Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന കമാൻഡ് scrm ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
scrm - ജീനോം സ്കെയിൽ സീക്വൻസുകൾക്കുള്ള കൃത്യമായ കോലസെന്റ് സിമുലേറ്റർ
സിനോപ്സിസ്
scrm nsamp nloci [-എച്ച്വിഎൽ] [-r വീണ്ടും L [-l l] [-ശ്രീ b വീണ്ടും]... ] [-I npop s1 ... sn [M] [-ഇഐ t s1
... sn [M]]... [-M M] [-ഇഎം t M]... [-m i j M] [-എമ് t i j M]... [-മാ M11 M21 ... എം.എൻ]
[-എമ t M11 M21 ... എം.എൻ]... [-അതെ t i p]... [-ഉദാ t i j]...] [-n i n] [-എൻ t i n]...
[-ഇഎൻ t i n]... [-g i a] [-ഉദാ t i a]... [-G t a] [-ഇ.ജി t a]... [-t തിട്ട [-oSFS] [-സെന്റ് b
തിട്ട]... ] [-വിത്ത് വിത്തുവീതം [വിത്ത്2 വിത്ത്3]] [-p അക്കങ്ങൾ]
വിവരണം
scrm is a ഘനീഭവിക്കുന്ന സിമുലേറ്റർ വേണ്ടി ജീവശാസ്ത്രപരമായ സീക്വൻസുകൾ. വ്യത്യസ്ത ലേക്ക് സമാനമായ പ്രോഗ്രാമുകൾ, അത്
അനിയന്ത്രിതമായ കൃത്യതയോടെ പൂർവികരുടെ പുനഃസംയോജന ഗ്രാഫ് ഏകദേശമാക്കാൻ കഴിയും. ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
നിങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ശരിയായ ജനിതക ബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് ദൈർഘ്യമേറിയ ക്രമങ്ങൾ വേഗത്തിൽ അനുകരിക്കാൻ കഴിയും
സൈറ്റുകൾ.
ഓപ്ഷനുകൾ
പുനഃസംയോജനം:
-r R L റീകോമ്പിനേഷൻ നിരക്ക് R ആയും ലോക്കസ് ലെങ്ത് L ആയും സജ്ജമാക്കുക.
-ശ്രീ p R
പി സീക്വൻസ് പൊസിഷനിൽ റീകോമ്പിനേഷൻ നിരക്ക് R മാറ്റുക.
-l l ഏകദേശ വിൻഡോ ദൈർഘ്യം l ആയി സജ്ജമാക്കുക.
ജനസംഖ്യ ഘടന
-I npop s1 ... sn [M]
npop ജനസംഖ്യയുള്ള ഒരു ദ്വീപ് മാതൃക ഉപയോഗിക്കുക,
ഇവിടെ s1 മുതൽ sn വരെയുള്ള വ്യക്തികൾ ഓരോ ജനസംഖ്യയിലും സാമ്പിൾ ചെയ്യുന്നു. ഓപ്ഷണലായി ഒരു അനുമാനിക്കുക
എം ന്റെ സമമിതി മൈഗ്രേഷൻ നിരക്ക്.
-ഇഐ t s1 ... sn [M]
സാമ്പിൾ s1 മുതൽ അവരിൽ നിന്നുള്ള വ്യക്തികൾ വരെ
t സമയത്തെ അനുബന്ധ ജനസംഖ്യ.
-M M M/(npop-1) ന്റെ സമമിതി മൈഗ്രേഷൻ നിരക്ക് അനുമാനിക്കുക.
-ഇഎം t M
t എന്ന സമയത്ത് സമമിതി മൈഗ്രേഷൻ നിരക്ക് M/(npop-1) ആയി മാറ്റുക.
-m i j M
ജനസംഖ്യ j മുതൽ ജനസംഖ്യ i ലേക്ക് M മുതൽ M വരെയുള്ള മൈഗ്രേഷൻ നിരക്ക് സജ്ജമാക്കുക
-എമ് t i j M
ജനസംഖ്യ j യിൽ നിന്ന് മൈഗ്രേഷൻ നിരക്ക് സജ്ജമാക്കുക
ജനസംഖ്യ i മുതൽ M വരെ സമയം t.
-മാ M11 M21 ...
(പിന്നിലേക്ക്) മൈഗ്രേഷൻ മാട്രിക്സ് സജ്ജമാക്കുന്നു.
-എമ t M11 M21 ...
t എന്ന സമയത്ത് മൈഗ്രേഷൻ മാട്രിക്സ് മാറ്റുന്നു
-അതെ t i p
ജനസംഖ്യയുടെ മിശ്രിതം. ജനസംഖ്യയുടെ 1-p യുടെ ഒരു ഭാഗം i വ്യക്തികൾ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു a
പോപ്പുലേഷൻ npop + 1-ൽ നിന്ന് അത് പിന്നീട് അവഗണിക്കപ്പെടുന്നു (സമയം മുന്നോട്ട്).
-ഉദാ t i j
ടി സമയത്ത് സ്പെഷ്യേഷൻ ഇവന്റ്. ജനസംഖ്യയുടെ വ്യക്തികളിൽ നിന്ന് ജനസംഖ്യ j സൃഷ്ടിക്കുന്നു.
ജനസംഖ്യ വലുപ്പം മാറ്റങ്ങൾ:
-n i n ജനസംഖ്യയുടെ ഇന്നത്തെ വലിപ്പം i n*N0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുക.
-എൻ t i n
t സമയത്ത് ജനസംഖ്യയുടെ വലിപ്പം i n*N0 ആയി മാറ്റുക.
-ഇഎൻ t n
എല്ലാ പോപ്പുലേഷനുകളുടെയും ഇന്നത്തെ വലുപ്പം n*N0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുക.
-g i a ജനസംഖ്യയുടെ എക്സ്പോണൻഷ്യൽ വളർച്ചാ നിരക്ക് i ആയി സജ്ജമാക്കുക.
-ഉദാ t i a
ജനസംഖ്യയുടെ എക്സ്പോണൻഷ്യൽ വളർച്ചാ നിരക്ക് i എന്ന സമയത്തേക്ക് മാറ്റുക.
-G a എല്ലാ ജനസംഖ്യയുടെയും എക്സ്പോണൻഷ്യൽ വളർച്ചാ നിരക്ക് a ആയി സജ്ജമാക്കുക.
-ഇ.ജി t a
എല്ലാ പോപ്പുലേഷനുകളുടെയും എക്സ്പോണൻഷ്യൽ വളർച്ചാ നിരക്ക് ഒരു സമയത്തേക്ക് മാറ്റുക.
ചുരുക്കം സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ:
-t തീറ്റ
മ്യൂട്ടേഷൻ നിരക്ക് THETA = 4N_0u ആയി സജ്ജീകരിക്കുക, ഇവിടെ u എന്നത് ഒരു ന്യൂട്രൽ മ്യൂട്ടേഷൻ റേറ്റ് ആണ്
സ്ഥലം.
-T ന്യൂക് ഫോർമാറ്റിൽ പ്രാദേശിക വംശാവലി അച്ചടിക്കുക.
-O പ്രാദേശിക വംശാവലി ഓറിയന്റഡ് ഫോറസ്റ്റ് ഫോർമാറ്റിൽ അച്ചടിക്കുക.
-L ഓരോ സെഗ്മെന്റിനും ടിഎംആർസിഎയും ലോക്കൽ ട്രീ നീളവും പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.
-oSFS സൈറ്റ് ഫ്രീക്വൻസി സ്പെക്ട്രം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക. മ്യൂട്ടേഷൻ നിരക്ക് സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട്.
-എസ്സി [ms|rel|abs]
സീക്വൻസ് സ്ഥാനങ്ങളുടെ സ്കെയിലിംഗ്. ഒന്നുകിൽ 0 നും 1 നും ഇടയിലുള്ള ലോക്കസ് ദൈർഘ്യവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടതാണ്
(rel), ബേസ് ജോഡികളിൽ കേവലം (abs) അല്ലെങ്കിൽ ms-like (ms).
മറ്റുള്ളവ:
-വിത്ത് വിത്ത് [വിത്ത്2 വിത്ത്3]
ഉപയോഗിക്കേണ്ട ക്രമരഹിതമായ വിത്ത്. മൂന്ന് പൂർണ്ണസംഖ്യകൾ എടുക്കുന്നു.
-v, --പതിപ്പ്
scrm പതിപ്പ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു.
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ വാചകം അച്ചടിക്കുന്നു.
-p അക്കങ്ങൾ
ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന പ്രധാനപ്പെട്ട അക്കങ്ങളുടെ എണ്ണം.
ഉദാഹരണങ്ങൾ
അഞ്ച് സ്വതന്ത്രമായ സൈറ്റുകൾ വേണ്ടി 10 വ്യക്തികൾ ഉപയോഗിച്ച് കിംഗ്മാന്റെ കോലസെന്റ്:
scrm 10 5 -t 10
A ക്രമം of 10kb നിന്ന് 4 വ്യക്തികൾ കീഴെ The കൃത്യമായി ARG:
scrm 4 1 -t 10 -r 4 10000
A ക്രമം of ക്സനുമ്ക്സംബ് ഉപയോഗിച്ച് The എസ്എംസി' ഏകദേശ കണക്ക്:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0
ഒരേ as മുകളിൽ, പക്ഷേ കൂടെ അടിസ്ഥാനപരമായി ശരിയാണ് ലിങ്കേജ്:
scrm 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് scrm ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക