SIBsim4 - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

SIBsim4 - ഇൻട്രോണുകൾ അനുവദിക്കുന്ന ഒരു ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുമായി ആർഎൻഎ സീക്വൻസുകളെ വിന്യസിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

SIBsim4 [ ഓപ്ഷനുകൾ ] dna rna_db

വിവരണം

SIBsim4 പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന ശ്രേണികളുടെ (EST,
mRNA) ഒരു ജീനോമിക് ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുള്ള.

സമാരംഭിക്കുന്നു SIBsim4 യാതൊരു ആർഗ്യുമെന്റുകളും ഇല്ലാതെ, അവയുടെ സഹിതം ഓപ്‌ഷൻ ലിസ്റ്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്യും
സ്ഥിര മൂല്യങ്ങൾ.

SIBsim4 അടിസ്ഥാന പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ ബ്ലോക്കുകൾ ആദ്യം നിർണ്ണയിക്കാൻ ഒരു സ്ഫോടനത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സാങ്കേതികത ഉപയോഗിക്കുന്നു
"എക്സോൺ കോറുകൾ" പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു. ഈ ആദ്യ ഘട്ടത്തിൽ, സാധ്യമായ എല്ലാ കൃത്യമായ പൊരുത്തങ്ങളും ഇത് കണ്ടെത്തുന്നു
രണ്ട് സീക്വൻസുകൾക്കിടയിലുള്ള W-mers (അതായത്, W വലുപ്പമുള്ള DNA പദങ്ങൾ) അവ വരെ നീളുന്നു
പരമാവധി സ്‌കോറിംഗ് വിടവ് രഹിത സെഗ്‌മെന്റുകൾ. രണ്ടാം ഘട്ടത്തിൽ, എക്സോൺ കോറുകൾ നീട്ടുന്നു
അത്യാഗ്രഹമുള്ള വിന്യാസ അൽഗോരിതങ്ങളും ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്സും ഉപയോഗിച്ച് തൊട്ടടുത്തുള്ള ഇതുവരെ പൊരുത്തപ്പെടാത്ത ശകലങ്ങൾ
സ്‌പ്ലൈസ്-സൈറ്റ് റെക്കഗ്നിഷൻ സിഗ്‌നലുകളുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന കോൺഫിഗറേഷനുകൾ അനുകൂലമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
(ഉദാ, GT-AG). ആവശ്യമെങ്കിൽ, കുറച്ച് കർശനമായ പാരാമീറ്ററുകൾ ഉപയോഗിച്ച് പ്രക്രിയ ആവർത്തിക്കുന്നു
പൊരുത്തപ്പെടാത്ത ശകലങ്ങൾ.

സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, SIBsim4 രണ്ട് സ്ട്രോണ്ടുകളും തിരയുകയും മികച്ച പൊരുത്തങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു, ഇത് അളക്കുന്നു
വിന്യാസത്തിൽ കാണപ്പെടുന്ന പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ എണ്ണം. ദി R കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷൻ ആകാം
തിരയൽ ഒരു ഓറിയന്റേഷനിലേക്ക് (സ്ട്രാൻഡ്) മാത്രം പരിമിതപ്പെടുത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

നിലവിൽ, നാല് പ്രധാന അലൈൻമെന്റ് ഡിസ്പ്ലേ ഓപ്ഷനുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു, നിയന്ത്രിക്കുന്നത് A ഓപ്ഷൻ.
ഡിഫോൾട്ടായി, ഇൻട്രോണുകളുടെ അവസാന പോയിന്റുകളും മൊത്തത്തിലുള്ള സമാനതയും ഓറിയന്റേഷനും മാത്രമാണ്
അറിയിച്ചു. ഒരു അമ്പടയാള ചിഹ്നം ('->' അല്ലെങ്കിൽ '<-') ഇൻട്രോണിന്റെ ഓറിയന്റേഷനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. അടയാളം
ആ സ്ഥാനത്ത് ആരംഭിക്കുന്ന ഒരു cDNA ശകലത്തിന്റെ വിന്യാസത്തിൽ നിന്നുള്ള അഭാവം `==' അടയാളപ്പെടുത്തുന്നു.

ചുവടെയുള്ള വിവരണത്തിൽ, പദം MSP ഒരു പരമാവധി സ്കോറിംഗ് ജോഡിയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, അതായത് ഒരു ജോടി
സ്ഫോടനം പോലെയുള്ള പ്രക്രിയയിൽ ലഭിച്ച രണ്ട് സീക്വൻസുകളിലും വളരെ സമാനമായ ശകലങ്ങൾ
മത്സരങ്ങളും ഒരുപക്ഷെ ചില പൊരുത്തക്കേടുകളും ഒരു W-mer ഹിറ്റ് വിപുലീകരിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-എ
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്
0: എക്സോൺ എൻഡ് പോയിന്റുകൾ മാത്രം
1: വിന്യാസ വാചകം
3: എക്സോൺ എൻഡ് പോയിന്റുകളും അലൈൻമെന്റ് ടെക്സ്റ്റും
4: എക്സോൺ എൻഡ് പോയിന്റുകളും പോളിഎ വിവരങ്ങളുള്ള വിന്യാസ വാചകവും

2 നടപ്പിലാക്കാത്തത് ശ്രദ്ധിക്കുക.

സ്ഥിര മൂല്യം 0 ആണ്.

-സി
രണ്ടാമത്തെ പാസിനുള്ള MSP സ്കോർ ത്രെഷോൾഡ്.

സ്ഥിര മൂല്യം 12 ആണ്.

-സി
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്കോർ കട്ട്ഓഫ് മൂല്യം. ഈ മൂല്യത്തിന് താഴെയുള്ള സ്‌കോറുകൾ ഉള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ അല്ല
റിപ്പോർട്ടുചെയ്തു.

സ്ഥിര മൂല്യം 50 ആണ്.

-ഇ
കട്ട്ഓഫ് മൂല്യം.

സ്ഥിര മൂല്യം 3 ആണ്.

-എഫ്
ശതമാനത്തിൽ സ്കോർ ഫിൽട്ടർ. ഒരേ RNA മൂലകത്തിന് ഒന്നിലധികം ഹിറ്റുകൾ കണ്ടെത്തുമ്പോൾ,
ആ RNA-യുടെ പരമാവധി സ്‌കോറിന്റെ ഈ ശതമാനത്തിനുള്ളിൽ സ്‌കോർ ഉള്ളവർ മാത്രം
മൂലകം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. ഈ മൂല്യം 0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് ഫിൽട്ടറിംഗ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു, എല്ലാ ഹിറ്റുകളും ചെയ്യും
അവരുടെ സ്കോർ നിർദിഷ്ട കട്ട്ഓഫ് മൂല്യത്തിന് മുകളിലാണെങ്കിൽ, റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യണം c
ഓപ്ഷൻ.

സ്ഥിര മൂല്യം 75 ആണ്.

-ജി
ജനിതകഘടനയിലും ആർഎൻഎയിലും ഉള്ള വിടവ് ഇതിൽ കൂടുതലും വ്യത്യാസപ്പെട്ടിരിക്കുമ്പോൾ എക്സോണുകളിൽ ചേരുക
ശതമാനം.

സ്ഥിര മൂല്യം 10 ആണ്.

-എച്ച്
മികച്ച സ്കോർ ഈ ശതമാനത്തേക്കാൾ കുറവായിരിക്കുമ്പോൾ ചിമെറിക് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
മൊത്തത്തിലുള്ള RNA കവറേജും ചിമേര സ്‌കോറും ഈ ശതമാനത്തേക്കാൾ കൂടുതലാണ്
RNA ദൈർഘ്യം (0 ഈ റിപ്പോർട്ട് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു)

സ്ഥിര മൂല്യം 75 ആണ്.

-ഐ
ഇൻട്രോൺ സ്‌പ്ലിക്കിംഗിനായി തിരയേണ്ട വിൻഡോ വീതി.

സ്ഥിര മൂല്യം 6 ആണ്.

-കെ
ആദ്യ പാസിനുള്ള MSP സ്കോർ ത്രെഷോൾഡ്.

സ്ഥിര മൂല്യം 16 ആണ്.

-എൽ
ഫോർവേഡ് സ്‌പ്ലൈസ്-ടൈപ്പുകളുടെ ഒരു കോമ വേർതിരിക്കപ്പെട്ട ലിസ്റ്റ്.

സ്ഥിര മൂല്യം "GTAG,GCAG,GTAC,ATAC" ആണ്.

-എം
സ്‌പ്ലൈസ് സൈറ്റുകൾ സ്‌കോറിംഗ് ചെയ്യുക, എം ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾക്കുള്ളിലെ പൊരുത്തം വിലയിരുത്തുക.

സ്ഥിര മൂല്യം 10 ആണ്.

-ഒ
ഫലങ്ങൾ അച്ചടിക്കുമ്പോൾ, ഈ തുക കൊണ്ട് dna ക്രമത്തിൽ nt സ്ഥാനങ്ങൾ ഓഫ്‌സെറ്റ് ചെയ്യുക.

സ്ഥിര മൂല്യം 0 ആണ്.

-ക്യു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള പിഴ.

സ്ഥിര മൂല്യം -5 ആണ്.

-ആർ
തിരയലിന്റെ ദിശ
0: '+' (നേരിട്ട്) സ്‌ട്രാൻഡ് മാത്രം തിരയുക
1: '-' സ്‌ട്രാൻഡ് മാത്രം തിരയുക
2: രണ്ട് ഇഴകളും തിരയുക

സ്ഥിര മൂല്യം 2 ആണ്.

-ആർ
ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തത്തിനുള്ള പ്രതിഫലം.

സ്ഥിര മൂല്യം 1 ആണ്.

-എസ്
splice site indels തിരയൽ വീതി. ഒരു സ്പ്ലൈസിന്റെ മികച്ച സ്ഥാനം നിർണ്ണയിക്കുമ്പോൾ
വെബ്സൈറ്റ് SIBsim4 ഈ എണ്ണം ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും ഇല്ലാതാക്കലും ചേർക്കുന്നത് വിലയിരുത്തും
സ്‌പ്ലൈസ് ജംഗ്‌ഷന്റെ ഓരോ വശത്തുമുള്ള DNA സ്‌ട്രാൻഡിൽ.

സ്ഥിര മൂല്യം 2 ആണ്.

-എസ്
സ്കോർ ശതമാനത്തിൽ വിഭജിക്കുക. എംഎസ്പി ലിങ്ക് ചെയ്യുമ്പോൾ, തുടർച്ചയായി രണ്ട് കൂട്ടം എക്സോണുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ
ഒരേ ജീനിന്റെ രണ്ട് വ്യത്യസ്‌ത പകർപ്പുകളുടെ ഭാഗമാകാൻ കഴിയുമെന്ന് തോന്നുന്നു, അവ ചെയ്യും
ഓരോ ഗ്രൂപ്പിന്റെയും സ്കോർ മൊത്തത്തിൽ മികച്ചതാണോ എന്ന് പരിശോധിക്കണം
സ്കോർ ഈ മൂല്യത്തേക്കാൾ വലുതാണ്. രണ്ട് ഗ്രൂപ്പുകളും ഇതിന് മുകളിൽ ആപേക്ഷിക സ്കോർ ഉണ്ടെങ്കിൽ
ഉമ്മരപ്പടി അവർ പിളരും.

സ്ഥിര മൂല്യം 75 ആണ്.

-ഡബ്ല്യു
വാക്ക് വലിപ്പം.

സ്ഥിര മൂല്യം 12 ആണ്.

-എക്സ്
പദ വിപുലീകരണങ്ങൾ അവസാനിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള മൂല്യം.

സ്ഥിര മൂല്യം 12 ആണ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് SIBsim4 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക