സംട്രീസ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

സംട്രീകൾ - ഫൈലോജെനെറ്റിക് ട്രീ സംഗ്രഹവും വ്യാഖ്യാനവും

സിനോപ്സിസ്

സംട്രീകൾ [-ഐ ഫോർമാറ്റ്] [-ബി BURNIN] [--ഫോഴ്സ്-റൂട്ട്] [--ഫോഴ്സ്-അൺറൂട്ട്]

വിവരണം

നോൺ-പാരാമീറ്റർ ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പ് അല്ലെങ്കിൽ ബയേസിയൻ പോസ്‌റ്റീരിയർ സംഗ്രഹിക്കാനുള്ള ഒരു പ്രോഗ്രാമാണ് SumTrees.
ഫൈലോജെനെറ്റിക് മരങ്ങളിൽ പിളർപ്പുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ക്ലേഡുകൾക്കുള്ള പ്രോബബിലിറ്റി പിന്തുണ.

പിന്തുണാ മൂല്യനിർണ്ണയത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനം സാധാരണയായി നോൺ-പാരാമെട്രിക് സെറ്റ് ആണ് നൽകുന്നത്
GARLI അല്ലെങ്കിൽ RAxML പോലുള്ള പ്രോഗ്രാമുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു സെറ്റ് വഴി നിർമ്മിക്കുന്ന ട്രീ സാമ്പിളുകൾ ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് ചെയ്യുക
മിസ്റ്റർ ബയേസ് അല്ലെങ്കിൽ ബീസ്റ്റ് പോലുള്ള പ്രോഗ്രാമുകൾ നിർമ്മിച്ച MCMC ട്രീ സാമ്പിളുകളുടെ. അനുപാതം
ഒരു പ്രത്യേക പിളർപ്പ് കണ്ടെത്തിയ സാമ്പിളുകളിൽ നിന്നുള്ള മരങ്ങൾ ഡിഗ്രി ആയി കണക്കാക്കുന്നു
സാമ്പിളുകൾ സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ ആ വിഭജനത്തിനുള്ള പിന്തുണ. എന്നതിന്റെ അടിസ്ഥാനമായ സാമ്പിളുകൾ
ഒന്നിലധികം ഫയലുകളിൽ പിന്തുണ വിതരണം ചെയ്യാൻ കഴിയും, കൂടാതെ ഒരു ബേൺ-ഇൻ ഓപ്ഷൻ അനുവദിക്കുന്നു
ഓരോ ഫയലിലുമുള്ള മരങ്ങളുടെ പ്രാരംഭ എണ്ണം, അല്ലാത്തപക്ഷം അവ വിശകലനത്തിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കണം
യഥാർത്ഥ പിന്തുണ വിതരണത്തിൽ നിന്ന് എടുത്തതായി കണക്കാക്കുന്നു.

മരങ്ങളുടെ സംഗ്രഹ ശേഖരണം, ഉദാ, ഒരു പിൻ വിതരണത്തിൽ നിന്നുള്ള MCMC സാമ്പിളുകൾ,
നോൺ-പാരാമെട്രിക് ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പ് പകർപ്പുകൾ, മാപ്പിംഗ് പോസ്‌റ്റീരിയർ പ്രോബബിലിറ്റി, സപ്പോർട്ട് അല്ലെങ്കിൽ ഫ്രീക്വൻസി
ഒരു ടാർഗെറ്റ് ട്രീയിലേക്ക് മരങ്ങളുടെ ഉറവിട സെറ്റിൽ സ്പ്ലിറ്റുകൾ/ക്ലേഡുകൾ കാണപ്പെടുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഉറവിടം ഓപ്ഷനുകൾ:
ട്രീ-ഫിൽപാത്ത്
സംഗ്രഹിക്കാൻ മരങ്ങളുടെ ഉറവിടം(കൾ). മരങ്ങളുടെ ഒരു സാധുതയുള്ള ഉറവിടമെങ്കിലും ഉണ്ടായിരിക്കണം
നൽകിയത്. സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ടിൽ നിന്ന് വായന വ്യക്തമാക്കാൻ '-' ഉപയോഗിക്കുക (ഇത് ആവശ്യമാണെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഫോർമാറ്റ് '--source-format' ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമായി സജ്ജമാക്കണം).

-i ഫോർമാറ്റ്, --ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റ് ഫോർമാറ്റ്, --source-format ഫോർമാറ്റ്
എല്ലാ ഇൻപുട്ട് ട്രീകളുടെയും ഫോർമാറ്റ് (NEXUS അല്ലെങ്കിൽ NEWICK വഴി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഡിഫോൾട്ടുകൾ
പരിശോധന; ഫോർമാറ്റ് അറിയാമെങ്കിൽ അത് വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കുന്നത് കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമമാണ്).

-b ബർണിൻ, --ബേണിൻ ബർണിൻ
എണ്ണുമ്പോൾ *ഓരോ* ട്രീ ഫയലിന്റെയും തുടക്കം മുതൽ ഒഴിവാക്കേണ്ട മരങ്ങളുടെ എണ്ണം
പിന്തുണ (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0).

--ഫോഴ്സ്-റൂട്ട്, --വേരുപിടിച്ച
ഉറവിട വൃക്ഷങ്ങളെ വേരുപിടിച്ചതായി കണക്കാക്കുക.

--ഫോഴ്സ്-അൺറൂട്ട്, --വേരൂന്നില്ല
ഉറവിട മരങ്ങളെ വേരില്ലാത്തതായി കണക്കാക്കുക.

-v, --അൾട്രാമെട്രിസിറ്റി-പ്രിസിഷൻ, --ശാഖ-നീളം-എപ്സിലോൺ
അൾട്രാമെട്രിസിറ്റി സാധൂകരിക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ട കൃത്യത (ഡിഫോൾട്ട്: 1e-05; '0' വ്യക്തമാക്കുക
മൂല്യനിർണ്ണയം പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക).

--ഭാരമുള്ള-മരങ്ങൾ
ഭാരത്തിന് മരങ്ങളുടെ ഭാരം ('[&W m/n]' കമന്റ് ടോക്കൺ സൂചിപ്പിക്കുന്നത് പോലെ) ഉപയോഗിക്കുക
മൊത്തത്തിലുള്ള സ്പ്ലിറ്റ് ഫ്രീക്വൻസികളിലേക്ക് ഓരോ മരത്തിലും കാണപ്പെടുന്ന പിളർപ്പുകളുടെ സംഭാവന.

--പ്രിസർവ്-അണ്ടർസ്കോറുകൾ
വായിക്കുമ്പോൾ സുരക്ഷിതമല്ലാത്ത (ഉദ്ധരിക്കാത്ത) അടിവരകൾ സ്‌പെയ്‌സുകളാക്കി മാറ്റരുത്
NEXUS/NEWICK ഫോർമാറ്റ് മരങ്ങൾ.

--ടാക്സൺ-നെയിം-ഫയൽപാത്ത് ഫയൽ പാത
എല്ലാ ടാക്സൻ പേരുകളും അല്ലെങ്കിൽ ലേബലുകളും ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്ന ഫയലിലേക്കുള്ള പാത
ഉറവിട വൃക്ഷങ്ങളുടെ മുഴുവൻ സെറ്റ്. ഈ ഫയൽ സിംഗിൾ ഉള്ള ഒരു പ്ലെയിൻ ടെക്സ്റ്റ് ഫയലായിരിക്കണം
ഓരോ വരിയിലും പേര് ലിസ്റ്റ്. മൾട്ടിപ്രോസസ് ചെയ്യുമ്പോൾ മാത്രമേ ഈ ഫയൽ വായിക്കൂ ('-M' അല്ലെങ്കിൽ '-m')
അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു. '-M' അല്ലെങ്കിൽ '-m' ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിച്ച് മൾട്ടിപ്രോസസ് ചെയ്യുമ്പോൾ, എല്ലാ ടാക്സൺ നാമങ്ങളും
ഏതെങ്കിലും യഥാർത്ഥ വൃക്ഷ വിശകലനം മുൻകൂട്ടി നിർവചിക്കേണ്ടതുണ്ട്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ഇത് ചെയ്തു
ആദ്യത്തെ ട്രീ സ്രോതസ്സിലെ ആദ്യത്തെ വൃക്ഷം വായിച്ച് ടാക്സൺ പേരുകൾ വേർതിരിച്ചെടുക്കുക.
ഏറ്റവും മികച്ചത്, ഇത് കാര്യക്ഷമമല്ല, കാരണം ഇത് വൃക്ഷത്തിന്റെ ഒരു അധിക വായന ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. ചെയ്തത്
ഏറ്റവും മോശം, ആദ്യത്തെ മരത്തിൽ എല്ലാ ടാക്‌സകളും അടങ്ങിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ ഇത് തെറ്റായിരിക്കാം.
ഈ ഓപ്‌ഷൻ വഴി ടാക്‌സൺ പേരുകൾ വ്യക്തമായി നൽകുന്നത് ഈ പ്രശ്‌നങ്ങൾ ഒഴിവാക്കും.

ടാർഗെറ്റ് വൃക്ഷം ടോപ്പോളജി ഓപ്ഷനുകൾ:
-t ഫയൽ, --ടാർഗെറ്റ്-ട്രീ-ഫയൽപാത്ത് FILE
സോഴ്സ് ട്രീകളിൽ നിന്ന് ടോപ്പോളജിയിലേക്കുള്ള പിന്തുണയും മറ്റ് വിവരങ്ങളും സംഗ്രഹിക്കുക
ഫയലിൽ വിവരിച്ചിരിക്കുന്ന ട്രീ(കൾ) നൽകിയ ടോപ്പോളജികൾ. ഉപയോഗ-നിർദ്ദിഷ്ട ലക്ഷ്യം ഇല്ലെങ്കിൽ
ടോപ്പോളജികൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു, തുടർന്ന് ടാർഗെറ്റായി ഒരു സംഗ്രഹ ടോപ്പോളജി ഉപയോഗിക്കും. ഉപയോഗിക്കുക
ഉപയോഗിക്കേണ്ട സംഗ്രഹ ട്രീയുടെ തരം വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് '-s' അല്ലെങ്കിൽ '--സംഗ്രഹം-ലക്ഷ്യം'.

-s സംഗ്രഹം-തരം, --സംഗ്രഹം-ലക്ഷ്യം സംഗ്രഹം-തരം
ഉറവിട മരങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള പിന്തുണയും മറ്റ് വിവരങ്ങളും ഒന്നിലേക്ക് നിർമ്മിക്കുകയും സംഗ്രഹിക്കുകയും ചെയ്യുക
ഇനിപ്പറയുന്ന സംഗ്രഹ ടോപ്പോളജികളിൽ: - 'സമ്മതി'

ഒരു സമവായ വൃക്ഷം. ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ആവൃത്തി
ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട ക്ലേഡുകളുടെ പരിധി '-f' ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കാം അല്ലെങ്കിൽ
'--min-clade-freq' പതാകകൾ. ഉപയോക്താവ് വ്യക്തമാക്കിയ ടാർഗെറ്റ് ട്രീ ആണെങ്കിൽ ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട്
'-t' അല്ലെങ്കിൽ '--target-tree-filepath' ഓപ്ഷനുകളിലൂടെ നൽകിയിട്ടില്ല.

- 'mcct'
പരമാവധി ക്ലേഡ് ക്രെഡിബിലിറ്റി ട്രീ. സ്രോതസ്സിൽ നിന്നുള്ള വൃക്ഷം പരമാവധി വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
ക്ലേഡ് പോസ്‌റ്റീരിയർ പ്രോബബിലിറ്റികളുടെ *ഉൽപ്പന്നം*.

- 'msct'
പരമാവധി ക്ലേഡ് ക്രെഡിബിലിറ്റി ട്രീ. സ്രോതസ്സിൽ നിന്നുള്ള വൃക്ഷം പരമാവധി വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു
ക്ലേഡ് പോസ്‌റ്റീരിയർ പ്രോബബിലിറ്റികളുടെ *ഉൽപ്പന്നം*.

ടാർഗെറ്റ് വൃക്ഷം അനുബന്ധം ഓപ്ഷനുകൾ:
-f #.##, --മിനിറ്റ്-കൺസെൻസസ്-ഫ്രീക് #.##, --മിനിറ്റ്-ആവൃത്തി #.##, --മിനിറ്റ്-ക്ലേഡ്-ഫ്രീക് #.##
സമവായ ട്രീ സംഗ്രഹ തന്ത്രമാണ് ഉപയോഗിക്കുന്നതെങ്കിൽ, ഇതാണ് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞത്
തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്നതിൽ ഉൾപ്പെടുത്താനുള്ള ഒരു ക്ലേഡ് അല്ലെങ്കിൽ ഒരു വിഭജനത്തിന്റെ ആവൃത്തി അല്ലെങ്കിൽ പ്രോബബിലിറ്റി
മരം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: > 0.5).

--allow-unknown-target-tree-taxa
ടാർഗെറ്റ് ട്രീ(കൾ) ടാക്സയിൽ മുമ്പ് നേരിട്ടിട്ടില്ലെങ്കിൽ പിശക് കൊണ്ട് പരാജയപ്പെടരുത്
ഉറവിട മരങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ ടാക്സൺ ഡിസ്കവറി ഫയലിൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്.

ടാർഗെറ്റ് വൃക്ഷം വേരൂന്നാൻ ഓപ്ഷനുകൾ:
--root-target-at-out-group ടാക്സോൺ-ലേബൽ
നിർദ്ദിഷ്ട ടാക്‌സൺ ഔട്ട്‌ഗ്രൂപ്പായി ഉപയോഗിച്ച് റൂട്ട് ടാർഗെറ്റ് ട്രീ(കൾ).

--root-target-at-midpoint
ടാർഗെറ്റ് ട്രീ(കൾ) മധ്യ പോയിന്റിൽ റൂട്ട് ചെയ്യുക.

--സെറ്റ്-ഔട്ട്ഗ്രൂപ്പ് ടാക്സോൺ-ലേബൽ
നിർദ്ദിഷ്ട ടാക്‌സൺ ഔട്ട്‌ഗ്രൂപ്പ് പൊസിഷനിലുള്ള ടാർഗെറ്റ് ട്രീകൾ തിരിക്കുക, പക്ഷേ
ടാർഗെറ്റ് ട്രീ റൂട്ടിംഗ് വ്യക്തമായി മാറ്റരുത്.

ടാർഗെറ്റ് വൃക്ഷം എഡ്ജ് ഓപ്ഷനുകൾ:
-e തന്ത്രം, --സെറ്റ്-അറ്റങ്ങൾ തന്ത്രം, --അറ്റങ്ങൾ സ്ട്രാറ്റജി
നിർദ്ദിഷ്ടതിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ടാർഗെറ്റിന്റെ അല്ലെങ്കിൽ സംഗ്രഹ മരങ്ങളുടെ എഡ്ജ് നീളം സജ്ജമാക്കുക
സംഗ്രഹ തന്ത്രം: - 'മീൻ-ലെങ്ത്'

എഡ്ജ് നീളം ശരാശരിയായി സജ്ജീകരിക്കും
സ്രോതസ് മരങ്ങളിലെ അനുബന്ധ വിഭജനത്തിന്റെയോ ക്ലേഡിന്റെയോ നീളം.

- 'ഇടത്തരം നീളം'
എഡ്ജ് നീളം മീഡിയനിലേക്ക് സജ്ജീകരിക്കും

അനുബന്ധ വിഭജനത്തിന്റെയോ ക്ലേഡിന്റെയോ നീളം
ഉറവിട മരങ്ങൾ.

- 'ശരാശരി'
എഡ്ജ് നീളം ക്രമീകരിക്കപ്പെടും, അങ്ങനെ സബ്‌ടെൻഡഡ് നോഡുകളുടെ പ്രായം തുല്യമായിരിക്കും
സ്രോതസ് മരങ്ങളിലെ അനുബന്ധ വിഭജനത്തിന്റെ അല്ലെങ്കിൽ ക്ലേഡിന്റെ ശരാശരി പ്രായം. ഉറവിട മരങ്ങൾ
ഈ ഓപ്ഷന് അൾട്രാമെട്രിക് ആയിരിക്കണം.

- 'മധ്യകാലം'
എഡ്ജ് നീളം ക്രമീകരിക്കപ്പെടും, അങ്ങനെ സബ്‌ടെൻഡഡ് നോഡുകളുടെ പ്രായം തുല്യമായിരിക്കും
സ്രോതസ് മരങ്ങളിലെ അനുബന്ധ പിളർപ്പ് അല്ലെങ്കിൽ ക്ലേഡിന്റെ ശരാശരി പ്രായം. ഉറവിടം
ഈ ഓപ്ഷനായി മരങ്ങൾ അൾട്രാമെട്രിക് ആയിരിക്കണം.

- പിന്തുണ
പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന വിഭജനത്തിനുള്ള പിന്തുണ മൂല്യത്തിലേക്ക് എഡ്ജ് നീളം സജ്ജീകരിക്കും
എഡ്ജ്.

- 'സൂക്ഷിക്കുക'
നിലവിലുള്ള അരികുകളുടെ നീളം മാറ്റരുത്. ടാർഗെറ്റ് ട്രീ(കൾ) ആണെങ്കിൽ ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട്
'-t' അല്ലെങ്കിൽ '--targettree-filepath' ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഒരു ബാഹ്യ ഫയലിൽ നിന്ന് ഉറവിടം

- 'വ്യക്തം'
ടാർഗെറ്റ് മരങ്ങൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ അവയിൽ നിന്ന് അരികുകളുടെ നീളം മായ്‌ക്കും.

സ്ഥിരസ്ഥിതി ക്രമീകരണങ്ങൾ അനുസരിച്ച് വ്യത്യാസപ്പെടുന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഇനിപ്പറയുന്നവ, മുൻഗണനാ ക്രമത്തിൽ: (1) ടാർഗെറ്റ് ട്രീകൾ '-t' ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ
or

'--target-tree-filepath' ഓപ്‌ഷൻ, തുടർന്ന് ഡിഫോൾട്ട് എഡ്ജ്
സംഗ്രഹ തന്ത്രം ഇതാണ്: 'സൂക്ഷിക്കുക'.

(2) ടാർഗെറ്റ് മരങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, എന്നാൽ
'--summarize-node-ages' ഓപ്‌ഷൻ വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, തുടർന്ന് സ്ഥിരസ്ഥിതി സംഗ്രഹം
തന്ത്രം ഇതാണ്: 'ശരാശരി'.

(3) ടാർഗെറ്റ് മരങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ,
നോഡ് യുഗങ്ങൾ സംഗ്രഹിക്കണമെന്ന് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ല, തുടർന്ന് ഡിഫോൾട്ട് എഡ്ജ് സംഗ്രഹം
തന്ത്രം ഇതാണ്: 'മീൻ-ലെങ്ത്'.

--ഫോഴ്സ്-മിനിമം-എഡ്ജ്-ലെങ്ത് FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(എഡ്ജ് ദൈർഘ്യം സജ്ജീകരിക്കുകയാണെങ്കിൽ) എല്ലാ അരികുകളും കുറഞ്ഞത് ഈ നീളം ആകാൻ നിർബന്ധിക്കുക.

--തകർച്ച-നെഗറ്റീവ്-അറ്റങ്ങൾ
(എഡ്ജ് ദൈർഘ്യം സജ്ജീകരിക്കുകയാണെങ്കിൽ) പാരന്റ് നോഡിന്റെ പ്രായത്തെ അതിന്റെ അത്രയെങ്കിലും പഴക്കമുള്ളതാക്കുക
നോഡിന്റെ പ്രായം സംഗ്രഹിക്കുമ്പോൾ ഏറ്റവും പഴയ കുട്ടി.

ടാർഗെറ്റ് വൃക്ഷം വ്യാഖ്യാനം ഓപ്ഷനുകൾ:
--സംഗ്രഹിക്കുക-നോഡ്-ഏജുകൾ, --അൾട്രാമെട്രിക്, --നോഡ്-ഏജുകൾ
ഉറവിട മരങ്ങൾ അൾട്രാമെറ്റിക് ആണെന്ന് കരുതുകയും നോഡ് യുഗങ്ങളെ സംഗ്രഹിക്കുകയും ചെയ്യുക (ഇതിൽ നിന്നുള്ള ദൂരങ്ങൾ
നുറുങ്ങുകൾ).

-l {പിന്തുണ, സൂക്ഷിക്കുക, വ്യക്തമാക്കുക}, --ലേബലുകൾ {പിന്തുണ, സൂക്ഷിക്കുക, വ്യക്തമാക്കുക}
സംഗ്രഹത്തിന്റെയോ ടാർഗെറ്റ് ട്രീയുടെ(കളുടെ) നോഡ് ലേബലുകൾ സജ്ജമാക്കുക: - 'പിന്തുണ'

നോഡ് ലേബലുകൾ പിന്തുണ മൂല്യത്തിലേക്ക് സജ്ജീകരിക്കും
നോഡ് പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ക്ലേഡ്. ഇതാണ് ഡിഫോൾട്ട്.

- 'സൂക്ഷിക്കുക'
നിലവിലുള്ള നോഡ് ലേബലുകൾ മാറ്റരുത്.

- 'വ്യക്തം'
ടാർഗെറ്റ് ട്രീകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ അവയിൽ നിന്ന് നോഡ് ലേബലുകൾ മായ്‌ക്കും.

--അടിച്ചമർത്തുക-വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ, --അല്ല-വിവരണങ്ങൾ
ഏതെങ്കിലും സംഗ്രഹ വിവര മെറ്റാഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് നോഡുകളും അരികുകളും വ്യാഖ്യാനിക്കരുത്
as.support values, എഡ്ജ് ദൈർഘ്യം കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ നോഡ് പ്രായം സംഗ്രഹ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ മുതലായവ.

പിന്തുണ ആശയം ഓപ്ഷനുകൾ:
-p, --ശതമാനം
ബ്രാഞ്ച് പിന്തുണ ശതമാനമായി സൂചിപ്പിക്കുക (അല്ലെങ്കിൽ, അനുപാതങ്ങൾ പ്രകാരം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യും
സ്ഥിരസ്ഥിതി).

-d #, --ദശാംശങ്ങൾ #
പിന്തുണാ മൂല്യങ്ങളുടെ സൂചനയിലുള്ള ദശാംശസ്ഥാനങ്ങളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 8).

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
-o ഫയൽ പാത, --ഔട്ട്പുട്ട്-ട്രീ-ഫയൽപാത്ത് ഫയൽ പാത, --ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ പാത
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിലേക്കുള്ള പാത (വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്‌പുട്ടിലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യും).

-F {nexus,newick,phylip,nexml}, --ഔട്ട്പുട്ട്-ട്രീ-ഫോർമാറ്റ് {nexus,newick,phylip,nexml}
ഔട്ട്‌പുട്ട് ട്രീ ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് (വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റിലേക്ക് ഡിഫോൾട്ട്, ഇതാണെങ്കിൽ
വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്, അല്ലെങ്കിൽ 'നെക്സസ്' അല്ലാത്തപക്ഷം).

-x പ്രിഫിക്സ്, --വിപുലീകരിച്ച-ഔട്ട്പുട്ട് പ്രിഫിക്‌സ്
വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, വിപുലീകൃത സംഗ്രഹ വിവരങ്ങൾ ജനറേറ്റ് ചെയ്യും, ഇതിൽ ഉൾപ്പെടുന്നു
ഇനിപ്പറയുന്ന ഫയലുകൾ: - ' .ടോപോളജിസ്.മരങ്ങൾ'

ഉറവിടങ്ങളിൽ കണ്ടെത്തിയ ടോപ്പോളജികളുടെ ഒരു ശേഖരം
മെറ്റാഡാറ്റ വ്യാഖ്യാനങ്ങളായി അവയുടെ അനുബന്ധ പിൻഭാഗ സാധ്യതകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്തു.

-' .bipartitions.trees'
ബൈപാർട്ടീഷനുകളുടെ ഒരു ശേഖരം, ഓരോന്നും ഒരു വൃക്ഷമായി പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു, അനുബന്ധമായി
മെറ്റാഡാറ്റ നോട്ടേഷനുകളായി വിവരങ്ങൾ.

-' .bipartitions.tsv'
ബൈപാർട്ടീഷനുകളെ ഒരു ഗ്രൂപ്പ് പാറ്റേണായി കീ കോളമായി പട്ടികപ്പെടുത്തുന്നു, കൂടാതെ വിവരങ്ങളും
ഓരോ ബൈപാർട്ടീഷനുകളും ശേഷിക്കുന്ന നിരകളായി കണക്കാക്കുന്നു.

-' .edge-lengths.tsv'
ബൈപാർട്ടീഷനുകളുടെയും അനുബന്ധ എഡ്ജ് ദൈർഘ്യങ്ങളുടെയും പട്ടിക. എഡ്ജ് നീളമുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രം ജനറേറ്റ് ചെയ്യപ്പെടും
സംഗ്രഹിച്ചിരിക്കുന്നു.

-' .node-ages.tsv'
രണ്ട് പാർട്ടീഷനുകളുടെയും അനുബന്ധ പ്രായങ്ങളുടെയും പട്ടിക. നോഡിന്റെ പ്രായമാണെങ്കിൽ മാത്രം ജനറേറ്റ് ചെയ്യപ്പെടും
സംഗ്രഹിച്ചിരിക്കുന്നു.

--no-taxa-block
NEXUS ഫോർമാറ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് എഴുതുമ്പോൾ, ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഒരു ടാക്സ ബ്ലോക്ക് ഉൾപ്പെടുത്തരുത്
ട്രീഫിൽ (അല്ലെങ്കിൽ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ടാക്സ ബ്ലോക്ക് സൃഷ്ടിക്കും).

--നോ-അനാലിസിസ്-മെറ്റൈൻഫോർമേഷൻ, --നോ-മെറ്റാ-അഭിപ്രായങ്ങൾ
സംഗ്രഹ പാരാമീറ്ററുകൾ വിവരിക്കുന്ന മെറ്റാ-വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തരുത്
നിർവ്വഹണ വിശദാംശങ്ങൾ.

-c കൂടുതൽ അഭിപ്രായങ്ങൾ, --കൂടുതൽ അഭിപ്രായങ്ങൾ കൂടുതൽ അഭിപ്രായങ്ങൾ
സംഗ്രഹ ഫയലിൽ ചേർക്കേണ്ട അധിക അഭിപ്രായങ്ങൾ.

-r, --പകരം
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ ഇതിനകം നിലവിലുണ്ടോ എന്ന് ചോദിക്കാതെ തന്നെ മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുക/ഓവർറൈറ്റ് ചെയ്യുക.

സമാന്തരമായി നടപടി ഓപ്ഷനുകൾ:
-M, --പരമാവധി-മൾട്ടിപ്രോസസിംഗ്
ലഭ്യമായ അത്രയും പ്രോസസ്സറുകൾ ഉപയോഗിച്ച് സമാന്തര മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
ഉറവിടങ്ങൾ.

-m NUM-പ്രക്രിയകൾ, --മൾട്ടിപ്രോസസിംഗ് NUM-പ്രക്രിയകൾ
പരമാവധി NUMPROCESSES പ്രക്രിയകൾ ('max' അല്ലെങ്കിൽ '#' വരെ ഉപയോഗിച്ച് സമാന്തര മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
ലോക്കൽ മെഷീനിൽ എത്ര കോറുകൾ ഉണ്ടോ അത്രയും പ്രക്രിയകളിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്; അതായത്,
'-M' അല്ലെങ്കിൽ '--maximummultiprocessing' വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് സമാനമാണ്).

പ്രോഗ്രാം ലോഗ് ചെയ്യുന്നു ഓപ്ഷനുകൾ:
-g ലോഗ് ഫ്രീക്വൻസി, --ലോഗ്-ഫ്രീക്വൻസി ലോഗ്-ഫ്രീക്വൻസി
ട്രീ പ്രോസസ്സിംഗ് പുരോഗതി ലോഗിംഗ് ഫ്രീക്വൻസി (ഡിഫോൾട്ട്: 500; അടിച്ചമർത്താൻ 0 ആയി സജ്ജീകരിച്ചു).

-q, --നിശബ്ദമായി
എല്ലാ ലോഗിംഗും പുരോഗതിയും ഫീഡ്‌ബാക്ക് സന്ദേശങ്ങളും അടിച്ചമർത്തുക.

പ്രോഗ്രാം പിശക് ഓപ്ഷനുകൾ:
--അവഗണിക്കുക-കാണാതായ പിന്തുണ
നഷ്‌ടമായ സപ്പോർട്ട് ട്രീ ഫയലുകൾ അവഗണിക്കുക (കുറഞ്ഞത് ഒരെണ്ണമെങ്കിലും ഉണ്ടായിരിക്കണം എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക).

പ്രോഗ്രാം വിവരം ഓപ്ഷനുകൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
പ്രോഗ്രാമിനും പുറത്തുകടക്കുന്നതിനുമുള്ള സഹായ വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുക.

--അവലംബം
പ്രോഗ്രാമിനും പുറത്തുകടക്കുന്നതിനുമുള്ള അവലംബ വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുക.

--ഉപയോഗ-ഉദാഹരണങ്ങൾ
പ്രോഗ്രാമിന്റെയും എക്സിറ്റിന്റെയും ഉപയോഗ ഉദാഹരണങ്ങൾ കാണിക്കുക.

-- വിവരിക്കുക
നിങ്ങളുടെ ഡെൻഡ്രോപി, പൈത്തൺ ഇൻസ്റ്റാളേഷനുകളെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക.

AUTHORS

ജിത്ത് സുകുമാരൻ, മാർക്ക് ടി. ഹോൾഡർ

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി സംട്രീകൾ ഉപയോഗിക്കുക