Ini ialah arahan cmemit yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
cmemit - jujukan sampel daripada model kovarians
SINOPSIS
cmemit [pilihan]
DESCRIPTION
. cmemit sampel atur cara (memancarkan) jujukan daripada model kovarians dalam , and
menulis mereka untuk output. Urutan pensampelan mungkin berguna untuk pelbagai tujuan,
termasuk mencipta positif benar sintetik untuk penanda aras atau ujian.
Lalai adalah untuk mencuba sepuluh urutan tidak sejajar daripada setiap CM. Sebagai alternatif, dengan -c
pilihan, anda boleh mengeluarkan satu jujukan konsensus peraturan majoriti tunggal; atau dengan -a pilihan, awak
boleh mengeluarkan penjajaran.
. mungkin mengandungi perpustakaan CM, yang mana setiap CM akan digunakan secara bergilir-gilir.
mungkin '-' (sempang), yang bermaksud membaca input ini daripada stdin bukannya fail.
Untuk model dengan pasangan asas sifar, jujukan diambil daripada penapis HMM profil
daripada CM. Walau bagaimanapun, memandangkan model ini akan menjadi hampir sama (kecuali pilihan khas
digunakan di cmbuild untuk mengelakkan ini), menggunakan HMM dan bukannya CM tidak akan mengubah
output dengan cara yang ketara, melainkan jika -l pilihan digunakan. Dengan -l, HMM akan menjadi
dikonfigurasikan untuk kedudukan permulaan dan penamat model yang sama, manakala CM tidak akan. Awak boleh
kekuatan cmemit untuk sentiasa mengambil sampel daripada CM dengan --nohmmonly pilihan.
PILIHAN
-h Bantuan; mencetak peringatan ringkas tentang penggunaan baris arahan dan pilihan yang tersedia.
-o Simpan urutan sintetik ke fail daripada menulisnya ke stdout.
-N Menjana urutan. Nilai lalai untuk adalah 10.
-u Tulis jujukan yang dijana dalam format tidak sejajar (FASTA). Ini adalah lalai
tingkah laku.
-a Tulis jujukan yang dijana dalam format sejajar (STOCKHOLM) dengan konsensus
anotasi struktur dan bukannya FASTA. Format output lain boleh dilakukan dengan
--format luar pilihan.
-c Ramalkan satu jujukan konsensus peraturan majoriti dan bukannya jujukan pensampelan
daripada taburan kebarangkalian CM. Sisa yang sangat terpelihara (asas berpasangan
sisa yang mendapat skor lebih tinggi daripada 3.0 bit, atau sisa terkandas tunggal yang mendapat skor
lebih tinggi daripada 1.0 bit) ditunjukkan dalam huruf besar; yang lain ditunjukkan dalam huruf kecil.
-e Benamkan jujukan yang dipancarkan CM dalam jujukan panjang yang dijana secara rawak yang lebih besar
dihasilkan daripada HMM yang dilatih pada jujukan genomik sebenar dengan pelbagai
Kandungan GC (HMM yang sama digunakan oleh cmcalibrate). Anda boleh menggunakan --iid pilihan untuk
menjana 25% urutan A, C, G dan U sebaliknya. Urutan CM yang dipancarkan akan bermula
pada kedudukan rawak dalam urutan yang lebih besar dan akan dimasukkan ke dalam
keseluruhannya melainkan --u5p or --u3p pilihan digunakan. Bila -e digunakan dalam
gabungan dengan --u5p, jujukan CM yang dipancarkan akan sentiasa bermula pada kedudukan 1 daripada
jujukan yang lebih besar dan akan dipotong 5'. Apabila digunakan dalam kombinasi --u3p CM
urutan yang dipancarkan akan sentiasa berakhir pada kedudukan daripada urutan yang lebih besar dan akan
dipenggal 3'.
-l Konfigurasikan CM ke dalam mod tempatan sebelum memancarkan jujukan. Secara lalai model
akan berada dalam mod global. Dalam mod tempatan, sisipan dan pemadaman besar adalah lebih banyak
biasa daripada dalam mod global.
PILIHAN UNTUK MEMOTONG DIKELUARKAN URUTAN
--u5p Potong semua jujukan yang dipancarkan pada kedudukan permulaan yang dipilih secara rawak , dengan hanya
mengeluarkan sisa bermula pada . Titik permulaan yang berbeza dipilih secara rawak
untuk setiap urutan.
--u3p Potong semua jujukan yang dipancarkan pada kedudukan akhir yang dipilih secara rawak , dengan hanya
mengeluarkan sisa sehingga kedudukan . Titik akhir yang berbeza dipilih secara rawak
untuk setiap urutan.
--a5p
Bersama dengan -a pilihan, potong penjajaran yang dipancarkan secara rawak
kedudukan perlawanan permulaan yang dipilih , dengan hanya mengeluarkan lajur penjajaran untuk kedudukan
keadaan selepas perlawanan - 1. mestilah integer antara 0 dan konsensus
panjang model (yang boleh ditentukan menggunakan cmstat program. Sebagai istimewa
kes, menggunakan 0 sebagai akan menghasilkan kedudukan permulaan yang dipilih secara rawak.
--a3p
Bersama dengan -a pilihan, potong penjajaran yang dipancarkan secara rawak
kedudukan perlawanan akhir yang dipilih , dengan hanya mengeluarkan lajur penjajaran untuk kedudukan
sebelum keadaan perlawanan + 1. mestilah integer antara 1 dan konsensus
panjang model (yang boleh ditentukan menggunakan cmstat program). Sebagai
kes khas, menggunakan 0 sebagai akan menghasilkan kedudukan akhir yang dipilih secara rawak.
LAIN PILIHAN
--benih
Benih penjana nombor rawak dengan , integer >= 0. Jika adalah bukan sifar,
pensampelan stokastik jujukan akan boleh dihasilkan semula; arahan yang sama akan diberikan
keputusan yang sama. Jika ialah 0, penjana nombor rawak disemai secara sewenang-wenangnya,
dan pensampelan stokastik akan berbeza dari larian ke larian arahan yang sama. The
benih lalai ialah 0.
--iid Dengan -e, menjana jujukan yang lebih besar sebagai 25% setiap A, C, G dan U.
--rna Tentukan bahawa jujukan yang dipancarkan akan dikeluarkan sebagai jujukan RNA. Ini benar oleh
lalai.
--dna Tentukan bahawa jujukan yang dipancarkan akan dikeluarkan sebagai jujukan DNA. Secara lalai, the
abjad keluaran ialah RNA.
--idx
Tentukan bahawa jujukan yang dipancarkan dinamakan bermula dengan .. By
lalai adalah 1.
--format luar
Dengan -A, tentukan format penjajaran output sebagai . Format yang boleh diterima ialah: Pfam,
AFA, A2M, Clustal dan Phylip. AFA diselaraskan dengan cepat. Hanya Pfam dan Stockholm
format penjajaran akan merangkumi anotasi struktur konsensus.
--tfile
Buang parset jujukan jadual (jejak balik) untuk setiap jujukan yang dipancarkan ke fail
. Terutamanya berguna untuk penyahpepijatan.
--exp
Eksponenkan kebarangkalian pelepasan dan peralihan CM dengan dan kemudian
normalkan semula taburan tersebut sebelum memancarkan jujukan. Pilihan ini mengubah
Taburan kebarangkalian CM bagi parsetree berbanding lalai. Dengan kurang daripada
1.0 jujukan yang dipancarkan akan cenderung mempunyai skor bit yang lebih rendah apabila penjajaran dengan
CM. Dengan lebih besar daripada 1.0, jujukan yang dipancarkan akan cenderung mempunyai bit yang lebih tinggi
markah selepas penjajaran kepada CM. Perbezaan skor bit ini akan meningkat sebagai
bergerak lebih jauh dari 1.0 dalam mana-mana arah. Jika sama dengan 1.0, pilihan ini
tidak mempunyai kesan berbanding lalai. Pilihan ini berguna untuk menjana jujukan
yang sama ada lebih sukar ( < 1.0) atau lebih mudah ( > 1.0) untuk CM
bezakan sebagai homolog dari latar belakang, urutan rawak.
--hmmonly
Pancarkan daripada profil penapis HMM dan bukannya CM.
--nohmmonly
Jangan sekali-kali mengeluarkan daripada profil penapis HMM, sentiasa gunakan CM, walaupun untuk model dengan
pasangan asas sifar.
Gunakan cmemit dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
