skipredundante - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

skipredundant - ഒരു ഇൻപുട്ട് സെറ്റിൽ നിന്ന് അനാവശ്യ സീക്വൻസുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

skipredundant - സവിശേഷത ടോഗിൾ ചെയ്യുക - ക്രമങ്ങൾ seqset [- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്] -മോഡ് പട്ടിക
-പരിധി ഫ്ലോട്ട് -മിൻത്രഷോൾഡ് ഫ്ലോട്ട് - പരമാവധി പരിധി ഫ്ലോട്ട് - ഗാപോപെൻ ഫ്ലോട്ട്
-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട് - outseq തുടർച്ചയായി - ആവശ്യമില്ലാത്തത് തുടർച്ചയായി

skipredundant -ഹെൽപ്പ്

വിവരണം

skipredundant EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ട്"). ഇത് "എഡിറ്റ്" കമാൻഡ് ഗ്രൂപ്പിന്റെ (കളുടെ) ഭാഗമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
- സവിശേഷത ടോഗിൾ ചെയ്യുക
ഈ ഓപ്‌ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചാൽ സീക്വൻസ് ഫീച്ചർ വിവരങ്ങൾ നിലനിർത്തും.

- ക്രമങ്ങൾ seqset

- ഡാറ്റാ ഫയൽ മാട്രിക്സ്
സീക്വൻസുകൾ താരതമ്യം ചെയ്യുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കുന്ന സ്കോറിംഗ് മാട്രിക്സ് ഫയലാണിത്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി അത്
ഫയൽ 'EBLOSUM62' (പ്രോട്ടീനുകൾക്ക്) അല്ലെങ്കിൽ 'EDNAFULL' ഫയൽ (ന്യൂക്ലിക് സീക്വൻസുകൾക്ക്). ഇവ
EMBOSS ഇൻസ്റ്റാളേഷന്റെ 'ഡാറ്റ' ഡയറക്‌ടറിയിൽ ഫയലുകൾ കാണപ്പെടുന്നു.

ആവശ്യമായ വിഭാഗം
-മോഡ് പട്ടിക
ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഒറ്റ ത്രെഷോൾഡ് ശതമാനത്തിൽ റിഡൻഡൻസി നീക്കം ചെയ്യണമോ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നു
അനുക്രമ സാമ്യം അല്ലെങ്കിൽ സ്വീകാര്യമായ പരിധിക്ക് പുറത്തുള്ള ആവർത്തനം നീക്കം ചെയ്യുക
ശതമാനം സാമ്യം. ജോഡി-വൈസ് സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റുകളുടെ എല്ലാ പെർമ്യൂട്ടേഷനുകളും
ഓരോ സെറ്റ് ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകൾക്കും EMBOSS നടപ്പിലാക്കൽ ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കുന്നു
നീഡിൽമാനും വുൺഷ് ഗ്ലോബൽ അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതം. അനാവശ്യ സീക്വൻസുകൾ നീക്കം ചെയ്തു
ഇനിപ്പറയുന്ന രണ്ട് മോഡുകളിൽ ഒന്നിൽ: (i) ഒരു ജോടി പ്രോട്ടീനുകൾ a-ൽ കൂടുതൽ നേടിയാൽ
ത്രെഷോൾഡ് ശതമാനം സീക്വൻസ് സമാനത (ഉപയോക്താവ് വ്യക്തമാക്കിയത്) ഏറ്റവും ചെറിയ ക്രമം
തള്ളിക്കളയുന്നു. (ii) ഒരു ജോടി പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് ഒരു ശതമാനം അനുക്രമ സാമ്യമുണ്ടെങ്കിൽ
സ്വീകാര്യമായ പരിധിക്ക് പുറത്താണ് (ഉപയോക്താവ് വ്യക്തമാക്കിയത്) ഏറ്റവും ചെറിയ ക്രമം
ഉപേക്ഷിച്ചു. സ്ഥിര മൂല്യം: 1

-പരിധി ഫ്ലോട്ട്
ഈ ഓപ്‌ഷൻ ശതമാനം സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി റിഡൻഡൻസി ത്രെഷോൾഡ് വ്യക്തമാക്കുന്നു. ദി
ശതമാനം സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി റിഡൻഡൻസി ത്രെഷോൾഡ് ആവർത്തനത്തെ നിർണ്ണയിക്കുന്നു
കണക്കുകൂട്ടല്. ഒരു ജോടി പ്രോട്ടീനുകൾ ഈ ത്രെഷോൾഡിനേക്കാൾ കൂടുതൽ നേടിയാൽ ഏറ്റവും ചെറുത്
ക്രമം നിരസിച്ചു. സ്ഥിര മൂല്യം: 95.0

-മിൻത്രഷോൾഡ് ഫ്ലോട്ട്
ഈ ഓപ്‌ഷൻ ശതമാനം സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി റിഡൻഡൻസി ത്രെഷോൾഡ് വ്യക്തമാക്കുന്നു (താഴെ
പരിധി). ശതമാനം സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി റിഡൻഡൻസി ത്രെഷോൾഡ് നിർണ്ണയിക്കുന്നു
ആവർത്തന കണക്കുകൂട്ടൽ. ഒരു ജോടി പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് ഒരു ശതമാനം അനുക്രമ സാമ്യമുണ്ടെങ്കിൽ
അത് സ്വീകാര്യമായ പരിധിക്ക് പുറത്താണ്, ഏറ്റവും ചെറിയ സീക്വൻസ് നിരസിക്കപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യം: 30.0

- പരമാവധി പരിധി ഫ്ലോട്ട്
ഈ ഓപ്‌ഷൻ ശതമാനം സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി റിഡൻഡൻസി ത്രെഷോൾഡ് വ്യക്തമാക്കുന്നു (മുകളിൽ
പരിധി). ശതമാനം സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി റിഡൻഡൻസി ത്രെഷോൾഡ് നിർണ്ണയിക്കുന്നു
ആവർത്തന കണക്കുകൂട്ടൽ. ഒരു ജോടി പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് ഒരു ശതമാനം അനുക്രമ സാമ്യമുണ്ടെങ്കിൽ
അത് സ്വീകാര്യമായ പരിധിക്ക് പുറത്താണ്, ഏറ്റവും ചെറിയ സീക്വൻസ് നിരസിക്കപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യം: 90.0

- ഗാപോപെൻ ഫ്ലോട്ട്
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി എന്നത് ഒരു വിടവ് സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ എടുത്ത സ്കോർ ആണ്. മികച്ച മൂല്യം
താരതമ്യ മാട്രിക്സിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പിനെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നുണ്ടെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു
പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്കായുള്ള EBLOSUM62 മാട്രിക്സ്, ന്യൂക്ലിയോടൈഡിന് EDNAFULL മാട്രിക്സ്
ക്രമങ്ങൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: @($(acdprotein)? 10.0 : 10.0 )

-ഗപെക്സ്റ്റെൻഡ് ഫ്ലോട്ട്
ഗ്യാപ്പ് എക്‌സ്‌റ്റൻഷൻ, പെനാൽറ്റി എന്നിവ ഓരോ ബേസിന്റെയും സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റിയിലേക്ക് ചേർത്തിരിക്കുന്നു അല്ലെങ്കിൽ
വിടവിലെ അവശിഷ്ടം. ദൈർഘ്യമേറിയ വിടവുകൾക്ക് പിഴ ചുമത്തുന്നത് ഇങ്ങനെയാണ്. സാധാരണയായി നിങ്ങൾ കുറച്ച് പ്രതീക്ഷിക്കും
നിരവധി ചെറിയ വിടവുകളേക്കാൾ നീണ്ട വിടവുകൾ, അതിനാൽ വിടവ് വിപുലീകരണ പെനാൽറ്റി കുറവായിരിക്കണം
ഗ്യാപ്പ് പെനാൽറ്റിയേക്കാൾ. ഒന്നോ രണ്ടോ സീക്വൻസുകൾ ഒറ്റവായനകളാകുന്നിടത്താണ് ഒരു അപവാദം
സാധ്യമായ സീക്വൻസിംഗ് പിശകുകൾക്കൊപ്പം, നിങ്ങൾ നിരവധി ഒറ്റ അടിസ്ഥാന വിടവുകൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.
ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പൺ പെനാൽറ്റി പൂജ്യമായി (അല്ലെങ്കിൽ വളരെ താഴ്ന്നത്) സജ്ജീകരിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഈ ഫലം ലഭിക്കും
ഗ്യാപ്പ് സ്കോറിംഗ് നിയന്ത്രിക്കാൻ ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ പെനാൽറ്റി ഉപയോഗിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം:
@($(acdprotein)? 0.5 : 0.5 )

വിപുലമായ വിഭാഗം
ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
- outseq തുടർച്ചയായി

- ആവശ്യമില്ലാത്തത് തുടർച്ചയായി

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് skipredundante ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക