Ini ialah arahan bowtie2-build-s yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
bowtie2-build-s - membina indeks ruang warna untuk bowtie2
SINOPSIS
bowtie2-build-s [pilihan]*
DESCRIPTION
Bowtie 2 versi 2.2.6 oleh Ben Langmead ([e-mel dilindungi], www.cs.jhu.edu/~langmea)
rujukan_dalam
senarai fail yang dipisahkan koma dengan jujukan ref
bt2_index_base
tulis data bt2 ke fail dengan dir/nama asas ini
*** Indeks Bowtie 2 hanya berfungsi dengan v2 (bukan v1). Begitu juga untuk indeks v1. ***
PILIHAN
-f fail rujukan ialah Fasta (lalai)
-c jujukan rujukan diberikan pada baris cmd (as )
-a/--noauto
lumpuhkan automatik -p/--bmax/--pemasangan memori dcv
-p/--berbungkus
gunakan rentetan yang dibungkus secara dalaman; lebih perlahan, kurang ingatan
--bmax
baldi maks sz untuk pembina tatasusunan akhiran mengikut blok
--bmaxdivn
baldi maks sz sebagai pembahagi ref len (lalai: 4)
--dcv
tempoh perlindungan berbeza untuk arah blok (lalai: 1024)
--angguk lumpuhkan diff-cover (algoritma menjadi kuadratik)
-r/--noref
jangan bina fail indeks .3/.4
-3/--justref
hanya bina fail indeks .3/.4
-o/--offrate
SA diambil sampel setiap 2^ Aksara BWT (lalai: 5)
-t/--ftabchars
# aksara yang digunakan dalam carian awal (lalai: 10)
--benih
benih untuk penjana nombor rawak
-q/--senyap
output verbose (untuk debugging)
-h/--bantuan
cetak penerangan terperinci tentang alat dan pilihannya
--penggunaan
cetak mesej penggunaan ini
--versi
cetak maklumat versi dan berhenti
Gunakan bowtie2-build-s dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
