Ini ialah arahan fahash yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
fahash - pembina cincang jujukan untuk e-PCR terbalik
SINOPSIS
fahash [-hV] -b fail hash [-w wdsize] [-f period] [-F fragment_min,fragment_max] [-k] [-c
saiz cache] [-v 1|2] famap-fail ...
fahash [-hV] -T fail hash [-o outfile]
DESCRIPTION
Program yang fahash adalah sebahagian daripada suite e-PCR dan digunakan untuk membina fail cincang dan output
statistik penggunaan perkataan untuk carian e-PCR terbalik.
PILIHAN
-b fail hash
Bina jadual hash (fail hash) daripada fail jujukan,
-T fail hash
Cetak statistik penggunaan perkataan untuk fail hash
-o fail luar
Tulis output ke fail `outfile'
pilihan binaan:
-w saiz perkataan
Tetapkan saiz perkataan semasa membina jadual cincang
-f tempoh
Tetapkan ketakserasian semasa membina jadual cincang
-k Langkau ulangan apabila membina fail cincang
-F min, maks
Tetapkan tera air untuk saiz serpihan (dalam Mb) (versi 1 sahaja)
-c saiz cache
Tetapkan saiz cache (versi 2 sahaja)
-v ver Gunakan versi format (1|2, 2 adalah lalai)
CONTOH
famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa
fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap
re-PCR -s genom.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTTT 120-200
Lihat famap(1) dan semula pcr(1)
Gunakan fahash dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net