sim4dbutils - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

sim4dbutils - sim4db- ജനറേറ്റഡ് അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾക്കൊപ്പം പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള യൂട്ടിലിറ്റികൾ

പരിവർത്തന പോളിഷുകൾ - sim4db, GFF3 ഫോർമാറ്റുകൾക്കിടയിൽ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
ഫിൽറ്റർ പോളിഷുകൾ - സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി, കവറേജ്, ദൈർഘ്യം എന്നിവയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഫിൽട്ടർ വിന്യാസങ്ങൾ.
mergePolishes - ഒന്നിലധികം ഫയലുകളിൽ നിന്നുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ ലയിപ്പിക്കുക
sortPolishes - cDNA അല്ലെങ്കിൽ ജീനോമിക് സീക്വൻസ് ഇൻഡക്‌സ് അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസ് നെയിം പ്രകാരം ക്രമപ്പെടുത്തൽ
convertToExtent - sim4db ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് ഒറ്റ-വരി ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക
fixPolishesIID - ഒരു നിർദ്ദിഷ്‌ട ഫാസ്റ്റ ഫയലിന്റെ സീക്വൻസ് ഇൻഡക്‌സ് ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് ഒരു sim4db ഫയൽ അപ്‌ഡേറ്റ് ചെയ്യുന്നു.
sim4db ഫയലിൽ നിന്ന് വിന്യാസങ്ങളുടെ ഒരു ഉപവിഭാഗം എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റുചെയ്യാനും ഉപയോഗിക്കാം.
ഡെപ്ത്ഓഫ് പോളിഷുകൾ - വിവിധ പോളിഷുകളുടെ ആഴത്തിന്റെ ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഹിസ്റ്റോഗ്രാം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
വിൻഡോ വലുപ്പങ്ങൾ.
headPolishes - സമാനമായ ഒരു ഫയലിലെ ആദ്യ N ​​വിന്യാസങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക തല(1)
pickBestPolish - ഓരോ സിഡിഎൻഎയ്ക്കും 'മികച്ച' വിന്യാസം മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
pickUniquePolish - വ്യക്തമായ ഒറ്റ മികച്ച വിന്യാസം ഉള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു
ഓരോ cDNA.
plotCoverageVsIdentity - (1) ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റിയുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, (2) a
ശതമാനം കവറേജിന്റെ ഹിസ്റ്റോഗ്രാം, (3) ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റിയുടെയും കവറേജിന്റെയും ഒരു ലിസ്റ്റ് (ഇതിനായി
ഒരു സ്കാറ്റർ പ്ലോട്ടിൽ ഉപയോഗിക്കുക).
uniqPolishes - ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ (-uniq) അല്ലെങ്കിൽ cDNA-യ്‌ക്കുള്ള എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുന്നു
ഒരൊറ്റ വിന്യാസം (-ഡ്യൂപ്ല്) ഉപയോഗിച്ച്. സമാനമായത് യൂണിക്(1)
realignPolishes - ഒരു sim4db ഫയലിൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്ന വിന്യാസങ്ങൾ വീണ്ടും കണക്കാക്കുക.
റിപ്പോർട്ട് അലൈൻമെന്റ് വ്യത്യാസങ്ങൾ - ഒരു കൂട്ടത്തിലെ പിശകുകളുടെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം സൃഷ്ടിക്കുന്നു
വിന്യാസങ്ങൾ പിന്തുണയില്ല ഒപ്പം ഒഴിവാക്കി
comparePolishes - രണ്ട് ഫയലുകളിലുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ പരസ്പരം ബന്ധിപ്പിക്കുന്നു.
convertToAtac - sim4db ഫോർമാറ്റിൽ നിന്ന് ATAC ഫോർമാറ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു.
ഡിറ്റക്റ്റ് ചിമേര - ചിമെറിക് ആയിരിക്കാവുന്ന സീക്വൻസുകൾക്കായുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ പരിശോധിക്കുന്നു.
മാപ്പ് കവറേജ് - കവർ ചെയ്യുന്ന അന്വേഷണ ശ്രേണിയുടെ (EST, cDNA) അളവ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു
വിന്യാസങ്ങൾ.
parseSNP - SNP-കൾക്കുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ വിശകലനം ചെയ്യുന്നു.
removeDuplicate - ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് വിന്യാസങ്ങൾക്കായി ഇൻപുട്ട് തിരയുന്നു.
vennPolishes - ഒന്നിലധികം sim4db ഫയലുകൾക്കായി ഒരു വെൻ ഡയഗ്രം സൃഷ്ടിക്കുന്നു. ഉപയോഗിച്ച ആന്തരികമായി by
ESTMapper വൃത്തിയാക്കുക
സംഗ്രഹിക്കുക പോളിഷുകൾ

വിവരണം

ഈ പ്രോഗ്രാമുകൾ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള യൂട്ടിലിറ്റികളുടെ ഒരു ശ്രേണിയാണ് sim4db(1)-ജനറേറ്റഡ് അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകൾ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ sim4dbutils ഉപയോഗിക്കുക