Ini ialah arahan gmx-editconf yang boleh dijalankan dalam penyedia pengehosan percuma OnWorks menggunakan salah satu daripada berbilang stesen kerja dalam talian percuma kami seperti Ubuntu Online, Fedora Online, emulator dalam talian Windows atau emulator dalam talian MAC OS.
JADUAL:
NAMA
gmx-editconf - Menukar dan memanipulasi fail struktur
SINOPSIS
gmx editconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-n [<.ndx>]] [-bf [<.dat>]]
[-o [<.gro/.g96/...>]] [-mead [<.pqr>]] [-[tidak]w]
[-[no]def] [-bt ] [-kotak ]
[-sudut ] [-d ] [-[tidak]c]
[-pusat ] [-aligncenter ]
[-selaraskan ] [-terjemah ]
[-putar ] [-[no]princ] [-skala ]
[-ketumpatan ] [-[no]pbc] [-resnr ] [-[tiada]pegang]
[-rvdw ] [-[no]sig56] [-[no]vdwread] [-[tiada]atom]
[-[tiada] legenda] [-label ] [-[tiada]sambung]
DESCRIPTION
gmx editconf menukar format struktur generik kepada .gro, .g96 or .pdb.
Kotak boleh diubah suai dengan pilihan -kotak, -d and -sudut. Kedua-dua -kotak and -d akan berpusat
sistem dalam kotak, melainkan -noc digunakan.
Lebih Baik -bt menentukan jenis kotak: klinik trik ialah kotak triklinik, padu adalah segi empat tepat
kotak dengan semua sisi sama dodecahedron mewakili dodekahedron rombik dan oktahedron is
oktahedron terpotong. Dua yang terakhir ialah kes khas kotak triklinik. Panjangnya
tiga vektor kotak bagi oktahedron terpenggal ialah jarak terpendek antara dua
heksagon bertentangan. Berbanding dengan kotak padu dengan beberapa jarak imej berkala, isipadu
daripada dodekahedron dengan jarak berkala yang sama ini ialah 0.71 kali ganda daripada kubus, dan
oktahedron yang dipotong ialah 0.77 kali.
Lebih Baik -kotak hanya memerlukan satu nilai untuk kubik, dodekahedral rombik, atau terpotong
kotak oktahedral.
Dengan -d dan klinik trik kotak saiz sistem dalam x-, y-, dan z-arah adalah
digunakan. Dengan -d and padu, dodecahedron or oktahedron kotak, dimensi ditetapkan kepada
diameter sistem (jarak terbesar antara atom) ditambah dua kali jarak yang ditentukan.
Lebih Baik -sudut hanya bermakna dengan pilihan -kotak dan kotak triklinik dan tidak boleh digunakan
dengan pilihan -d.
Bila -n or -def ditetapkan, kumpulan boleh dipilih untuk mengira saiz dan
pusat geometri, jika tidak seluruh sistem digunakan.
-putar memutarkan koordinat dan halaju.
-putera menjajarkan paksi utama sistem di sepanjang paksi koordinat, dengan paksi terpanjang
paksi sejajar dengan x-paksi. Ini mungkin membolehkan anda mengurangkan jumlah kotak, tetapi berhati-hati
bahawa molekul boleh berputar dengan ketara dalam nanosaat.
Penskalaan digunakan sebelum mana-mana operasi lain dilakukan. Kotak dan koordinat
boleh diskalakan untuk memberikan ketumpatan tertentu (pilihan -ketumpatan). Perhatikan bahawa ini mungkin
tidak tepat dalam kes a .gro fail diberikan sebagai input. Ciri khas pilihan penskalaan
ialah apabila faktor -1 diberikan dalam satu dimensi, seseorang memperoleh imej cermin, bercermin
dalam salah satu kapal terbang. Apabila seseorang menggunakan -1 dalam tiga dimensi, imej cermin mata adalah
diperoleh.
Kumpulan dipilih selepas semua operasi telah digunakan.
Kekalaan boleh dibuang dengan cara yang kasar. Adalah penting bahawa vektor kotak di
bahagian bawah fail input anda adalah betul apabila periodicity akan dialih keluar.
Semasa menulis .pdb fail, B-faktor boleh ditambah dengan -bf pilihan. B-faktor dibaca
daripada fail dengan format berikut: baris pertama menyatakan bilangan entri dalam fail,
baris seterusnya menyatakan indeks diikuti oleh faktor B. Faktor B akan dilampirkan setiap
residu melainkan indeks lebih besar daripada bilangan residu atau melainkan jika -atom pilihan
ditetapkan. Jelas sekali, sebarang jenis data berangka boleh ditambah dan bukannya B-faktor. -legenda
akan menghasilkan deretan atom CA dengan faktor B antara minimum hingga maksimum
nilai ditemui, dengan berkesan menjadikan legenda untuk tontonan.
Dengan pilihan -mead khas .pdb (.pqr) fail untuk program elektrostatik MEAD
(Penyelesai Poisson-Boltzmann) boleh dibuat. Prasyarat selanjutnya ialah fail input ialah a
jalankan fail input. Medan faktor B kemudiannya diisi dengan jejari Van der Waals bagi
atom manakala medan penghunian akan memegang cas.
pilihan -genggam adalah serupa, tetapi ia meletakkan caj dalam faktor B dan jejari
penghunian.
Lebih Baik -selaraskan membenarkan penjajaran paksi utama kumpulan tertentu terhadap
vektor yang diberikan, dengan pusat putaran pilihan yang ditentukan oleh -aligncenter.
Akhirnya, dengan pilihan -label, editconf boleh menambah pengecam rantai pada a .pdb fail, yang boleh
berguna untuk analisis dengan contohnya Rasmol.
Untuk menukar fail octrahedron terpenggal yang dihasilkan oleh pakej yang menggunakan kotak padu dengan
sudut terputus (seperti GROMOS), gunakan:
gmx editconf -f masuk -putar 0 45 35.264 -bt o -kotak veclen -o keluar
di mana veclen ialah saiz kali kotak padu persegi(3)/2.
PILIHAN
Pilihan untuk menentukan fail input:
-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp tpr
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Pilihan)
Fail indeks
-bf [<.dat>] (bfact.dat) (Pilihan)
Fail data generik
Pilihan untuk menentukan fail output:
-o [<.gro/.g96/...>] (out.gro) (Pilihan)
Fail struktur: hebat g96 pdb brk ent esp
-mead [<.pqr>] (mead.pqr) (Pilihan)
Fail koordinat untuk MEAD
Pilihan lain:
-[tidak]w (tidak)
Lihat output .xvg, .xpm, .eps and .pdb fail
-[no]def (tidak)
Pilih output daripada kumpulan indeks lalai
-bt (klinik trik)
Jenis kotak untuk -kotak and -d: triclinic, cubic, dodecahedron, octahedron
-kotak (0 0 0)
Panjang vektor kotak (a,b,c)
-sudut (90 90 90)
Sudut antara vektor kotak (bc,ac,ab)
-d (0)
Jarak antara zat terlarut dan kotak
-[tidak]c (tidak)
Molekul tengah dalam kotak (tersirat oleh -kotak and -d)
-pusat (0 0 0)
Koordinat pusat geometri
-aligncenter (0 0 0)
Pusat putaran untuk penjajaran
-selaraskan (0 0 0)
Jajarkan kepada vektor sasaran
-terjemah (0 0 0)
Terjemahan
-putar (0 0 0)
Putaran mengelilingi paksi X, Y dan Z dalam darjah
-[no]princ (tidak)
Orientasikan molekul(-molekul) di sepanjang paksi utamanya
-skala (1 1 1)
Faktor penskalaan
-ketumpatan (1000)
Ketumpatan (g/L) kotak keluaran dicapai dengan penskalaan
-[no]pbc (tidak)
Keluarkan periodicity (buat molekul utuh semula)
-resnr (-1)
Nombor semula sisa bermula dari resnr
-[tiada]pegang (tidak)
Simpan cas atom dalam medan faktor B dan jejari atom dalam
medan penghunian
-rvdw (0.12)
Jejari Van der Waals lalai (dalam nm) jika tidak ditemui dalam pangkalan data atau jika
tiada parameter hadir dalam fail topologi
-[no]sig56 (tidak)
Gunakan rmin/2 (minimum dalam potensi Van der Waals) dan bukannya sigma/2
-[no]vdwread (tidak)
Baca jejari Van der Waals daripada fail vdwradii.dat dan bukannya mengira
jejari berdasarkan medan daya
-[tiada]atom (tidak)
Daya lampiran faktor B bagi setiap atom
-[tiada] legenda (tidak)
Jadikan legenda B-factor
-label (A)
Tambah label rantai untuk semua sisa
-[tiada]sambung (tidak)
Tambahkan rekod CONECT pada a .pdb fail apabila ditulis. Hanya boleh dilakukan apabila topologi adalah
membentangkan
DIKENALI ISU
· Untuk molekul kompleks, rutin penyingkiran berkala mungkin rosak, dalam kes itu anda
boleh menggunakan gmx trjconv.
Gunakan gmx-editconf dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net
