Ini ialah arahan bp_fastam9_to_tablep yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
fastm9_to_table - tukar keluaran FASTA -m 9 kepada output jadual NCBI -m 9
SINOPSIS
fastm9_to_table [-e evaluefilter] [-b bitscorefilter] [--header] [-o outfile] inputfile1 inputfile2 ...
DESCRIPTION
Pilihan baris arahan:
-e/--nilai nilai -- tapis mengikut nilai
-b/--bitscore bitscore -- tapis mengikut bitscore
--header -- bendera boolean untuk mencetak pengepala lajur
-o/--out -- fail output pilihan untuk menulis data,
sebaliknya akan menulis kepada STDOUT
-h/--help -- tunjukkan dokumentasi ini
Bukan skrip SearchIO secara teknikal kerana ini tidak menggunakan mana-mana komponen Bioperl tetapi adalah a
berguna dan cepat. Output adalah output jadual dengan lajur NCBI -m9 standard.
nama pertanyaan
nama pukul
peratus identiti
panjang penjajaran
nombor tidak sepadan
jurang nombor
permulaan pertanyaan (jika pada rev-strand start > end)
akhir pertanyaan
tekan mula (jika pada rev-strand start > end)
pukul hujung
menilai
skor sedikit
Selain itu 3 lagi lajur disediakan
markah fasta
sw-skor
peratus serupa
panjang pertanyaan
panjang pukulan
jurang pertanyaan
mencecah jurang
AUTHOR - Jason Stajich
Jason Stajich jason_at_bioperl-dot-org
Gunakan bp_fastam9_to_tablep dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
