kSNP എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പാണിത്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ റിലീസ് kSNP4.1-source-code.zip ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
KSNP എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് OnWorks-നൊപ്പം സൗജന്യമായി ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
കെ.എസ്.എൻ.പി
Ad
വിവരണം
kSNP4 ഒരു കൂട്ടം ജീനോം സീക്വൻസുകളിൽ പാൻ-ജീനോം SNP-കളെ തിരിച്ചറിയുന്നു, കൂടാതെ ആ SNP-കളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഫൈലോജെനെറ്റിക് മരങ്ങളെ കണക്കാക്കുന്നു. എസ്എൻപി കണ്ടെത്തൽ കെ-മെർ വിശകലനത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്, കൂടാതെ ഒന്നിലധികം ക്രമ വിന്യാസമോ ഒരു റഫറൻസ് ജീനോമിന്റെ തിരഞ്ഞെടുപ്പോ ആവശ്യമില്ല, അതിനാൽ kSNP4 ന് 100-ഓളം മൈക്രോബയൽ ജീനോമുകൾ ഇൻപുട്ടായി എടുക്കാൻ കഴിയും. ഒരു സെൻട്രൽ എസ്എൻപി അല്ലീലിന് ചുറ്റുമുള്ള കെ നീളമുള്ള ഒലിഗോയാണ് എസ്എൻപി ലോക്കസിനെ നിർവചിക്കുന്നത്. kSNP4-ന് സമ്പൂർണ്ണ (പൂർത്തിയായ) ജീനോമുകളും പൂർത്തിയാകാത്ത ജീനോമുകളും അസംബിൾ ചെയ്ത കോൺടിഗുകളിലോ അസംസ്‌കൃതവും അസംബ്ലിഡ് റീഡുകളിലോ വിശകലനം ചെയ്യാൻ കഴിയും. പൂർത്തിയായതും പൂർത്തിയാകാത്തതുമായ ജീനോമുകൾ ഒരുമിച്ച് വിശകലനം ചെയ്യാൻ കഴിയും, കൂടാതെ kSNP-ന് പൂർത്തിയായ ജീനോമുകളുടെ Genbank ഫയലുകൾ സ്വയമേവ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാനും ആ ഫയലുകളിലെ വിവരങ്ങൾ SNP വ്യാഖ്യാനത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്താനും കഴിയും.
kSNP4 ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് പ്രോഗ്രാമിംഗ് കഴിവുകളൊന്നും ആവശ്യമില്ല
ഗാർഡ്നർ, SN ആൻഡ് ഹാൾ, BG 2013. . PLoS ONE, 8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
ഗാർഡ്നർ, എസ്എൻ, ടി. സ്ലെസാക്ക്, ബിജി ഹാൾ. 2015 ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
Categories
https://sourceforge.net/projects/ksnp/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണിത്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.
