Ini ialah arahan disulfinder yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
disulfinder - keadaan ikatan sistein disulfida dan peramal ketersambungan
SINOPSIS
disulfinder [PILIHAN]
DESCRIPTION
'disulfinder' adalah untuk meramalkan keadaan ikatan disulfida sistein dan mereka
ketersambungan disulfida bermula dari jujukan sahaja. Jambatan disulfida memainkan peranan utama
dalam penstabilan proses lipatan untuk beberapa protein. Ramalan disulfida
Oleh itu, jambatan daripada jujukan sahaja berguna untuk kajian struktur dan fungsian
sifat protein tertentu. Di samping itu, pengetahuan tentang keadaan ikatan disulfida
sistein boleh membantu proses penentuan struktur eksperimen dan mungkin berguna
dalam tugas anotasi genomik lain. 'disulfinder' meramalkan corak disulfida dalam dua
peringkat pengiraan: (1) keadaan ikatan disulfida setiap sistein diramalkan oleh a
Pengelas binari BRNN-SVM; (2) sistein yang diketahui mengambil bahagian dalam pembentukan
daripada jambatan dipasangkan oleh Rangkaian Neural Rekursif untuk mendapatkan corak ketersambungan.
RUJUKAN
A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo dan P. Frasconi. DISULFIND: Keadaan Ikatan Disulfida
dan Pelayan Ramalan Ketersambungan Cysteine, Penyelidikan Asid Nukleik, 34(Pelayan Web
keluaran):W177-W181, 2006.
Untuk peramal kesambungan disulfida lihat:
A. Vullo dan P. Frasconi. Ramalan Ketersambungan Disulfida menggunakan Neural Rekursif
Rangkaian dan Maklumat Evolusi, Bioinformatik, 20, 653-659, 2004.
Untuk peramal keadaan ikatan sistein lihat:
P. Frasconi, A. Passerini, dan A. Vullo. Seni Bina SVM Dua Peringkat untuk Meramalkan
Keadaan Ikatan Disulfida Sistein, Proc. Bengkel IEEE mengenai Rangkaian Neural untuk Isyarat
Pemprosesan, ms.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini dan A.Vullo. Meramalkan Keadaan Ikatan Disulfida
Sistein dengan Gabungan Mesin Kernel, Jurnal Pemprosesan Isyarat VLSI, 35,
287-295, 2003.
PILIHAN
-a, --alternatif=NOMBOR
corak sambungan alternatif (lalai=3)
-o, --output=DIR
dir keluaran tempat ramalan akan disimpan (lalai=$PWD)
-p, --psi2=FAIL|DIR
input dalam format psi2 (PSI-BLAST Matrix dalam ASCII), sama ada satu fail atau a
direktori(?). Hasilkan ini dengan "blastpgp -j -Q FAIL" di mana N >= 2.
-r, --rootdir=DIR
direktori kerja (lalai=~/disulfinder)
-k, --pkgdatadir=DIR
direktori data pakej yang mengandungi Model (default=/usr/share/disulfinder)
-F, --format={html|ascii}
jenis format output (lalai=ascii)
-d --blastdb=DIR
blastpgp -d pilihan (lalai=/data/sp+trembl)
-c, --cleanpred
bersihkan fail ramalan perantaraan (lalai=palsu)
-P, --usepssm
gunakan pssm dan bukannya kiraan untuk profil (lalai=salah)
-C, --knownbondingstate
andaikan keadaan ikatan diketahui (satu fail untuk setiap rantai dalam direktori
/Ramalan/Bondstate/Viterbi) (lalai=salah)
-v, --versi
versi disulfinder
-?, --tolong
skrin bantuan
CONTOH
"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"
Gunakan disulfinder dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
