സീഡ്‌ടോപ്പ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast, rpsblast,
seedtop - അടിസ്ഥാന പ്രാദേശിക വിന്യാസ തിരയൽ ഉപകരണം

സിനോപ്സിസ്

bl2seq [-] [-A] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I "തുടക്കം നിർത്തുക"] [-J "തുടക്കം നിർത്തുക"] [-M str]
[-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X] [-a ഫയലിന്റെ പേര്] [-d N] [-e X] [-g F] -i ഫയലിന്റെ പേര്
-j ഫയലിന്റെ പേര് [-m] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] -p str [-q N] [-r N] [-t N]

സ്ഫോടനം2 [-] [-B N] [-D N] [-C x] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I "തുടക്കം നിർത്തുക"]
[-J "തുടക്കം നിർത്തുക"] [-K N] [-L] [-M str] [-N] [-P X] [-Q N] [-R] [-S N] [-T N] [-W N] [-X N]
[-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c] [-d str] [-e X] [-f X] [-g] [-h N] [-i ഫയലിന്റെ പേര്]
[-j ഫയലിന്റെ പേര്] [-k str] [-m N] [-n] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-ടി N] [-u]
[-വി N] [-പ N] [-വൈ N] [-z N]

സ്ഫോടനം [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക] [-M str] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-P N] [-Q N] [-R ഫയലിന്റെ പേര്] [-S] [-T] [-U] [-V]
[-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ഫയലിന്റെ പേര്]
[-l str] [-m N] [-n] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X]
[-z X]

പഴയത് [-] [-A N] [-B N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N]
[-L ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക] [-M str] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-P N] [-Q N] [-R ഫയലിന്റെ പേര്] [-S] [-T] [-U] [-W N]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-l str]
[-m N] [-n] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] -p str [-q N] [-r N] [-s] [-t N] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

blastcl3 [-] [-A N] [-C x] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-L ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക]
[-M str] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-Q N] [-R] [-S] [-T] [-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N]
[-b N] [-d str] [-e X] [-f X] [-g F] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-m N] [-n] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] -p str [-q N]
[-r N] [-s] [-t N] [-u str] [-v N] [-w N] [-y X] [-z X]

ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി [-] [-A N] [-B ഫയലിന്റെ പേര്] [-C ഫയലിന്റെ പേര്] [-E N] [-F T] [-G N] [-H N] [-I] [-J]
[-K N] [-L N] [-M str] [-N X] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-P N] [-Q ഫയലിന്റെ പേര്] [-R ഫയലിന്റെ പേര്] [-S N] [-T]
[-U] [-W N] [-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-f N] [-h X]
[-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-j N] [-k ഫയലിന്റെ പേര്] [-l str] [-m N] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p str] [-q N] [-s]
[-t N[u]] [-u N] [-v N] [-y X] [-z N]

ഇംപാല [-] [-E N] [-F str] [-G N] [-H] [-I] [-J] [-M str] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-P ഫയലിന്റെ പേര്]
[-a N] [-b N] [-c N] [-d str] [-e X] [-h X] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-j N] [-m N] [-o ഫയലിന്റെ പേര്]
[-v N] [-y X] [-z N]

മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് [-] [-A N] [-D N] [-E N] [-F str] [-G N] [-H N] [-I] [-J] [-L ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക] [-M N]
[-N N] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-P N] [-Q ഫയലിന്റെ പേര്] [-R] [-S N] [-T] [-U] [-V] [-W N] [-X N] [-Y X]
[-Z N] [-a N] [-b N] [-d str] [-e X] [-f] [-g F] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-l str] [-m N] [-n]
[-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p X] [-q N] [-r N] [-t N] [-s N] [-v N] [-y N] [-z X]

rpsblast [-] [-F str] [-I] [-J] [-L ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക] [-N X] [-O ഫയലിന്റെ പേര്] [-P N] [-T] [-U]
[-X N] [-Y X] [-Z N] [-a N] [-b N] -d ഫയലിന്റെ പേര് [-e X] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-l ഫയലിന്റെ പേര്] [-m N]
[-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p F] [-v N] [-y X] [-z N]

വിത്ത് ടോപ്പ് [-] [-C N] [-D N] [-E N] [-F] [-G N] [-I] [-J] [-K N] [-M str] [-O ഫയലിന്റെ പേര്]
[-S N] [-X N] [-d str] [-e X] [-f] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-k ഫയലിന്റെ പേര്] [-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p str]
[-q N] [-r N]

വിവരണം

ഈ മാനുവൽ പേജ് കമാൻഡുകൾ സംക്ഷിപ്തമായി രേഖപ്പെടുത്തുന്നു bl2seq, സ്ഫോടനം, സ്ഫോടനം, blastcl3,
ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി, ഇംപാല, മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്, rpsblast, ഒപ്പം വിത്ത് ടോപ്പ്. ഈ കമാൻഡുകൾ രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്
ഒരുമിച്ച് കാരണം അവർക്ക് പൊതുവായ നിരവധി ഓപ്ഷനുകൾ ഉണ്ട്.

bl2seq blastn അല്ലെങ്കിൽ blastp ഉപയോഗിച്ച് രണ്ട് സീക്വൻസുകൾ തമ്മിൽ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
അൽഗോരിതം. രണ്ട് ശ്രേണികളും ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളോ പ്രോട്ടീനുകളോ ആയിരിക്കണം.

സ്ഫോടനം2 ഒരു പ്രാദേശിക ഡാറ്റാബേസിനോ രണ്ടാമത്തെ സീക്വൻസുമായോ ഒരു സീക്വൻസ് താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു; അത്
രണ്ടിന്റെയും മിക്ക പ്രവർത്തനങ്ങളും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു bl2seq ഒപ്പം സ്ഫോടനം, എന്നാൽ ഒരു സെമി-ഉപയോഗിക്കുന്നു
പരീക്ഷണാത്മക പുതിയ ആന്തരിക എഞ്ചിൻ.

സ്ഫോടനം ഒപ്പം പഴയത് ഒരു സീക്വൻസിനായി ഒരു പ്രാദേശിക ഡാറ്റാബേസിൽ മികച്ച പൊരുത്തങ്ങൾ കണ്ടെത്തുക.
സ്ഫോടനം എന്നതിനേക്കാൾ പുതിയ എഞ്ചിൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു പഴയത് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, എന്നാൽ പഴയത് ഉപയോഗിക്കുന്നത് പിന്തുണയ്ക്കുന്നു
എഞ്ചിനും (ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് വിളിക്കുമ്പോൾ -V F).

blastcl3 ഏറ്റവും പുതിയ NCBI BLAST സെർച്ച് എഞ്ചിൻ ആക്സസ് ചെയ്യുന്നു (പതിപ്പ് 2.0). പിന്നിലെ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ
പുതിയ വെല്ലുവിളികൾ കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ BLAST-നെ അനുവദിക്കുന്നതിനായി BLAST പതിപ്പ് 2.0 ആദ്യം മുതൽ എഴുതിയതാണ്
വരും വർഷങ്ങളിൽ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുകൾ മുഖേന അവതരിപ്പിക്കുന്നു. ഈ സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ അപ്‌ഡേറ്റുകൾ ചെയ്യും
വരും വർഷങ്ങളിൽ തുടരുക.

ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി ഗ്യാപ്പ്ഡ് ബ്ലാസ്റ്റ്പ് തിരയലുകൾ നടത്തുന്നു, കൂടാതെ ആവർത്തന തിരയലുകൾ നടത്താൻ ഉപയോഗിക്കാനും കഴിയും
psi-blast, phi-blast മോഡ്.

ഇംപാല സ്കോർ മെട്രിക്സുകളുടെ ഒരു ഡാറ്റാബേസ് തിരയുന്നു, തയ്യാറാക്കിയത് കോപ്പിമാറ്റ്(1), BLAST പോലുള്ളവ നിർമ്മിക്കുന്നു
.ട്ട്‌പുട്ട്.

മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് Webb Miller et al ന്റെ അത്യാഗ്രഹ അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു. ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ക്രമത്തിന്
ഡാറ്റാബേസ് സ്‌കാൻ ചെയ്യുന്നതിന് ചെലവഴിക്കുന്ന സമയം ലാഭിക്കുന്നതിന് വിന്യാസം തിരയുകയും നിരവധി ചോദ്യങ്ങൾ സംയോജിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.
ഈ പ്രോഗ്രാമിന്റെ ഫലമായി ചെറിയ വ്യത്യാസമുള്ള സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുന്നതിനായി ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു
ക്രമപ്പെടുത്തൽ അല്ലെങ്കിൽ സമാനമായ മറ്റ് "പിശകുകൾ". ഇത് സാധാരണയേക്കാൾ 10 മടങ്ങ് വേഗതയുള്ളതാണ്
സീക്വൻസ് സമാനത പ്രോഗ്രാമുകൾ, അതിനാൽ രണ്ട് വലിയ സെറ്റുകൾ വേഗത്തിൽ താരതമ്യം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കാം
പരസ്പരം എതിരായ ക്രമങ്ങൾ.

rpsblast (റിവേഴ്സ് PSI-BLAST) പ്രൊഫൈലുകളുടെ ഒരു ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ ഒരു അന്വേഷണ ശ്രേണി തിരയുന്നു.
സീക്വൻസുകളുടെ ഒരു ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ പ്രൊഫൈൽ തിരയുന്ന PSI-BLAST ന്റെ വിപരീതമാണിത്,
അതിനാൽ 'വിപരീതം'. rpsblast ഒരു BLAST-പോലുള്ള അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഒറ്റ- അല്ലെങ്കിൽ ഇരട്ട-പദം കണ്ടെത്തുന്നു
ഈ കാൻഡിഡേറ്റ് മത്സരങ്ങളിൽ ഹിറ്റുകളും തുടർന്ന് ഒരു അൺഗപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ അവതരിപ്പിക്കുന്നു. അത് അങ്ങിനെയെങ്കിൽ
ആവശ്യത്തിന് ഉയർന്ന സ്‌കോറുള്ള അൺഗപ്പ്ഡ് അലൈൻമെന്റ് നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നു, ഒരു വിടവ് വിപുലീകരണം നടത്തുന്നു
ആവശ്യത്തിന് കുറഞ്ഞ പ്രതീക്ഷിത മൂല്യമുള്ള (വിടവ്) അലൈൻമെന്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്നു. ഈ
സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്തുന്ന ഇംപാലയിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമാണ് നടപടിക്രമം
പൊരുത്തങ്ങൾ തിരിച്ചറിയാൻ വേഡ്-ഹിറ്റ് സമീപനം ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുപകരം അന്വേഷണവും ഓരോ പ്രൊഫൈലും
നീട്ടണം.

വിത്ത് ടോപ്പ് താരതമ്യേന ലളിതമായ രണ്ട് ചോദ്യങ്ങൾക്ക് ഉത്തരം നൽകുന്നു:
1. പാറ്റേണുകളുടെ ഒരു ശ്രേണിയും ഡാറ്റാബേസും നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഏത് പാറ്റേണുകളാണ് ക്രമത്തിൽ സംഭവിക്കുന്നത്
പിന്നെ എവിടെ?
2. ഒരു പാറ്റേണും ഒരു സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസും നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഏത് സീക്വൻസുകളിൽ പാറ്റേണും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
എവിടെ?

ഈ കമാൻഡുകളിൽ ചിലത് ഒന്നിലധികം തരം താരതമ്യങ്ങളെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു, നിയന്ത്രിക്കുന്നത് -p
("പ്രോഗ്രാം") പതാക:

blastp ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുമായി ഒരു അമിനോ ആസിഡ് ക്വറി സീക്വൻസ് താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു.

blastn ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ക്വറി സീക്വൻസിനെ ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു.

ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അന്വേഷണത്തിന്റെ ആറ്-ഫ്രെയിം ആശയ വിവർത്തന ഉൽപ്പന്നങ്ങളെ blastx താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിനെതിരായ സീക്വൻസ് (രണ്ട് സ്ട്രാൻഡുകളും). വേണ്ടി bl2seq,
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആയിരിക്കണം ആദ്യം നൽകിയിരിക്കുന്നത്.

psitblastn ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുമായി ഒരു പ്രോട്ടീൻ ക്വറി സീക്വൻസ് താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
a ഉപയോഗിച്ച് ആറ് റീഡിംഗ് ഫ്രെയിമുകളിലും (രണ്ട് സ്‌ട്രാൻഡുകളിലും) ചലനാത്മകമായി വിവർത്തനം ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
PSI-BLAST സൃഷ്ടിച്ച സ്ഥാന നിർദ്ദിഷ്ട മാട്രിക്സ്.

tblastn ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുമായി ഒരു പ്രോട്ടീൻ ക്വറി സീക്വൻസുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
ആറ് റീഡിംഗ് ഫ്രെയിമുകളിലും ചലനാത്മകമായി വിവർത്തനം ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു (രണ്ട് ഇഴകളും). വേണ്ടി bl2seq,
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് നൽകപ്പെട്ട രണ്ടാമത്തെ ക്രമം ആയിരിക്കണം.

tblastx ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അന്വേഷണ ശ്രേണിയുടെ ആറ്-ഫ്രെയിം വിവർത്തനങ്ങളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിന്റെ ആറ് ഫ്രെയിം വിവർത്തനങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

- ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

-A (bl2seq)
accession.version രൂപത്തിൽ ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾ

-A N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast)
ഒന്നിലധികം ഹിറ്റുകൾ വിൻഡോ വലുപ്പം; സാധാരണയായി ഡിഫോൾട്ട് 0 (സിങ്കിൾ-ഹിറ്റ് എക്സ്റ്റൻഷനുകൾക്ക്), പക്ഷേ
വ്യതിചലിക്കാത്ത ടെംപ്ലേറ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ സ്ഥിരസ്ഥിതി 40 ആയി.

-B N (സ്ഫോടനം 2)
ഓൺ-ദി-ഫ്ലൈ ഔട്ട്പുട്ട് നിർമ്മിക്കുക:
0 ഒന്നുമില്ല (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
ഓഫ്‌സെറ്റുകളുടെയും ഗുണനിലവാര മൂല്യങ്ങളുടെയും 1 പട്ടിക
2 സീക്വൻസ് ഡാറ്റ ചേർക്കുക
3 ടെക്സ്റ്റ് ASN.1
4 ബൈനറി ASN.1

-B N (ബ്ലാസ്റ്റൽ, ബ്ലാസ്റ്റാൾ_ഓൾഡ്)
blastn അല്ലെങ്കിൽ tblastn മോഡിൽ സംയോജിപ്പിച്ച ചോദ്യങ്ങളുടെ എണ്ണം

-B ഫയലിന്റെ പേര് (blastpgp)
PSI-BLAST പുനരാരംഭിക്കുന്നതിനുള്ള ഇൻപുട്ട് അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ

-C X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ബ്ലാസ്റ്റ്പിനോ ടിബ്ലാസ്റ്റിനോ വേണ്ടി കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ഉപയോഗിക്കുക:
ടി, ടി, ഡി, അല്ലെങ്കിൽ ഡി
സ്ഥിരസ്ഥിതി (തത്തുല്യം 1 വേണ്ടി സ്ഫോടനം2 ഒപ്പം പഴയത് ഒപ്പം 2 വേണ്ടി സ്ഫോടനം
ഒപ്പം blastcl3)
0, എഫ്, അല്ലെങ്കിൽ എഫ്
കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളൊന്നുമില്ല
1 കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ മാതളനാരകം 29:2994-3005, 2001
2 കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്കോർ ക്രമീകരണം ബയോഇൻഫൊർമാറ്റിക്സ് 21:902-911, 2005,
സീക്വൻസ് പ്രോപ്പർട്ടികളിൽ വ്യവസ്ഥ ചെയ്യുന്നു
3 കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്കോർ ക്രമീകരണം ബയോഇൻഫൊർമാറ്റിക്സ് 21:902-911, 2005,
നിരുപാധികമായി
blastall, blastall_old, അല്ലെങ്കിൽ blastcl3 എന്നിവയിൽ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുമ്പോൾ (അതായത്, സ്ഫോടനമല്ല 2),
കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു u (കേസ്-ഇൻസെൻസിറ്റീവ്) മോഡിലേക്ക് ഏകീകൃത പി-മൂല്യങ്ങളുടെ ഉപയോഗം സാധ്യമാക്കുന്നു
അലൈൻമെന്റും കോമ്പോസിഷണൽ പി-മൂല്യങ്ങളും 1 റൗണ്ടിൽ മാത്രം സംയോജിപ്പിക്കുന്നു.

-C ഫയലിന്റെ പേര് (blastpgp)
PSI-BLAST ചെക്ക്‌പോയിന്റിംഗിനുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ

-C N (സീഡ് ടോപ്പ്)
സ്കോർ മാത്രം അല്ലെങ്കിൽ ഇല്ല (ഡിഫോൾട്ട് = 1)

-D N (bl2seq)
Put ട്ട്‌പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്:
0 പരമ്പരാഗത (ഡിഫോൾട്ട്)
1 പട്ടിക

-D N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ജനിതക കോഡ് അനുസരിച്ച് ഡാറ്റാബേസിലെ ക്രമങ്ങൾ വിവർത്തനം ചെയ്യുക N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt (ഡിഫോൾട്ട് 1 ആണ്; tblast-ന് മാത്രം ബാധകം*)

-D N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഔട്ട്പുട്ട് തരം:
0 വിന്യാസ എൻഡ് പോയിന്റുകളും സ്‌കോറും
1 എല്ലാ അൺഗപ്പ് സെഗ്‌മെന്റുകളും എൻഡ്‌പോയിന്റുകൾ
2 പരമ്പരാഗത BLAST ഔട്ട്പുട്ട് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
3 ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് വൺ ലൈൻ ഫോർമാറ്റ്
4 ഇൻക്രിമെന്റൽ ടെക്സ്റ്റ് ASN.1
5 ഇൻക്രിമെന്റൽ ബൈനറി ASN.1

-D N (സീഡ് ടോപ്പ്)
വിന്യസിക്കാനുള്ള ചെലവ് കുറയുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് = 99999)

-E N (bl2seq, blastcl3, megablast)
ഒരു വിടവ് ചെലവ് വർദ്ധിപ്പിക്കൽ N (-1 ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം ആവശ്യപ്പെടുന്നു)

-E N (blast2, blastall, blastall_old)
ഒരു വിടവ് ചെലവ് വർദ്ധിപ്പിക്കൽ N (-1 ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം ആവശ്യപ്പെടുന്നു: അത്യാഗ്രഹമാണെങ്കിൽ നോൺ-അഫൈൻ, 2
അല്ലാത്തപക്ഷം)

-E N (ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി, ഇംപാല, സീഡ്ടോപ്പ്)
ഒരു വിടവ് ചെലവ് വർദ്ധിപ്പിക്കൽ N (സ്ഥിരസ്ഥിതി 1 ആണ്)

-F str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastpgp,
blastcl3, impala, megablast, rpsblast) DUST അല്ലെങ്കിൽ SEG എന്നിവയ്ക്കുള്ള ഫിൽട്ടർ ഓപ്ഷനുകൾ; സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി
T bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് എന്നിവയ്‌ക്ക്, കൂടാതെ F വേണ്ടി
blastpgp, impala, rpsblast.

-F (സീഡ് ടോപ്പ്)
SEG ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസ് ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക.

-G N (bl2seq, blastcl3, megablast)
ഒരു വിടവ് തുറക്കുന്നതിനുള്ള ചെലവ് N (-1 ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം ആവശ്യപ്പെടുന്നു)

-G N (blast2, blastall, blastall_old)
ഒരു വിടവ് തുറക്കുന്നതിനുള്ള ചെലവ് N (-1 ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം ആവശ്യപ്പെടുന്നു: അത്യാഗ്രഹമാണെങ്കിൽ നോൺ-അഫൈൻ, 5 എങ്കിൽ
ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഉപയോഗിച്ച്)

-G N (ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി, ഇംപാല, സീഡ്ടോപ്പ്)
ഒരു വിടവ് തുറക്കുന്നതിനുള്ള ചെലവ് N (സ്ഥിരസ്ഥിതി 11 ആണ്)

-H (സ്ഫോടനം 2)
HTML ഔട്ട്പുട്ട് നിർമ്മിക്കുക

-H N (blastpgp)
അന്വേഷണത്തിൽ ആവശ്യമുള്ള മേഖലയുടെ അവസാനം (-1 എന്നത് അന്വേഷണത്തിന്റെ അവസാനത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു)

-H (ഇംപാല)
പ്രിന്റ് സഹായം (ഉപയോഗ സന്ദേശത്തിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തം)

-H N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഓരോ ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസിലും സംരക്ഷിക്കാൻ പരമാവധി HSP-കളുടെ എണ്ണം (ഡിഫോൾട്ട് 0 ആണ്, പരിധിയില്ലാത്തതാണ്)

-I "തുടക്കം നിർത്തുക"(bl2seq, blast2)
ആദ്യ (ചോദ്യം) ശ്രേണിയിലെ സ്ഥാനം (ഫയൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രം ബാധകമാണ് -i അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ഒരൊറ്റ സീക്വൻസ്)

-I (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) deflines-ൽ GI-കൾ കാണിക്കുക

-J "തുടക്കം നിർത്തുക"(bl2seq, blast2)
രണ്ടാമത്തെ (വിഷയം) സീക്വൻസിലുള്ള ലൊക്കേഷൻ (ഫയൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രം ബാധകമാണ് -j
ഒരൊറ്റ സീക്വൻസ് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു)

-J (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala, megablast,
rpsblast, seedtop) ചോദ്യം defline വിശ്വസിക്കുക

-K N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
സൂക്ഷിക്കാൻ ഒരു മേഖലയിൽ നിന്നുള്ള മികച്ച ഹിറ്റുകളുടെ എണ്ണം. ഡിഫോൾട്ടായി ഓഫ്. ഉപയോഗിച്ചാൽ 100 ​​മൂല്യം
ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു. വളരെ ഉയർന്ന മൂല്യങ്ങൾ -v or -b എന്നിവയും നിർദ്ദേശിക്കപ്പെടുന്നു.

-K N (സീഡ് ടോപ്പ്)
ഇന്റേണൽ ഹിറ്റ് ബഫർ സൈസ് മൾട്ടിപ്ലയർ (wrt അന്വേഷണ ദൈർഘ്യം; ഡിഫോൾട്ട് = 2)

-L (സ്ഫോടനം 2)
വീതി 12 ഉള്ള (ക്ലാസിക്കൽ മെഗാ ബ്ലാസ്റ്റ്) ലുക്കപ്പ് ടേബിൾ ഉപയോഗിക്കുക

-L ആരംഭിക്കുക, നിർത്തുക (blastall, blastall_old, blastcl3, megablast,
rpsblast) അന്വേഷണ ക്രമത്തിലെ സ്ഥാനം (rpsblast-ന്, blastp മോഡിൽ മാത്രം സാധുതയുള്ളത്)

-M str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, seedtop) മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിക്കുക str (സ്ഥിരസ്ഥിതി = BLOSUM62)

-M N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഒറ്റത്തവണ തിരയലിനുള്ള അന്വേഷണങ്ങളുടെ പരമാവധി ദൈർഘ്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി = 5000000)

-N (സ്ഫോടനം 2)
പട്ടിക ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ സീക്വൻസ് ഐഡികൾക്കുള്ള പ്രവേശനങ്ങൾ മാത്രം കാണിക്കുക

-N X (blastpgp, rpsblast)
ഗ്യാപ്പിംഗ് ട്രിഗർ ചെയ്യാനുള്ള ബിറ്റുകളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി = 22.0)

-N N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
വ്യത്യസ്‌തമായ ഒരു പദ ടെംപ്ലേറ്റിന്റെ തരം:
0 കോഡിംഗ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
1 ഒപ്റ്റിമൽ
2 രണ്ട് ഒരേസമയം

-O ഫയലിന്റെ പേര് (blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, impala, megablast, rpsblast, seedtop) റൈറ്റ് (ASN.1) സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റുകൾ
ലേക്ക് ഫയലിന്റെ പേര്; blastpgp, impala, rpsblast, സീഡ്‌ടോപ്പ് എന്നിവയ്‌ക്ക് മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ -J, ഒപ്പം
മെഗാബ്ലാസ്റ്റിന് മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ -D2.

-P X (സ്ഫോടനം 2)
ഐഡന്റിറ്റി ശതമാനം കട്ട് ഓഫ്

-P N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, rpsblast)
സിംഗിൾ-ഹിറ്റ് മോഡിന് 1 അല്ലെങ്കിൽ മൾട്ടിപ്പിൾ-ഹിറ്റ് മോഡിന് 0 ആയി സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി). ബാധകമല്ല
പൊട്ടിത്തെറിക്കാൻ.

-P ഫയലിന്റെ പേര് (ഇംപാല)
ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് മാട്രിക്സ് പ്രൊഫൈലുകൾ വായിക്കുക ഫയലിന്റെ പേര്

-P N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഒരു ഹാഷ് മൂല്യത്തിനായുള്ള സ്ഥാനങ്ങളുടെ പരമാവധി എണ്ണം (അവഗണിക്കാൻ 0 [ഡിഫോൾട്ട്] ആയി സജ്ജമാക്കുക)

-Q N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ജനിതക കോഡ് അനുസരിച്ച് ചോദ്യം വിവർത്തനം ചെയ്യുക N /usr/share/ncbi/data/gc.prt ൽ (സ്ഥിരസ്ഥിതി
1 ആണ്)

-Q ഫയലിന്റെ പേര് (blastpgp)
ASCII-ൽ PSI-BLAST Matrix-നുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ

-Q ഫയലിന്റെ പേര് (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
മാസ്ക് ചെയ്ത അന്വേഷണ ഔട്ട്പുട്ട്; ആവശ്യപ്പെടുന്നു -D 2

-R (സ്ഫോടനം 2)
പ്രാദേശികമായി ഒപ്റ്റിമൽ സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ അലൈൻമെന്റുകൾ കണക്കാക്കുക. (ഈ ഓപ്ഷൻ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ
വിടവുള്ള tblastn.)

-R ഫയലിന്റെ പേര് (ബ്ലാസ്റ്റൽ, ബ്ലാസ്റ്റാൾ_ഓൾഡ്)
PSI-TBLASTN ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഫയൽ വായിക്കുക ഫയലിന്റെ പേര്

-R (blastcl3)
ആർപിഎസ് ബ്ലാസ്റ്റ് തിരയൽ

-R ഫയലിന്റെ പേര് (blastpgp)
PSI-BLAST പുനരാരംഭിക്കുന്നതിനുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-R (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ അവസാനം ലോഗ് വിവരങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക

-S N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
megablast) blastn, blastx, tblastx എന്നിവയ്‌ക്കായുള്ള ഡാറ്റാബേസിനെതിരെ തിരയാനുള്ള സ്ട്രാൻഡുകൾ:
1 ടോപ്പ്
2 താഴെ
3 രണ്ടും (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-S N (blastpgp)
അന്വേഷണത്തിൽ ആവശ്യമായ മേഖലയുടെ ആരംഭം (സ്ഥിരസ്ഥിതി = 1)

-S N (സീഡ് ടോപ്പ്)
കട്ട്ഓഫ് ചെലവ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി = 30)

-T (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) HTML ഔട്ട്പുട്ട് നിർമ്മിക്കുക

-T N (സ്ഫോടനം 2)
വ്യത്യസ്‌തമായ ഒരു പദ ടെംപ്ലേറ്റിന്റെ തരം:
0 കോഡിംഗ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
1 ഒപ്റ്റിമൽ
2 രണ്ട് ഒരേസമയം

-U (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, megablast,
rpsblast) ക്വറി സീക്വൻസിനായി ലോവർ കെയ്സ് ഫിൽട്ടറിംഗ് ഉപയോഗിക്കുക

-V (bl2seq, blastall, megablast)
ലെഗസി എഞ്ചിന്റെ നിർബന്ധിത ഉപയോഗം

-V (സ്ഫോടനം 2)
ഡാറ്റാബേസ് സ്കാനിംഗിനായി വേരിയബിൾ വേഡ് സൈസ് സമീപനം ഉപയോഗിക്കുക

-W N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) വലിപ്പമുള്ള വാക്കുകൾ ഉപയോഗിക്കുക N (മികച്ച പൊരുത്തത്തിന്റെ ദൈർഘ്യം;
മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് ഒഴികെ, പൂജ്യം ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു, അത് 28-ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ
blastpgp, ഇത് ഡിഫോൾട്ട് ആയി 3. മറ്റ് കമാൻഡുകൾക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യങ്ങൾ വ്യത്യാസപ്പെടുന്നു
"പ്രോഗ്രാം": ബ്ലാസ്റ്റിന് 11, മെഗാബ്ലാസ്റ്റിന് 28, മറ്റെല്ലാത്തിനും 3.)

-X N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി, മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്, ആർ‌പി‌എസ്‌ബ്ലാസ്റ്റ്, സീഡ്‌ടോപ്പ്) വിടവുള്ള വിന്യാസത്തിനുള്ള X ഡ്രോപ്പ് ഓഫ് മൂല്യം (ഇൻ
ബിറ്റുകൾ) (പൂജ്യം ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു, മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് ഒഴികെ, അത് 20-ലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട് ചെയ്യുന്നു,
കൂടാതെ rpsblast ഉം സീഡ്‌ടോപ്പും, അത് 15-ലേക്ക് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി മാറുന്നു. മറ്റൊന്നിന്റെ സ്ഥിര മൂല്യങ്ങൾ
"പ്രോഗ്രാം" അനുസരിച്ച് കമാൻഡുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടുന്നു: ബ്ലാസ്റ്റന് 30, മെഗാബ്ലാസ്റ്റിന് 20, tblastx-ന് 0, കൂടാതെ
മറ്റെല്ലാത്തിനും 15.)

-Y X (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
blastpgp, megablast, rpsblast) തിരയൽ സ്ഥലത്തിന്റെ ഫലപ്രദമായ ദൈർഘ്യം (ഇതിനായി പൂജ്യം ഉപയോഗിക്കുക
യഥാർത്ഥ വലിപ്പം)

-Z N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്, ആർ‌പി‌എസ്‌ബ്ലാസ്റ്റ്) അവസാന [ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ്?] ഡ്രോപ്പ് ഓഫ് മൂല്യം
ബിറ്റുകളിലെ വിന്യാസം (ബ്ലാസ്റ്റിനും മെഗാബ്ലാസ്റ്റിനും ഡിഫോൾട്ട് 100, tblastx-ന് 0, 25-ന്
മറ്റുള്ളവർ)

-a ഫയലിന്റെ പേര് (bl2seq)
ടെക്സ്റ്റ് ASN.1 ഔട്ട്പുട്ട് ഇതിലേക്ക് എഴുതുക ഫയലിന്റെ പേര്

-a N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) ഉപയോഗിക്കേണ്ട ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി ഒന്ന്)

-b N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) വിന്യാസങ്ങൾ കാണിക്കുന്നതിനുള്ള ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം
(ബി) (സ്ഥിരസ്ഥിതി 250 ആണ്)

-c (സ്ഫോടനം 2)
മുഖംമൂടി ചെറിയ കേസ്

-c N (ഇംപാല)
മൾട്ടിപാസ് പതിപ്പിനുള്ള കപട കൗണ്ടുകളിൽ സ്ഥിരത; 0 (സ്ഥിരസ്ഥിതി) എൻട്രോപ്പി രീതി ഉപയോഗിക്കുന്നു;
അല്ലെങ്കിൽ 30-ന് അടുത്തുള്ള ഒരു മൂല്യം ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു

-c N (ഇംപാല)
മൾട്ടിപാസ് പതിപ്പിനുള്ള കപട കൗണ്ടുകളിൽ സ്ഥിരത (സ്ഥിരസ്ഥിതി 10 ആണ്)

-d N (bl2seq)
സൈദ്ധാന്തിക DB വലുപ്പം ഉപയോഗിക്കുക N (പൂജ്യം യഥാർത്ഥ വലുപ്പത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു)

-d str (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
ഇംപാല, മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്, സീഡ്‌ടോപ്പ്) ഉപയോഗിക്കാനുള്ള ഡാറ്റാബേസ് (എല്ലാ എക്‌സിക്യൂട്ടബിളുകൾക്കും ഡിഫോൾട്ട് എൻആർ ആണ്
ബ്ലാസ്റ്റ്2 ഒഴികെ, ഇത് സജ്ജീകരിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ രണ്ടാമത്തെ ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസ് ആവശ്യമാണ്)

-d ഫയലിന്റെ പേര് (rpsblast)
RPS BLAST ഡാറ്റാബേസ്

-e X പ്രതീക്ഷിത മൂല്യം (E) (ഡിഫോൾട്ട് = 10.0)

-f X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
ഹിറ്റുകൾ വിപുലീകരിക്കുന്നതിനുള്ള ത്രെഷോൾഡ്, പൂജ്യമാണെങ്കിൽ ഡിഫോൾട്ട്: ബ്ലാസ്റ്റിനും മെഗാബ്ലാസ്റ്റിനും 0, 11-ന്
blastp, 12 blastx, 13 tblasn, tblastx.

-f N (blastpgp)
ഹിറ്റുകൾ വിപുലീകരിക്കുന്നതിനുള്ള പരിധി (ഡിഫോൾട്ട് 11)

-f (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ മുഴുവൻ ഐഡികളും കാണിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്: GI-കൾ അല്ലെങ്കിൽ പ്രവേശനങ്ങൾ മാത്രം)

-f (സീഡ് ടോപ്പ്)
പാറ്റേണുകൾ വളരെ സാദ്ധ്യതയുണ്ടെങ്കിൽപ്പോലും തിരയാൻ നിർബന്ധിക്കുക

-g F (bl2seq, blastall, blastall_old, blastcl3)
വിടവുള്ള വിന്യാസം നടത്തരുത് (tblastx-ന് N/A)

-g (സ്ഫോടനം 2)
വിടവുള്ള വിപുലീകരണങ്ങൾക്കായി അത്യാഗ്രഹ അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക

-g F (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഡാറ്റാബേസിന്റെ ഓരോ ബേസിനും വാക്കുകൾ സൃഷ്‌ടിക്കുന്ന മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് ഉണ്ടാക്കുക
(നിലവിലെ BLAST എഞ്ചിനിനൊപ്പം നിർബന്ധമാണ്)

-h N (സ്ഫോടനം 2)
ഫ്രെയിമിന് പുറത്തുള്ള ഗ്യാപ്പിങ്ങിനുള്ള ഫ്രെയിം ഷിഫ്റ്റ് പിഴ (blastx, tblastn മാത്രം; സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
പൂജ്യം)

-h X (ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി, ഇംപാല)
മൾട്ടിപാസ് മോഡലിൽ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള e-value threshold (default = blastpgp-ന് 0.002,
ഇംപാലയ്ക്ക് 0.005)

-i ഫയലിന്റെ പേര്
(ആദ്യം, ചോദ്യം) ക്രമം വായിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ അതിൽ നിന്ന് സജ്ജമാക്കുക ഫയലിന്റെ പേര് (സ്ഥിരസ്ഥിതി stdin ആണ്; ഇതിന് ആവശ്യമില്ല
സ്കോർമാറ്റിൽ നിന്ന് പുനരാരംഭിക്കുകയാണെങ്കിൽ blastpgp)

-j ഫയലിന്റെ പേര് (bl2seq, blast2)
രണ്ടാമത്തെ (വിഷയം) ക്രമം വായിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ അതിൽ നിന്ന് സജ്ജമാക്കുക ഫയലിന്റെ പേര്

-j N (blastpgp)
മൾട്ടിപാസ് പതിപ്പിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട പാസുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം (ഡിഫോൾട്ട് = 1)

-k str (സ്ഫോടനം 2)
PHI-BLAST-നുള്ള പാറ്റേൺ

-k ഫയലിന്റെ പേര് (ബ്ലാസ്റ്റ്പിജിപി, സീഡ്ടോപ്പ്)
PHI-BLAST-നുള്ള ഇൻപുട്ട് ഹിറ്റ് ഫയൽ (ഡിഫോൾട്ട് = hit_file)

-l str (blastall, blastall_old, blastpgp, megablast)
ഡാറ്റാബേസിന്റെ തിരച്ചിൽ GI യുടെ ലിസ്റ്റിലേക്ക് പരിമിതപ്പെടുത്തുക [സ്ട്രിംഗ്]

-l ഫയലിന്റെ പേര് (rpsblast)
എന്നതിലേക്ക് സന്ദേശങ്ങൾ ലോഗ് ചെയ്യുക ഫയലിന്റെ പേര് സാധാരണ പിശകിനേക്കാൾ.

-m (bl2seq)
തിരയലിനായി മെഗാ ബ്ലാസ്റ്റ് ഉപയോഗിക്കുക

-m N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) അലൈൻമെന്റ് കാഴ്ച ഓപ്ഷനുകൾ:
0 ജോടിയായി (ഡിഫോൾട്ട്)
ഐഡന്റിറ്റികൾ കാണിക്കുന്ന ഒരു ചോദ്യം-ആങ്കർ ചെയ്‌തു
2 അന്വേഷണ-ആങ്കർ ചെയ്‌തു, ഐഡന്റിറ്റികളൊന്നുമില്ല
3 ഫ്ലാറ്റ് ക്വറി-ആങ്കർഡ്, ഐഡന്റിറ്റികൾ കാണിക്കുക
4 ഫ്ലാറ്റ് ക്വറി-ആങ്കർ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു, ഐഡന്റിറ്റികളൊന്നുമില്ല
5 ക്വറി-ആങ്കർ ചെയ്‌തു, ഐഡന്റിറ്റികളില്ല, മങ്ങിയ അറ്റങ്ങളും ഇല്ല
6 ഫ്ലാറ്റ് ക്വറി-ആങ്കർ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു, ഐഡന്റിറ്റികളില്ല, മങ്ങിയ അറ്റങ്ങളും ഇല്ല
7 XML ബ്ലാസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് (ഇംപാലയ്ക്ക് ലഭ്യമല്ല)
8 പട്ടിക (ഇംപാലയ്ക്ക് ലഭ്യമല്ല)
കമന്റ് ലൈനുകളുള്ള 9 പട്ടിക (ഇംപാലയ്ക്ക് ലഭ്യമല്ല)
10 ASN.1 ടെക്‌സ്‌റ്റ് (impala അല്ലെങ്കിൽ rpsblast-ന് ലഭ്യമല്ല)
11 ASN.1 ബൈനറി (impala അല്ലെങ്കിൽ rpsblast-ന് ലഭ്യമല്ല)

-n (സ്ഫോടനം 2)
സീക്വൻസ് ഐഡികളിൽ ജിഐകൾ കാണിക്കുക

-n (blastall, blastall_old, blastcl3)
മെഗാബ്ലാസ്റ്റ് തിരയൽ

-n (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
അഫൈൻ ഗ്യാപ്പ് സ്‌കോറുകൾക്കായി നോൺ-ഗ്രീഡി (ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ്) എക്സ്റ്റൻഷൻ ഉപയോഗിക്കുക

-o ഫയലിന്റെ പേര്
അവസാന അലൈൻമെന്റ് റിപ്പോർട്ട് എഴുതുക ഫയലിന്റെ പേര് പകരം stdout

-p str (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
"പ്രോഗ്രാം" ഉപയോഗിക്കുക (താരതമ്യ തരം) str. ദി വിവരണം വിഭാഗം ഇത് ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
കൂടുതൽ വിശദമായി ഓപ്ഷൻ.

-p str (blastpgp)
PHI-BLAST-നുള്ള പ്രോഗ്രാം ഓപ്ഷൻ (സ്ഥിരസ്ഥിതി = blastpgp)

-p X (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഐഡന്റിറ്റി ശതമാനം കട്ട് ഓഫ് (ഡിഫോൾട്ട് = 0)

-p F (rpsblast)
ക്വറി സീക്വൻസ് ന്യൂക്ലിയോടൈഡാണ്, പ്രോട്ടീനല്ല

-p str (സീഡ് ടോപ്പ്)
പ്രോഗ്രാമിന്റെ പേര്:
patmatchp ഒരു ക്രമത്തിൽ ഏതൊക്കെ പാറ്റേണുകളാണ് സംഭവിക്കുന്നതെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു
പാറ്റേൺ ഏത് സീക്വൻസിലാണ് ഒരു പാറ്റേൺ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നതെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു

-q N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്, സീഡ്‌ടോപ്പ്) ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള പിഴ (സ്ഫോടനം മാത്രം) (സ്ഥിര = -10
സീഡ്‌ടോപ്പിനായി, -3 മറ്റെല്ലാത്തിനും)

-q N (blastpgp)
ASN.1 ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഡാറ്റയുടെ സ്‌കോർമാറ്റ് ഇൻപുട്ട്:
0 സ്കോർമാറ്റ് ഇൻപുട്ട് ഇല്ല (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
ASCII സ്കോർമാറ്റ് ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഫയലിൽ നിന്ന് 1 പുനരാരംഭിക്കുക
2 ബൈനറി സ്കോർമാറ്റ് ചെക്ക് പോയിന്റ് ഫയലിൽ നിന്ന് പുനരാരംഭിക്കുക

-r N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3,
മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്, സീഡ്‌ടോപ്പ്) ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തത്തിനുള്ള പ്രതിഫലം (ബ്ലാസ്റ്റൺ മാത്രം) (ഡിഫോൾട്ട് = 10 ഇതിനായി
സീഡ്‌ടോപ്പ്, മറ്റെല്ലാത്തിനും -10)

-s (സ്ഫോടനം 2)
നോ-ഓപ് (ഡാറ്റാബേസിന്റെ എല്ലാ ബേസിനും വേണ്ടി മുമ്പ് അഭ്യർത്ഥിച്ച വാക്കുകൾ)

-s (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp)
പ്രാദേശികമായി ഒപ്റ്റിമൽ സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ അലൈൻമെന്റുകൾ കണക്കാക്കുക. ബ്ലാസ്റ്റാൾ, ബ്ലാസ്റ്റാൽ_ഓൾഡ്, കൂടാതെ
blastcl3, ഇത് gapped tblastn മോഡിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ.

-s N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഹിറ്റ് സ്കോർ (ഡിഫോൾട്ട് പെരുമാറ്റത്തിന് 0)

-t N (bl2seq, blast2, blastall, blastall_old, blastcl3)
അവ്യക്തമായ ഒരു പദ ടെംപ്ലേറ്റിന്റെ ദൈർഘ്യം (വിവർത്തനം ചെയ്തതിൽ അനുവദനീയമായ ഏറ്റവും വലിയ ഇൻട്രോൺ
ഒന്നിലധികം വ്യത്യസ്ത അസൈൻമെന്റുകൾ ലിങ്ക് ചെയ്യുമ്പോൾ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസ്; സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0;
നെഗറ്റീവ് മൂല്യങ്ങൾ blastall, blastall_old, blastcl3 എന്നിവയ്ക്കുള്ള ലിങ്കിംഗ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു.)

-t N[u] (blastpgp)
കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്കോർ ക്രമീകരണം. ആദ്യത്തെ പ്രതീകം ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെടുന്നു:
0, എഫ്, അല്ലെങ്കിൽ എഫ്
കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളൊന്നുമില്ല
1 കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ മാതളനാരകം 29:2994-3005, 2001
2, ടി, അല്ലെങ്കിൽ ടി
കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്കോർ ക്രമീകരണം ബയോഇൻഫൊർമാറ്റിക്സ് 21:902-911, 2005,
റൗണ്ട് 1 ലെ സീക്വൻസ് പ്രോപ്പർട്ടികളിൽ കണ്ടീഷൻ ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട്)
3 കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്കോർ ക്രമീകരണം ബയോഇൻഫൊർമാറ്റിക്സ് 21:902-911, 2005,
റൗണ്ട് 1 ൽ നിരുപാധികം

കോമ്പോസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ഉപയോഗത്തിലായിരിക്കുമ്പോൾ, കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു u (കേസ്-ഇൻസെൻസിറ്റീവ്) ലേക്ക്
ആർഗ്യുമെന്റ് പി-മൂല്യവും കോമ്പോസിഷണൽ പി-വിന്യാസവും സംയോജിപ്പിച്ച് ഏകീകൃത പി-മൂല്യം അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു
റൗണ്ട് 1-ൽ മാത്രം മൂല്യം.

-t N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
വ്യതിചലിക്കാത്ത പദ ടെംപ്ലേറ്റിന്റെ ദൈർഘ്യം (തുടർച്ചയുള്ള വാക്ക് 0 ആണെങ്കിൽ [സ്ഥിരസ്ഥിതി])

-u (സ്ഫോടനം 2)
ഇല്ലാത്ത വിന്യാസം മാത്രം ചെയ്യുക (tblastx-ന് എല്ലായ്പ്പോഴും ശരിയാണ്)

-u str (blastcl3)
Entrez2 ലുക്കപ്പിന്റെ ഫലങ്ങൾക്കായി ഡാറ്റാബേസിന്റെ തിരയൽ പരിമിതപ്പെടുത്തുക

-u N (blastpgp)
ASN.1 ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഡാറ്റയുടെ സ്‌കോർമാറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ട്:
0 സ്കോർമാറ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ഇല്ല (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
1 ഔട്ട്‌പുട്ട് ASCII സ്‌കോർമാറ്റ് ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഫയൽ (ആവശ്യമാണ് -J)
2 ഔട്ട്‌പുട്ട് ബൈനറി സ്‌കോർമാറ്റ് ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഫയൽ (ആവശ്യമാണ് -J)

-v N (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, megablast, rpsblast) കാണിക്കാനുള്ള ഒറ്റവരി വിവരണങ്ങളുടെ എണ്ണം (V) (ഡിഫോൾട്ട് =
500)

-w N (സ്ഫോടനം 2)
വിൻഡോ വലുപ്പം (പരമാവധി. ഒരു ജോടി പ്രാരംഭ ഹിറ്റുകൾക്കിടയിൽ അനുവദനീയമായ ദൂരം; 0 ഇൻവോക്കുകൾ
ഡിഫോൾട്ട് സ്വഭാവം, -1 ഒന്നിലധികം ഹിറ്റുകൾ ഓഫ് ചെയ്യുന്നു)

-w N (blastall, blastall_old, blastcl3)
ഫ്രെയിം ഷിഫ്റ്റ് പെനാൽറ്റി (ബ്ലാസ്റ്റ്ക്സിനുള്ള OOF അൽഗോരിതം)

-y X (blast2, blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp,
impala, rpsblast) ബിറ്റുകളിലെ അൺഗാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷനുകൾക്കുള്ള X ഡ്രോപ്പ്ഓഫ് (0.0 ഡിഫോൾട്ട് ഇൻവോക്ക് ചെയ്യുന്നു
പെരുമാറ്റം: ബ്ലാസ്റ്റന് 20, മെഗാബ്ലാസ്റ്റിന് 10, മറ്റെല്ലാവർക്കും 7.)

-y N (മെഗാബ്ലാസ്റ്റ്)
ഉപയോഗിക്കാത്ത വിപുലീകരണത്തിനുള്ള X ഡ്രോപ്പ് ഓഫ് മൂല്യം (ഡിഫോൾട്ട് 10 ആണ്)

-z N (സ്ഫോടനം 2)
അസമമായ വിടവ് HSP ലിങ്കിംഗിനുള്ള ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ ഇൻട്രോൺ ദൈർഘ്യം (tblastn മാത്രം; ഡിഫോൾട്ട് 0 ആണ്)

-z N (blastall, blastall_old, blastcl3, blastpgp, impala,
megablast, rpsblast) ഡാറ്റാബേസിന്റെ ഫലപ്രദമായ ദൈർഘ്യം (യഥാർത്ഥ വലുപ്പത്തിന് പൂജ്യം ഉപയോഗിക്കുക)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ സീഡ്‌ടോപ്പ് ഉപയോഗിക്കുക