ടോപ്പർഡ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ടോപ്പ് ചെയ്തു - ട്രാൻസ്മെംബ്രെൻ ടോപ്പോളജി പ്രവചനം.

സിനോപ്സിസ്

ടോപ്പ് ചെയ്തു [ഓപ്ഷനുകൾ]സെക് ഡാറ്റ>...

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇനിപ്പറയുന്ന കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ അനുവദനീയമാണ്:

-c മൂല്യം
ഉപയോഗം മൂല്യം നിശ്ചിത കട്ട്-ഓഫ് മൂല്യമായി. സ്ഥിരസ്ഥിതി 1 ആണ്.

-d Val
ഉപയോഗം Val 2 ട്രാൻസ്മെംബ്രെൻ സെഗ്മെന്റുകൾക്കിടയിലുള്ള നിർണായക ദൂരം. 2 കണക്കാക്കിയാൽ
വിഭാഗങ്ങളെക്കാൾ ചെറിയ ദൂരം കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു Val അമിനോ ആസിഡുകൾ സെഗ്മെന്റ് മാത്രം
മികച്ച ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി മൂല്യം കണക്കിലെടുക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി 2 ആണ്.

-e cyt-ext കാൽക്കുലസ് യൂക്കറിയോട്ടുകളിലേക്ക് മാറ്റുക. ഡിഫോൾട്ട് പ്രോകാരിയോട്ടുകളാണ്.

-g ഫോർമാറ്റ്
വ്യക്തമാക്കിയതിൽ ഹൈഡ്രോഫോബിക് പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ പ്രദർശിപ്പിക്കുക ഫോർമാറ്റ്. നിലവിൽ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു
ഫോർമാറ്റിനുള്ള മൂല്യങ്ങൾ ഇവയാണ്:

x11 : ഗ്രാഫ് സ്ക്രീനിൽ പ്രദർശിപ്പിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി).
ps : ഒരു .ps ഫയൽ നിർമ്മിക്കുക.
PNG : ഒരു .png ഫയൽ നിർമ്മിക്കുക.
പിപിഎം : ഒരു .ppm ഫയൽ നിർമ്മിക്കുക.
ആരും : ഒരു പ്രൊഫൈലും നിർമ്മിക്കുന്നില്ല.

മുന്നറിയിപ്പ്: ഈ ഓപ്ഷനും അനുബന്ധ മൂല്യങ്ങളും മാത്രം Toppred കംപൈൽ ചെയ്താൽ ലഭ്യമാണ്
gnuplot പിന്തുണയോടെ.

-h ഉപയോഗ ഡിസ്പ്ലേ.

-H ഫയല്
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി സ്കെയിൽ ലോഡുചെയ്യുക ഫയല്, സ്ഥിരസ്ഥിതി GES-സ്കെയിൽ ആണ്. സ്വീകാര്യമായ മൂല്യങ്ങളാണ്
ഒന്നുകിൽ:

കെഡി-സ്കെയിൽ : (കൈറ്റ് ആൻഡ് ഡൂലിറ്റിൽ, ജെ. മോൾ. ബയോൾ (1982) 157, 105-132 )
GES-സ്കെയിൽ : (Goldman Engelman Steitz Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15/ 321
53)
ജിവിഎച്ച്-സ്കെയിൽ : (ഗുന്നർ വോൺ ഹെയ്‌നെ ജെ. മോൾ. ബയോൾ. (1992) 225, 487-494)
ഒന്നുകിൽ നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി സ്കെയിൽ ഫയൽ. ഈ സാഹചര്യത്തിൽ ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി സ്കെയിൽ ഫയൽ
പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഡയറക്ടറിയിൽ സ്ഥിതിചെയ്യണം.

നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി സ്കെയിൽ ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ഫോർമാറ്റ് കാണുക
നിങ്ങളുടെ സിസ്റ്റത്തിലെ ടോപ്പർഡ് ഡാറ്റ ഡയറക്ടറിയിലെ ഫയലുകൾ സ്കെയിൽ ചെയ്യുക; ലുക്ക് ഇൻ
/usr/share/toppred/or /usr/local/share/toppred/, അല്ലെങ്കിൽ നിങ്ങളുടെ സിസ്റ്റം അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്ററോട് ചോദിക്കുക.

-n മൂല്യം
ഉപയോഗം മൂല്യം ഒരു കോർ വിൻഡോ നീളം എന്ന നിലയിൽ, ഡിഫോൾട്ട് 11 ആണ്.

-o ഫയല്
ഔട്ട്പുട്ട് ഇടുക ഫയല്, കൂടാതെ മറ്റെല്ലാ ഫയലുകളും ഒരേ ഡയറക്ടറിയിൽ സംഭരിക്കുക ഫയല്.

-O ഫോർമാറ്റ്
വ്യക്തമാക്കിയതിൽ പ്രിന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്. പിന്തുണയ്ക്കുന്ന മൂല്യങ്ങൾ ഇവയാണ്: പഴയത്: പഴയ ടോപ്പ്ഡ് ഔട്ട്പുട്ട്
ഫോർമാറ്റ്, പുതിയ: പുതിയ ടോപ്പ്ഡ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് (സ്ഥിര മൂല്യം), HTML: ഒരു html പേജ് നിർമ്മിക്കുക
ഓരോ ക്രമത്തിലും, ഹൈഡ്രോഫോബിക് പ്രൊഫൈലും ടോപ്പോളജികളും വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ ശ്രദ്ധിക്കുക
പ്രാതിനിധ്യം png ഫോർമാറ്റിൽ നിർബന്ധിതമാണ്.

-p മൂല്യം
ഉപയോഗം മൂല്യം പുട്ടേറ്റീവ് കട്ട് ഓഫ് ആയി, ഡിഫോൾട്ട് 0.6 ആണ്.

-q മൂല്യം
ഉപയോഗം മൂല്യം വെഡ്ജ് വിൻഡോ നീളം പോലെ, ഡിഫോൾട്ട് 5 ആണ്.

-s മൂല്യം
ഉപയോഗം മൂല്യം ക്രിട്ടിക്കൽ ലൂപ്പ് നീളം പോലെ. 2 ട്രാൻസ്‌മെംബ്രെൻ സെഗ്‌മെന്റുകൾക്കിടയിലുള്ള ഒരു ലൂപ്പിന് a ഉണ്ടെങ്കിൽ
അധികം നീളം Val നിർണ്ണയിക്കാൻ Lys/Arg അനുപാതം കണക്കിലെടുക്കുന്നില്ല
ടോപ്പോളജികൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 60 ആണ്.

-t ഫോർമാറ്റ്
നിർദ്ദിഷ്ട ടോപ്പോളജികളുടെ ചിത്രങ്ങൾ നിർമ്മിക്കുക ഫോർമാറ്റ്. നിലവിൽ പിന്തുണയ്ക്കുന്ന മൂല്യങ്ങൾ
ഫോർമാറ്റിനായി: PNG: ടോപ്പോളജികളുടെ ചിത്രങ്ങൾ png ഫോർമാറ്റിൽ നിർമ്മിക്കുന്നു, ആരും: ഗ്രാഫിക് ഇല്ല
ടോപ്പോളജികളുടെ പ്രതിനിധാനം നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് png ആണ്.

മുന്നറിയിപ്പ്: ഈ ഓപ്ഷനും അനുബന്ധ മൂല്യങ്ങളും മാത്രം Toppred കംപൈൽ ചെയ്താൽ ലഭ്യമാണ്
libgdb പിന്തുണയോടെ.

-v പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

ഫോർമാറ്റ്

ടോപ്പ് ചെയ്തു ഇൻപുട്ടായി ഫാസ്റ്റ സീക്വൻസ് ഫോർമാറ്റ് മാത്രം കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു.

ടോപ്പ് ചെയ്തു വഴി 2 ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നു -O ഫ്ലാഗ്.

വിവരണം

ടോപ്പ് ചെയ്തു G. von അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഒരു ട്രാൻസ്മെംബ്രെൻ പ്രോട്ടീന്റെ ടോപ്പോളജി നിർണ്ണയിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു പ്രോഗ്രാം ആണ്
Heijne അൽഗോരിതം.

"മെംബ്രൺ പ്രോട്ടീൻ ഘടന പ്രവചനം. ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി വിശകലനവും പോസിറ്റീവ് ഇൻസൈഡും
ഭരണം." ജെ. മോൾ. ബയോൾ. 1992 225,487-494.

മുതൽ ഓരോ സീക്വൻസും സെക് ഡാറ്റ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നു, കൂടാതെ ടോപ്പ് ചെയ്തു സൃഷ്ടിക്കുക
ക്രമത്തിന്റെ ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈലും അനുബന്ധ ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി മൂല്യങ്ങളും
ഫയല്ക്രമം-ഐഡി>.ഹൈഡ്രോ.

കൂടാതെ, പ്രവചിച്ച ടോപ്പോളജികൾ png ഇമേജുകളായി പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു. ഓരോ ടോപ്പോളജി ആണ്
ഫയലിൽ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നുക്രമം-ഐഡി>-<അക്കം>.png

ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈൽ ഒരു കോർ ചതുരാകൃതിയിലുള്ള ജാലകത്താൽ രൂപപ്പെട്ട ഒരു വിൻഡോ ഉപയോഗിച്ചാണ് കണക്കാക്കുന്നത്
വലിപ്പം n, q വലിപ്പമുള്ള 2 ത്രികോണാകൃതിയിലുള്ള ജാലകങ്ങളാൽ ചുറ്റപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു. NB ചതുരാകൃതിയിലുള്ളതും ത്രികോണാകൃതിയിലുള്ളതുമായ ശരാശരി
ആ ജാലകങ്ങൾക്കുള്ളിലെ പോണ്ടറേഷൻ മൂല്യങ്ങൾ യഥാക്രമം സ്ഥിരവും വേരിയബിളുമാണ്.

ഇനിപ്പറയുന്ന വിൻഡോ ഉപയോഗിച്ച് ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈൽ കണക്കാക്കുന്നു

-> n <-
___________
/⎪ ⎪\
/ ⎪ ⎪ \
/__⎪_________⎪__\
-> q <- -> q <-
-> l = n + 2q <-

അങ്ങനെ, q 0 ആയി സജ്ജീകരിച്ച് ഒരാൾക്ക് ഒരു ചതുരാകൃതിയിലുള്ള വിൻഡോ ഉപയോഗിക്കാം.

ടോപ്പ് ചെയ്തു കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ അനുസരിച്ച് ഇനിപ്പറയുന്ന ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു

foo.hydro
സീക്വൻസിനായുള്ള ഹൈഡ്രോഫോബിക് മൂല്യങ്ങൾ അടങ്ങുന്ന ഫയൽ ഫൂ.

foo.ps, foo.ppm, foo.png
സീക്വൻസിനായുള്ള ഹൈഡ്രോഫോബിക് പ്രൊഫൈലിനെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ചിത്രം ഫൂ പോസ്റ്റ്ക്രിപ്റ്റിൽ, ppm അല്ലെങ്കിൽ
കമാൻഡ് ലൈനിൽ വ്യക്തമാക്കിയ -g ഓപ്ഷൻ മൂല്യത്തെ ആശ്രയിച്ച് png ഫോർമാറ്റ്, യഥാക്രമം -g
ps, -g ppm അല്ലെങ്കിൽ -g png.

foo-1.png ... foo-n.png
പ്രവചിച്ച ടോപ്പോളജിയുടെ ഗ്രാഫിക് പ്രാതിനിധ്യത്തെ പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന ചിത്രം 1... n വേണ്ടി
ക്രമം ഫൂ കമാൻഡ് ലൈനിൽ -t png ഓപ്ഷൻ നൽകിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ png ഫോർമാറ്റിൽ.

ENVIRONMENT

ടോപ്പ്പ്രെഡ്ഡാറ്റ ഒരു ഇതര ടോപ്പർഡ് ഡാറ്റ ഫോൾഡർ വ്യക്തമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാം

ഉദാഹരണങ്ങൾ

ഫാസ്റ്റ രൂപപ്പെടുത്തിയ ക്രമം പരിഗണിക്കുക ഫൂ ഫയലിൽ ബാർ.

ടോപ്പ് ചെയ്തു ബാർ
എന്നതിൽ നിന്ന് എല്ലാ സീക്വൻസുകളും ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക ബാർ, ഓരോ ക്രമത്തിനും പ്രദർശിപ്പിക്കുക
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈൽ, അനുബന്ധമായി നിർമ്മിക്കുക foo.hydro ഒപ്പം അനുബന്ധവും
foo-<#>.png png ഇമേജുകളായി ഗ്രാഫിക്കൽ ടോപ്പോളജി പ്രാതിനിധ്യം.

ടോപ്പ് ചെയ്തു -ജിപിഎസ് ബാർ
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈൽ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിന് പകരം മുമ്പത്തേതിന് സമാനമായി
സ്‌ക്രീൻ, ഇത് ഒരു പോസ്റ്റ്‌ക്രിപ്റ്റ് ഫോർമാറ്റ് ഇമേജിലാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത് foo.ps

ടോപ്പ് ചെയ്തു -ജി ഒന്നുമില്ല ബാർ
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈലും പ്രദർശിപ്പിച്ചിട്ടില്ല എന്നതൊഴിച്ചാൽ മുമ്പത്തേത് തന്നെ
നിർമ്മിച്ചത്.

ടോപ്പ് ചെയ്തു -g ഒന്നുമില്ല - ഒന്നുമില്ല ബാർ
ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈലോ ഗ്രാഫിക്കലോ അല്ല എന്നതൊഴിച്ചാൽ മുമ്പത്തേത് തന്നെ
ടോപ്പോളജി പ്രാതിനിധ്യം നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നില്ല

ടോപ്പ് ചെയ്തു -എച്ച് കെഡി-സ്കെയിൽ ബാർ
സീക്വൻസുകൾ പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുമ്പോൾ ഡിഫോൾട്ട് GES സ്കെയിലിന് പകരം KD സ്കെയിൽ ഉപയോഗിക്കുക.

ടോപ്പ് ചെയ്തു -O html -g png -t ഒന്നുമില്ല -o ഫലം ബാർ
ഫയലിൽ html ഔട്ട്‌പൗട്ട് എഴുതുക ഫലം, കൂടാതെ ഹൈഡ്രോഫോബിസിറ്റി പ്രൊഫൈൽ നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നു
PNG ഫോർമാറ്റിൽ ഗ്രാഫിക്സ് ടോപ്പോളജികൾ നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നില്ല.

പൂച്ച ബാർ ⎪ ടോപ്പ് ചെയ്തു -
ടോപ്പ് ചെയ്തു stdin-ൽ നിന്നുള്ള ഡാറ്റ വായിക്കാൻ കഴിയും.

AUTHORS

എറിക് ദേവൂഡ്[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>, ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് പാസ്ചറും കട്ജ ഷൂററും.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ടോപ്പ്ഡ് ഓൺലൈൻ ഉപയോഗിക്കുക