴുവൻ ബാറ്ററിയും cmp.h5-ൽ അടങ്ങിയിരിക്കില്ല
ക്വിവർ കൃത്യത. കമാൻഡ് ഇപ്പോഴും പ്രവർത്തിക്കും, പക്ഷേ അത് മുന്നറിയിപ്പ് നൽകും
കൃത്യത ഉപയുക്തമായിരിക്കും.

പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക ആവനാഴി on ഒന്നിലധികം ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ
ഒരു FOFN-ലെ (ഫയൽ നാമങ്ങളുടെ ഫയൽ) ഒന്നിലധികം അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾ ഒറ്റയ്‌ക്ക് എതിരായി ചലിപ്പിക്കാനാകും
റഫറൻസ് (ജീനോമിക് കൺസെൻസസ് >= 1.1.0).

ഒരു ഉദാഹരണ ഇൻപുട്ട് FOFN:

$ cat aligned_reads.fofn
/path/to/reads1.bam
/path/to/reads2.bam

ഒരു റീഡ് ഫയലിന് പകരം ഉപയോഗിക്കാം:

$ quiver -j8 aligned_reads.fofn \
> -r path/to/lambda.fasta \
> -o variants.gff -o consensus.fasta

DataSet XML ഫയലുകൾക്കൊപ്പവും Quiver ഉപയോഗിക്കാം. പുതിയത് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾക്ക് pbcore കാണുക
നിങ്ങളുടെ അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾക്കായി DataSet XML ഫയലുകൾ.

വളരെ കൃത്യതയുള്ളത് നിയമസഭാ സമവായമുണ്ടാക്കുക
ക്വിവർ ജീനോം അസംബ്ലികളിൽ സമവായ കൃത്യതകൾ പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
Q60 കവിയുന്നു (ഒരു ദശലക്ഷം ബേസുകളിൽ ഒരു പിശക്). നിങ്ങൾ HGAP അസംബ്ലി പ്രോട്ടോക്കോൾ ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ
SMRTportal 2.0 അല്ലെങ്കിൽ അതിനുശേഷമുള്ളത്, അവസാന "അസംബ്ലി പോളിഷിംഗ്" ഘട്ടമായി Quiver സ്വയമേവ പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് quiver ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക