Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന വെൽവെറ്റ്ജി കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
velvetg - de Bruijn ഗ്രാഫ് നിർമ്മാണം, പിശക് നീക്കംചെയ്യൽ, ആവർത്തിച്ചുള്ള മിഴിവ്
വിവരണം
ഉപയോഗം: ./velvetg ഡയറക്ടറി [ഓപ്ഷനുകൾ]
ഡയറക്ടറി
: പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഡയറക്ടറിയുടെ പേര്
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഓപ്ഷനുകൾ:
-cov_cutoff
: ടൂർ ബസിന് ശേഷം കുറഞ്ഞ കവറേജ് നോഡുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക അല്ലെങ്കിൽ അത് അനുമാനിക്കാൻ സിസ്റ്റത്തെ അനുവദിക്കുക
(ഡിഫോൾട്ട്: നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതില്ല)
-ഇൻസ്_ലെങ്ത്
: ജോടിയാക്കിയ രണ്ട് എൻഡ് റീഡുകൾക്കിടയിൽ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ദൂരം (ഡിഫോൾട്ട്: റീഡ് ജോടിയാക്കൽ ഇല്ല)
-read_trkg
: അസംബ്ലിയിലെ ഹ്രസ്വ വായനാ സ്ഥാനങ്ങളുടെ ട്രാക്കിംഗ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ട്രാക്കിംഗ് ഇല്ല)
-min_contig_lgth
: contigs.fa ഫയലിലേക്ക് ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോൺടിഗ് ദൈർഘ്യം കയറ്റുമതി ചെയ്തു (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഹാഷ് ദൈർഘ്യം * 2)
-amos_file
: AMOS ഫയലിലേക്ക് അസംബ്ലി എക്‌സ്‌പോർട്ട് ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: കയറ്റുമതി ഇല്ല)
-exp_cov
: അദ്വിതീയ പ്രദേശങ്ങളുടെ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന കവറേജ് അല്ലെങ്കിൽ അത് അനുമാനിക്കാൻ സിസ്റ്റത്തെ അനുവദിക്കുക
(ഡിഫോൾട്ട്: ദൈർഘ്യമേറിയതോ ജോടിയാക്കിയതോ ആയ റീഡ് റെസല്യൂഷൻ ഇല്ല)
-long_cov_cutoff : പര്യടനത്തിന് ശേഷം ലോംഗ്-റീഡ് കവറേജ് കുറവുള്ള നോഡുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക
ബസ്
(ഡിഫോൾട്ട്: നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതില്ല)
വിപുലമായ ഓപ്ഷനുകൾ:
-ഇൻസ്_ലെങ്ത്*
: അതാത് ഷോർട്ട് റീഡിൽ രണ്ട് ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് റീഡുകൾക്കിടയിൽ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ദൂരം
ഡാറ്റാസെറ്റ് (ഡിഫോൾട്ട്: റീഡ് ജോടിയാക്കൽ ഇല്ല)
നീളത്തിൽ_ദൈർഘ്യം
: രണ്ട് നീണ്ട ജോടിയാക്കിയ അവസാന വായനകൾക്കിടയിൽ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന ദൂരം (ഡിഫോൾട്ട്: റീഡ് ജോടിയാക്കൽ ഇല്ല)
-ഇൻസ്_ലെങ്ത്*_sd
: ബന്ധപ്പെട്ട ഡാറ്റാഗണത്തിന്റെ കണക്കാക്കിയ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ (ഡിഫോൾട്ട്: അനുബന്ധത്തിന്റെ 10%
നീളം)
[ആവശ്യമെങ്കിൽ '*' മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുക, '2' അല്ലെങ്കിൽ '_നീങ്ങ്'
- സ്കാർഫോൾഡിംഗ്
: കോൺടിഗുകളുടെ സ്കാർഫോൾഡിംഗ് ജോടിയാക്കിയ അന്തിമ വിവരങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ചു (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓൺ)
-max_branch_length
: ബബിളിന്റെ അടിസ്ഥാന ജോഡിയിൽ പരമാവധി നീളം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 100)
-max_divergence : ഒരു കുമിളയിലെ രണ്ട് ശാഖകൾക്കിടയിലുള്ള പരമാവധി വ്യതിചലന നിരക്ക്
(സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.2)
-max_gap_count
: ഒരു കുമിളയുടെ രണ്ട് ശാഖകളുടെ വിന്യാസത്തിൽ അനുവദനീയമായ പരമാവധി എണ്ണം വിടവുകൾ
(സ്ഥിരസ്ഥിതി: 3)
-മിനി_ജോടി_എണ്ണം
: രണ്ട് നീളമുള്ള സ്കാർഫോൾഡിംഗിനെ ന്യായീകരിക്കാൻ ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് കണക്ഷനുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം
contigs (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 5)
-max_coverage
: ടൂർ ബസിന് ശേഷം ഉയർന്ന കവറേജ് നോഡുകൾ നീക്കംചെയ്യൽ (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നീക്കം ചെയ്യേണ്ടതില്ല)
-കവറേജ്_മാസ്ക്
: കോണ്ടിഗുകളുടെ ആത്മവിശ്വാസമുള്ള പ്രദേശങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കവറേജ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1)
-ലോംഗ്_മൾട്ട്_കട്ട്ഓഫ്
: കോണ്ടിഗുകൾ ലയിപ്പിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യമുള്ള റീഡുകളുടെ എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 2)
-unused_reads
: UnusedReads.fa ഫയലിൽ ഉപയോഗിക്കാത്ത വായനകൾ കയറ്റുമതി ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)
- വിന്യാസങ്ങൾ
: കോൺടിഗ് അലൈൻമെന്റിന്റെ ഒരു സംഗ്രഹം റഫറൻസ് സീക്വൻസുകളിലേക്ക് കയറ്റുമതി ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)
-എക്‌സ്‌പോർട്ട് ഫിൽട്ടർ ചെയ്തു
: കവറേജ് ഫിൽട്ടറുകൾ വഴി ഒഴിവാക്കിയ നീളമുള്ള നോഡുകൾ കയറ്റുമതി ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)
-വൃത്തിയുള്ളത്
: വീണ്ടും കണക്കാക്കാൻ ഉപയോഗശൂന്യമായ എല്ലാ ഇടനില ഫയലുകളും നീക്കം ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി:
ഇല്ല)
-വളരെ വൃത്തിയുള്ള
: എല്ലാ ഇടനില ഫയലുകളും നീക്കം ചെയ്യുക (വീണ്ടും കണക്കുകൂട്ടൽ സാധ്യമല്ല) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)
-paired_exp_fraction
: നിർദിഷ്ട ഭിന്നസംഖ്യയേക്കാൾ കുറവുള്ള എല്ലാ ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് കണക്ഷനുകളും നീക്കം ചെയ്യുക
പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന എണ്ണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.1)
-shortMatePaired*
: ഇണ-ജോഡി ലൈബ്രറികൾക്കായി, ലൈബ്രറി മലിനമായേക്കാമെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുക
ജോടിയാക്കിയ അവസാന വായനകൾ (സ്ഥിര നമ്പർ)
-നീളം സംരക്ഷിക്കുക
: ദീർഘമായ വായനകളുള്ള സീക്വൻസുകൾ സൂക്ഷിക്കുക (സ്ഥിര നമ്പർ)
ഔട്ട്പുട്ട്:
ഡയറക്ടറി/contigs.fa
: ഹാഷ് ദൈർഘ്യത്തിൽ ഇരട്ടിയിലധികം നീളമുള്ള കോൺടിഗുകളുടെ ഫാസ്റ്റ ഫയൽ
ഡയറക്ടറി/stats.txt
: സ്ഥിതിവിവരക്കണക്ക് ഫയൽ (ടാബ്-സ്പെയ്സ്ഡ്) ഉചിതമായ കവറേജ് കട്ട്ഓഫ് നിർണ്ണയിക്കാൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഡയറക്ടറി/അവസാന ഗ്രാഫ്
: അന്തിമ ഗ്രാഫിലെ എല്ലാ വിവരങ്ങളുമുള്ള പ്രത്യേക ഫോർമാറ്റ് ചെയ്ത ഫയൽ
ഡയറക്ടറി/velvet_asm.afg
: (ആവശ്യമെങ്കിൽ) AMOS അനുയോജ്യമായ അസംബ്ലി ഫയൽ
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് velvetg ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക