ലിനക്സിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിക്കാനുള്ള SOAP3-DP എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പാണിത്, ഇതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക് സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
OnWorks-ൽ സൗജന്യമായി Linux-ൽ പ്രവർത്തിക്കാൻ SOAP3-DP എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
സ്ക്രീൻഷോട്ടുകൾ
Ad
SOAP3-DP ഓൺലൈനിൽ Linux-ൽ പ്രവർത്തിക്കും
വിവരണം
GitHub-ലെ ഏറ്റവും പുതിയ കോഡ്:https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്ത അൽഗോരിതങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സിപിയു, ജിപിയു എന്നിവയുടെ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ പവർ പ്രയോജനപ്പെടുത്തുന്നതിലൂടെ, ഉയർന്ന വേഗതയും സംവേദനക്ഷമതയും ഒരേസമയം നൽകുന്നു. BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM, GPU അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള അലൈനർമാരായ BarraCUDA, CUSHAW എന്നിവയുൾപ്പെടെ വ്യാപകമായി സ്വീകരിച്ച അലൈനറുകളുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, SOAP3-dp ഉയർന്ന സെൻസിറ്റിവിറ്റിയും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ തെറ്റായ കണ്ടെത്തൽ നിരക്കും (FDR) നിലനിർത്തിക്കൊണ്ടുതന്നെ, രണ്ട് മുതൽ പതിനായിരക്കണക്കിന് മടങ്ങ് വേഗതയുള്ളതായി കണ്ടെത്തി. ) ഇല്ലുമിനയിൽ വ്യത്യസ്ത ദൈർഘ്യമുള്ള വായനകൾ. SOAP3-dp നേറ്റീവ് ആയി BAM ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനെ പിന്തുണയ്‌ക്കുകയും BWA-യുടെ അതേ സ്‌കോറിംഗ് സ്കീം നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു, ഇത് നിലവിലുള്ള വിശകലന പൈപ്പ് ലൈനുകളിലേക്ക് സംയോജിപ്പിക്കാൻ ഇത് പ്രാപ്തമാക്കുന്നു.
അവലംബം: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: വേഗതയേറിയതും കൃത്യവും സെൻസിറ്റീവുമായ GPU അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഷോർട്ട് റീഡ് അലൈനർ. പ്ലോസ് വൺ 8(5): e65632. doi:10.1371/journal.pone.0065632
പ്രേക്ഷകർ
ശാസ്ത്രം/ഗവേഷണം
ഉപയോക്തൃ ഇന്റർഫേസ്
കൺസോൾ/ടെർമിനൽ
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
സി++, സി
https://sourceforge.net/projects/soap3dp/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണിത്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.
