Ini ialah arahan allversusalle yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
allversusall - Susun data persamaan daripada perbandingan semua-lawan-semua.
SINOPSIS
allversusall -seqinpath dirlist [-matriks matriksf] [-gapopen terapung] [-gapextend terapung]
-datoutdir luar -fail log fail luar
allversusall -membantu
DESCRIPTION
allversusall ialah program baris arahan daripada EMBOSS (“The European Molecular Biology Open
Suite Perisian”). Ia adalah sebahagian daripada kumpulan arahan "Utils:Penciptaan pangkalan data".
PILIHAN
Input seksyen
-seqinpath dirlist
Nilai asal: ./
-matriks matriksf
Pilihan ini menentukan matriks penggantian sisa yang digunakan untuk jujukan
perbandingan. Nilai lalai: EBLOSUM62
diperlukan seksyen
Tambahan seksyen
-gapopen terapung
Pilihan ini menentukan penalti sisipan jurang. Penalti sisipan jurang ialah
markah diambil apabila jurang dicipta. Nilai terbaik bergantung pada pilihan
matriks perbandingan. Nilai lalai menganggap anda menggunakan matriks EBLOSUM62 untuk
jujukan protein, dan matriks EDNAFULL untuk jujukan nukleotida. Nilai lalai: 10
-gapextend terapung
Pilihan ini menentukan penalti lanjutan jurang. Sambungan jurang, penalti ditambah
kepada penalti jurang standard untuk setiap asas atau sisa dalam jurang. Ini adalah berapa lama jurang
dihukum. Biasanya anda akan menjangkakan beberapa jurang yang panjang dan bukannya banyak jurang yang pendek, jadi
penalti lanjutan jurang harus lebih rendah daripada penalti jurang. Pengecualian adalah di mana
satu atau kedua-dua jujukan adalah bacaan tunggal dengan kemungkinan ralat jujukan dalam kes ini
anda menjangkakan banyak jurang asas tunggal. Anda boleh mendapatkan hasil ini dengan menetapkan jurang
penalti terbuka kepada sifar (atau sangat rendah) dan menggunakan penalti lanjutan jurang untuk mengawal jurang
pemarkahan. Nilai lalai: 0.5
Output seksyen
-datoutdir luar
Pilihan ini menentukan lokasi fail data persamaan jujukan (output). lalai
nilai: ./
-fail log fail luar
Pilihan ini menentukan nama fail log ALLVERSUSALL (output). Fail log
mengandungi mesej tentang sebarang ralat yang timbul semasa ALLVERSUSALL dijalankan. Nilai asal:
allversusall.log
Gunakan allversusalle dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
