Ini ialah arahan fill-ref-md5 yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
fill-ref-md5 - mengira jumlah MD5 bagi jujukan rujukan
SINOPSIS
isi-ref-md5 [PILIHAN] in.vcf.gz out.vcf.gz
DESCRIPTION
Perihal: Skrip mengira jumlah MD5 bagi urutan rujukan dan sisipan
teg 'rujukan' dan 'contig' ke dalam pengepala seperti yang disyorkan oleh VCFv4.1. Fail VCF
mesti dimampatkan dan diindeks tabix, kerana ia mengambil kesempatan daripada sepantas kilat
fungsi pengepala semula tabix.
PILIHAN
-d, --kamus
Di mana untuk membaca/menulis MD5 yang dikira. Dibuka dalam mod tambah, rekod sedia ada tidak
terharu.
-i, --maklumat
Maklumat pilihan tentang perhimpunan rujukan (AS), spesies (SP), taksonomi (TX)
-r, --refseq
Urutan rujukan dalam format fasta diindeks oleh samtools faidx
-h, -?, - membantu
Mesej bantuan ini.
CONTOH
fill-ref-md5 -i AS:NCBIM37,SP:"Mus\ Musculus" -r NCBIM37_um.fa
-d NCBIM37_um.fa.dict in.vcf.gz out.vcf.gz
Gunakan fill-ref-md5 dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net