Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് പ്രൊവൈഡറിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന സാം-സ്റ്റാറ്റ് കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
sam-stats - ea-utils: ദഹിപ്പിച്ച സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ നിർമ്മിക്കുക
സിനോപ്സിസ്
sam-stats [ഓപ്ഷനുകൾ] [file1] [file2...ഫയലൻ]
വിവരണം
പതിപ്പ്: 1.38.681
ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്ത ഫയലുകൾക്കായി എളുപ്പത്തിൽ ദഹിപ്പിക്കാവുന്ന ധാരാളം സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു
ഓപ്ഷനുകൾ (പാരൻസുകളിൽ ഡിഫോൾട്ട്):
-D ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങളുടെ ട്രാക്ക് സൂക്ഷിക്കുക -O പ്രിഫിക്സ് ഔട്ട്പുട്ട് പ്രിഫിക്സ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുന്നു
വിപുലീകൃത ഔട്ട്പുട്ട് (ചുവടെ കാണുക) -R FIL കവറേജ്/RNA ഔട്ട്പുട്ട് (കവറേജ്, 3' ബയസ്, മുതലായവ
ധ്വനിപ്പിക്കുന്നു -A) -A 1000-ൽ കൂടുതൽ ഉണ്ടെങ്കിൽ പോലും എല്ലാ chr sig-കളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക -b INT
ഓരോ അടിസ്ഥാന സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾക്കായുള്ള സാമ്പിളിലേക്കുള്ള വായനകളുടെ എണ്ണം (1M) -S Ascii-സിഗ്നേച്ചറിന്റെ INT വലുപ്പം
(30) -x ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഫയൽ വിപുലീകരണം FIL (സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ) -M മാത്രം
പുതിയതാണെങ്കിൽ തിരുത്തിയെഴുതുക (ആവശ്യമാണ് -x, അല്ലെങ്കിൽ ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ) -B ഇൻപുട്ട് ബാം ആണ്, ചെയ്യരുത്
മാന്ത്രികത നോക്കാൻ വിഷമിക്കുക -z സാമിൽ പൂജ്യം എൻട്രികൾ വരുമ്പോൾ പരാജയപ്പെടരുത്
U ട്ട്‌പുട്ട്:
ഒരു ഫയൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഔട്ട്പുട്ട് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട് ആണ്. ഒന്നിലധികം ഫയലുകൾ ആണെങ്കിൽ
വ്യക്തമാക്കിയത്, അല്ലെങ്കിൽ എങ്കിൽ -x ഓപ്ഷൻ വിതരണം ചെയ്തു, ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ ആണ് . . സ്ഥിരസ്ഥിതി
വിപുലീകരണം 'സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ' ആണ്.
പൂർണ്ണമായ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ:
: ശരാശരി, പരമാവധി, stdev, മീഡിയൻ, Q1 (25 ശതമാനം), Q3
വായിക്കുന്നു : സാം ഫയലിലെ # എൻട്രികൾ, # റീഡുകൾ ആയിരിക്കില്ല
phred : phred സ്കെയിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു
bsize : ക്വാൽ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾക്കായി # റീഡുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
മാപ്പ് ചെയ്ത വായനകൾ
: വിന്യസിച്ച വായനകളുടെ എണ്ണം (അതുല്യമായ അന്വേഷണ ഐഡി സീക്വൻസുകൾ)
മാപ്പ് ചെയ്ത അടിസ്ഥാനങ്ങൾ
: വിന്യസിച്ച റീഡുകളുടെ ആകെ ദൈർഘ്യം
മുന്നോട്ട്
: ഫോർവേഡ് അലൈൻ ചെയ്ത റീഡുകളുടെ എണ്ണം
റിവേഴ്സ് ചെയ്യുക
: റിവേഴ്സ് അലൈൻ ചെയ്ത റീഡുകളുടെ എണ്ണം
snp നിരക്ക്
: പൊരുത്തമില്ലാത്ത ബേസുകൾ / മൊത്തം ബേസുകൾ (എസ്എൻവി നിരക്ക്)
ഇൻസ് നിരക്ക്
: ബേസുകൾ / മൊത്തം ബേസുകൾ ചേർക്കുക
ഡെൽ നിരക്ക്
: ഇല്ലാതാക്കിയ ബേസുകൾ / മൊത്തം ബേസുകൾ
pct പൊരുത്തക്കേട്
: പൊരുത്തമില്ലാത്ത വായനകളുടെ ശതമാനം
pct വിന്യസിക്കുക
: വിന്യസിച്ച വായനകളുടെ ശതമാനം
ലെൻ
: ദൈർഘ്യ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ വായിക്കുക, നിശ്ചിത ദൈർഘ്യമാണെങ്കിൽ അവഗണിച്ചു
mapq
: മാപ്പിംഗ് ഗുണങ്ങൾക്കായുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
തിരുകുക
: തിരുകൽ വലുപ്പങ്ങൾക്കായുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ
% : ഒരു chr-ന് മാപ്പ് ചെയ്ത ബേസുകളുടെ ശതമാനം, തുടർന്ന് ഒരു ഒപ്പ്
ഉപസാമ്പിൾ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ (1 എം വായിക്കുന്നു പരമാവധി):
അടിസ്ഥാന ക്വാൽ : അടിസ്ഥാന ഗുണങ്ങൾക്കായുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ %A,%T,%C,%G : അടിസ്ഥാന ശതമാനം
അർത്ഥം of The ഓരോ ക്രോമസോമിനും കയ്യൊപ്പ്:
ക്രോമസോം പൊസിഷൻ അനുസരിച്ച് മാപ്പ് ചെയ്ത ഒരു ആസ്കി-ഹിസ്റ്റോഗ്രാം റീഡ് ചെയ്യുന്നു. എങ്കിൽ മാത്രമേ അത് ഔട്ട്പുട്ട് ആകുകയുള്ളൂ
യഥാർത്ഥ SAM/BAM-ന് ഒരു തലക്കെട്ടുണ്ട്. മാപ്പ് ചെയ്ത റീഡുകളുടെ # ലോഗ്2 ആണ് മൂല്യങ്ങൾ
ഓരോ സ്ഥാനവും + ascii '0'.
വിപുലീകരിച്ച ഔട്ട്പുട്ട് മോഡ് ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു a ഗണം of ഫയലുകൾ:
സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ: പ്രാഥമിക ഔട്ട്പുട്ട്
.fastx : fastx-ടൂൾകിറ്റ് അനുയോജ്യമായ ഔട്ട്പുട്ട്
.rcov : ഓരോ റഫറൻസ് എണ്ണവും കവറേജും
.xdist : പൊരുത്തക്കേട് വിതരണം
.ldist : ദൈർഘ്യ വിതരണം (ബാധകമെങ്കിൽ)
.mqdist
: ഗുണനിലവാര വിതരണം മാപ്പിംഗ്
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് sam-stats ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
