Ini ialah arahan bp_sreformatp yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
bpsreformat - menukar format jujukan
DESCRIPTION
Skrip ini menggunakan sistem SeqIO yang membenarkan penukaran format jujukan sama ada
data jujukan atau data penjajaran jujukan berbilang. Nama itu berasal dari fakta bahawa Sean
Program sreformat Eddy (sebahagian daripada pkg HMMER) sudah melakukan ini. Program Sean cuba
untuk meneka format input manakala dalam kod kami pada masa ini kami memerlukan anda untuk menentukan apa yang
format input dan output adalah dan jika data adalah daripada penjajaran jujukan berbilang atau daripada
fail urutan lurus.
Penggunaan:
bpsreformat -jika INFORMAT -of OUTFORMAT -i FILENAME -o output.FORMAT
-h/--help Cetak bantuan ini
-if/--informat Nyatakan format input
-of/--outformat Nyatakan format output
-i/--input Nyatakan nama fail input
(untuk menghantar data pada STDIN gunakan tanda tolak sebagai nama fail)
-o/--output Nyatakan nama fail output
(untuk menyampaikan data pada STDOUT gunakan tanda tolak sebagai nama fail)
--msa Nyatakan ini ialah data penjajaran berbilang jujukan
--special Akan meneruskan parameter khas kepada AlignIO/SeqIO
objek -- kebanyakannya adalah untuk objek Bio::AlignIO
Senarai berikut dipisahkan koma
nointerleaved -- untuk format phylip,bukan interleaved
idlinebreak -- untuk phylip, menjadikannya format molphy
peratusan -- untuk clustalw, tunjukkan % id setiap baris
Gunakan bp_sreformatp dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
