rastep - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

rastep - (Raster3D തെർമൽ എലിപ്‌സോയിഡ് പ്രോഗ്രാം)

സിനോപ്സിസ്

rastep [-h] [-iso] [-Bcolor ബിമിൻ ബിമാക്സ്] [-പ്രോബ് പ്ലെവൽ] [ഫാൻസി[0-3]] [-ആരം R] <
infile.pdb > ellipsoids.r3d

rastep -പട്ടിക [ടേബിൾ] [-by_atomtype] [-com [comtabfile]] < infile.pdb >
statistics.text

റാസ്റ്റെപ്പ് ഒരു PDB കോർഡിനേറ്റ് ഫയൽ വായിക്കുന്നു. ഈ ഫയലിൽ വിവരിക്കുന്ന ANISOU റെക്കോർഡുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കണം
ആറ്റങ്ങൾ അനിസോട്രോപ്പിക്കൽ ശുദ്ധീകരിച്ചു. റാസ്റ്റെപ്പ് ഒന്നുകിൽ Raster3D-യ്‌ക്കായി ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കാനാകും
പ്രോഗ്രാം റെൻഡർ ചെയ്യുക അല്ലെങ്കിൽ വിവിധ ആറ്റോമിക് അനിസോട്രോപ്പിയുടെ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ വിശകലനം നടത്തുക
ഇൻപുട്ട് ആറ്റങ്ങളുടെ ക്ലാസുകൾ. ഡിഫോൾട്ടായി പ്രോഗ്രാം ഒരു ellipsoid+stick രംഗം സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ഓരോ ആറ്റവും ഒരു ഐസോസർഫേസ് ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഒരു ദീർഘവൃത്താകൃതിയാൽ പ്രതിനിധീകരിക്കപ്പെടുന്ന വിവരണം
പ്രോബബിലിറ്റി ഡെൻസിറ്റി ഫംഗ്‌ഷൻ. ഇവ സാധാരണയായി തെർമൽ എലിപ്‌സോയിഡുകൾ എന്നറിയപ്പെടുന്നു.

പ്രോഗ്രാം ഒരു ഇതര മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം, അതിൽ -tabulate ഓപ്ഷൻ നിയന്ത്രിക്കുന്നു
stdout-ലേക്കുള്ള പ്രാഥമിക ഔട്ട്‌പുട്ട് Uij മാട്രിക്‌സിന്റെ Eigenvalues-ന്റെ ഒരു പട്ടികയാണ്, തുടർന്ന്
ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ ഓരോ ആറ്റത്തിനും അനുബന്ധമായ ആറ്റോമിക് അനിസോട്രോപ്പിയും ഐസോട്രോപിക് യുഇകെയും
ഒരു ATOM റെക്കോർഡും പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ANISOU റെക്കോർഡും. ഈ മോഡ് ഉപയോഗിക്കുന്നത്
സാധൂകരണ ഉപകരണങ്ങൾ പാർവതിയും സ്കിറ്റിൽസും.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

50% പ്രോബബിലിറ്റി ലെവലിൽ, ഡിഫോൾട്ട് CPK നിറങ്ങളോടെ, തെർമൽ എലിപ്‌സോയിഡുകളെ വിവരിക്കാൻ, കൂടാതെ
ഒരു PNG ഫയലിലേക്ക് ഉടനടി റെൻഡർ ചെയ്യുന്നതിന് ഇത് അയയ്ക്കുക

rastep < infile.pdb | റെൻഡർ -png picture.png

ബിസോ വർണ്ണിച്ച അതേ ദീർഘവൃത്തങ്ങളെ വിവരിക്കാൻ, ഹെഡർ റെക്കോർഡുകൾ ഒഴിവാക്കി
തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന ഇൻപുട്ട് ഫയൽ മറ്റ് സീൻ ഘടകങ്ങളുമായി ലയിപ്പിക്കാം

rastep -h -Bcolor 10. 30. < infile.pdb > ellipsoids.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d otherstuff.r3d | റെൻഡർ > picture.png

ഓപ്ഷനുകൾ

-ഓട്ടോ

വ്യൂവിംഗ് ആംഗിളിന്റെ സ്വയമേവ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ, കാഴ്ചയ്‌ക്കൊപ്പം ആറ്റങ്ങളുടെ വ്യാപനം കുറയ്ക്കുന്നതിന് തിരഞ്ഞെടുത്തു
സംവിധാനം.

-Bcolor ബിമിൻ ബിമാക്സ്

ഇൻപുട്ടിനോ ഡിഫോൾട്ടിനോ എതിരായി ATOM റെക്കോർഡുകൾ കണക്കാക്കുന്നതിനുപകരം ബി മൂല്യങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി നിറങ്ങൾ നൽകുക
COLOR റെക്കോർഡുകൾ. B <= Bmin ഉള്ള ആറ്റങ്ങൾ കടും നീല നിറമായിരിക്കും; B >= Bmax ഉള്ള ആറ്റങ്ങൾ
ഇളം ചുവപ്പ് നിറമായിരിക്കും; Bmin < B < Bmax ഉള്ള ആറ്റങ്ങൾക്ക് സുഗമമായി ഷേഡിംഗ് നിറങ്ങൾ നൽകും
നീല മുതൽ ചുവപ്പ് വരെയുള്ള സ്പെക്ട്രം വഴി.

ഫാൻസി[0-6]

ദി - ഫാൻസി റെൻഡർ ചെയ്ത എലിപ്‌സോയിഡുകളുടെ സങ്കീർണ്ണമായ പ്രതിനിധാനങ്ങൾ ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.
-fancy0 [default] = ഖര പ്രതലം
-fancy1 = എലിപ്‌സോയിഡിന്റെ പ്രധാന അക്ഷങ്ങൾ, സുതാര്യമായ ബൗണ്ടിംഗ് ഉപരിതലം
-fancy2 = ദീർഘവൃത്താകൃതിയിലുള്ള വർണ്ണ മധ്യരേഖാ തലങ്ങൾ
-fancy3 = സുതാര്യമായ അതിർത്തി പ്രതലമുള്ള നിറമുള്ള മധ്യരേഖാ തലങ്ങൾ
-fancy4 = നീളമേറിയ തത്വ അക്ഷം അടങ്ങുന്ന സുതാര്യമായ ബൗണ്ടിംഗ് ഉപരിതലം
-fancy5 = ORTEP പ്രേമികൾക്ക്, ഒരു ഒക്‌റ്റന്റ് വിട്ടുപോയ സോളിഡ് എലിപ്‌സോയിഡ്
-fancy6 = നഷ്‌ടമായ ഒക്‌റ്റന്റ് ഒരു പ്രത്യേക നിറത്തിൽ ആഗ്രഹിക്കുന്ന ORTEP പ്രേമികൾക്ക്

-h

ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഹെഡർ റെക്കോർഡുകൾ അടിച്ചമർത്തുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി rastep ഒരു ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ നിർമ്മിക്കും
സ്കെയിലിംഗ്, പ്രോസസ്സിംഗ് ഓപ്ഷനുകളുടെ ഡിഫോൾട്ട് സെറ്റ് അടങ്ങിയ ഹെഡർ റെക്കോർഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് ആരംഭിക്കുന്നു.
ദി -h ഫ്ലാഗ് ഈ ഹെഡർ റെക്കോർഡുകളെ അടിച്ചമർത്തും. ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിന് ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒരു സീനിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രം വിവരിക്കുന്നതും പിന്നീട് ഡിസ്ക്രിപ്റ്ററുമായി സംയോജിപ്പിക്കേണ്ടതുമാണ്
മറ്റ് പ്രോഗ്രാമുകൾ നിർമ്മിക്കുന്ന ഫയലുകൾ.

-iso

ഫോഴ്സ് ഐസോട്രോപിക് പ്രോബബിലിറ്റി പ്രതലങ്ങൾ (ഗോളങ്ങൾ). ഡിഫോൾട്ടായി റാസ്റ്റെപ്പ് ANISOU-നായി തിരയും
PDB ഫയലിൽ രേഖപ്പെടുത്തുകയും എലിപ്‌സോയിഡുകൾ സൃഷ്ടിക്കാൻ ഇവ ഉപയോഗിക്കുക. ANISOU റെക്കോർഡ് ഇല്ലെങ്കിൽ
തന്നിരിക്കുന്ന ഒരു ആറ്റത്തിന്, ATOM/HETATM റെക്കോർഡിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന B മൂല്യം ഉപയോഗിക്കും
പകരം ഒരു ഗോളം സൃഷ്ടിക്കുക. തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നത് -iso ഓപ്ഷൻ B ഉപയോഗിക്കാൻ പ്രോഗ്രാമിനെ നിർബന്ധിക്കും
ഒരു ANISOU റെക്കോർഡ് ഉണ്ടെങ്കിൽ പോലും ATOM റെക്കോർഡിലെ മൂല്യം.

-മിനി

യാന്ത്രിക-ഓറിയന്റേഷനും (-ഓട്ടോയിൽ ഉള്ളതുപോലെ) ചെറിയ വലിപ്പത്തിലുള്ള പ്ലോട്ടും (176x208).

- നോഹൈഡ്രജൻ

PDB ഫയലിൽ ഉണ്ടെങ്കിൽ പോലും ഹൈഡ്രജൻ പ്ലോട്ട് ചെയ്യരുത്.

-പ്രോബ് പ്ലെവൽ

ഡിഫോൾട്ടായി, സാന്ദ്രതയിൽ 50% പ്രോബബിലിറ്റി ലെവൽ ഉൾപ്പെടുത്താൻ ഐസോസർഫേസുകൾ വരയ്ക്കുന്നു.
ANISOU റെക്കോർഡിലെ Uij മൂല്യങ്ങൾ വിവരിച്ച പ്രവർത്തനം. ദി -പ്രോബ് ഓപ്ഷൻ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
പകരം മറ്റൊരു പ്രോബബിലിറ്റി ലെവൽ തിരഞ്ഞെടുക്കുക. 0 < Plevel < 1 ആണെങ്കിൽ ഈ മൂല്യം വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടുന്നു
ഒരു ഭിന്നസംഖ്യയായി; Plevel > 1 ആണെങ്കിൽ ഈ മൂല്യം ശതമാനമായി വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടുന്നു.

-ആരം R

ഡിഫോൾട്ടായി, അയൽ ആറ്റങ്ങൾക്കിടയിൽ 0.10A റേഡിയസ് ഉള്ള ബോണ്ടുകൾ റാസ്റ്റെപ്പ് വരയ്ക്കുന്നു.
തണ്ടുകളായി അൽഗോരിതം. ബോണ്ടുകളുടെ ആരം മാറ്റാൻ ഈ ഓപ്ഷൻ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു. ആരം ആണെങ്കിൽ
0 ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.

-പട്ടിക [ടേബിൾ]

-ടാബുലേറ്റ് ഓപ്ഷൻ പ്രോഗ്രാം ശേഖരിക്കാനും സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്സ് പ്രിന്റ് ചെയ്യാനും അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
ഒരു ഇൻപുട്ട് നിർമ്മിക്കുന്നതിനുപകരം ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ ആറ്റങ്ങൾക്കിടയിൽ അനിസോട്രോപ്പിയുടെ വിതരണം
റെൻഡറിനുള്ള ഫയൽ. ഓരോ ആറ്റത്തിന്റെയും തത്വ അക്ഷങ്ങളും അനിസോട്രോപ്പിയും stdout-ൽ എഴുതിയിരിക്കുന്നു. എ
മൊത്തത്തിലുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് സംഗ്രഹം വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ ടാബ്‌ഫൈലിലേക്കും അല്ലാത്തപക്ഷം stdout നും എഴുതിയിരിക്കുന്നു.

-by_atomtype

-by_atomtype ഓപ്ഷൻ -ടാബുലേറ്റിലേക്കുള്ള ഒരു മോഡിഫയറാണ്. ഇത് കൂടുതൽ ഉപവിഭാഗത്തിന് കാരണമാകുന്നു
സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ സംഗ്രഹങ്ങൾ തയ്യാറാക്കുന്നതിൽ ആറ്റം തരം അനുസരിച്ച് ആറ്റങ്ങൾ. ആറ്റം തരങ്ങളിൽ നിന്ന് എടുത്തതാണ്
PDB ATOM റെക്കോർഡുകളുടെ 77:78 നിരകൾ.

-com [comtabfile]

പിണ്ഡത്തിന്റെ കേന്ദ്രത്തിൽ നിന്നുള്ള അകലത്തിൽ ഷെല്ലുകളിലെ അനിസോട്രോപ്പിയുടെ പട്ടിക വിതരണം. ഔട്ട്പുട്ട്
വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ comtabfile, അല്ലെങ്കിൽ stdout-ലേക്ക്.

കുറിപ്പുകൾ

എഴുതുന്ന വിവിധ പ്രോഗ്രാമുകൾക്കിടയിൽ ഫോർമാറ്റിൽ സ്ഥിരത കുറവാണെങ്കിൽ
അനിസോട്രോപിക് ഡിസ്പ്ലേസ്മെന്റ് പാരാമീറ്ററുകൾ. ഈ പ്രോഗ്രാം ക്രമത്തിൽ Uij മൂല്യങ്ങൾ വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു
PDB ഫോർമാറ്റിൽ ANISOU റെക്കോർഡുകൾക്കായി വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു. അതായത്, PDB റെക്കോർഡിന്റെ 29-70 നിരകളാണ്
U10000 U11 U22 U33 U12 U13 എന്ന ക്രമത്തിൽ 23 * Uij-നെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന പൂർണ്ണസംഖ്യകളായി വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു.
ക്രോസ്-ടേമുകളുടെ ക്രമം ORTEP ഉപയോഗിച്ചതിന് സമാനമല്ല എന്നത് പ്രത്യേകം ശ്രദ്ധിക്കുക
അല്ലെങ്കിൽ ഷെൽക്സ്, എന്തായാലും PDB ഫോർമാറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല. എന്നിരുന്നാലും, ഷെൽക്സ്പ്രോ പ്രോഗ്രാം ചെയ്യും
ഷെൽക്സ് കോർഡിനേറ്റ് ഫയലിൽ നിന്ന് ശരിയായി ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത PDB റെക്കോർഡുകൾ നിർമ്മിക്കുക.

SOURCE

വെബ് യുആർഎൽ:
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html ബന്ധപ്പെടുക:
ഏഥൻ എ മെറിറ്റ്
യൂണിവേഴ്സിറ്റി ഓഫ് വാഷിംഗ്ടൺ, സിയാറ്റിൽ WA 98195
[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ rastep ഉപയോഗിക്കുക