അരിവാൾ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

sickle - FASTQ ഫയലുകൾക്കുള്ള ജാലകങ്ങളുള്ള അഡാപ്റ്റീവ് ട്രിമ്മിംഗ് ടൂൾ ഗുണനിലവാരം ഉപയോഗിക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

അരിവാൾ [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

## ഉപയോഗം

പെയർ-എൻഡ്, സിംഗിൾ-എൻഡ് റീഡുകൾക്കൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കാൻ സിക്കിളിന് രണ്ട് മോഡുകളുണ്ട്: `സിക്കിൾ സെ` ഒപ്പം
`സിക്കിൾ പെ`.

അരിവാൾ സ്വയം പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നത് സഹായം അച്ചടിക്കും:

അരിവാൾ

"se" അല്ലെങ്കിൽ "pe" കമാൻഡുകൾ ഉപയോഗിച്ച് സിക്കിൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നത് അവയ്ക്ക് പ്രത്യേക സഹായം നൽകും
കമാൻഡുകൾ:

അരിവാൾ സെ
അരിവാൾ പെ

### സിക്കിൾ സിംഗിൾ എൻഡ് (`സിക്കിൾ സെ`)

`sickle se` ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫാസ്റ്റ്ക് ഫയൽ എടുത്ത് ആ ഫയലിന്റെ ട്രിം ചെയ്ത പതിപ്പ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു. അതും
ട്രിം ചെയ്യുന്നതിനും പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നതിനുമുള്ള ദൈർഘ്യവും ഗുണമേന്മയുള്ള പരിധികളും മാറ്റുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ ഉണ്ട്
5'-ട്രിമ്മിംഗും Ns ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസുകളുടെ വെട്ടിച്ചുരുക്കൽ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുന്നു.

#### ഉദാഹരണങ്ങൾ

sickle se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
sickle se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
sickle se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
sickle se -t sanger -g -f input_file.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz

### സിക്കിൾ പെയർഡ് എൻഡ് (`സിക്കിൾ പെ`)

`സിക്കിൾ പെ` രണ്ട് തരത്തിലുള്ള ഇൻപുട്ട് ഉപയോഗിച്ച് പ്രവർത്തിക്കാനാകും. ആദ്യം, ഇതിന് രണ്ട് ജോടിയാക്കിയ ഫയലുകൾ എടുക്കാം
രണ്ട് ട്രിം ചെയ്ത ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് ഫയലുകളും ഒരു "സിംഗിൾസ്" ഫയലും ഇൻപുട്ടും ഔട്ട്പുട്ടും ആയി. രണ്ടാമത്തെ
നിങ്ങൾ ഇതിനകം ഇന്റർലീവ് ചെയ്ത വായനകളുടെ ഒരു സംയോജിത ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ നിന്നാണ് ഫോം ആരംഭിക്കുന്നത്
സീക്വൻസറിൽ നിന്നുള്ള വായനകൾ. ഈ ഫോമിൽ, നിങ്ങൾ ഒരൊറ്റ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ നാമവും നൽകുന്നു
അതുപോലെ ഒരു "സിംഗിൾസ്" ഫയൽ. "സിംഗിൾസ്" ഫയലിൽ ഏതെങ്കിലും ഒന്നിൽ ഫിൽട്ടർ പാസ്സാക്കിയ റീഡുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
മുന്നോട്ട് അല്ലെങ്കിൽ വിപരീത ദിശ, എന്നാൽ മറ്റൊന്നല്ല. അവസാനമായി, ഒരു ഓപ്ഷൻ (-M) ഉണ്ട്
ഫിൽട്ടർ കടന്നുപോകാത്ത റീഡുകളുള്ള ഒരു ഇന്റർലീവ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ മാത്രം നിർമ്മിക്കുക
ഒരൊറ്റ "N" ഉള്ള ഒരു FastQ റെക്കോർഡായി ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യുക (അതിന്റെ ഗുണനിലവാര മൂല്യം സാധ്യമായ ഏറ്റവും താഴ്ന്നതാണ്
ഗുണനിലവാര തരം അടിസ്ഥാനമാക്കി), അങ്ങനെ ഡാറ്റയുടെ ജോടിയാക്കിയ സ്വഭാവം സംരക്ഷിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്കും കഴിയും
ട്രിമ്മിംഗിനായി നീളവും ഗുണമേന്മയുള്ള ത്രെഷോൾഡുകളും മാറ്റുക, അതുപോലെ 5'-ട്രിമ്മിംഗ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക.
Ns ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസുകളുടെ വെട്ടിച്ചുരുക്കൽ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക.

#### ഉദാഹരണങ്ങൾ

sickle pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq

sickle pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
-ക്യു 12 -എൽ 15

sickle pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t sanger -o
trimmed_output_file1.fastq -p trimmed_output_file2.fastq -s trimmed_singles_file.fastq
-n

അരിവാൾ PE -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
trimmed_singles_file.fastq -n

സിക്കിൾ PE -t sanger -g -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -o
trimmed_output_file1.fastq.gz -p trimmed_output_file2.fastq.gz -s
trimmed_singles_file.fastq.gz

സിക്കിൾ PE -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq

കമാൻഡ്: പെ പെയർ-എൻഡ് സീക്വൻസ് ട്രിമ്മിംഗ് സെ സിംഗിൾ-എൻഡ് സീക്വൻസ് ട്രിമ്മിംഗ്

--സഹായിക്കൂ, ഈ സഹായം പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക --പതിപ്പ്, ഔട്ട്പുട്ട് പതിപ്പ് വിവരങ്ങളും പുറത്തുകടക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സിക്കിൾ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക