zalign - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

zalign - ബയോളജിക്കൽ സീക്വൻസുകളുടെ സമാന്തര പ്രാദേശിക വിന്യാസം

സിനോപ്സിസ്

zalign [-s സ്കോറുകൾ] [-S വിഭജനം] [-H hblk] [-V vblk] file1 file2

വിവരണം

zAlign ഒരു പ്രാദേശിക സീക്വൻസ് അലൈനറാണ്, പ്രത്യേകിച്ച് വലിയ ബയോളജിക്കൽ ഡിഎൻഎയ്‌ക്കൊപ്പം ഉപയോഗിക്കാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ്
1Mbp-യിൽ കൂടുതൽ (ദശലക്ഷക്കണക്കിന് അടിസ്ഥാന ജോഡികൾ) ഉള്ള സീക്വൻസുകൾ. ഇത് കൃത്യമായി സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഈ ടാസ്‌ക് നിർവഹിക്കുന്നതിന് അഫൈൻ ഗ്യാപ്പ് കോസ്റ്റ് ഫംഗ്‌ഷനോടുകൂടിയ അൽഗോരിതം.

പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകൾ:
-h ഈ സഹായം പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-s
അലൈൻമെന്റ് കണക്കാക്കുമ്പോൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ട സ്കോറുകളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ് വ്യക്തമാക്കുക
പ്രോഗ്രാമിലുടനീളം മെട്രിക്സ്. ലിസ്റ്റ് ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കണം
"-sMATCH,MISMATCH,GAP_OPEN,GAP_EXTENSION" (ഉദ്ധരണികളില്ലാതെ), ഇതിൽ പാഴ്‌സ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
PRECISE ഓർഡർ; മൂല്യങ്ങൾക്കിടയിൽ ഇടങ്ങളൊന്നും അനുവദനീയമല്ല. വ്യക്തമാക്കാത്ത എന്തെങ്കിലും ഉണ്ടെങ്കിൽ
പാരാമീറ്ററുകൾ, ഇവ ഡിഫോൾട്ട് മൂല്യങ്ങളിലേക്ക് സജ്ജീകരിക്കുകയും ഒരു മുന്നറിയിപ്പ് സന്ദേശം നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു;
അധികമായ പാരാമീറ്ററുകൾ നിരസിച്ചു

സ്റ്റേജ് 2 ഓപ്ഷനുകൾ:
-S
(mpialign മാത്രം) അലൈൻമെന്റ് മാട്രിക്സ് വിഭജിക്കേണ്ട ഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണം; ഇതു കഴിഞ്ഞ്
ഘട്ടം ഒരു സൈക്ലിക് ബ്ലോക്ക് മോഡൽ പ്രയോഗിക്കുന്നു, ഓരോ ഭാഗവും എല്ലാവർക്കും തുല്യമായി വിഭജിക്കുന്നു
ലഭ്യമായ നോഡുകൾ

-H
(mpialign മാത്രം) ഓരോ നോഡും അതിലേക്ക് ഉണ്ടാക്കിയ തിരശ്ചീന ഉപവിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണം
അലൈൻമെന്റ് സബ്മാട്രിക്സ്; ഈ മൂല്യം ബ്ലോക്ക് വീതി നിർവചിക്കുന്നതിനാൽ, ഒരു നല്ല ചോയ്സ് വേണം
പ്രോസസറിന്റെ കാഷെ പേജുകൾക്ക് അനുയോജ്യമായ രണ്ട് മാട്രിക്സ് ലൈനുകൾ അനുവദിക്കുക, അൽഗോരിതം മെച്ചപ്പെടുത്തുക
പ്രകടനം

-V
(mpialign മാത്രം) ഓരോ നോഡും അതിന്റെ വിന്യാസത്തിൽ നിർമ്മിച്ച ലംബമായ ഉപവിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണം
സബ്മാട്രിക്സ്; ഈ മൂല്യം ഇന്റർനോഡ് ആശയവിനിമയത്തിന്റെ അളവിനെ നേരിട്ട് ബാധിക്കുന്നു
'സ്പ്ലിറ്റ്' 1 ആയി സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കൂ, അല്ലാത്തപക്ഷം അത് ലഭ്യമായ എണ്ണത്തിലേക്ക് സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
നോഡുകൾ

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് zalign ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക