കൂട്ടം - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

കൂട്ടം - ഏതാണ്ട് സമാനമായ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെ കൂട്ടങ്ങൾ കണ്ടെത്തുക

സിനോപ്സിസ്

ജനക്കൂട്ടം [ ഓപ്ഷനുകൾ ] ഫയലിന്റെ പേര്

വിവരണം

പരിസ്ഥിതി അല്ലെങ്കിൽ ക്ലിനിക്കൽ തന്മാത്രാ പഠനങ്ങൾ വലിയ അളവിലുള്ള ആംപ്ലിക്കോണുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു (ഉദാ, 16S
അല്ലെങ്കിൽ 18S SSU-rRNA സീക്വൻസുകൾ) മോളിക്യുലാർ ഓപ്പറേഷൻ ടാക്സോണമിക് ആയി ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്യേണ്ടത്
യൂണിറ്റുകൾ (OTU). സാധാരണ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് രീതികൾ അത്യാഗ്രഹം, ഇൻപുട്ട്-ഓർഡർ ആശ്രിതത്വം എന്നിവയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്
അൽഗോരിതങ്ങൾ, ആഗോള ക്ലസ്റ്റർ വലുപ്പവും ക്ലസ്റ്റർ സെന്റോയിഡുകളും അനിയന്ത്രിതമായി തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു. ലേക്ക്
ആ പ്രശ്നം പരിഹരിക്കുക, ഞങ്ങൾ വികസിപ്പിച്ചെടുത്തു ജനക്കൂട്ടം, ആവർത്തിച്ച് ഗ്രൂപ്പുകൾ ചെയ്യുന്ന വേഗതയേറിയതും ശക്തവുമായ രീതി
കൂടെ amplicons d അല്ലെങ്കിൽ കുറവ് വ്യത്യാസങ്ങൾ. ജനക്കൂട്ടം കേന്ദ്രീകൃതമായ പ്രകൃതിദത്തവും സുസ്ഥിരവുമായ ക്ലസ്റ്ററുകൾ ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു
സമൃദ്ധിയുടെ പ്രാദേശിക കൊടുമുടികളിൽ, സെൻട്രോയിഡ് തിരഞ്ഞെടുക്കൽ പ്രേരിപ്പിച്ച ഇൻപുട്ട്-ഓർഡർ ഡിപൻഡൻസിയിൽ നിന്ന് മുക്തമാണ്.

നിഷ്കളങ്കമായ ഓൾ-വേഴ്സസ്-ഓൾ സമീപനം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ വലിയ ഡാറ്റാ സെറ്റുകളിൽ കൃത്യമായ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് അപ്രായോഗികമാണ്
(കൂടുതൽ കൃത്യമായി പറഞ്ഞാൽ, ആവർത്തനങ്ങളില്ലാത്ത 2-സംയോജനം), കാരണം ഇത് യാഥാർത്ഥ്യബോധമില്ലാത്ത സംഖ്യകളെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
ജോടിയായി താരതമ്യം ചെയ്യുക. ജനക്കൂട്ടം പരമാവധി എണ്ണം വ്യത്യാസങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ് d രണ്ടിനുമിടയിൽ
ആംപ്ലിക്കോണുകൾ, വളരെ അടുത്ത പ്രാദേശിക ബന്ധങ്ങളിൽ മാത്രം ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കുന്നു. വേണ്ടി d = 1 (സ്ഥിര മൂല്യം),
swarm രേഖീയ സങ്കീർണ്ണതയുടെ ഒരു അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു, അത് കൃത്യമായ സ്ട്രിംഗ് പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ നടത്തുന്നു
ഹാഷ് മൂല്യങ്ങൾ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു. വേണ്ടി d = 2 അല്ലെങ്കിൽ അതിൽ കൂടുതൽ, swarm ക്വാഡ്രാറ്റിക് ഒരു അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു
പെയർവൈസ് സ്ട്രിംഗ് താരതമ്യങ്ങൾ നടത്തുന്ന സങ്കീർണ്ണത. ഒരു കാര്യക്ഷമമായ k-മെർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഫിൽട്ടറിംഗ്
ക്ലസ്റ്ററിംഗ് പ്രക്രിയയിൽ ലഭിച്ച താരതമ്യ ഫലങ്ങളുടെ സൂക്ഷ്മമായ ഉപയോഗം അനുവദിക്കുന്നു
നിഷ്കളങ്കമായ സമീപനത്തിൽ ആവശ്യമായ മിക്ക ആംപ്ലിക്കൺ താരതമ്യങ്ങളും ഒഴിവാക്കുക. വേഗത്തിലാക്കാൻ
ശേഷിക്കുന്ന ആംപ്ലിക്കൺ താരതമ്യങ്ങൾ, ജനക്കൂട്ടം വളരെ വേഗതയുള്ള നീഡിൽമാൻ-വുൺഷ് നടപ്പിലാക്കുന്നു
ആധുനിക x2-86 CPU-കളുടെ സ്ട്രീമിംഗ് SIMD എക്സ്റ്റൻഷനുകൾ (SSE64) ഉപയോഗിക്കുന്ന അൽഗോരിതം. എങ്കിൽ
SSE2 നിർദ്ദേശങ്ങൾ ലഭ്യമല്ല, ജനക്കൂട്ടം ഒരു പിശക് സന്ദേശത്തോടെ പുറത്തുകടക്കുന്നു.

ജനക്കൂട്ടം പേരുള്ള ഇൻപുട്ട് വായിക്കുന്നു ഫയലിന്റെ പേര്, ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെ ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫയൽ. ആംപ്ലിക്കൺ
ഐഡന്റിഫയർ എന്നത് ">" ചിഹ്നത്തിനും ആദ്യത്തെ സ്‌പെയ്‌സിനും ഇടയിലുള്ള സ്ട്രിംഗാണ്.
അല്ലെങ്കിൽ വരിയുടെ അവസാനം, ഏതാണ് ആദ്യം വരുന്നത്. പോലെ ജനക്കൂട്ടം ആംപ്ലിക്കോണിന്റെ ഔട്ട്പുട്ട് ലിസ്റ്റുകൾ
ഐഡന്റിഫയറുകൾ, അവ്യക്തത ഒഴിവാക്കാൻ ആംപ്ലിക്കൺ ഐഡന്റിഫയറുകൾ അദ്വിതീയമായിരിക്കണം; ഒരു കൂടെ കൂട്ടം പുറത്തുകടക്കുന്നു
ഐഡന്റിഫയറുകൾ അദ്വിതീയമല്ലെങ്കിൽ പിശക് സന്ദേശം. ആംപ്ലിക്കൺ ഐഡന്റിഫയറുകൾ "_" എന്നതിൽ അവസാനിക്കണം
തുടർന്ന് ആംപ്ലിക്കൺ കോപ്പി നമ്പറിനെ (അല്ലെങ്കിൽ സമൃദ്ധി) പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ഒരു പോസിറ്റീവ് പൂർണ്ണസംഖ്യ
വ്യാഖ്യാനം; userarch/vsearch ഉപയോക്താക്കൾക്ക് ആ സ്വഭാവം മാറ്റാൻ -z ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കാം).
സമൃദ്ധമായ വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് പ്രക്രിയയിൽ നിർണായക പങ്ക് വഹിക്കുന്നു, ഒപ്പം കൂട്ടത്തോടെ പുറത്തുകടക്കുന്നു
ആ വിവരം ലഭ്യമല്ലെങ്കിൽ ഒരു പിശക് സന്ദേശം. ആംപ്ലിക്കൺ സീക്വൻസ് ഇതായി നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നു
[acgt] അല്ലെങ്കിൽ [acgu] ചിഹ്നങ്ങളുടെ ഒരു സ്ട്രിംഗ് (കേസ് സെൻസിറ്റീവ്) അവസാനിച്ചതിന് ശേഷം ആരംഭിക്കുന്നു
ഐഡന്റിഫയർ ലൈൻ, അടുത്ത ഐഡന്റിഫയർ ലൈൻ അല്ലെങ്കിൽ ഫയൽ അവസാനിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് അവസാനിക്കുന്നു; ജനക്കൂട്ടം പുറത്തുകടക്കുന്നു
മറ്റേതെങ്കിലും ചിഹ്നം ഉണ്ടെങ്കിൽ ഒരു പിശക് സന്ദേശത്തോടൊപ്പം.

പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകൾ
-b, --അതിർത്തി നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ --fastidious (-f), ഒരു വലിയ OTU യുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ പിണ്ഡം നിർവ്വചിക്കുക
ഈ ഓപ്‌ഷനോടൊപ്പം നൽകിയിരിക്കുന്ന നമ്പർ പോലെ. ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യം 3 ആണ്, ഇത് ഏതെങ്കിലും സൂചിപ്പിക്കുന്നു
മൂന്നോ അതിലധികമോ പിണ്ഡമുള്ള OTU "വലിയ" ആയി കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ഒരു OTU "ചെറുത്" ആണെങ്കിൽ
ഇതിന് രണ്ടോ അതിൽ കുറവോ പിണ്ഡമുണ്ട്
സമൃദ്ധി 2, അല്ലെങ്കിൽ സമൃദ്ധിയുടെ രണ്ട് ആംപ്ലിക്കോണുകൾ 1. 1-ൽ കൂടുതലുള്ള ഏതൊരു പോസിറ്റീവ് മൂല്യവും
വ്യക്തമാക്കാം. ഉയർന്ന ബൗണ്ടറി മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നത് രണ്ടാമത്തെ പാസ് വേഗത്തിലാക്കും, പക്ഷേ
ന്റെ ടാക്സോണിക്കൽ റെസലൂഷൻ കുറയ്ക്കുക ജനക്കൂട്ടം ഫലങ്ങൾ.

-c, --സീലിംഗ് നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ --fastidious (-f), നിർവ്വചിക്കുക ജനക്കൂട്ടംന്റെ പരമാവധി മെമ്മറി കാൽപ്പാടുകൾ
(മെഗാബൈറ്റിൽ). ജനക്കൂട്ടം ബ്ലൂം ഫിൽട്ടറിന്റെ --bloom-bits (-y) മൂല്യം ക്രമീകരിക്കും
നിശ്ചിത അളവിലുള്ള മെമ്മറിയിൽ ഒതുങ്ങാൻ. ആ ഓപ്ഷൻ സജീവമല്ല
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി.

-d, --വ്യത്യാസങ്ങൾ പൂജ്യം or നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
രണ്ട് ആംപ്ലിക്കണുകൾക്കിടയിൽ അനുവദനീയമായ പരമാവധി വ്യത്യാസങ്ങൾ, അതായത് രണ്ടെണ്ണം
ആംപ്ലിക്കോണുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ അവയെ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യും പൂർണ്ണസംഖ്യ (അല്ലെങ്കിൽ കുറവ്) വ്യത്യാസങ്ങൾ. ഇതാണ്
ജനക്കൂട്ടംന്റെ ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട പരാമീറ്റർ. വ്യത്യാസങ്ങളുടെ എണ്ണം ഇങ്ങനെ കണക്കാക്കുന്നു
രണ്ടും തമ്മിലുള്ള പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ എണ്ണം (പകരം, ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഇല്ലാതാക്കലുകൾ).
amplicons ഒരിക്കൽ ഒപ്റ്റിമൽ ജോഡിവൈസ് ഗ്ലോബൽ അലൈൻമെന്റ് കണ്ടെത്തി (കാണുക
ആ ഘട്ടത്തെ സ്വാധീനിക്കുന്നതിന് "ജോഡിവൈസ് അലൈൻമെന്റ് വിപുലമായ ഓപ്ഷനുകൾ"). ഏതെങ്കിലും പൂർണ്ണസംഖ്യ
0 നും 256 നും ഇടയിൽ ഉപയോഗിക്കാം, പക്ഷേ ഉയർന്നത് d മൂല്യങ്ങൾ വർഗ്ഗീകരണത്തെ കുറയ്ക്കും
യുടെ പ്രമേയം ജനക്കൂട്ടം ഫലം. സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്ന d മൂല്യങ്ങൾ 1, 2 അല്ലെങ്കിൽ 3 ആണ്, അപൂർവ്വമായി ഉയർന്നതാണ്.
ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ d = 0, ജനക്കൂട്ടം ഒരു കർശനമായി ബന്ധപ്പെട്ട ഫലങ്ങൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യും
ഡാറ്റാസെറ്റിന്റെ ഡീപ്ലിക്കേഷൻ, അതായത് സമാന ആംപ്ലിക്കോണുകൾ ലയിപ്പിക്കൽ. മുന്നറിയിപ്പ്, ജനക്കൂട്ടം
സമൃദ്ധമായ മൂല്യങ്ങൾ അവതരിപ്പിക്കുന്നതിന് ഇപ്പോഴും ഫാസ്റ്റ എൻട്രികൾ ആവശ്യമാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി നമ്പർ
വ്യത്യാസങ്ങൾ 1 ആണ്.

-f, --വേഗതയുള്ള
കൂടെ ജോലി ചെയ്യുമ്പോൾ d = 1, എണ്ണം കുറയ്ക്കുന്നതിന് രണ്ടാമത്തെ ക്ലസ്റ്ററിംഗ് പാസ് നടത്തുക
ചെറിയ OTU-കൾ (ശുപാർശ ചെയ്‌ത ഓപ്ഷൻ). ഉപയോഗിച്ച് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് പ്രക്രിയയിൽ d = 1, ഒരു
ഇന്റർമീഡിയറ്റ് ആംപ്ലിക്കൺ പൂർണ്ണമായും യാദൃശ്ചികമായ കാരണങ്ങളാൽ നഷ്‌ടമായേക്കാം, തടസ്സപ്പെടുത്തുന്നു
കൂട്ടിച്ചേർക്കൽ പ്രക്രിയ. ആ ഓപ്ഷൻ വെർച്വൽ ആംപ്ലിക്കോണുകൾ സൃഷ്ടിക്കും, ഇത് അനുവദിക്കുന്നു
ചെറിയ OTU-കൾ വലിയവയിൽ ഒട്ടിക്കുക. ഡിഫോൾട്ടായി, OTU ഒരു പിണ്ഡമുണ്ടെങ്കിൽ അത് "ചെറുതാണ്"
2 അല്ലെങ്കിൽ അതിൽ കുറവ് (ആ മൂല്യം വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിന് --boundary ഓപ്ഷൻ കാണുക). കാര്യങ്ങൾ വേഗത്തിലാക്കാൻ
മുകളിലേക്ക്, ജനക്കൂട്ടം ഇന്റർമീഡിയറ്റ് ഫലങ്ങൾ സംഭരിക്കുന്നതിന് ബ്ലൂം ഫിൽട്ടർ ഉപയോഗിക്കുന്നു. മുന്നറിയിപ്പ്, രണ്ടാമത്തേത്
ആദ്യ പാസിനേക്കാൾ 2 മുതൽ 3 മടങ്ങ് വരെ വേഗത കുറയും കൂടാതെ കൂടുതൽ കൂടുതൽ ആവശ്യമാണ്
ഓർമ്മ. മെമ്മറി നിയന്ത്രിക്കുന്നതിന് --bloom-bits (-y) അല്ലെങ്കിൽ --ceiling (-c) ഓപ്ഷനുകൾ കാണുക
ബ്ലൂം ഫിൽട്ടറിന്റെ കാൽപ്പാട്. മുന്നറിയിപ്പ്, വേഗതയേറിയ ഓപ്ഷൻ ക്ലസ്റ്ററിംഗിനെ പരിഷ്കരിക്കുന്നു
ഫലം. --log (-l), --output-file (-o), എന്നീ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിർമ്മിക്കുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾ
--mothur (-r), --uclust-file, --seeds (-w) എന്നിവ ഇവയെ പ്രതിഫലിപ്പിക്കാൻ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുന്നു
പരിഷ്കാരങ്ങൾ; ഫയൽ --statistics-file (-s) ഭാഗികമായി അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്തിട്ടുണ്ട് (നിരകൾ 6
കൂടാതെ 7 അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്തിട്ടില്ല); ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ --internal-structure (-i) അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്തിട്ടില്ല.

-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായം പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക.

-n, --no-otu-breaking
അന്തർനിർമ്മിത OTU പരിഷ്കരണം നിർജ്ജീവമാക്കുക (ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല). ആംപ്ലിക്കൺ സമൃദ്ധി
ഇൻ-കോൺടാക്റ്റ് OTU-കൾക്കിടയിലുള്ള പരിവർത്തനങ്ങൾ തിരിച്ചറിയുന്നതിനും വേർതിരിക്കുന്നതിനും മൂല്യങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
അവ, ഉയർന്ന മിഴിവുള്ള ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഫലങ്ങൾ നൽകുന്നു. ആ ഓപ്ഷൻ അത് തടയുന്നു
വേർതിരിക്കൽ, പ്രായോഗികമായി, ആംപ്ലിക്കണുകൾ എ തമ്മിൽ ഒരു ലിങ്ക് സൃഷ്ടിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു
കൂടാതെ B, B യുടെ ബാഹുല്യം A യുടെ ബാഹുല്യത്തേക്കാൾ കൂടുതലാണെങ്കിൽ പോലും.

-t, --ത്രെഡുകൾ നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഉപയോഗിക്കേണ്ട കമ്പ്യൂട്ടേഷൻ ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം. ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം കുറവായിരിക്കണം അല്ലെങ്കിൽ
ലഭ്യമായ സിപിയു കോറുകളുടെ എണ്ണത്തിന് തുല്യമാണ്. ത്രെഡുകളുടെ ഡിഫോൾട്ട് എണ്ണം 1 ആണ്.

-v, --പതിപ്പ്
ഔട്ട്പുട്ട് പതിപ്പ് വിവരങ്ങളും പുറത്തുകടക്കുക.

-y, --ബ്ലൂം-ബിറ്റുകൾ നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
--fastidious (-f) ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, ഓരോ എൻട്രിയുടെയും വലിപ്പം (ബിറ്റുകളിൽ) നിർവ്വചിക്കുക
ബ്ലൂം ഫിൽട്ടറിൽ. ആ ഓപ്ഷൻ കാര്യക്ഷമത (അതായത് വേഗത) സന്തുലിതമാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു
ബ്ലൂം ഫിൽട്ടറിന്റെ മെമ്മറി കാൽപ്പാടും. വലിയ മൂല്യങ്ങൾ പൂവണിയിക്കും
ഫിൽട്ടർ കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമമാണ്, പക്ഷേ കൂടുതൽ മെമ്മറി ആവശ്യമാണ്. 4 നും 20 നും ഇടയിലുള്ള ഏത് മൂല്യവും
ഉപയോഗിക്കാന് കഴിയും. സ്ഥിര മൂല്യം 16 ആണ്. an-നുള്ള --ceiling (-c) ഓപ്ഷൻ കാണുക
മെമ്മറി ഫൂട്ട്പ്രിന്റ് നിയന്ത്രിക്കാനുള്ള ഇതര മാർഗം.

ഇൻപുട്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ
-a, --അനുബന്ധം-സമൃദ്ധി നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ ചില അല്ലെങ്കിൽ എല്ലാ ആംപ്ലിക്കോണുകളും ഇല്ലാത്തപ്പോൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് സമൃദ്ധമായ മൂല്യം സജ്ജമാക്കുക
സമൃദ്ധമായ മൂല്യങ്ങൾ. മുന്നറിയിപ്പ്, അത് ഉപയോഗിക്കാൻ ശുപാർശ ചെയ്തിട്ടില്ല ജനക്കൂട്ടം എവിടെ ഡാറ്റാസെറ്റുകളിൽ
സമൃദ്ധമായ മൂല്യങ്ങൾ എല്ലാം സമാനമാണ്. ഒരു മര്യാദയായി ഞങ്ങൾ ആ ഓപ്ഷൻ നൽകുന്നു
വിപുലമായ ഉപയോക്താക്കൾ, ദയവായി ഇത് ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം ഉപയോഗിക്കുക. ജനക്കൂട്ടം എങ്കിൽ ഒരു പിശക് സന്ദേശത്തോടെ പുറത്തുകടക്കുന്നു
സമൃദ്ധമായ മൂല്യങ്ങൾ കാണുന്നില്ല, ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ലെങ്കിൽ.

-i, --ആന്തരിക-ഘടന ഫയലിന്റെ പേര്
ഏതാണ്ട് സമാനമായ ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെ എല്ലാ ജോഡികളും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക ഫയലിന്റെ പേര് അഞ്ച് നിരകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ടാബ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റ്:

1. ആംപ്ലിക്കൺ എ ലേബൽ.

2. ആംപ്ലിക്കൺ ബി ലേബൽ.

3. ആംപ്ലിക്കോണുകൾ എയും ബിയും തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസങ്ങളുടെ എണ്ണം (നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ).

4. OTU നമ്പർ (നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ). OTU-കൾ അവയുടെ ക്രമത്തിൽ അക്കമിട്ടിരിക്കുന്നു
1 മുതൽ ആരംഭിക്കുന്നു
അതേ OTU-ന് അതേ നമ്പർ ലഭിക്കും.

5. OTU വിത്തിൽ നിന്ന് ആംപ്ലിക്കൺ ബി വരെയുള്ള ഘട്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം (നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ).

-l, --ലോഗ് ഫയലിന്റെ പേര്
എല്ലാ സന്ദേശങ്ങളും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക ഫയലിന്റെ പേര് ഇതിനുപകരമായി സാധാരണ പിശക്, ഒഴികെ
തീർച്ചയായും പിശക് സന്ദേശങ്ങൾ. എഴുതുന്ന സാഹചര്യങ്ങളിൽ ആ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
സാധാരണ പിശക് പ്രശ്നമാണ് (ഉദാഹരണത്തിന്, ചില ജോലി ഷെഡ്യൂളർമാർക്കൊപ്പം).

-o, --ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ ഫയലിന്റെ പേര്
ഔട്ട്പുട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഫലങ്ങൾ ഫയലിന്റെ പേര്. ഫലങ്ങളിൽ OTU-കളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, ഒരു OTU
ഓരോ വരിയിലും. സ്‌പെയ്‌സുകളാൽ വേർതിരിക്കുന്ന ആംപ്ലിക്കൺ ഐഡന്റിഫയറുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റാണ് OTU. സ്ഥിരസ്ഥിതി
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് എഴുതുക എന്നതാണ്.

-r, --മോത്തൂർ
ഔട്ട്‌പുട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഫലം മോതൂരുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഒരു ഫോർമാറ്റിൽ. ആ ഓപ്ഷൻ
തിരുത്തപ്പെട്ടത് ജനക്കൂട്ടംന്റെ ഡിഫോൾട്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്.

-s, --statistics-file ഫയലിന്റെ പേര്
ഔട്ട്പുട്ട് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ഫയലിന്റെ പേര്. ഓരോന്നിനും ഒരു OTU ഉള്ള ഒരു ടാബ്-വേർതിരിച്ച പട്ടികയാണ് ഫയൽ
വിവരങ്ങളുടെ വരിയും ഏഴ് കോളങ്ങളും:

1. ഒടിയുവിലെ അദ്വിതീയ ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെ എണ്ണം,

2. OTU-ലെ ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെ ആകെ പകർപ്പ് എണ്ണം,

3. പ്രാരംഭ വിത്തിന്റെ ഐഡന്റിഫയർ,

4. പ്രാരംഭ വിത്ത് പകർപ്പ് നമ്പർ,

5. OTU-ൽ കോപ്പി നമ്പർ 1 ഉള്ള ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെ എണ്ണം,

6. OTU അതിന്റെ സ്വാഭാവികതയിൽ എത്തുന്നതിന് മുമ്പുള്ള പരമാവധി എണ്ണം ആവർത്തനങ്ങൾ
പരിധി),

7. OTU- യുടെ സൈദ്ധാന്തിക പരമാവധി ആരം (അതായത്, സഞ്ചിത എണ്ണം
വിത്തും OTU-ലെ ഏറ്റവും വലിയ ആംപ്ലിക്കോണും തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസം).
OTU യുടെ യഥാർത്ഥ പരമാവധി ആരം പലപ്പോഴും വളരെ ചെറുതാണ്.

-u, --uclust-file ഫയലിന്റെ പേര്
ഔട്ട്‌പുട്ട് ക്ലസ്റ്ററിംഗ്, നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിലേക്ക് uclust പോലെയുള്ള ഫയൽ ഫോർമാറ്റിൽ കലാശിക്കുന്നു. അത്
ഓപ്ഷൻ പരിഷ്ക്കരിക്കുന്നില്ല ജനക്കൂട്ടംന്റെ ഡിഫോൾട്ട് ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്.

-w, --വിത്ത് ഫയലിന്റെ പേര്
ഔട്ട്പുട്ട് OTU പ്രതിനിധികൾ ഫയലിന്റെ പേര് ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ. സമൃദ്ധമായ മൂല്യം
ഓരോ പ്രതിനിധിയും OTU-ലെ എല്ലാ ആംപ്ലിക്കോണുകളുടെയും സമൃദ്ധിയുടെ ആകെത്തുകയാണ്.

-z, --ഉപയോക്തൃ-സമൃദ്ധി
userarch/vsearch ന്റെ ശൈലിയിൽ ആംപ്ലിക്കൺ സമൃദ്ധി മൂല്യങ്ങൾ സ്വീകരിക്കുക
(>ലേബൽ; വലിപ്പം=പൂർണ്ണസംഖ്യ[;]). ആ ഓപ്ഷൻ സമൃദ്ധമായ വ്യാഖ്യാന ശൈലിയെ സ്വാധീനിക്കുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ജോടിയായി വിന്യാസം വിപുലമായ ഓപ്ഷനുകൾ
ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ d > 1, ജനക്കൂട്ടം ജോഡിവൈസ് പരിഷ്ക്കരിക്കുന്ന വിപുലമായ കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ തിരിച്ചറിയുന്നു
ആഗോള വിന്യാസം സ്‌കോറിംഗ് പാരാമീറ്ററുകൾ:

-m, --മാച്ച്-റിവാർഡ് നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തത്തിനുള്ള പ്രതിഫലം നിശ്ചയിക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് 5 ആണ്.

-p, --പൊരുത്തക്കേട്-പെനാൽറ്റി നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പൊരുത്തക്കേടിനുള്ള പിഴ നിശ്ചയിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി 4 ആണ്.

-g, --ഗ്യാപ്പ്-ഓപ്പണിംഗ്-പെനാൽറ്റി നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
വിടവ് തുറന്ന പെനാൽറ്റി സജ്ജമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി 12 ആണ്.

-e, --വിടവ്-വിപുലീകരണം-പെനാൽറ്റി നല്ല പൂർണ്ണസംഖ്യ
വിടവ് വിപുലീകരണ പെനാൽറ്റി സജ്ജമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി 4 ആണ്.

As ജനക്കൂട്ടം അടുത്ത ബന്ധങ്ങളിൽ ശ്രദ്ധ കേന്ദ്രീകരിക്കുന്നു (ഉദാ d = 2 അല്ലെങ്കിൽ 3), ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ഫലങ്ങൾ
പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റ് മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ പരിഷ്‌ക്കരിക്കുന്നതിന് പ്രതിരോധം. മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ പരിഷ്ക്കരിക്കുന്നു
ഉയർന്നത് ഉപയോഗിച്ച് ക്ലസ്റ്ററിംഗ് ചെയ്യുമ്പോൾ ശക്തമായ സ്വാധീനം ചെലുത്തുന്നു d മൂല്യം.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

ഡാറ്റാ സെറ്റ് ക്ലസ്റ്ററൈസ് ചെയ്യുക myfile.fasta സാധ്യമായ ഏറ്റവും മികച്ച റെസല്യൂഷനുള്ള OTU-കളിലേക്ക് (1
വ്യത്യാസം, ബിൽറ്റ്-ഇൻ ബ്രേക്കിംഗ്, വേഗതയേറിയ ഓപ്ഷൻ) 4 കമ്പ്യൂട്ടേഷൻ ത്രെഡുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. OTU-കളാണ്
ഫയലിലേക്ക് എഴുതി myfile.swarms, OTU പ്രതിനിധികൾക്ക് എഴുതിയിരിക്കുന്നു
myfile.representatives.fasta.

ജനക്കൂട്ടം -t 4 -f -w myfile.representatives.fasta < myfile.fasta > myfile.swarms

AUTHORS

ഫ്രെഡറിക് മാഹിയുടെ ആശയം, ടോർബ്‌ജോൺ റോഗ്‌നസ് നടപ്പിലാക്കിയത്.

CITATION

മാഹി എഫ്, റോഗ്‌നെസ് ടി, ക്വിൻസ് സി, ഡി വർഗാസ് സി, ഡൺതോൺ എം. (2014) കൂട്ടം: കരുത്തുറ്റതും വേഗതയുള്ളതും
ആംപ്ലിക്കൺ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പഠനങ്ങൾക്കുള്ള ക്ലസ്റ്ററിംഗ് രീതി. പീര്ജെ 2:e593
<http://dx.doi.org/10.7717/peerj.593>

മാഹി എഫ്, റോഗ്‌നെസ് ടി, ക്വിൻസ് സി, ഡി വർഗാസ് സി, ഡൺതോൺ എം. (2015) സ്വാം v2: ഉയർന്ന അളവിലുള്ളതും
ഉയർന്ന മിഴിവുള്ള ആംപ്ലിക്കൺ ക്ലസ്റ്ററിംഗ്. പീര്ജെ 3:e1420http://dx.doi.org/10.7717/peerj.1420>

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ

നിർദ്ദേശങ്ങളും ബഗ് റിപ്പോർട്ടുകളും ഇവിടെ സമർപ്പിക്കുക , അയക്കുക
അഭ്യർത്ഥന വലിക്കുക , അല്ലെങ്കിൽ ഒരു സൗഹൃദപരമോ ചുരുണ്ടമോ രചിക്കുക
ഫ്രെഡറിക് മാഹിക്ക് ഇമെയിൽ ചെയ്യുക[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]> ഒപ്പം ടോർബ്ജോൺ റോഗ്നെസും[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>.

AVAILABILITY

എന്നതിൽ നിന്നും സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ലഭ്യമാണ്

പകർപ്പവകാശ

പകർപ്പവകാശം (സി) 2012, 2013, 2014, 2015 ഫ്രെഡറിക് മാഹി & ടോർബ്‌ജോൺ റോഗ്‌നെസ്

ഈ പ്രോഗ്രാം ഒരു സ്വതന്ത്ര സോഫ്‌റ്റ്‌വെയർ ആണ്: നിങ്ങൾക്ക് ഇത് പുനർവിതരണം ചെയ്യാനും കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ പരിഷ്‌ക്കരിക്കാനുമാകും
സ്വതന്ത്ര സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ഫൗണ്ടേഷൻ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ഗ്നു അഫെറോ ജനറൽ പബ്ലിക് ലൈസൻസ്
ലൈസൻസിന്റെ പതിപ്പ് 3 അല്ലെങ്കിൽ പിന്നീടുള്ള ഏതെങ്കിലും പതിപ്പ്.

ഈ പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗപ്രദമാകുമെന്ന പ്രതീക്ഷയിലാണ് വിതരണം ചെയ്യുന്നത്, എന്നാൽ യാതൊരു വാറന്റിയും ഇല്ലാതെ;
ഒരു പ്രത്യേക ആവശ്യത്തിനായി വ്യാപാരത്തിന്റെയോ ഫിറ്റ്നസിന്റെയോ സൂചിപ്പിച്ച വാറന്റി പോലുമില്ലാതെ.
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് GNU Affero ജനറൽ പബ്ലിക് ലൈസൻസ് കാണുക.

ഇതോടൊപ്പം നിങ്ങൾക്ക് ഗ്നു അഫെറോ ജനറൽ പബ്ലിക് ലൈസൻസിന്റെ ഒരു പകർപ്പ് ലഭിച്ചിരിക്കണം
പ്രോഗ്രാം. ഇല്ലെങ്കിൽ കാണുകhttp://www.gnu.org/licenses/>.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് swarm ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക