റീമേപ്പ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

റീമാപ്പ് - ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസിലുള്ള ഡിസ്പ്ലേ നിയന്ത്രണ എൻസൈം ബൈൻഡിംഗ് സൈറ്റുകൾ

സിനോപ്സിസ്

റീമാപ്പ് - ക്രമം തുടർച്ചയായി -എംഫയൽ ഡാറ്റ ഫയൽ - എൻസൈമുകൾ സ്ട്രിംഗ് -sitelen പൂർണ്ണസംഖ്യ [-മിൻകട്ട്സ് പൂർണ്ണസംഖ്യ]
[-മാക്സ്കട്ട്സ് പൂർണ്ണസംഖ്യ] [-സിംഗിൾ ബൂളിയൻ] [- മൂർച്ചയുള്ള ബൂളിയൻ] [-പശിമയുള്ള ബൂളിയൻ]
[-അവ്യക്തത ബൂളിയൻ] [- പ്ലാസ്മിഡ് ബൂളിയൻ] [-മെഥിലേഷൻ ബൂളിയൻ] [- വാണിജ്യ ബൂളിയൻ]
[-മേശ പട്ടിക] [- ഫ്രെയിം പട്ടിക] - outfile ഔട്ട്ഫിൽ [-കട്ട്‌ലിസ്റ്റ് ബൂളിയൻ]
[- ഫ്ലാറ്റ് ഫോർമാറ്റ് ബൂളിയൻ] [-പരിധി ബൂളിയൻ] -വിവർത്തനം ബൂളിയൻ - വിപരീതം ബൂളിയൻ
-orfminsize പൂർണ്ണസംഖ്യ -വലിയക്ഷരം ശ്രേണി - ഹൈലൈറ്റ് ശ്രേണി - മൂന്നക്ഷരം ബൂളിയൻ
- നമ്പർ ബൂളിയൻ - വീതി പൂർണ്ണസംഖ്യ - നീളം പൂർണ്ണസംഖ്യ -മാർജിൻ പൂർണ്ണസംഖ്യ -ചേന ബൂളിയൻ
-വിവരണം ബൂളിയൻ -ഓഫ്സെറ്റ് പൂർണ്ണസംഖ്യ -html ബൂളിയൻ

റീമാപ്പ് -ഹെൽപ്പ്

വിവരണം

റീമാപ്പ് EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ
സ്യൂട്ട്"). ഇത് "Display,Nucleic:Restriction,Nucleic:Translation" കമാൻഡിന്റെ ഭാഗമാണ്
ഗ്രൂപ്പ്(കൾ).

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
- ക്രമം തുടർച്ചയായി

-എംഫയൽ ഡാറ്റ ഫയൽ
സ്ഥിര മൂല്യം: Emethylsites.dat

ആവശ്യമായ വിഭാഗം
- എൻസൈമുകൾ സ്ട്രിംഗ്
റീബേസ് ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്നുള്ള എല്ലാ എൻസൈം പേരുകളിലും 'എല്ലാം' എന്ന പേര് വായിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് വ്യക്തമാക്കാം
എൻസൈമുകൾ അവയുടെ പേരുകൾ കോമകളോടെ നൽകിക്കൊണ്ട്, ഇനിപ്പറയുന്നവ:
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. പേരുകളുടെ കാര്യം പ്രധാനമല്ല. നിങ്ങൾക്ക് എ വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും
എൻസൈം കൈവശമുള്ള ഫയലിന്റെ പേര് നൽകി വായിക്കാൻ എൻസൈം പേരുകളുടെ ഫയൽ
അതിനു മുന്നിൽ ഒരു '@' പ്രതീകമുള്ള പേരുകൾ, ഉദാഹരണത്തിന്, '@enz.list'. ശൂന്യമായ വരികളും
ഒരു ഹാഷ് പ്രതീകത്തിൽ തുടങ്ങുന്ന വരികൾ അല്ലെങ്കിൽ '!' അവഗണിച്ചു, മറ്റെല്ലാ വരികളും
ഒരു കോമ പ്രതീകം ',' ഉപയോഗിച്ച് സംയോജിപ്പിച്ച്, തുടർന്ന് ലിസ്റ്റ് ആയി കണക്കാക്കുന്നു
തിരയാനുള്ള എൻസൈമുകൾ. എൻസൈം പേരുകളുടെ ഒരു ഫയലിന്റെ ഒരു ഉദാഹരണം ഇതാണ്: ! എന്റെ എൻസൈമുകൾ HincII,
ppiII ! മറ്റ് എൻസൈമുകൾ hindiii HinfI PpiI ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം: എല്ലാം

-sitelen പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഇത് നിയന്ത്രണ എൻസൈം തിരിച്ചറിയൽ സൈറ്റിന്റെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുന്നു. ഏതെങ്കിലും എൻസൈമുകൾ
ഇതിലും കുറവുള്ള സൈറ്റുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടും. സ്ഥിര മൂല്യം: 4

അധികമായ വിഭാഗം
-മിൻകട്ട്സ് പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഏത് നിയന്ത്രണ എൻസൈമിനും വേണ്ടിയുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ മുറിവുകളുടെ എണ്ണം ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു
പരിഗണിച്ചു. ഇതിലും കുറവ് തവണ മുറിക്കുന്ന എൻസൈമുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടും. സ്ഥിര മൂല്യം:
1

-മാക്സ്കട്ട്സ് പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഏത് നിയന്ത്രണ എൻസൈമിനും വേണ്ടിയുള്ള പരമാവധി മുറിവുകളുടെ എണ്ണം ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു
പരിഗണിച്ചു. ഇതിലും കൂടുതൽ തവണ മുറിക്കുന്ന എൻസൈമുകൾ അവഗണിക്കപ്പെടും. സ്ഥിര മൂല്യം:
2000000000

-സിംഗിൾ ബൂളിയൻ
ഇത് സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഇത് മിൻകട്ടുകളുടെയും മാക്‌സ്‌കട്ടുകളുടെയും യോഗ്യതാ മൂല്യങ്ങളെ നിർബന്ധിക്കുന്നു
രണ്ടും 1. നിങ്ങൾ അവയെ സജ്ജമാക്കിയിട്ടുള്ള മറ്റേതെങ്കിലും മൂല്യം അവഗണിക്കപ്പെടും. സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

- മൂർച്ചയുള്ള ബൂളിയൻ
മുന്നോട്ടും പിന്നോട്ടും ഒരേ സ്ഥാനത്ത് മുറിക്കുന്ന എൻസൈമുകളെ ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
പരിഗണിക്കേണ്ട സ്ട്രോണ്ടുകൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: Y

-പശിമയുള്ള ബൂളിയൻ
മുന്നോട്ടും പിന്നോട്ടും വ്യത്യസ്ത സ്ഥാനങ്ങളിൽ മുറിക്കുന്ന എൻസൈമുകളെ ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
സ്ട്രോണ്ടുകൾ, ഒരു ഓവർഹാംഗ് അവശേഷിക്കുന്നു, പരിഗണിക്കണം. സ്ഥിര മൂല്യം: Y

-അവ്യക്തത ബൂളിയൻ
പാറ്റേണിൽ ഒന്നോ അതിലധികമോ 'N' അവ്യക്തത കോഡുകൾ ഉള്ള എൻസൈമുകളെ ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യമായി കണക്കാക്കണം: Y

- പ്ലാസ്മിഡ് ബൂളിയൻ
ഇത് സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, നിയന്ത്രണ എൻസൈം തിരിച്ചറിയൽ സൈറ്റിനും തിരയലുകൾക്കും ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
പരിഗണിക്കേണ്ട ക്രമത്തിന്റെ അവസാനം വരെ നീളുന്ന സ്ഥാനങ്ങൾ മുറിക്കുക. സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

-മെഥിലേഷൻ ബൂളിയൻ
ഇത് സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, RE തിരിച്ചറിയൽ സൈറ്റുകൾ മെഥൈലേറ്റഡ് ബേസുമായി പൊരുത്തപ്പെടില്ല. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യം: എൻ

- വാണിജ്യ ബൂളിയൻ
ഇത് സജ്ജീകരിച്ചാൽ, വാണിജ്യ വിതരണക്കാരുള്ള എൻസൈമുകൾ മാത്രമേ തിരയൂ
വേണ്ടി. എൻസൈമുകളുടെ വ്യക്തമായ ലിസ്റ്റ് നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ ഈ യോഗ്യത അവഗണിക്കപ്പെടും
റീബേസ് ഡാറ്റാബേസിലെ 'എല്ലാ' എൻസൈമുകളും തിരയുന്നതിനുപകരം തിരയുക. അത്
നിങ്ങൾ ഒരു വ്യക്തമായ എൻസൈമാണ് ആവശ്യപ്പെടുന്നതെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്കറിയാം
അത് എവിടെ നിന്ന് ലഭിക്കും, അതിനാൽ നിങ്ങൾ തിരയാൻ ആവശ്യപ്പെട്ട എല്ലാ എൻസൈമുകളുടെയും പേരുകൾ,
ഏത് കട്ട്, അവർക്ക് ഒരു വാണിജ്യ വിതരണക്കാരൻ ഉണ്ടോ ഇല്ലയോ എന്ന് അറിയിക്കും.
സ്ഥിര മൂല്യം: Y

-മേശ പട്ടിക

- ഫ്രെയിം പട്ടിക
വിവർത്തനം ചെയ്ത ഫ്രെയിമുകൾ വ്യക്തമാക്കാൻ ഇത് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു. നിങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ
റിവേഴ്സ് സെൻസിൽ സൈറ്റുകൾ മുറിക്കുക, തുടർന്ന് റിവേഴ്സ് സെൻസ് വിവർത്തനങ്ങൾ ഉണ്ടാകില്ല
നിങ്ങൾ 4, 5 അല്ലെങ്കിൽ 6 ഫ്രെയിമുകൾ ആവശ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ടെങ്കിലും പ്രദർശിപ്പിക്കും. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ആറ് ഫ്രെയിമുകളും
പ്രദർശിപ്പിക്കും. സ്ഥിര മൂല്യം: 6

ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
- outfile ഔട്ട്ഫിൽ

-കട്ട്‌ലിസ്റ്റ് ബൂളിയൻ
ഇത് മുറിക്കുന്ന എൻസൈമുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ടിൽ ലിസ്റ്റുകൾ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു
ഒഴിവാക്കിയത് കാരണം അത് മിൻകട്ടിനെക്കാൾ കുറച്ച് തവണ അല്ലെങ്കിൽ മാക്‌സ്‌കട്ടിനേക്കാൾ കൂടുതൽ തവണ വെട്ടി
മുറിക്കാത്ത എൻസൈമുകൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: Y

- ഫ്ലാറ്റ് ഫോർമാറ്റ് ബൂളിയൻ
ഇത് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റിനെ ഒരു വരിയാൽ തിരിച്ചറിയൽ സൈറ്റ് സൂചിപ്പിക്കുന്ന ഒന്നിലേക്ക് മാറ്റുന്നു
'===' പ്രതീകങ്ങളുടെ, കട്ട് സൈറ്റിനെ ഫോർവേഡിലെ ഒരു '>' പ്രതീകം ചൂണ്ടിക്കാണിക്കുന്നു
സെൻസ്, അല്ലെങ്കിൽ റിവേഴ്സ് സെൻസ് സ്ട്രോണ്ടിൽ ഒരു '<'. സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

-പരിധി ബൂളിയൻ
ഇത് എൻസൈമുകളുടെ റിപ്പോർട്ടിംഗ് ഓരോ ഗ്രൂപ്പിൽ നിന്നും ഒരു എൻസൈമിലേക്ക് പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു
isoschizomers. ഒരു ഐസോഷിസോമർ ഗ്രൂപ്പിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കാൻ തിരഞ്ഞെടുത്ത എൻസൈം പ്രോട്ടോടൈപ്പ് ആണ്
പ്രോഗ്രാം സൃഷ്ടിച്ച 'embossre.equ' എന്ന ഡാറ്റ ഫയലിൽ സൂചിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു
'റീബേസ് എക്സ്ട്രാക്റ്റ്'. വ്യത്യസ്ത പ്രോട്ടോടൈപ്പുകൾ ഉപയോഗിക്കാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നുവെങ്കിൽ, അതിന്റെ ഒരു പകർപ്പ് ഉണ്ടാക്കുക
നിങ്ങളുടെ ഹോം ഡയറക്ടറിയിൽ embossre.equ അത് എഡിറ്റ് ചെയ്യുക. ഈ മൂല്യം തെറ്റ് എന്ന് സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ
എല്ലാ ഇൻപുട്ട് എൻസൈമുകളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടും. നിങ്ങളാണെങ്കിൽ ഇത് തെറ്റായി സജ്ജീകരിക്കാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
അവയെല്ലാം 'എല്ലാം' തിരയുന്നതിനുപകരം വ്യക്തമായ ഒരു കൂട്ടം എൻസൈമുകൾ നൽകുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യം: Y

-വിവർത്തനം ബൂളിയൻ
ഇത് ഔട്ട്പുട്ടിലെ ക്രമത്തിന്റെ 6-ഫ്രെയിം വിവർത്തനങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം: Y

- വിപരീതം ബൂളിയൻ
ഇത് റിവേഴ്സ് സെൻസിന്റെ കട്ട് സൈറ്റുകളും വിവർത്തനവും പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം: Y

-orfminsize പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഓപ്പൺ റീഡിംഗ് ഫ്രെയിമുകളുടെ (ORFs) ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വലുപ്പം ഇത് സജ്ജീകരിക്കുന്നു
വിവർത്തനങ്ങൾ. അമിനോ ആസിഡുകൾ മാറ്റുന്നതിലൂടെ മറ്റെല്ലാ വിവർത്തന മേഖലകളും മറയ്ക്കപ്പെടുന്നു
'-' പ്രതീകങ്ങൾ.

-വലിയക്ഷരം ശ്രേണി
വലിയക്ഷരത്തിൽ ഇടേണ്ട മേഖലകൾ. ഇത് ശൂന്യമാക്കിയാൽ, സീക്വൻസ് കേസ് അവശേഷിക്കുന്നു
ഒറ്റയ്ക്ക്. ഒരു കൂട്ടം പ്രദേശങ്ങൾ ഒരു ജോടി സ്ഥാനങ്ങളാൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു. സ്ഥാനങ്ങളാണ്
പൂർണ്ണസംഖ്യകൾ. അക്കമല്ലാത്ത, ആൽഫ ഇതര പ്രതീകങ്ങളാൽ അവ വേർതിരിക്കപ്പെടുന്നു. പ്രദേശത്തിന്റെ ഉദാഹരണങ്ങൾ
സവിശേഷതകൾ ഇവയാണ്: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

- ഹൈലൈറ്റ് ശ്രേണി
എച്ച്ടിഎംഎൽ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ നിറം നൽകേണ്ട മേഖലകൾ. ഇത് ശൂന്യമാക്കിയാൽ, ക്രമം ഇതാണ്
വെറുതെ വിട്ടു. ഒരു കൂട്ടം പ്രദേശങ്ങൾ ഒരു ജോടി സ്ഥാനങ്ങളാൽ വ്യക്തമാക്കുന്നു. ദി
സ്ഥാനങ്ങൾ പൂർണ്ണസംഖ്യകളാണ്. ഏതെങ്കിലും സാധുവായ HTML ഫോണ്ട് വർണ്ണം അവരെ പിന്തുടരുന്നു. ഉദാഹരണങ്ങൾ
പ്രദേശത്തിന്റെ പ്രത്യേകതകൾ ഇവയാണ്: 24-45 നീല 56-78 ഓറഞ്ച് 1-100 പച്ച 120-156 ചുവപ്പ് A ഫയൽ
വർണ്ണത്തിലേക്കുള്ള ശ്രേണികൾ (ഒരു വരിയിൽ ഒരു ശ്രേണി) '@ഫയലിന്റെ പേര്' എന്ന് വ്യക്തമാക്കാം.

- മൂന്നക്ഷരം ബൂളിയൻ
സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

- നമ്പർ ബൂളിയൻ
സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

- വീതി പൂർണ്ണസംഖ്യ
സ്ഥിര മൂല്യം: 60

- നീളം പൂർണ്ണസംഖ്യ

-മാർജിൻ പൂർണ്ണസംഖ്യ
സ്ഥിര മൂല്യം: 10

-ചേന ബൂളിയൻ
ഡിഫോൾട്ട് ശ്രേണിയുടെ ഐഡി നാമം പ്രദർശിപ്പിക്കാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ ഇത് തെറ്റാണെന്ന് സജ്ജമാക്കുക
മൂല്യം: Y

-വിവരണം ബൂളിയൻ
ക്രമത്തിന്റെ വിവരണം പ്രദർശിപ്പിക്കാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ ഇത് തെറ്റാണെന്ന് സജ്ജമാക്കുക
സ്ഥിര മൂല്യം: Y

-ഓഫ്സെറ്റ് പൂർണ്ണസംഖ്യ
സ്ഥിര മൂല്യം: 1

-html ബൂളിയൻ
സ്ഥിര മൂല്യം: എൻ

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ റീമേപ്പ് ഉപയോഗിക്കുക